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        一種初步判斷細菌類微生物在土壤中定殖能力的方法

        2020-07-20 10:21:44甘炳成彭衛(wèi)紅謝麗源賈定洪黃忠乾何曉蘭
        中國土壤與肥料 2020年3期
        關(guān)鍵詞:定殖利福平菌落

        吳 翔,唐 亞,甘炳成*,彭衛(wèi)紅,謝麗源,譚 昊,陳 影,賈定洪,黃忠乾,譚 偉,唐 杰,何曉蘭

        (1.四川省農(nóng)業(yè)科學院土壤肥料研究所,農(nóng)業(yè)農(nóng)村部西南區(qū)域農(nóng)業(yè)微生物資源利用科學觀測實驗站,農(nóng)業(yè)農(nóng)村部西南山地農(nóng)業(yè)環(huán)境重點實驗室,四川 成都 610066;2.四川大學建筑與環(huán)境學院,四川 成都 610065)

        目前,農(nóng)業(yè)生產(chǎn)過程中化學肥料的施用給環(huán)境帶來的負面影響越來越受到人們重視,而微生物類肥料和農(nóng)藥制品因為其環(huán)境友好性被認為是其最佳的替代品或補充品。因此,功能微生物在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域的研究越來越多,在大量的研究工作中篩選獲得的各類農(nóng)用功能微生物中細菌類占有重要的比例,它們成為研究重點的原因不僅因為在如促生[1-2]、抗病[3-5]等功能方面效果明顯,也因為其生長速度快,培養(yǎng)條件要求低。

        從篩選獲得到生產(chǎn)應(yīng)用,功能微生物的定殖能力對其應(yīng)用潛力具有決定性作用,甚至有學者基于定殖能力來篩選功能微生物[6],可見定殖能力對于功能菌株的重要性。決定功能微生物在植物根際定殖能力的影響因素較多[7],對于在營養(yǎng)豐富的培養(yǎng)條件下分離、篩選所得的功能微生物,判斷它們在復雜的環(huán)境中的定殖能力是功能微生物從研發(fā)走向應(yīng)用的必經(jīng)之路。土壤是農(nóng)用功能微生物的主要應(yīng)用環(huán)境,目前檢測判斷該類功能微生物定殖能力的方法有盆栽[3,6,8]、田間試驗[9]等,將功能微生物應(yīng)用于土壤,再通過分析定殖載體中功能微生物的數(shù)量來判斷其定殖能力的大?。?0]。這種方法準確,但是操作繁瑣、所需時間長,不僅包括采集樣品、分離培養(yǎng)和對應(yīng)菌株的鑒定確認等程序,還包括微生物施入載體的試驗設(shè)計、場地選擇、環(huán)境條件分析等其它的配套設(shè)施投入和相關(guān)數(shù)據(jù)的分析檢測。因此,簡便、準確地判斷功能微生物在土壤中定殖能力的方法,不僅可以減少繁瑣的操作程序和功能微生物的研究開支,更能反向指導在研究過程中篩選出在應(yīng)用時可能具有強環(huán)境適應(yīng)潛力的菌株,縮短功能微生物從研發(fā)到應(yīng)用的時間,對促進微生物制品在農(nóng)業(yè)的應(yīng)用推廣,進而推進生態(tài)環(huán)境良好健康發(fā)展具有重要的意義。因此,選擇一個簡便、準確的方法判斷功能微生物在土壤中的生存能力的研究顯得尤為重要。

        1 材料與方法

        1.1 供試菌株和抗生素藥敏片

        本研究所用9株菌株為前期篩選所得對煙草生長具有促進作用的功能微生物,分別編號1~9號,其中菌株中5、6、7號3株為放線菌,其余為細菌,它們分別是1號:Bacillus tequilensis,2號:Enterobacter asburiae,3號:Enterobacter xiangfangensis,4號:Klebsiella variicola,5號:Streptomyces pratensis,6 號:Streptomyces albidoflavus,7 號:Streptomyces. microflavus,8號:Pseudomonas aeruginosa,9號:Bacillus flexus。使用的藥敏試紙(北京)種類及含量見表1。

        表1 21種抗生素藥敏片種類和濃度 (μ g/片)

        1.2 培養(yǎng)基

        細菌培養(yǎng)基為牛肉膏蛋白胨培養(yǎng)基,放線菌培養(yǎng)基為高氏一號[11],混合發(fā)酵培養(yǎng)液:胰蛋白胨10.0 g,酵母提取物5.0 g,NaCl 10.0 g,蒸餾水1 000 mL,pH值7.4。

        1.3 抗生素藥敏片在菌株平板上產(chǎn)生抑菌圈直徑的分級

        將供試9株微生物菌株分別于對應(yīng)培養(yǎng)基瓊脂平皿上進行平板涂布,再將21種抗生素藥敏片貼于瓊脂表面,靜置5 min后翻轉(zhuǎn)平皿,倒置30℃培養(yǎng)24~48 h后,測量并記錄抑菌圈直徑,計算其平均值[12]。每種抗生素3個重復,以不接菌的混合發(fā)酵培養(yǎng)液為空白對照(CK)。

        根據(jù)21種抗生素藥敏片對待測菌株的抑菌圈直徑對其進行分級:直徑為0 cm的為Ⅰ級,0 cm<D≤1 cm為 Ⅱ 級,1 cm<D≤ 2 cm為 Ⅲ級,2 cm<D≤ 3 cm為Ⅳ級,3 cm<D≤ 4 cm為Ⅴ級,4 cm<D≤5 cm為Ⅵ級,…,并統(tǒng)計該菌株抑菌圈直徑在各個級別的數(shù)量。根據(jù)統(tǒng)計結(jié)果,計算待測菌株對抗生素的敏感值,計算公式如下。

        抗生素敏感值=1×Ⅰ級范圍的數(shù)量+2×Ⅱ級范圍的數(shù)量+…+N×N級范圍的數(shù)量

        1.4 利福平標記菌株

        為了準確從盆栽土壤中檢出待測菌株,參考張冬冬等[13]的方法對各菌株進行標記。在培養(yǎng)基中加入濃度為50 μ g/mL的利福平,并按照50 μ g/mL的含量階梯式遞增濃度,馴化9株菌具有抗300 μ g/mL利福平的能力,將各馴化后的菌株分別編號為 1′~ 9′號。

        對各菌株的抗300 μ g/mL利福平的標記結(jié)果進行驗證檢測,檢測方法為:將1′~9′號馴化菌分別與去掉各自出發(fā)菌株的1~9號菌進行混合液體發(fā)酵,各組合為CK(全為出發(fā)菌,無馴化菌)、1R~9R號共計10組,各組合中包括的菌株如表2。用接種環(huán)挑取10組發(fā)酵好的搖瓶菌液在含300 μ g/mL利福平培養(yǎng)基劃線分離,通過檢測平板中分離所得菌株的形態(tài)特征等判斷其是否為各組合中的馴化菌驗證標記結(jié)果。

        表2 各組合中包括的菌株說明

        1.5 盆栽試驗檢測菌株在土壤中的定殖能力

        將10 kg于121℃高壓滅菌3 h的土壤分別裝入盆中,并與500 mL濃度為1.0×108cfu/mL的1′~9′號菌液混合,以相同量不接菌的培養(yǎng)液為對照,栽培煙草植株,每個菌液處理5個重復。在煙草的整個生長期中,分別在種植后的第2、25、40、65 d采集各個處理中的土壤樣品,在含300 μ g/mL利福平培養(yǎng)基中采用稀釋平板涂布法計數(shù)其中的菌落含量。根據(jù)不同時期檢出馴化菌株的含量判斷菌株在土壤中定殖能力,并分析其定殖能力與抗生素敏感值的關(guān)系。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 抗生素藥敏片在菌株平板上產(chǎn)生抑菌圈直徑的分級

        以5號放線菌為例展示的藥敏片試驗結(jié)果如圖1所示。21種抗生素藥敏片對CK及9個菌株抑菌圈直徑的大小如表3所示,由表3可知,沒有接入菌株的CK中放置21種藥敏片均無抑菌圈產(chǎn)生;各種藥敏片在含有9個菌株的平皿中產(chǎn)生的抑菌圈無明顯規(guī)律,最大抑菌圈是米諾環(huán)素對7號菌株產(chǎn)生的,達到4.37 cm;1~4號菌株藥敏片對其無抑菌圈的個數(shù)均大于等于10個,并且均無達到3 cm的抑菌圈產(chǎn)生;7號和9號菌株沒有無抑菌圈產(chǎn)生的藥敏片種類。根據(jù)21種藥敏片對各菌株產(chǎn)生的抑菌圈大小統(tǒng)計的抗生素敏感性分級情況及依據(jù)公式計算的敏感值如表4所示,敏感值最大的是7號菌株,最小的是4號菌株,分別是93 和 29,各菌株敏感值的排序為 7>8>9>5>6>3>1>2>4。

        圖1 藥敏片試驗(以5號菌為例)

        表3 菌株對抗生素敏感性測試結(jié)果 (cm)

        表4 各菌株抗生素敏感性分級及敏感值計算結(jié)果

        2.2 利福平標記結(jié)果

        利用含300 μ g/mL利福平培養(yǎng)基劃線檢測10個發(fā)酵組合液中各馴化菌株標記結(jié)果的試驗結(jié)果表明:對照組合菌液在該平皿上無菌株生長,而1 R~9 R發(fā)酵組合中均有純菌落生長,根據(jù)其形態(tài)特征等方法進行對比,長出菌株分別為1′~9′號。從而證明9株馴化菌在眾多菌同時存在的情況下,可以在含300 μ g/mL利福平培養(yǎng)基中單獨分離出,具有排它性,可以將含300 μ g/mL利福平的培養(yǎng)基作為馴化菌株的計數(shù)培養(yǎng)基。

        2.3 盆栽測定菌株在土壤中的定殖能力

        由表5可知,采集的4次樣品中,1′、2′、3′、4′、5′、6′號隨著時間推移其菌落數(shù)量都有所增加,而7′號、8′號的菌落則在第2次已經(jīng)無檢出,并且第1次檢測結(jié)果菌落數(shù)量8′號>7′號,9′號在第3次無菌落檢出。由檢測結(jié)果可知,在整個樣品菌落分析所反應(yīng)出的各菌株的定殖能力從大到小都表現(xiàn)出了以下排序:4>2>1>3>6>5>9>8>7,這個排序和2.1中分析所得各菌株的敏感值大小所反映出的各菌株的定殖能力的排序剛好相反。由此證明用抗生素對菌株的抑菌圈直徑分級方法和敏感值計算方法判斷菌株在土壤中的定殖能力具有可行性,并且抗生素敏感值和其在土壤中的適應(yīng)定殖能力呈負相關(guān)。

        另外,從分析結(jié)果中可以得知,當菌株抗生素敏感值為83時(9′號),其定殖能力較敏感值為78(5′號)的菌株下降很多,并且在接入土壤40 d后9′號失去定殖能力,而當菌株抗生素敏感值為85時(8′號),菌株在第1次樣品分析時期定殖能力已顯得極差,僅有29 cfu/g。由此判斷,當菌株抗生素敏感值小于85時,菌株在土壤中有一定的定殖能力,而當菌株抗生素敏感值大于85時,菌株基本失去在土壤中的定殖能力。

        表5 各菌株4次采集樣品中在含300 μg/mL利福平培養(yǎng)基的菌落數(shù)量 (個/g)

        3 結(jié)論與討論

        抗生素被較廣泛的應(yīng)用于醫(yī)學、農(nóng)業(yè)、畜牧業(yè)等行業(yè)中,這些抗生素未被有效利用則會通過直接、循環(huán)等方式進入包括土壤的環(huán)境中,另外,土壤中的微生物種類極為豐富,其中的放線菌可以產(chǎn)生絕大多數(shù)目前已知的抗生素種類[14],這些抗生素對環(huán)境微生物群落進化施加選擇壓力[15],必然也影響寄入土壤中的功能菌株的定殖。本研究通過試驗獲得一種初步判斷細菌類微生物在土壤中定殖能力的方法,該方法基于21種抗生素對菌株的抑菌情況進行抑菌圈直徑分級,利用公式計算菌株敏感值,通過盆栽試驗證明菌株的敏感值與其在土壤中的定殖能力呈負相關(guān)。證明可以通過計算細菌類微生物的敏感值的方法來判斷菌株在土壤中的定殖能力。本研究中通過公式計算敏感值大于85時,功能菌株在土壤中的定殖能力已較差,但確定定殖能力從有到無時敏感值的值,需要更多的試驗來驗證。

        定殖能力作為農(nóng)用功能微生物投入生產(chǎn)應(yīng)用前重要的評價指標,其重要作用不言而喻。國內(nèi)外不少學者就功能菌株的定殖能力作了不少研究,但關(guān)于菌株定殖環(huán)境的研究較少,如Donald等[16]認為可以通過檢測菌株在土壤中產(chǎn)生的信號因子來判斷其在土壤中的定殖能力;董麗紅等[17]通過測定枯草芽孢桿菌NCD-2對5個不同棉花品種的根系分泌物的趨化作用,發(fā)現(xiàn)根系分泌物中氨基酸對NCD-2具有趨化性的影響;其它更多的研究集中于分析作者篩選所得的特定功能菌株的定殖能力,如Ameen等[18]研究發(fā)現(xiàn)貝萊斯芽孢桿菌菌株FZB42在番茄根際定殖過程中,生物膜的形成起決定作用;Melent’ev等[19]的研究發(fā)現(xiàn)土壤溫度較低不利于抗病細菌在小麥根際的定殖,而土壤含水量與其定殖能力的強弱無關(guān);婁海博等[20]研究發(fā)現(xiàn),拮抗青枯病的熒光假單胞菌SN15-2在施入番茄根際后的前20 d定殖數(shù)量減少,20 d后基本穩(wěn)定,60 d時,在干土中的定殖數(shù)量可達3.67×105cfu/g。而這些已有的研究中,沒有對功能菌株在土壤中定殖能力簡便的判斷方法,本研究對應(yīng)用于土壤的功能細菌類微生物的定殖潛力提出了新的評價方法,對農(nóng)業(yè)領(lǐng)域生物肥料、生物農(nóng)藥等在應(yīng)用時篩選環(huán)境適應(yīng)能力強的菌株具有重要的指導意義。

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