記者從中科院上海生命科學(xué)研究院獲悉，該院計(jì)算生物學(xué)研究所研究人員建立了一種新的群體遺傳學(xué)數(shù)據(jù)分析方法，使用基因組測(cè)序數(shù)據(jù)，可以高效可靠地識(shí)別近期受到“正選擇”的遺傳多態(tài)性位點(diǎn)。新方法的有效性得到了計(jì)算機(jī)模擬和實(shí)際數(shù)據(jù)研究的雙重驗(yàn)證，相關(guān)成果近日在線發(fā)表于學(xué)術(shù)期刊《分子生物學(xué)與進(jìn)化》。

據(jù)介紹，群體遺傳學(xué)和考古學(xué)研究表明，現(xiàn)代人類(lèi)的直接祖先從起源地逐漸遷徙擴(kuò)散到世界各地，人群中具有某些特定基因變異的個(gè)體能夠比其他個(gè)體更好地應(yīng)對(duì)自然力量的挑戰(zhàn)，導(dǎo)致這些特定的基因變異類(lèi)型在人群中的頻率顯著上升。遺傳學(xué)上把這種現(xiàn)象稱(chēng)為“正選擇”。識(shí)別這些近期受到“正選擇”的基因變異，對(duì)從生物學(xué)角度了解人類(lèi)具有重大意義。然而，從基因組數(shù)以百萬(wàn)計(jì)的遺傳變異位點(diǎn)中準(zhǔn)確找出這些受“正選擇”影響的關(guān)鍵變異位點(diǎn)并非易事。

在何云剛研究員和金力院士的指導(dǎo)下，博士生汪敏先基于條件溯祖理論成功建立了新的計(jì)算方法，其定位準(zhǔn)確率較之前提高了約20%至40%，統(tǒng)計(jì)效力及穩(wěn)健性也獲得明顯改善。這樣精確的定位能力為深入開(kāi)展“正選擇”有關(guān)的生物學(xué)功能研究帶來(lái)極大便利。

專(zhuān)家表示，新方法的計(jì)算速度遠(yuǎn)遠(yuǎn)領(lǐng)先于最流行的“正選擇”檢查方法iHS，因而非常適用于大規(guī)模高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析。endprint