黃晨陽(yáng),李 強(qiáng),程 斌△
(1.浦東新區(qū)人民醫(yī)院檢驗(yàn)科,上海 201200; 2.上海交通大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院,上海 200001)
肝細(xì)胞癌占肝癌患者的75%~85%,是最常見(jiàn)的原發(fā)性肝癌,其致死率在全球范圍內(nèi)排名第二[1]。肝細(xì)胞癌的早期診斷及有效治療目前仍面臨著巨大挑戰(zhàn)。雖然有些患者可出現(xiàn)肝癌相關(guān)的癥狀,包括右上腹疼痛、厭食、體質(zhì)量減輕,以及阻塞性黃疸和骨痛(轉(zhuǎn)移)等[2-3],但是大多數(shù)患者并無(wú)明顯癥狀,臨床表現(xiàn)通常發(fā)生在疾病晚期。因此,研究肝癌發(fā)生的相關(guān)分子機(jī)制及尋找預(yù)測(cè)早期肝癌患者預(yù)后標(biāo)志物是臨床診治工作中面臨的重要問(wèn)題。研究表明,透明質(zhì)酸介導(dǎo)運(yùn)動(dòng)因子受體(HMMR)在多種腫瘤發(fā)生發(fā)展中具有重要作用,該分子主要參與細(xì)胞運(yùn)動(dòng),在乳腺組織中與BRCA1和BRCA2結(jié)合,與乳腺癌發(fā)生的高風(fēng)險(xiǎn)有關(guān)[4-5]。但是,該分子在原發(fā)性肝癌中的研究較少。該文章從臨床GEO數(shù)據(jù)出發(fā),通過(guò)生物信息學(xué)分析篩選出在肝癌中高表達(dá)的基因HMMR,通過(guò)基因敲低的方法研究其在肝癌細(xì)胞增殖中的影響,同時(shí)分析其在早期肝癌預(yù)后中的作用。
1.1GEO數(shù)據(jù)庫(kù)生物信息學(xué)分析篩選差異基因 下載原始數(shù)據(jù):在NCBI主頁(yè)的搜索下拉菜單中選擇GEO DataSets,輸入搜索關(guān)鍵詞liver cancer,左側(cè)篩選欄中設(shè)置感興趣的Series,Expression profiling by array和tissue,在Top Organisms中選擇Homo sapiens,搜索后會(huì)顯示符合篩選條件的數(shù)據(jù)集,選擇GSE121248數(shù)據(jù)集,包括107例肝癌患者的臨床信息及mRNA基因表達(dá)信息,其中70例肝癌組織和37例癌旁組織[6]。下載原始數(shù)據(jù)Series Matrix Files(CEL格式文件)及臨床信息表格;篩選差異基因:將下載得到的原始數(shù)據(jù)導(dǎo)入Agilent 公司的軟件Gene SpringGX,分析得到差異基因,通過(guò)設(shè)置篩選參數(shù)(P<0.05,差異倍數(shù)>2),分別得到表達(dá)上調(diào)和表達(dá)下調(diào)的差異基因。
1.2預(yù)后分析 肝癌患者預(yù)后分析中的總體生存率(OS)和無(wú)復(fù)發(fā)生存率(RFS)來(lái)自于KM-plotter數(shù)據(jù)庫(kù)[7],該數(shù)據(jù)庫(kù)收集了364例肝癌患者,具體臨床信息包括性別、用藥史、是否有肝炎病毒感染史、臨床腫瘤分期與分級(jí)及服用酒精史。選擇目的基因HMMR,設(shè)置不同的篩選條件獲得生存曲線。
1.3實(shí)驗(yàn)儀器及材料
1.3.1實(shí)驗(yàn)儀器 BIO-RAD Power Pac Basic電泳穩(wěn)壓儀,TS-8S孵育搖床,其林貝爾TS-1水平搖床,德國(guó)Eppendorf公司的冷卻離心機(jī),Tanon電泳槽及轉(zhuǎn)膜槽,美國(guó)Applied Biosystems公司7300 實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀,Tannon 5200化學(xué)發(fā)光成像儀,美國(guó)Thermo Fisher公司的恒溫CO2細(xì)胞培養(yǎng)箱和超凈工作臺(tái)。
1.3.2實(shí)驗(yàn)材料 天根公司的RNA提取試劑盒和反轉(zhuǎn)錄試劑盒,Biotool公司的SYBR Green熒光染料實(shí)時(shí)熒光定量PCR試劑盒,天根公司的電泳液、轉(zhuǎn)膜液及其他配膠試劑,胎牛血清FBS和DMEM高糖培養(yǎng)基購(gòu)買(mǎi)自Hyclone公司,Gibco公司的雙抗(青霉素+鏈霉素),Thermo Scientific公司的轉(zhuǎn)染試劑Lipofectamine 2000,RHAMM/CD168(HMMR) Antibody #55463抗體購(gòu)買(mǎi)自CST,siRNA-HMMR購(gòu)買(mǎi)自拓然生物。
1.4實(shí)驗(yàn)方法
1.4.1細(xì)胞轉(zhuǎn)染 將HepG2細(xì)胞鋪板(Hep G2人肝癌細(xì)胞,購(gòu)自中國(guó)科學(xué)院細(xì)胞庫(kù),目錄號(hào):TCHu72),待其細(xì)胞密度約80%時(shí)進(jìn)行轉(zhuǎn)染。在250 μL Opti-MEM培養(yǎng)基中分別加入5 μL siRNA-HMMR和5 μL Lipofectamine2000轉(zhuǎn)染試劑混勻,將混有siRNA的Opti-MEM滴入轉(zhuǎn)染試劑中,靜置20 min后,滴入細(xì)胞上清中,4~6 h后換含有FBS的DMEM培養(yǎng)基,48~72 h后檢測(cè)沉默效率。沉默序列1:TGC TTC AGC TAG AAA AGT T,沉默序列2:TGG ATG AGC TTG ATA AAT T。
1.4.2實(shí)時(shí)熒光定量PCR 用天根RNA抽提試劑盒提取細(xì)胞RNA,將抽提的RNA用反轉(zhuǎn)錄試劑盒反轉(zhuǎn)錄成cDNA,利用Biotool公司的SYBR Green試劑盒檢測(cè)HMMR基因的mRNA表達(dá)水平。引物序列為HMMR上游引物:5′-ATG ATG GCT AAG CAA GAA GGC-3′,下游引物:5′-TTT CCC TTG AGA CTC TTC GAG A-3′,內(nèi)參GAPDH上游引物:5′-CTA CAA TGA GCT GCG TGT GG-3′,下游引物5′-CTA CAA TGA GCT GCG TGT GG-3′。采用兩步法擴(kuò)增程序:95 ℃,30 s,1個(gè)循環(huán);95 ℃,15 s,60 ℃,1 min,40個(gè)循環(huán);95 ℃,15 s,60 ℃,1 min,95 ℃,15 s,1個(gè)循環(huán)。實(shí)時(shí)熒光定量PCR結(jié)果根據(jù)公式2-ΔCt計(jì)算得到目的基因HMMR相對(duì)于內(nèi)參基因GAPDH的相對(duì)表達(dá)量。
1.4.3細(xì)胞增殖 將轉(zhuǎn)染siRNA-HMMR與對(duì)照組細(xì)胞分別種到6孔板中,每個(gè)細(xì)胞種4個(gè)復(fù)孔,分別在第3天和第5天將細(xì)胞消化下來(lái),進(jìn)行細(xì)胞計(jì)數(shù),根據(jù)細(xì)胞數(shù)目畫(huà)折線圖。細(xì)胞增殖實(shí)驗(yàn)根據(jù)不同時(shí)間消化得到的細(xì)胞數(shù)目表示細(xì)胞生長(zhǎng)的快慢,該結(jié)果通過(guò)折線圖表示并計(jì)算統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。
1.4.4平板克隆 將轉(zhuǎn)染48 h后的siRNA-HMMR細(xì)胞與對(duì)照組細(xì)胞分別種到6孔板中,每孔1×104細(xì)胞,待細(xì)胞生長(zhǎng)5 d后,用PBS沖洗3次,加入1 mL結(jié)晶紫染液,搖床染色15 min,用清水沖洗干凈,待其晾干后拍照。
1.4.5蛋白免疫印跡(Western blot) 用RIPA裂解液將細(xì)胞裂解,收取蛋白,加入2×SDS裂解蛋白后,取20 μg蛋白加入上樣緩沖液混勻后100 ℃煮5 min;配置SDS-PAGE膠,60 V,30 min;120 V,60 min進(jìn)行電泳跑膠;100 V,90 min轉(zhuǎn)膜;5% 封閉1 h后加入一抗4 ℃孵育過(guò)夜;加入相應(yīng)二抗室溫孵育1 h后曝光。結(jié)果通過(guò)ImageJ軟件的灰度定量進(jìn)行相對(duì)定量。
1.4.6組織化學(xué)及其打分 在THPA數(shù)據(jù)庫(kù)中下載肝癌患者組織HMMR染色芯片結(jié)果及癌旁組織的染色結(jié)果,通過(guò)免疫組化打分,進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。打分方法:陽(yáng)性百分比×染色強(qiáng)弱。陽(yáng)性百分比的評(píng)判標(biāo)準(zhǔn):0分,<5%;1分,5%~25%;2分,25%~50%;3分,50%~75%;4分,>75%。染色強(qiáng)弱的評(píng)判標(biāo)準(zhǔn):0分,無(wú)、 1分,弱、2分,中等強(qiáng)度、3分,強(qiáng)??偡执笥诘扔?分認(rèn)為表達(dá)陽(yáng)性。
1.5統(tǒng)計(jì)學(xué)處理 本研究采用GraphPad Prism 5進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)做圖及分析,兩組間的差異比較采用配對(duì)樣本t檢驗(yàn)或獨(dú)立樣本t檢驗(yàn),P<0.05表示差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,采用Kaplan-Meier曲線及l(fā)og-rank檢驗(yàn)分析HMMR表達(dá)與肝癌患者預(yù)后間的關(guān)系。
2.1HMMR基因在原發(fā)性肝癌患者中高表達(dá) 將107例肝癌患者,包括70例肝癌組織和37例癌旁組織的臨床信息及mRNA基因表達(dá)信息進(jìn)行生物信息學(xué)分析,根據(jù)篩選規(guī)則(P<0.05,差異倍數(shù)>2)得到肝癌組織中相比較于癌旁組織差異表達(dá)的基因,見(jiàn)表1、2;對(duì)表達(dá)差異最明顯的前10個(gè)基因在肝癌發(fā)生發(fā)展中的功能進(jìn)行在線檢索,發(fā)現(xiàn)HMMR在肝癌中的作用研究較少。
表1 肝癌/癌旁組織表達(dá)上調(diào)的基因
注:只顯示差異最大的10個(gè)基因。
表2 肝癌/癌旁組織表達(dá)下調(diào)的基因
注:只顯示差異最大的10個(gè)基因。
2.2HMMR促進(jìn)肝癌細(xì)胞的增殖 臨床大數(shù)據(jù)分析表明HMMR在原發(fā)性肝癌患者中表達(dá)明顯增高。對(duì)THPA數(shù)據(jù)庫(kù)中HMMR在原發(fā)性肝癌及癌旁組織中的組織化學(xué)染色,包括8例原發(fā)性肝癌患者和6例癌旁組織進(jìn)行打分,結(jié)果表明HMMR在原發(fā)性肝癌組織中的表達(dá)(IHC打分:1.39分)明顯高于癌旁組織(IHC打分:0.48分),差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(t=2.953,P=0.012 1),見(jiàn)圖1。
注:A、B為肝癌組織;C、D為癌旁組織。
圖1 HMMR在原發(fā)性肝癌組織中相對(duì)于癌旁組織的表達(dá)
為了進(jìn)一步明確HMMR在原發(fā)性肝癌中的生物學(xué)功能。利用小干擾RNA將肝癌細(xì)胞系HepG2中的HMMR基因表達(dá)沉默,分別在蛋白水平和mRNA水平檢測(cè)其敲低效率。Western Blot實(shí)驗(yàn)表明,沉默序列1與序列2均能有效敲低HMMR在HepG2細(xì)胞中的表達(dá)見(jiàn)圖2;實(shí)時(shí)熒光定量PCR結(jié)果(對(duì)照:1,敲低1:0.12,敲低2:0.43)與Western Blot結(jié)果一致(對(duì)照:1,敲低1:0.08,敲低2:0.19),差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(t=13.2,P=0.000 2;t=8.668,P=0.001 0)。
圖2 蛋白免疫印跡實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證HepG2中HMMR敲低效率
除此之外,平板克隆增殖實(shí)驗(yàn)表明敲低HMMR表達(dá)的HepG2細(xì)胞的增殖能力明顯減弱(圖3);為了對(duì)該結(jié)果做進(jìn)一步量化,分別在第3天和第5天將細(xì)胞消化下來(lái)進(jìn)行細(xì)胞計(jì)數(shù)。通過(guò)統(tǒng)計(jì)分析發(fā)現(xiàn),在第5天時(shí),敲低HMMR基因表達(dá)的HepG2細(xì)胞數(shù)量(敲低1:1.5×106,敲低2:1.0×106)明顯低于對(duì)照細(xì)胞(4.5×106),差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(t=22.3,P=0.004 3;t=16.63,P=8×10-5)。
注:A表示對(duì)照;B表示敲低1;C表示敲低2。
圖3平板克隆實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證HMMR促進(jìn)HepG2增殖
2.3肝癌組織中高表達(dá)的HMMR與患者預(yù)后的關(guān)系 Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)集(http://kmplot.com/analysis)分析了364例肝癌患者的mRNA表達(dá)以及預(yù)后信息[7],利用該數(shù)據(jù)集分析了HMMR在肝癌患者中的預(yù)后信息。結(jié)果表明高表達(dá)HMMR的128例肝癌患者的OS明顯差于低表達(dá)HMMR的236例肝癌患者[風(fēng)險(xiǎn)比(HR)=2.29(1.62~3.24),P=1.3×10-6)],見(jiàn)圖4A;除此之外,高表達(dá)HMMR的110例肝癌患者的RFS同樣比低表達(dá)HMMR的206例肝癌患者差[HR=1.99(1.42~2.78),P=3.5×10-5],見(jiàn)圖4B。
通過(guò)分析性別在不同表達(dá)HMMR的肝癌患者中對(duì)預(yù)后的影響,發(fā)現(xiàn)不同性別對(duì)不同表達(dá)HMMR的肝癌患者的預(yù)后生存率比較,差異無(wú)統(tǒng)計(jì)意義(P>0.05)。男性O(shè)S高表達(dá)HMMR:86例,低表達(dá)HMMR:160例,HR=2.53(1.63~3.94),P=2.1×10-5;女性O(shè)S高表達(dá)HMMR:40例,低表達(dá)HMMR:78例,HR=2.2(1.25~3.85),P=0.004 8;男性RFS高表達(dá)HMMR:75例,低表達(dá)HMMR:135例,HR=2.1(1.40~3.14),P=2.2×10-4;女性RFS高表達(dá)HMMR:28例,低表達(dá)HMMR:78例,HR=1.91(1.02~3.58),P=0.040 0,見(jiàn)圖5,該結(jié)果表明高表達(dá)HMMR的男性和女性的肝癌患者的預(yù)后明顯差于低表達(dá)HMMR的肝癌患者。
注:A 表示肝癌患者中HMMR表達(dá)越高OS越差;B 表示肝癌患者中HMMR表達(dá)越高,RFS生存率越差。
圖4 HMMR高表達(dá)與肝癌患者不良預(yù)后有關(guān)
注:A 表示肝癌男性患者中HMMR表達(dá)與OS的相關(guān)性;B 表示肝癌女性患者中HMMR表達(dá)與OS的相關(guān)性;C 表示肝癌男性患者中HMMR表達(dá)與RFS的相關(guān)性;D 表示肝癌女性患者中HMMR表達(dá)與RFS的相關(guān)性。
圖5 HMMR高表達(dá)與肝癌患者預(yù)后的關(guān)系與性別的關(guān)系
2.4HMMR在早期肝癌患者的臨床預(yù)后預(yù)測(cè)中具有潛在應(yīng)用價(jià)值 將肝癌患者根據(jù)腫瘤分期分為3組(1期與2期、2期與3期、3期與4期),通過(guò)分析不同分期肝癌患者中HMMR的表達(dá)高低對(duì)患者預(yù)后的影響,研究發(fā)現(xiàn)早期肝癌患者(1+2期)中高表達(dá)HMMR的肝癌患者(n=94)OS的預(yù)后明顯差于低表達(dá)HMMR的肝癌患者(n=174)[HR=2.74(1.68~4.47),P=2.4×10-5],隨著肝癌患者腫瘤分期的增加(3+4期),該差異逐漸變小[HR=2.77(1.23~6.25),P=0.011 0],見(jiàn)圖6。RFS高腫瘤分期的肝癌患者(3+4期)中,高表達(dá)HMMR的肝癌患者(n=40)與低表達(dá)HMMR的肝癌患者(n=30)的RFS比較,差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義[HR=1.79(0.95~3.37),P=0.070 0],見(jiàn)圖6。該結(jié)果表明,HMMR能夠預(yù)測(cè)早期肝癌患者的臨床預(yù)后,對(duì)早期肝癌患者的后續(xù)治療與監(jiān)測(cè)具有重要意義。
注:A表示 HMMR表達(dá)與肝癌腫瘤分期(1+2期)對(duì)肝癌患者OS的影響;B表示 HMMR表達(dá)與肝癌腫瘤分期(2+3期)對(duì)肝癌患者OS的影響;C表示 HMMR表達(dá)與肝癌腫瘤分期(3+4期)對(duì)肝癌患者OS的影響;D表示HMMR表達(dá)與肝癌腫瘤分期(1+2期)對(duì)肝癌患者RFS的影響;E 表示HMMR表達(dá)與肝癌腫瘤分期(2+3期)對(duì)肝癌患者RFS的影響;F表示 HMMR表達(dá)與肝癌腫瘤分期(3+4期)對(duì)肝癌患者RFS的影響。
圖6 HMMR在早期肝癌患者的臨床預(yù)后預(yù)測(cè)中具有潛在應(yīng)用價(jià)值
肝癌病情發(fā)展迅速,近年來(lái)其發(fā)生率和病死率不斷攀升。由于缺乏有效的早期診斷標(biāo)志物和治療靶點(diǎn),許多患者往往不能早期發(fā)現(xiàn)和有效治療,2/3的肝癌患者確診時(shí)已處于中晚期[8]。目前大部分肝癌研究都集中在中晚期階段,而對(duì)肝癌早期的情況知之甚少。因此,尋找肝癌早期特異性的診斷標(biāo)志物和治療靶點(diǎn)顯得十分迫切。
HMMR在多種腫瘤的發(fā)生發(fā)展中具有重要作用。HMMR在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的發(fā)生發(fā)展中高表達(dá),能夠促進(jìn)膠質(zhì)干細(xì)胞的自我更新和腫瘤生長(zhǎng),在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中發(fā)揮重要作用,有望作為潛在的治療靶點(diǎn)[9]。除此之外,大數(shù)據(jù)分析結(jié)果表明該分子在乳腺癌中能夠發(fā)生單核苷酸位點(diǎn)的突變,該分子的突變位點(diǎn)的檢測(cè)可作為乳腺癌診斷的新型分子標(biāo)志物[10]。HMMR除了在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中具有重要作用,其在細(xì)胞轉(zhuǎn)移中同樣具有重要作用,尤其參與心臟再生過(guò)程[11]。HMMR在PLK1介導(dǎo)的細(xì)胞周期中具有重要作用,促進(jìn)神經(jīng)阻滯發(fā)育[12]。有意思的是,調(diào)控HMMR的lncRNA在神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞瘤中能夠減弱HMMR表達(dá),抑制細(xì)胞遷移和侵襲能力,同樣為神經(jīng)膠質(zhì)瘤的治療提供了潛在靶點(diǎn)[13]。盡管HMMR在多種腫瘤發(fā)生發(fā)展及細(xì)胞侵襲中具有重要作用,但是,HMMR在肝癌中的作用研究較少。盡管在該文章中發(fā)現(xiàn)HMMR能夠促進(jìn)肝癌細(xì)胞增殖且與早期預(yù)后相關(guān),但是具體調(diào)控HMMR的分子機(jī)制未知,相關(guān)機(jī)制的研究正是今后探索的一個(gè)方向。
目前,肝癌篩查的腫瘤標(biāo)志物層出不窮,從最經(jīng)典的甲胎蛋白(AFP)到現(xiàn)在走向臨床的甲胎蛋白異質(zhì)體(AFP-L3)和異常凝血酶原(PIVKA-Ⅱ),均表現(xiàn)出了其在臨床應(yīng)用中的價(jià)值。研究表明,目前臨床所使用的肝癌篩查及監(jiān)測(cè)的腫瘤標(biāo)志物只在某種類型腫瘤或者條件下適用,并不能篩查出所有的肝癌患者,盡管該文中從分子生物學(xué)及臨床預(yù)后方面闡明了HMMR有望作為肝癌早期診斷和預(yù)后判斷的分子標(biāo)志物,但是HMMR與現(xiàn)有標(biāo)志物如AFP、AFP-L3、PIVKA -Ⅱ比較并沒(méi)有涉及,是否有協(xié)同作用或互補(bǔ)作用,這都是后續(xù)研究的一個(gè)重要方向。
HMMR在原發(fā)性肝癌中表達(dá)明顯增加,能夠促進(jìn)肝癌細(xì)胞的增殖;臨床病例大數(shù)據(jù)表明,高表達(dá)HMMR的肝癌患者的預(yù)后明顯比低表達(dá)HMMR的肝癌患者的預(yù)后差,揭示HMMR在早期肝癌患者的臨床預(yù)后預(yù)測(cè)中具有潛在的應(yīng)用價(jià)值。