師 聰 顏小梅 韋朝領(lǐng)
(1徐州工程學院,食品(生物)工程學院,江蘇 徐州 221018;2安徽農(nóng)業(yè)大學茶樹生物學與資源利用國家重點實驗室,安徽 合肥 230036)
褪黑素(melatonin,MT)是大腦里“松果體腺”分泌的一種荷爾蒙,是生命必需的吲哚胺類物質(zhì)[1-2]。褪黑素存在于各種植物中,具有很強的抗氧化性,可以大量清除活性氧和活性氮,同時它還起著信號分子的作用[3-5],誘導或抑制與信號傳導[6]、細胞生長[7]、衰老[8]和葉綠素降解[9]相關(guān)的基因表達,進而影響植物生理功能。此外,褪黑素可通過提高防御相關(guān)酶的活性來提高植物的抗病性[10]。由于褪黑素的生理功能,植物已經(jīng)形成了與褪黑素合成相關(guān)的復(fù)雜系統(tǒng)來響應(yīng)各種環(huán)境刺激,如溫度[11-12]、水脅迫[11-13]、光照強度[2,14]以及內(nèi)源性信號分子乙烯和脫落酸[15]。
在高等植物中,色氨酸經(jīng)過4種酶碳化形成褪黑素。隨著研究的深入,催化合成褪黑素途徑相關(guān)編碼酶的基因相繼被克隆[15-17]。其中,5-羥色胺-N-乙酰轉(zhuǎn)移酶(N-acetylserotonin methyltransferase,SNAT)是褪黑素的合成途徑的關(guān)鍵限速酶,其可以催化5-羥色胺生成N-乙酰基-5-羥色胺(N-acetylserotonin);N-乙?;?5-羥色胺是褪黑素合成的前體物質(zhì),當其轉(zhuǎn)化成褪黑素急劇減少時,SNAT 催化反應(yīng)是最關(guān)鍵的調(diào)控步驟[18-19]。
在植物生長過程中,高溫、低溫、干旱和鹽漬等會限制植物生長發(fā)育和影響產(chǎn)量品質(zhì)[20-22]。茶樹(Camellia sinensis)作為我國重要的經(jīng)濟作物,其在生長發(fā)育的過程中往往會遭受蟲害等生物脅迫,以及低溫、干旱等非生物脅迫,嚴重影響茶葉產(chǎn)量和品質(zhì)。SNAT基因在植物抗逆等生理活動中具有重要的作用,其抗逆的分子機制將為茶樹抗逆分子育種提供理論依據(jù)。本研究以茶樹為材料,克隆了CsSNAT全長序列,并進行序列特征、組織表達特異性分析及蛋白誘導表達,以期為深入解析該基因功能奠定一定的理論基礎(chǔ)。
以安徽舒城德昌2年生扦插苗盆栽為材料,品種為國家無性系良種舒茶早。茶尺蠖幼蟲采自安徽潛山茶場。選取長勢相對一致、健康、無病蟲害的舒茶早茶苗,分 別用100 μmol·L-1褪黑素(melatonin)、1 mmol·L-1水楊酸(salicylic acid,SA)、100 μmol·L-1脫落酸(abscisic acid,ABA)、1 mmol·L-1茉莉酸甲酯(含0.05% Tween-20,methyl jasmonate,MeJA)對葉片進行相同程度的均勻噴施,以清水處理的葉片為對照。取2~3 齡茶尺蠖幼蟲放于茶苗葉片上,每株放10 頭,待約1/3 葉片被取食后,將幼蟲移走,以未取食的葉片為對照。每個處理做3個生物學重復(fù)。處理3、6、9、12、24 h 后采集相同葉位的幼嫩葉片,并立即置于液氮中,放入-80℃超低溫冰箱內(nèi)儲存?zhèn)溆谩?/p>
按照RNAprep pure Plant Kit 提取試劑盒說明書[天根生化科技(北京)有限公司],以葉片為材料提取總RNA,用ND-2000 核酸蛋白測定儀(美國Thermo Fisher 公司)檢測總RNA 樣品的濃度,DYC-31DN 電泳儀(北京六一生物科技有限公司)檢測總RNA的完整性。按照PrimeScriptTMReverse Transcriptase Kit 試劑盒(大連TaKaRa 公司)說明書以總RNA為模板反轉(zhuǎn)錄成cDNA。
利用Primer Premier 5 軟件分別設(shè)計3′-RACE和5′-RACE 引物(表1),以反轉(zhuǎn)錄的cDNA為模板,參照SMARTTMRACE (美國Clontech 公司)試劑盒說明書進行操作。PCR 產(chǎn)物用1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測,膠回收目的條帶并克隆,交由通用生物系統(tǒng)(安徽)有限公司測序。測序結(jié)果利用Editseq 軟件進行拼接,根據(jù)拼接序列設(shè)計全長驗證引物(表1)。PCR 反應(yīng)程序:94℃預(yù)變性3 min,94℃變性30 s,58℃退火30 s,72℃反應(yīng)60 s,72℃延伸10 min,30個循環(huán)。膠回收目的條帶、克隆、測序。
蛋白的分子量和等電點利用ProtParam tool 網(wǎng)站計算。利用TMHMM2.0 預(yù)測蛋白的跨膜結(jié)構(gòu),SignalP4.1 預(yù)測蛋白的信號肽,Scratch protein Predictor 預(yù)測蛋白質(zhì)的二硫鍵及二級結(jié)構(gòu)。使用SWISS-MODEL 同源建模CsSNAT 蛋白的三級結(jié)構(gòu),用NCBI 網(wǎng)站中的BLASTP 在線分析軟件和DNAMAN 軟件進行序列比對分析。采用MEGA6.0 軟件構(gòu)建系統(tǒng)蛋白進化樹。
根據(jù)CsSNAT完整開放閱讀框和pMal-c2X 載體,利用Primer Premier 5 設(shè)計帶有BamHI和SalⅠ酶切位點的上下游引物(表1),參照TransStart FastPfuDNA Polymerase 試劑盒說明書擴增完整開放閱讀框(open reading frame,ORF),擴增產(chǎn)物純化回收。用BamHI和SalⅠ分別酶切純化產(chǎn)物和pMal-c2X 載體,將雙酶切后的產(chǎn)物純化回收后,用T4 DNA 連接酶16℃連接過夜,連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化至BL21(DE3)感受態(tài)細胞。通過菌落PCR 鑒定陽性菌落,用質(zhì)粒小提試劑盒提取質(zhì)粒,用BamHI和SalⅠ雙酶切驗證,然后挑取陽性菌落進行測序驗證。
參考文獻[23]的方法。挑取測序驗證正確的單克隆菌落接種于LB 培養(yǎng)基,37℃培養(yǎng)過夜,然后擴大培養(yǎng)至OD600為0.6 左右。取1 mL 菌液至1.5 mL 離心管中,10 000 r·min-1離心收集菌株。向剩余的菌液中加入50 μL 1 mol·L-1異丙基-β-D-硫代半乳糖苷(isopropyl-β-D-thiogala-ctoside,IPTG),25℃誘導表達3 h,然后取出1 mL 菌液備用,并將最后剩余的誘導菌液于10 000 r·min-1條件下離心15 min,棄上清液。向沉淀中加入4 mL 1×PBS,用移液器充分吹打混勻,在超聲功率200 W條件下破碎處理15 min。用十二烷基硫酸鈉聚丙烯酰胺凝膠電泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)檢測蛋白表達情況,對照組為空載體pMal-c2X。
誘導溫度的優(yōu)化:培養(yǎng)重組子,按照上述操作,誘導條件為0.5 mmol·L-1IPTG,分別在16、28、37℃下誘導6 h 后取樣,用蛋白膠檢測蛋白的表達情況。
IPTG 濃度的優(yōu)化:培養(yǎng)重組子,按照上述操作,誘導條件分別為0.25、0.50、1.00、2.00 mmol·L-1IPTG,在28℃下誘導6 h 后取樣,用蛋白膠檢測蛋白的表達情況。
誘導時間的優(yōu)化:培養(yǎng)重組子,按照上述操作,誘導條件為0.5 mmol·L-1IPTG,28℃條件下分別誘導4、6、8 h 后取樣,并用蛋白膠檢測蛋白的表達情況。
選用麥芽糖結(jié)合蛋白(maltose-binding protein,MBP)標簽融合蛋白進行目的蛋白純化,填料用直鏈淀粉樹脂(Amylose Resin)。吸取2 mL 填料放入柱子中,菌液經(jīng)破碎離心后,過濾上清液,然后把上清液加入填有填料的柱中,利用液體的重力使上清液緩慢流過樹脂,帶有MBP 標簽的融合蛋白會結(jié)合在樹脂上,用柱緩沖液(Column Buffer)洗脫未結(jié)合蛋白,用麥芽糖Column Buffer 把目的蛋白洗出,經(jīng)過超濾濃縮后,用蛋白膠檢測蛋白純化的效果。
實時熒光定量PCR 分析不同處理后CsSNAT的表達特征。提取不同時間點處理樣品的總RNA,參照大連TaKaRa 公司SYBR? PrimeScriptTMRT-PCRKit 說明書,反轉(zhuǎn)錄成RT-qPCR 模板。用Primer Premier 5 軟件設(shè)計基因RT-qPCR的引物(表1)。經(jīng)引物特異性和擴增效率驗證后,以茶樹GAPDH為內(nèi)參基因,參照SYBR? Premix Ex TaqTMⅡ試劑盒(大連TaKaRa 公司)說明書操作,基因相對表達水平采用2-ΔΔCt法[24]計算。
表1 引物序列Table1 Primer sequences
根據(jù)篩選的CsSNAT的EST 序列,以茶樹葉片cDNA為模板,采用RACE 技術(shù)進行非嵌套和嵌套擴增,最終獲得3′末端序列長度為542 bp(圖1-A),5′末端序列長度為650 bp(圖1-B)。對分別獲得的CsSNAT3′端和5′端進行全長拼接,用設(shè)計的全長引物進行cDNA 全長的特異性擴增,通過克隆測序獲得CsSNAT全長為1 014 bp(圖1-C)。
圖1 CsSNAT 全長克隆的擴增產(chǎn)物瓊脂糖電泳Fig.1 Agarose gel electrophoresis of the CsSNAT full-length products
根據(jù)測序正確的CsSNAT基因全長序列進行生物信息學分析,CsSNAT基因全長序列包含742 bp ORF,編碼247個氨基酸,分子量為27.36 kDa,等電點為7.64。CsSNAT的蛋白序列N 端未發(fā)現(xiàn)信號肽結(jié)構(gòu),且未發(fā)現(xiàn)跨膜結(jié)構(gòu),不屬于跨膜蛋白。Scratch protein Predictor 預(yù)測顯示,CsSNAT 存在3個二硫鍵,預(yù)測蛋白的二級結(jié)構(gòu)表明,CsSNAT 中α-螺旋(H)、β-折疊(E)和無規(guī)卷曲(L)的比例為23.89∶22.67∶53.44。CsSNAT 蛋白三級結(jié)構(gòu)預(yù)測表明,無規(guī)則卷曲是該蛋白結(jié)構(gòu)的主要結(jié)構(gòu)組成部分(圖2)。
利用軟件MEGA6.0 中的N-J 方法構(gòu)建系統(tǒng)進化樹。由圖3可知,SNAT 大致可以分為兩大類,其中,CsSNAT與VvSNAT(CBI31163)同源性最高,達到了66.19%,與經(jīng)過功能驗證的AtSNAT(At1g32070)、OsSNAT(Os05g0481000)和PtSNAT(XM_002323058)相似度分別為5 4.3 2%、5 5.0 4%和6 4.0 3%。對CsSNAT 氨基酸序列進行多重序列比對分析(圖4),發(fā)現(xiàn)這些不同種類的CsSNAT 蛋白都具有乙酰輔酶A的保守結(jié)構(gòu)域。
圖2 CsSNAT 蛋白三級結(jié)構(gòu)預(yù)測Fig.2 Tertiary structure prediction of CsSNAT protein
圖3 CsSNAT 蛋白與不同種類的SNAT 蛋白的系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.3 Phylogenetic trees of CsSNAT proteins and different kinds of SNAT proteins
用帶有BamHI和SalⅠ酶切位點的上下游引物對CsSNAT的ORF 進行擴增,得到一條約為740 bp的條帶,將膠回收產(chǎn)物和pMal-c2X 分別用BamHI和SalⅠ進行雙酶切,用T4 DNA 連接酶16℃連接過夜,構(gòu)建原核表達pMal-c2X/CsSNAT質(zhì)粒,然后轉(zhuǎn)化到BL21(DE3)感受態(tài)細胞,對單克隆菌落進行PCR,篩選獲得陽性菌,提取質(zhì)粒后用BamHI和SalⅠ雙酶切鑒定。由圖5可知,重組質(zhì)粒經(jīng)酶切后得到了2條帶,其中一條在740 bp 左右,經(jīng)測序驗證與CsSNAT完全一致,表明表達質(zhì)粒構(gòu)建成功。
將質(zhì)粒 pMal-c2X/CsSNAT轉(zhuǎn)化至大腸桿菌Rosetta(DE3) pLysS 后,對CsSNAT進行蛋白表達條件優(yōu)化,試驗結(jié)果表明,CsSNAT 蛋白以可溶蛋白和包涵體蛋白2種形式同時存在,最佳誘導條件為溫度28℃,IPTG 濃度0.5 mmol·L-1,誘導時間6 h(圖6)。在此條件下誘導表達時,可溶性蛋白達到最大量(圖7-A)。由SDS-PAGE 結(jié)果可知,在分子質(zhì)量約為66 kDa 處有明顯的新增蛋白帶,而空載體對照在此處無表達條帶。此外,因為表達載體中含有重組麥芽糖結(jié)合蛋白,所以表達的分子量較預(yù)測大。
圖4 CsSNAT 與其他植物的SNAT 序列比對分析Fig.4 Alignment of amino acid sequences of CsSNAT and other plant SNAT
圖5 重組質(zhì)粒雙酶切驗證的瓊脂糖凝膠電泳檢測Fig.5 Agarose gel electrophoresis of analysis of recombinant plasmid digested with double enzymes
基于誘導表達的CsSNAT 重組蛋白為帶有麥芽糖標簽的融合蛋白,利用親和柱中的直鏈淀粉樹脂可以與上樣液中的目的蛋白特異性結(jié)合,通過親和層析純化和濃縮樣品。由圖7-B可知,純化的目的蛋白條帶清晰且無雜帶。
采用RT-qPCR 對CsSNAT基因在茶尺蠖取食、褪黑素、SA、ABA和MeJA 處理后的表達進行檢測。由圖8可知,茶樹經(jīng)100 μmol·L-1ABA 處理后,CsSNAT在6、9和12 h 均為上調(diào)表達,其中12 h 顯著上調(diào),約為CK的1.4倍(圖8-A);茶樹經(jīng)1 mmol·L-1MeJA 處理后,CsSNAT基因在處理9 h時顯著上調(diào)表達,約是CK的2倍,在其他時間點均為下調(diào)表達(圖8-B);茶樹經(jīng)1 mmol·L-1SA 處理后,CsSNAT在各個時間點均為下調(diào)表達(圖8-C)。在茶尺蠖取食后,CsSNAT經(jīng)誘導6和9 h時顯著上調(diào),分別約為CK的1.5和1.3倍(圖8-D);在100 μmol·L-1褪黑素處理后,CsSNAT在處理3 h 內(nèi)下調(diào),6、9和12 h時顯著上調(diào)表達,6 h時表達量最高,約是CK的3倍(圖8-E)。不同處理下CsSNAT基因表達量均有不同程度變化,說明CsSNAT基因可能參與生物脅迫和非生物脅迫應(yīng)答反應(yīng)。
褪黑素作為植物中有效的內(nèi)源性自由基清除劑,通過參與多胺等物質(zhì)的合成,或調(diào)節(jié)抗氧化系統(tǒng)酶的基因轉(zhuǎn)錄水平,扮演著植物中第一道防線的角色[25],來防止生物脅迫和非生物脅迫對植物的傷害。本研究克隆了褪黑素合成途徑的關(guān)鍵限速酶基因CsSNAT,該基因全長1 014 bp,編碼247個氨基酸,無信號肽和跨膜結(jié)構(gòu),但具有乙酰輔酶A的保守結(jié)構(gòu)域。
圖6 不同IPTG 濃度、溫度和時間誘導下CsSNAT的SDS-PAGE 分析Fig.6 SDS-PAGE analysis of the CsSNAT with different induction concentration of IPTG、temperature and treatment time
圖7 CsSNAT 誘導表達和純化的SDS-PAGE 分析Fig.7 SDS-PAGE analysis of the CsSNAT expressed and purified
圖8 不同激素處理后CsSNAT基因相對表達量的RT-qPCR 分析Fig.8 RT-qPCR analysis of CsSNAT genes relative expression levels in Camillia sinesis treated with different hormones
大腸桿菌表達系統(tǒng)是技術(shù)最成熟、開發(fā)最早的外源蛋白原核表達系統(tǒng)[26]。質(zhì)粒載體pMal-c2X是一種高效原核表達載體,其含有麥芽糖結(jié)合蛋白(MBP)的大腸桿菌MalE基因。MBP 融合標簽在可溶性蛋白表達上具有明顯的優(yōu)勢,它能夠引導重組蛋白的正確折疊,在一定程度上增加所表達蛋白的可溶性。此外,利用麥芽糖與MBP的特異性結(jié)合的特點,可采用親合層析的方法分離和純化融合蛋白。本研究構(gòu)建了pMalc2X/CsSNAT質(zhì)粒,并轉(zhuǎn)化到大腸桿菌BL21(DE3)表達菌株中,經(jīng)IPTG 誘導發(fā)現(xiàn),CsSNAT 蛋白以可溶蛋白和包涵體蛋白2種形式同時存在。為了獲取大量可溶性蛋白,本研究探索了不同誘導時間、不同IPTG 濃度和不同誘導溫度對融合蛋白的表達的影響,結(jié)果顯示,在28℃、0.5 mmol·L-1IPTG、6 h條件下誘導表達時,CsSNAT的可溶性蛋白達到最大量。因表達的融合蛋白攜帶MBP的融合標簽,本研究利用直鏈淀粉樹脂與目的蛋白特異性結(jié)合,通過親和層析提純目的蛋白。由SDS-PAGE 結(jié)果可知,純化的目的蛋白條帶清晰且無雜帶,為CsSNAT 蛋白的功能研究奠定了一定的基礎(chǔ)。
本研究檢測了CsSNAT基因在茶尺蠖取食、褪黑素、SA、ABA和MeJA 處理后的表達模式,證實該基因與茶樹的逆境響應(yīng)密切相關(guān)。外源激素的噴施對植物生長也具有重要的調(diào)控作用,SA、ABA和MeJA 刺激能夠快速誘導植物響應(yīng)。本研究結(jié)果表明,ABA和MeJA 分別在處理12 h和9 h 后,CsSNAT均顯著上調(diào)表達。但CsSNAT基因的表達在SA 處理過程中呈下調(diào)模式,表明該基因在SA 響應(yīng)中可能起負調(diào)控作用。結(jié)合SA、ABA和MeJA 三者都在植物的抗逆過程中發(fā)揮重要作用,推測CsSNAT可能與茶樹抗逆有關(guān)。本研究中,茶尺蠖取食6 h 后,CsSNAT基因發(fā)生了顯著變化,推測CsSNAT基因可能具有抗蟲作用。褪黑素是一種植物內(nèi)源激素[27],而外源激素與內(nèi)源激素具有協(xié)同與拮抗作用,噴施外源激素后內(nèi)源激素也發(fā)生了相應(yīng)的變化[28]。Arnao 等[29]發(fā)現(xiàn)外源褪黑素經(jīng)大麥根吸收后,也會誘導內(nèi)源褪黑素含量增加;Sun 等[30]用500 μmol·L-1褪黑素處理番茄后,番茄內(nèi)褪黑素含量約是對照的31倍。外源褪黑素處理后CsSNAT能夠快速誘導表達,從而加快褪黑素前體物質(zhì)的合成。CsSNAT基因在植物抗逆、抗蟲過程中是否發(fā)揮作用,尚需要通過遺傳轉(zhuǎn)化等手段進行驗證。
本研究從茶樹中克隆了一條CsSNAT基因的cDNA 全長序列,該基因編碼247個氨基酸,分子量為27.36 kDa。多序列比對分析表明,茶樹CsSNAT 在結(jié)構(gòu)和同源性方面與其他植物存在著一定的差異,但不同種類的CsSNAT 蛋白都具有乙酰輔酶A的保守結(jié)構(gòu)域;進化樹分析表明,茶樹CsSNAT 氨基酸序列在進化上與同為木本的葡萄和楊樹在同一分支上,說明它們在同源關(guān)系上最為接近。通過構(gòu)建pMal-c2X/CsSNAT質(zhì)粒,優(yōu)化蛋白表達條件,發(fā)現(xiàn)在溫度28℃、誘導劑0.5 mmol·L-1IPTG、誘導時間6 h條件下,可溶性蛋白達到最大量。RT-qPCR 分析表明,CsSNAT基因可能參與生物脅迫和非生物脅迫應(yīng)答反應(yīng)。本研究結(jié)果為進一步探究CsSNAT基因的生物學功能奠定了基礎(chǔ)。