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        高通量基因測序技術(shù)檢測早期流產(chǎn)絨毛染色體異常及相關(guān)因素分析

        2020-03-29 06:05:12許展程東凱于洪君李寶山劉雙

        許展,程東凱,于洪君,李寶山,劉雙

        (沈陽東方菁華醫(yī)院有限公司,遼寧 沈陽)

        0 引言

        妊娠早期流產(chǎn)是通過輔助生殖治療(ART)懷孕最常見的并發(fā)癥,胚胎染色體異常約占這些損失的50%[1]。據(jù)報(bào)道,與自然受孕相比,ART所用的技術(shù)可能會增加懷孕產(chǎn)生染色體異常的風(fēng)險(xiǎn),并導(dǎo)致早期妊娠損失[2]。G顯帶核型分析是染色體分析的傳統(tǒng)方法,對探討自然流產(chǎn)的原因具有重要意義。然而,G顯帶的核型分析受到染色體準(zhǔn)備不良、培養(yǎng)失敗和母體細(xì)胞污染的等因素的限制。分子核型方法,如多重?zé)晒庠浑s交(mFISH),多重連接依賴探針擴(kuò)增(MLPA),定量實(shí)時(shí)聚合酶鏈反應(yīng)(qPCR),克服了傳統(tǒng)細(xì)胞遺傳學(xué)技術(shù)固有的一些缺點(diǎn)[3,4]。然而,他們因其分辨率有限和/或整個(gè)基因組覆蓋范圍有限而受到質(zhì)疑。在本研究中,我們應(yīng)用高通量測序技術(shù)來檢測早期自發(fā)性流產(chǎn)的女性絨毛樣本,分析流產(chǎn)可能發(fā)生的原因,現(xiàn)報(bào)道如下。

        1 資料與方法

        1.1 樣本收集和DNA提取

        本研究經(jīng)沈陽東方菁華醫(yī)院機(jī)構(gòu)審查委員會批準(zhǔn)。在知情同意的情況下,收集了2015年1月至2018年12月189例自發(fā)性流產(chǎn)婦女的絨毛樣本(ART共166例,自然妊娠組共23例)。每個(gè)樣品在生理鹽水中漂洗三次。然后用DNA提取試劑盒提取10mg組織以提取基因組DNA(天根生化科技(北京)有限公司)。

        1.2 高通量測序技術(shù)進(jìn)行染色體拷貝數(shù)分析和驗(yàn)證

        使用Ion torrent PGM試劑盒(ThermoFisher,美國)將絨毛樣本基因組DNA剪切至250-300 bp片段。使用Ion Plus片段庫工具包(ThermoFisher,美國)構(gòu)建離子種子條形碼庫。使用IonPGM模板OT2 200試劑盒(美國ThermoFisher)用于模板擴(kuò)增和靶序列富集。使用Ion OneTouch ES(ThermoFisher,美國)回收離子球顆粒(ISP)并富集模板陽性ISPs。使用Ion PGM Sequencing 200 Kit v2(ThermoFisher,USA)在'318'測序芯片上進(jìn)行測序,共有500個(gè)核苷酸流,平均讀取長度為220-230 bp。10個(gè)DNA樣本匯集在一起,并在“318”芯片上標(biāo)記不同的條形碼。全基因組序列平均深度為~0.02×,平均讀數(shù)為~500k。主要測序BAM數(shù)據(jù)提交到Celloud cloud服務(wù)器(http://www.celloud.org/),該服務(wù)器由第三方公司(JBRH,中國)提供,用于分析染色體拷貝數(shù)變異(CNVs)。

        1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

        采用SPSS 13.0統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)采用χ2檢驗(yàn),當(dāng)1≤理論頻數(shù)<5,用校正χ2檢驗(yàn)比較P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 異常核型情況

        189例絨毛組織中染色體異常124例,正常65例,染色體異常率65.61%(124/189)。流產(chǎn)組織染色體非整倍性發(fā)生率為65.61%(124/189),其中三倍體占37.10%(46/124)。三倍體中發(fā)生頻次以16三體占比最高,可達(dá)23.91%(11/46)、其次是22三體占21.74%(10/46)以及Turner綜合征占8.70%(4/46)。見表1。

        表1 異常核型情況

        2.2 孕婦年齡與絨毛染色體異常發(fā)生率

        孕婦年齡大于35歲組染色體異常發(fā)生率明顯高于年齡小于35歲組,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。見表2。

        表2 孕婦年齡與染色體異常發(fā)生率

        2.3 初次自然流產(chǎn)和復(fù)發(fā)性流產(chǎn)絨毛染色體異常發(fā)生率比較

        既往有2次及2次以上自然流產(chǎn)病史的孕婦染色體異常68%(17/25)雖高于首次發(fā)生自然流產(chǎn)患者65.24%(107/164),但差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,P>0.05。見表3。

        表3 自然流產(chǎn)次數(shù)與染色體異常發(fā)生率

        2.4 自然妊娠和ART妊娠絨毛染色體異常發(fā)生率比較

        ART組與NC(自然妊娠)染色體異常率分別為64.46%(107/166)、73.91%(17/23),差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。見表4。

        表4 自然妊娠與ART妊娠絨毛染色體異常發(fā)生率

        2.5 孕周與絨毛染色體異常發(fā)生率

        孕周大于9周的患者染色體異常率73.24%(52/71)也略高于孕周小于9周的患者61.02(72/118),但差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。見表 5。

        表5 孕周與染色體異常發(fā)生率

        3 討論

        輔助生殖技術(shù)已成為許多不孕不育夫婦的重要治療手段和基本技術(shù)。雖然多個(gè)不孕不育治療中心ART妊娠率穩(wěn)定在40%左右,但帶回家的嬰兒率仍為20-30%,其中一個(gè)重要原因是早期自然流產(chǎn)率較高的[5]。妊娠早期流產(chǎn)在所有臨床診斷的妊娠中占10%-15%,其中胚胎染色體異常是自發(fā)性流產(chǎn)最常見的原因,約占60%。然而,ART術(shù)后患者的早期自然流產(chǎn)率在22%-63%之間。ART治療的失敗與許多因素有關(guān),遺傳缺陷尤其是胚胎染色體異常是導(dǎo)致妊娠早期自發(fā)性流產(chǎn)的主要原因之一[6]。

        妊娠產(chǎn)物的細(xì)胞遺傳學(xué)分析是探討自然流產(chǎn)原因的基礎(chǔ)。多重細(xì)胞遺傳學(xué)分析表明,在不同的人群中,妊娠早期流產(chǎn)的非整倍率在50%-80%之間[7]。細(xì)胞遺傳學(xué)的異常核型包括常染色體三體、性染色體單體、三倍體、雙三體、多倍體以及結(jié)構(gòu)重排。其中常染色體三體是最常見的染色體異常。

        常規(guī)g顯帶染色體分型是檢測染色體非整倍性和不平衡的金標(biāo)準(zhǔn)方法。但總體檢測失敗率約為20%,有時(shí)由于母體細(xì)胞相對于胎兒細(xì)胞過度生長而出現(xiàn)假陰性結(jié)果。最近,高通量測序技術(shù)被證實(shí)能夠可靠地檢測絨毛樣本中的CNVs[8]。Array CGH和NGS都是高通量的基因檢測平臺,對傳統(tǒng)的細(xì)胞遺傳學(xué)產(chǎn)生了革命性的影響[4,9]。本研究采用NGS方法檢測染色體拷貝數(shù)分析異常,對流產(chǎn)胚胎染色體異常檢出率65.24%。本研究分析了流產(chǎn)組織染色體非整倍性發(fā)生率,其中三倍體占37.10%,三倍體中發(fā)生頻次以16三體占比最高,可達(dá)23.91%。

        母體高齡、核型改變、多種輔助生殖技術(shù)(ART)失敗、多次流產(chǎn)、Mesa-Tese獲得精子等不良因素導(dǎo)致胚胎染色體異常風(fēng)險(xiǎn)增加[10]。在ART中,孕婦年齡可能被認(rèn)為是影響妊娠結(jié)局的最重要因素。對于不育夫婦,流產(chǎn)的風(fēng)險(xiǎn)和非整倍體率已知會隨著產(chǎn)婦年齡的增長而高度增加[11]。本研究結(jié)果指出孕婦年齡大于35歲組染色體異常發(fā)生率明顯高于年齡小于35歲組,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。盡管尚未完全理解年齡效應(yīng)的發(fā)病機(jī)理,但認(rèn)為它是由卵母細(xì)胞中第一減數(shù)分裂產(chǎn)生的錯(cuò)誤引起的[12]。隨著年齡的增長,女性的卵母細(xì)胞減數(shù)分裂錯(cuò)誤的發(fā)生率增加,這是由于卵子在排卵前被阻滯在第一減數(shù)分裂中的時(shí)間延長。而減數(shù)分裂紡錘體形態(tài)也被發(fā)現(xiàn)隨著母體年齡的增加而發(fā)生有害地改變。

        此外,本研究還發(fā)現(xiàn)流產(chǎn)次數(shù)對胚胎染色體異常無顯著影響,ART也并沒有增加胚胎染色體異常率。

        綜上,染色體異常是胚胎早期停止發(fā)育流產(chǎn)的重要原因,其中孕婦高齡可能使胚胎染色體異常發(fā)生的幾率增高,高齡人群應(yīng)更注重孕早期胎兒染色體檢查;與NC相比ART不會增加胚胎染色體異常的發(fā)生率。

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