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        基于公共數(shù)據(jù)庫資源探索Claudin家族基因表達(dá)在卵巢癌進(jìn)展中的價(jià)值

        2020-03-19 06:47:36傅志勤施亮景方圓周陳西諸一鳴聞強(qiáng)楊悅李培偉
        浙江醫(yī)學(xué) 2020年3期
        關(guān)鍵詞:水平研究

        傅志勤 施亮 景方圓 周陳西 諸一鳴 聞強(qiáng) 楊悅 李培偉

        卵巢癌是威脅婦女生命的第一“殺手”[1]。據(jù)2018年的報(bào)道統(tǒng)計(jì)全球每年有22萬患者死于卵巢癌,同時(shí),目前全球每年有23萬患者被診斷為卵巢癌,并有逐年增長的趨勢(shì)[2]。由于卵巢癌發(fā)病隱秘,約80%患者就診時(shí)腫瘤的病理分期處于中晚期,盡管手術(shù)技術(shù)及化療手段均不斷提升,仍無法突破卵巢癌5年生存率只有30%的窘境[3]。

        薈萃文獻(xiàn)發(fā)現(xiàn),卵巢癌細(xì)胞的高遷移、侵襲、抗凋亡能力均與患者的不良預(yù)后直接關(guān)聯(lián)[4-6]。研究表明,腫瘤細(xì)胞極性與其遷移、侵襲、抗凋亡的能力密切相關(guān)[7]。已有研究表明,密封蛋白(Claudin)是細(xì)胞維持極性的關(guān)鍵蛋白,Claudin的基因表達(dá)和定位經(jīng)常在腫瘤細(xì)胞中發(fā)生改變[8]。目前已有研究表明,不同Claudin家族成員的基因過表達(dá)可以分別導(dǎo)致肺癌[9]、乳腺癌[10]、胃癌[11]、大腸癌[12]等多種腫瘤的不良預(yù)后。

        目前已有研究報(bào)道,Claudin1、3、4的基因表達(dá)水平在卵巢癌正常組織及癌組織中的差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,因此有研究基于上訴背景推測(cè)Claudin家族可能也參與了卵巢癌發(fā)展進(jìn)程[13]。那么Claudin家族成員的基因表達(dá)水平是否與卵巢癌預(yù)后相關(guān)呢?因此,本研究擬通過分析公共數(shù)據(jù)庫資源初步探索Claudin家族基因表達(dá)水平與其在卵巢癌疾病發(fā)生、發(fā)展中的作用。

        1 資料和方法

        1.1 基因譜芯片篩選、數(shù)據(jù)清洗及分組 通過檢索Gene Expression Omnibus(GEO)數(shù)據(jù)庫檢索選取含有正常卵巢組織及卵巢癌組織(包含分期信息),并對(duì)符合條件的芯片采用R語言affyPLM數(shù)據(jù)包對(duì)數(shù)據(jù)集進(jìn)行回歸分析判斷,并進(jìn)行歸一化處理,得到符合質(zhì)量要求芯片 GSE66957、GSE9891、GSE14764 和 GSE26712。并將Claudin家族各基因分別分為正常卵巢組、卵巢癌早期組(以分期Ⅱ期及以下為早期)和卵巢癌晚期組(以分期Ⅱ期以上為晚期)3組。

        1.2 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理 采用SPSS 20.0統(tǒng)計(jì)軟件。計(jì)量資料用表示,多組間比較用單因素方差分析,兩兩比較采用LSD-t檢驗(yàn)。使用Kaplan Meier-plotter數(shù)據(jù)庫對(duì)在正常卵巢組織、早期卵巢癌及晚期卵巢癌之間兩兩比較表達(dá)水平均有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異的Claudin家族基因進(jìn)行預(yù)后(overall survival,OS)及復(fù)發(fā)(progression-free survival,PFS)分析。P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 Claudin家族基因表達(dá)水平在正常卵巢組織及早、晚期卵巢癌的差異分析 本次研究芯片主要來源于GSE66957、GSE9891、GSE14764 和 GSE26712 共計(jì) 546個(gè)樣本(其中正常卵巢組織22個(gè)、癌組織524個(gè)),包含Claudin 家族基因成員 1~7、9~11、14~20 共計(jì) 17 個(gè)成員。在正常卵巢組織、早期卵巢癌及晚期卵巢癌表達(dá)水平兩兩比較差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的基因?yàn)?個(gè),分別為Claudin1、4、6、7、10、14、18 基因(均 P<0.05)。

        Claudin家族基因在不同組織基因表達(dá)水平具有臨床異質(zhì)性,如正常卵巢與卵巢癌組織共同基因表達(dá)的Claudin 家族基因主要為 Claudin1、3~7、10~11、14~15、18~19基因。而正常卵巢不表達(dá) Claudin 9、16、17、20 基因,早期卵巢癌組織不表達(dá)Claudin 2、16、17基因,晚期卵巢癌組織不表達(dá)Claudin 2基因,見表1、2,圖1(插頁)。

        表1 芯片信息

        表2 Claudin家族在正常卵巢組織、早期卵巢癌及晚期卵巢癌中的基因表達(dá)水平差異

        2.2 Claudin家族基因表達(dá)水平與預(yù)后及復(fù)發(fā)的分析通過 Kaplan Meier-plotter數(shù)據(jù)庫對(duì) Claudin1、4~7、10、14、18基因進(jìn)行 OS及 PFS分析發(fā)現(xiàn),Claudin7、14的基因表達(dá)水平對(duì)卵巢癌的PFS具有顯著性影響(P=0.0456、0.0247)。同時(shí),Claudin4、6、10 的基因表達(dá)水平對(duì)卵巢癌的OS具有顯著性影響(P=0.0265、0.0296、0.0278),見圖 2、3(插頁)。

        3 討論

        密蛋白Claudin家族屬于緊密連接蛋白,對(duì)維持上皮細(xì)胞極性、細(xì)胞旁通透性起重要作用。有研究發(fā)現(xiàn),Claudin家族可以通過募集細(xì)胞信號(hào)蛋白調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖,分化并導(dǎo)致腫瘤發(fā)生及發(fā)展[14]。目前已發(fā)現(xiàn),Claudin家族成員Claudin1~14基因在多種腫瘤包括前列腺癌[15]、子宮內(nèi)膜癌[16]和乳腺癌[10]中過表達(dá),并且其與患者不良預(yù)后呈顯著相關(guān)。如高表達(dá)的Claudin 3基因與肺癌的不良預(yù)后相關(guān)[9],低表達(dá)的Claudin 2基因與乳腺癌的不良預(yù)后相關(guān)[10],Claudin 4基因的過表達(dá)與大腸癌及胃癌的轉(zhuǎn)移及預(yù)后相關(guān)[11-12]。提示Claudin家族成員可能在腫瘤發(fā)生、發(fā)展過程中起到重要作用,Claudin家族成員的基因過表達(dá)可能存在腫瘤特異性,其個(gè)別成員的基因過表達(dá)是某些腫瘤的不良預(yù)后的標(biāo)志物。卵巢癌領(lǐng)域亦有研究報(bào)道Claudin1~10基因的過表達(dá)與不良預(yù)后相關(guān)[15]。目前Claudin家族成員已發(fā)現(xiàn)達(dá)20多位,隨著Claudin家族成員與腫瘤發(fā)生的關(guān)注度增高,Claudin14基因也被發(fā)現(xiàn)其過表達(dá)與其他腫瘤發(fā)生密切相關(guān)。

        本次研究首次采用GEO及Kaplan Meier-plotter數(shù)據(jù)庫探索Claudin家族成員過表達(dá)與卵巢癌疾病發(fā)展進(jìn)展中的作用,不僅發(fā)現(xiàn) Claudin1、4、6、7、10、14、18 基因在正常卵巢組織、早期卵巢癌及晚期卵巢癌表達(dá)水平兩兩比較差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,同時(shí)也發(fā)現(xiàn),Claudin7、14的基因表達(dá)水平對(duì)卵巢癌的PFS具有顯著性影響,Claudin4、6、10的基因表達(dá)水平對(duì)卵巢癌的OS具有顯著性影響。這一結(jié)果再次證實(shí)了Claudin1、4~7基因通過不同方式參與卵巢癌疾病發(fā)展。如Claudin 1基因通過Ras-Raf-1-ERK1/2信號(hào)傳導(dǎo)軸誘導(dǎo)腫瘤發(fā)生[19-20];Claudin 6、7基因通過增強(qiáng)基質(zhì)金屬蛋白酶-2(MMP-2)活性及血管生成作用從而增強(qiáng)腫瘤細(xì)胞的侵襲能力[21];Claudin 4基因過表達(dá)可能通過抑制化療藥物滲入卵巢癌組織,從而產(chǎn)生化療耐藥而導(dǎo)致不良預(yù)后[22];Claudin5基因主要參與血管通透性調(diào)節(jié),并與卵巢癌腹水形成有密切聯(lián)系[18,23]。

        同時(shí),本研究結(jié)果也證實(shí)了Claudin10、14基因的過表達(dá)不僅與卵巢癌發(fā)生相關(guān),也進(jìn)一步顯示了其在卵巢癌預(yù)后及復(fù)發(fā)具有重要臨床價(jià)值,為探究Claudin10、14基因?qū)е侣殉舶┗颊吣[瘤復(fù)發(fā)及不良預(yù)后的分子機(jī)制提供了一個(gè)研究方向。后期本研究團(tuán)隊(duì)將基于本研究結(jié)果進(jìn)一步探究Claudin家族特定成員如何調(diào)控卵巢癌發(fā)生、發(fā)展以及預(yù)后復(fù)發(fā)的作用機(jī)制,逐步闡明其分子機(jī)理,為卵巢癌的治療奠定充足的理論依據(jù)。

        圖1 Claudin家族在正常卵巢組織,早期卵巢癌及晚期卵巢癌中的基因表達(dá)水平差異可視化-盒須圖(stage0:正常卵巢組織;stage1:早期卵巢癌組織;stage2:晚期卵巢癌組織)

        圖2 Claudin家族的基因表達(dá)水平與卵巢癌的PFS曲線

        圖3 Claudin家族的基因表達(dá)水平與卵巢癌的OS曲線

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