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        長尾倉鼠VKORC1基因的提取與擴(kuò)增

        2020-02-29 02:40:04楊新根楊靜張建珍郭紅芳王庭林鄒波常文英侯玉
        山西農(nóng)業(yè)科學(xué) 2020年2期

        楊新根,楊靜,張建珍,郭紅芳,王庭林,鄒波,常文英,侯玉

        (1.山西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院植物保護(hù)研究所,農(nóng)業(yè)有害生物綜合治理山西省重點試驗室,山西太原030031;2.山西大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,山西大學(xué)應(yīng)用生物學(xué)研究所,山西太原030006)

        長尾倉鼠(Cricetulus longicaudatus Milne-Edwards)是我國華北旱作地區(qū)重要的農(nóng)田害鼠之一,主要分布在河北、山西、內(nèi)蒙古、陜西、甘肅、青海、新疆、西藏、四川等地。長尾倉鼠一般棲息于海拔較高的次生闊葉林地帶和較干燥的荒地、灌草叢和農(nóng)田等。根據(jù)山西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院植物保護(hù)研究所調(diào)查數(shù)據(jù),在山西省,長尾倉鼠是大部分農(nóng)田的優(yōu)勢鼠種(晉城、臨汾、長治、呂梁、晉中、太原、忻州等地)[1-4],有些區(qū)域其所占比例達(dá)到70%以上(晉中、太原、忻州等地),是制約山西省農(nóng)業(yè)健康發(fā)展的重大害鼠。

        目前,防治長尾倉鼠的主要藥劑為殺鼠靈、溴敵隆、氟鼠靈等抗凝血滅鼠劑。此類滅鼠劑的作用機(jī)制是通過干擾維生素K的代謝,破壞鼠類的正常凝血功能而致其死亡[5-6]。抗凝血類滅鼠劑具有作用時間長(一般在鼠類食用3 d后致鼠死亡,不會引起鼠類的警覺)、相對比較安全、適口性好、滅鼠效率高等優(yōu)點。因此,目前世界各國一般均采用此類藥物對鼠類進(jìn)行防控。但隨著抗凝血殺鼠劑的廣泛使用,鼠類抗藥性種群開始在多個地區(qū)出現(xiàn)。自BOYKE[7]于1960年首次在英國的一家牧場發(fā)現(xiàn)褐家鼠對殺鼠靈產(chǎn)生抗藥性以來,DODSWORTH[8]也于1961年在瑞典發(fā)現(xiàn)了小家鼠抗性種群的存在。此后陸續(xù)有許多西方國家發(fā)現(xiàn)了產(chǎn)生抗藥性的“超級鼠”種群。

        20世紀(jì)80年代,我國開始推廣應(yīng)用抗凝血殺鼠劑,并取得了比較滿意的成果。但之后在我國的湖南、廣東和上海等用藥時間較久的地區(qū)開始出現(xiàn)抗藥性害鼠[9-14]。據(jù)前人報道,黃胸鼠(Rattus tanezumi)對殺鼠靈的抗性率于2000年在長沙市達(dá)到了72.72%,1999年在湛江地區(qū)為17.7%,2003年在廣州市為45.2%;另外,在2003、2004年的廣東省不同市區(qū),小家鼠(Mus musculus)對殺鼠靈的抗性率為27.8%~50.0%。同時,由于害鼠對抗凝血滅鼠劑的交叉抗性,而目前對于新藥的研制又面臨著難度大、周期較長的問題,所以,如果害鼠對第2代抗凝血劑產(chǎn)生了抗藥性,鼠害的防治工作將變得更加困難。

        有研究報道,嚙齒動物維生素K的代謝主要依靠維生素K環(huán)氧化物還原酶(vitamin K epoxide reductase,VKOR),而編碼VKOR的基因——維生素K環(huán)氧化物還原酶復(fù)合體亞單位1(vitamin K epoxide reductase complex subunit 1,VKORC1)基因突變可能導(dǎo)致VKOR活性抑制,進(jìn)而阻斷抗凝血殺鼠劑與VKOR的結(jié)合,使鼠類產(chǎn)生抗藥性[15-19]。因此,應(yīng)用分子生物學(xué)的手段,分析鼠類VKORC1基因的突變位點,預(yù)測編碼蛋白結(jié)構(gòu),并且探究其對鼠類抗藥性的影響,是近年來鼠類抗性研究領(lǐng)域的熱點。

        本試驗擬對長尾倉鼠的VKORC1基因片段進(jìn)行擴(kuò)增并獲得其序列,可為探究長尾倉鼠VKORC1基因與其抗藥性的關(guān)系奠定基礎(chǔ)。

        1 材料和方法

        1.1 試驗材料

        1.1.1 試驗動物試驗鼠捕自山西省忻州市五臺縣,對每只鼠稱質(zhì)量、鑒定性別并編號。

        1.1.2 主要儀器微量臺式冷凍離心機(jī)5424R型,Eppendorf公司生產(chǎn);T100熱循環(huán)儀,美Bio Rad公司生產(chǎn);電泳儀BG-Power6000型,北京省晶生物科技公司生產(chǎn);干燥箱2XDP-B2120型,上海智誠分析儀器有限公司生產(chǎn);滅菌鍋G-I54DWS型,廈門致微科技公司生產(chǎn);凝膠成像儀Alpha Imagertech型,美國Protein Simple公司生產(chǎn)。

        1.1.3 主要試劑血液/細(xì)胞/組織基因組DNA提取試劑盒,北京天根公司生產(chǎn);無水乙醇,天津市大茂化學(xué)試劑廠生產(chǎn);PCR試劑,北京天根公司生產(chǎn);PCR引物,上海生工生物工程股份有限公司生產(chǎn)。

        1.2 試驗方法

        1.2.1 基因組DNA的提取采集長尾倉鼠尾尖作為DNA提取材料,用DNA提取試劑盒提取基因組DNA。用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測有目標(biāo)條帶后,對其進(jìn)行定量分析。

        1.2.2 PCR擴(kuò)增與測序

        1.2.2.1 引物設(shè)計從GenBank中下載與長尾倉鼠親緣關(guān)系較近的8種鼠的VKORC1基因序列(表1),應(yīng)用GeneDoc軟件比對8個序列,選擇保守區(qū)域,應(yīng)用PCR引物設(shè)計軟件Primer Preimier 5.0設(shè)計引物,并確保擴(kuò)增產(chǎn)物含有相互重疊的區(qū)域,分別長約700、600 bp。引物由上海生工生物工程股份有限公司合成。

        表1 引物設(shè)計中使用的8種嚙齒動物VKORC1基因序列

        1.2.2.2 PCR擴(kuò)增以提取得到的長尾倉鼠全基因組DNA為模板,應(yīng)用設(shè)計的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增。經(jīng)多次試驗優(yōu)化反應(yīng)體系,摸索出擴(kuò)增條帶較好的反應(yīng)體系(表2)。

        表2 PCR反應(yīng)體系

        PCR反應(yīng)條件為:94℃預(yù)變性5 min;94℃變性30 s,53.1℃退火30 s,72℃延伸40 s,35個循環(huán);72℃5 min。采用2%瓊脂糖凝膠檢測是否有目標(biāo)條帶。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 引物設(shè)計

        使用GeneDoc軟件對與長尾倉鼠親緣關(guān)系較近的8種鼠的VKORC1基因序列進(jìn)行比對(圖1)。經(jīng)過比對后選取其中較為保守的區(qū)域:引物1所選上游引物為660區(qū)域,下游引物為1380區(qū)域;引物2所選上游引物為820區(qū)域,下游引物為1430區(qū)域。經(jīng)PCR引物設(shè)計軟件Primer Preimier 5.0設(shè)計出2對引物(表3)。

        表3 PCR使用的引物

        2.2 擴(kuò)增產(chǎn)物檢測

        PCR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行檢測,得到目標(biāo)條帶(圖2)。

        擴(kuò)增產(chǎn)物檢測使用的DL 5000 Marker(圖2),在500~750 bp的條帶即為目標(biāo)條帶。本試驗以長尾倉鼠的全基因組為模版,與特異引物進(jìn)行結(jié)合,擴(kuò)增出了長度700、600 bp的條帶。條帶與預(yù)測基因片段大小一致,為目標(biāo)條帶。

        3 結(jié)論與討論

        目前,隨著分子生物學(xué)的高速發(fā)展,PCR技術(shù)與引物設(shè)計所涉及到的各種軟件也得到了相應(yīng)的大力開發(fā)。同時,公共的數(shù)據(jù)庫可提供大量的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)??蒲泄ぷ髡呖梢酝ㄟ^BIOSINO、Gen-Bank等開放的數(shù)據(jù)庫,便捷地獲得目標(biāo)生物信息,并由此應(yīng)用相應(yīng)軟件設(shè)計引物以獲取目標(biāo)條帶,提高測序和分析效率[18]。本研究能夠獲得長尾倉鼠VKORC1基因片段,探究長尾倉鼠VKORC1基因與其抗藥性的關(guān)系,正是基于分子生物學(xué)各項技術(shù)的長足發(fā)展及上述公共數(shù)據(jù)庫的建立健全。

        嚙齒動物的抗藥性表現(xiàn)在多個方面,包括行為抗性、生理抗性和遺傳抗性等。其中,抗性種群體內(nèi)維生素K環(huán)氧化物還原酶VKOR的活性抑制是鼠類對抗凝血滅鼠劑產(chǎn)生遺傳抗性的主要原因之一[19]。作為編碼VKOR的重要基因,VKORC1的突變與否,是嚙齒動物對抗凝血殺鼠劑是否產(chǎn)生抗性的重要指標(biāo)之一。因此,探究嚙齒動物的VKORC1基因,探索抗藥性監(jiān)測新途徑,對于控制抗性蔓延、降低鼠害程度具有重要意義。

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