在對生物過程進行探索的要求更精確的背景下，將序列捕獲后進行新一代測序具有十分廣泛的應用。RNA-seq技術可以在一個時間過程中揭示差異基因表達的動態(tài)變化。然而在許多情況下，只有一些基因的變化是存在意義的，并且這些基因被反復用作某些生物過程的標記物。

近日，由英國東英吉利大學的Jonathan D. G. Jones團隊在國際著名期刊Plant Biotechnology Journal上發(fā)表了題為“High-resolution Expression Profiling of Selected Gene Sets during Plant Immune Activation”的研究性論文。該論文通過序列技術獲得了植物免疫激活過程中高分辨率的基因組表達譜。

植物免疫系統(tǒng)包括通過細胞表面和細胞內(nèi)受體檢測病原體，兩類受體均可以誘導轉錄重編程，來提高抗病性。為了更加精確的評估植物免疫期間的差異基因表達，研究人員開發(fā)了定量序列捕獲技術 （CAP-I）。該技術設計并合成了單鏈 RNA 誘餌文庫，靶向防御基因中的一些，并從99個RNA-seq文庫中生成了序列捕獲數(shù)據(jù)。然后通過建立一個數(shù)據(jù)處理程序來量化 RNA-CAP-I-seq 數(shù)據(jù)，并可視化差異基因表達。這套體系能夠經(jīng)濟有效地評估特定基因集的表達譜，而且不限于RNA-seq或任何特定的生物體，另外可以整合到高通量測序的自動化平臺中，非常的方便。

圖：RNA-CAP-I-seq數(shù)據(jù)的全面質(zhì)量評估

CAP-I存在很多優(yōu)點，對于本研究中使用CAP-I進行的一次序列捕獲實驗，估計比使用傳統(tǒng)的全基因組 RNA-seq 便宜三倍，包括合成耗材、文庫制備和測序。另外，合成的CAP-I可用于至少一百多個與本研究相似的序列捕獲反應。而且，相比于差異基因表達分析的常規(guī)全基因組RNA-seq，在相同的反應池中可以包含比這項研究多10倍的多重文庫，以實現(xiàn)相同的讀取深度和覆蓋度。最后，capture-seq也可用于研究宿主侵染過程中特定病原體基因的表達。