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        基于ITS2的北沙參藥材及其偽品的分子鑒定

        2019-11-13 03:39:12韓曉偉曹楸偉嚴(yán)玉平
        江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2019年17期
        關(guān)鍵詞:臨床用藥北沙參

        韓曉偉 曹楸偉 嚴(yán)玉平

        摘要:利用內(nèi)部轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)2(ITS2)條形碼來鑒定河北某藥材市場北沙參的真?zhèn)纹罚接懛肿臃椒ㄨb定北沙參藥材真?zhèn)纹返目尚行浴L崛?2份北沙參樣品的DNA,利用ITS2引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,對擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行雙向測序,利用CodonCode Aligner軟件進(jìn)行序列拼接。從Genbank下載13條北沙參序列,利用MEGA 6.0分析比對25份序列,計算其種間、種內(nèi)的Kimura雙參數(shù)遺傳距離(K2P距離)以及各序列的變異位點并進(jìn)行聚類分析,利用RNA多重排列(locARNA)來預(yù)測北沙參及其偽品的二級結(jié)構(gòu)。12份樣品中10份為北沙參,1份是川明參,1份為祁木香。ITS2序列可以較好地區(qū)分北沙參及其偽品,可作為北沙參鑒定的有效方法而加以推廣。北沙參的DNA條形碼鑒定體系的建立,為DNA條形碼技術(shù)在臨床及市場監(jiān)管領(lǐng)域的實踐應(yīng)用提供了理論基礎(chǔ)。

        關(guān)鍵詞:北沙參;真?zhèn)纹?ITS2;DNA條形碼;臨床用藥

        中圖分類號: R282.710.3 ?文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A ?文章編號:1002-1302(2019)17-0071-05

        北沙參(Glehnia littoralis)為傘形科珊瑚菜的干燥根,為我國常用大宗中藥材之一,臨床上主要用于治療肺燥干咳、熱病傷津等癥[1]。北沙參主產(chǎn)于河北安國、山東萊陽、內(nèi)蒙赤峰等地[2],其中河北安國產(chǎn)北沙參為安國八大祁藥之一,以其條粗順直,無杈無須,被譽(yù)為“一柱香”,《神農(nóng)本草經(jīng)》列其為上品。北沙參作為藥食兩用的藥材,受到廣大消費(fèi)者喜愛,但是由于市場上常有許多北沙參的混偽品作北沙參來用,因此易產(chǎn)生混淆,從而對臨床用藥安全造成威脅。

        一直以來利用理化性質(zhì)對北沙參進(jìn)行鑒定是主要的鑒定方式[3-6],而DNA條形碼鑒定技術(shù)的發(fā)展為中藥材的鑒定提供了新的工具。陳士林等提出以內(nèi)部轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)2(ITS2)作為藥用植物鑒定的通用序列并在中藥材鑒定方面進(jìn)行了大量嘗試[7-8]。目前已有利用ITS2對北沙參進(jìn)行鑒定的報道[9-10],這些研究主要關(guān)注藥材原植物的鑒別或原植物與藥材的混合鑒別。本研究是利用ITS2的序列,對河北某中藥材市場的北沙參藥材進(jìn)行檢測,為DNA條形碼技術(shù)應(yīng)用于藥材市場的監(jiān)管和臨床用藥的安全提供理論和實踐的基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗材料

        12份北沙參藥材的樣品全部購自河北某藥材市場,經(jīng)河北中醫(yī)學(xué)院鄭玉光教授鑒定,憑證樣本保存于河北中醫(yī)學(xué)院藥學(xué)院,其余13個樣本來源于GenBank,樣品來源見表1。

        1.2 試驗設(shè)計

        1.2.1 儀器與試劑 Taq酶[寶日醫(yī)生物技術(shù)(北京)有限公司];PCR儀及凝膠成像系統(tǒng)[伯樂生命醫(yī)學(xué)產(chǎn)品(上海)有限公司];核酸電泳儀(北京六一生物科技有限公司);離心機(jī)(Eppendorf中國);膠回收試劑盒(北京全式金生物技術(shù)有限公司);其他均為進(jìn)口分裝或國產(chǎn)分析純試劑。引物由上海英駿生物技術(shù)有限公司合成,測序工作由華大基因完成。

        1.2.2 DNA提取、PCR擴(kuò)增和測序 提取北沙參干燥根的基因組DNA,利用通用引物ITS2對所提取的DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增,引物序列如下:

        ITS2F:5′-ATGCGATA-CTTGGTGTGAAT-3′;

        ITS2R:5′-GACGCTTCTCC-AGACTACAAT-3′。

        擴(kuò)增反應(yīng)體系為50 μL。反應(yīng)體系按照韓曉偉等的方法[11]配制,PCR完成后利用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測結(jié)果,每份樣品30 μL PCR產(chǎn)物直接送深圳華大基因公司北京測序部進(jìn)行測序。每份樣品均進(jìn)行3次生物學(xué)重復(fù)。

        1.2.3 數(shù)據(jù)處理 數(shù)據(jù)處理方法按照韓曉偉等的數(shù)據(jù)處理方式進(jìn)行[11]。二級結(jié)構(gòu)預(yù)測利用RNA多重排列(locARNA)方式進(jìn)行。

        1.2.4 試驗時間和地點 試驗時間為2017年,試驗地點為河北中醫(yī)學(xué)院橘泉校區(qū)科研樓。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 北沙參樣品DNA提取和PCR擴(kuò)增結(jié)果

        提取出12份樣品的DNA后,利用ITS2引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,用瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR產(chǎn)物,12份樣品均能擴(kuò)出單一明亮的條帶(圖1),隨后將擴(kuò)增的產(chǎn)物測序。

        2.2 序列的比對與提交

        將擴(kuò)增的12份樣品的ITS2序列經(jīng)CodonCode Aligner軟件校對拼接后,在NCBI網(wǎng)站上進(jìn)行BLAST比對,結(jié)果發(fā)現(xiàn)12份樣品中有10份為北沙參,1份為川明參,1份是祁木香。重新進(jìn)行取樣,提取DNA后擴(kuò)增測序,結(jié)果相同。這說明北沙參藥材中混入了其他品種。將12條序列提交到GenBank數(shù)據(jù)庫并獲得了登錄號(表1)。

        2.3 北沙參樣品序列的分析

        北沙參樣品的ITS2序列長度約為227 bp,在確定的10份北沙參樣品中,MG793244有15個變異位點,MG793246和MG793247序列相同,有6個變異位點,說明北沙參存在較明顯的種間變異(圖2)。而MG793249川明參與北沙參的序列差別較大,表明二者從遺傳組成上是有差別的,不可混用。MG793252祁木香的序列與北沙參基本不同。

        2.4 北沙參及其混偽品的種內(nèi)種間遺傳距離分析

        基于K2P模型計算北沙參與其混偽品的K2P距離,北沙參種內(nèi)K2P遺傳距離平均為0.002,種內(nèi)最大K2P遺傳距離為0.004。北沙參與其混偽品的種間遺傳距離最小為0.028,遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于北沙參的種內(nèi)最大遺傳距離,表明ITS2能夠準(zhǔn)確區(qū)分北沙參及其混偽品(表2)。

        2.5 北沙參及其混偽品的聚類分析

        基于得到的12條ITS2序列,然后從GenBank下載13條序列,利用鄰接法(NJ法)構(gòu)建系統(tǒng)聚類樹??梢钥闯觯琈G793241~MG793243、MG793245、MG793248~MG793250共7條序列與GenBank下載的北沙參的序列(KF010586~KF010588)聚為1支。MG793246和MG793247因為與北沙參的種間變異較多而單獨聚為1支,MG793244也因為與北沙參的種間變異較多而單獨聚為1支,這3個樣品的外形與北沙參無異,但因為種間變異數(shù)較多,是否會影響到藥效,須要作更深一步研究。從GenBank下載的KM191311~KM191315均為輪葉沙參,因此聚為1支,KM191316~KM191320均為沙參,因此聚為1支。祁木香MG793252與川明參聚為1支,說明祁木香與川明參有相似之處(圖3)。

        2.6 北沙參及其混偽品的二級結(jié)構(gòu)比較

        利用locARNA方式對北沙參及其混偽品的ITS2進(jìn)行二級結(jié)構(gòu)預(yù)測,圖4表明,北沙參與川明參和輪葉沙參的二級結(jié)構(gòu)存在較大差異,能夠很明顯的區(qū)分。祁木香的主環(huán)結(jié)構(gòu)與北沙參相似,但其莖環(huán)結(jié)構(gòu)與北沙參相差較大,區(qū)別也較明顯(圖4)。由此可以看出,利用二級結(jié)構(gòu)也能夠很好地區(qū)別北沙參及其混偽品。

        3 討論與結(jié)論

        我國中藥材資源豐富,種類繁多,但是在藥材流通市場上仍然有摻雜使假現(xiàn)象發(fā)生?!吨袊幍洹罚?015版)中對北沙參的鑒別方法有物理和化學(xué)2種方法,但是這2種方法已經(jīng)不能滿足市場對藥材鑒別方法的需要[12]。DNA條形碼技術(shù)的發(fā)展為中藥材的鑒定提供了全新的技術(shù)手段,已經(jīng)被《中國藥典》中部分中藥列為藥材鑒定的方法之一。本研究說明了利用DNA條形碼技術(shù)鑒定北沙參藥材的可行性。

        在利用DNA條形碼技術(shù)鑒定北沙參藥材的過程中,選擇了不同產(chǎn)地的北沙參,結(jié)果發(fā)現(xiàn)河北安國產(chǎn)的北沙參中有種內(nèi)變異的情況。將發(fā)生種內(nèi)變異的MG793244、MG793246、MG793247 3個樣品重新提取DNA,PCR后送測序,結(jié)果與先前相同,說明確實發(fā)生了種內(nèi)變異,但該變異屬于無害的變異,并未影響到北沙參的性狀。

        由于對干燥堅硬的北沙參藥材進(jìn)行DNA提取,因此在提取過程中進(jìn)行了多種方法的試驗[13],通過鋼珠振動將北沙參藥材研磨得盡量細(xì)碎,同時通過延長DNA提取時間使干燥細(xì)胞充分裂解,從而提高所得DNA的濃度,保證后續(xù)PCR的效果。本試驗中的12份樣品均可擴(kuò)增出單一明亮條帶,基于K2P距離建立的NJ樹以及二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測都能夠很好地將北沙參及其偽品區(qū)分開來。12份市場藥材中正品10份,偽品1份,祁木香為陰性對照,正品率為83.3%。雖然在12份樣品中只有1份川明參,但是因為川明參和北沙參的功效是不同的, 因此,如果誤將川明參作北沙參入藥,仍會給臨床用

        藥帶來隱患。因此,中藥材市場仍須凈化以保證臨床用藥安全。

        綜上所述,DNA條形碼技術(shù)能夠準(zhǔn)確地鑒別北沙參及其偽品,本試驗所鑒定的12份樣品的結(jié)果與藥材鑒定專家的鑒定結(jié)果一致,說明DNA條形碼技術(shù)是安全、高效的藥材鑒定技術(shù),在中藥材流通及市場監(jiān)管中有很大的應(yīng)用推廣價值。

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