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        一種基于N基因的麻疹病毒實時熒光RT-PCR檢測技術

        2019-11-01 07:20:20文奇付倩宋利軍劉琴周郡張艷妮
        實驗與檢驗醫(yī)學 2019年5期
        關鍵詞:血清檢測

        文奇 ,付倩 ,宋利軍 ,劉琴 ,周郡 ,張艷妮

        (1.新余市疾病預防控制中心,江西 新余 338000;2.江西省疾病預防控制中心,江西 南昌 330029)

        目前麻疹病例的實驗室診斷方法有:急性期血清中檢出麻疹IgM抗體,恢復期相比急性期血清中麻疹IgG抗體陽轉或滴度呈4倍以上增高,鼻咽拭子或尿液中分離到麻疹病毒或檢出麻疹核酸[1]。ELISA法檢測麻疹IgM抗體和RT-PCR方法檢測麻疹核酸因具有操作簡便、快速等優(yōu)點被國內外實驗室普遍采用。然而免疫功能低下的患者或在發(fā)病初期,尤其發(fā)病1~3d內血清IgM抗體滴度低致使陽性檢出率不高,病例診斷單純依賴IgM抗體結果不免帶來一定的漏檢[2,3]。RT-PCR檢測可以克服IgM抗體檢測的不足之處,已成為實驗室診斷的重要補充手段[4]。如今該技術發(fā)展到更高階段的實時熒光RT-PCR獲得越來越多人的青睞,許多商品化熒光RT-PCR試劑盒不斷被研發(fā)上市。本文擬引進一種以麻疹病毒N基因片段為檢測目標的熒光RT-PCR技術,通過與國產(chǎn)知名的熒光RT-PCR試劑盒、IgM抗體ELISA檢測試劑盒對比檢測2014年新余市所收集的麻疹疑似病例樣本,對其技術性能進行評估分析。

        1 材料與方法

        1.1 標本來源 按照 《全國麻疹監(jiān)測方案(2009版)》要求,縣、區(qū)CDC工作人員對轄區(qū)內2014年出現(xiàn)的麻疹暴發(fā)疫情或散發(fā)的就診疑似病例,采集出疹前、后5日內的鼻咽拭子置于北京友康生產(chǎn)的病毒運送培養(yǎng)基(VTM),同時采集出疹后28d內的靜脈血分離出血清,所有樣本于冷藏條件下運送至市CDC麻疹實驗室,不能及時送檢的樣本冷凍保存。

        1.2 病毒RNA提取 根據(jù)Qiagen公司的RNeasy Mini Kit 試 劑 盒 (Cat.No:74106,Lot No:145022097)說明書提取咽拭子樣本中的病毒RNA。

        1.3 國產(chǎn)某熒光RT-PCR試劑盒檢測麻疹病毒核酸 按照該公司生產(chǎn)的麻疹病毒核酸檢測試劑盒(PCR-熒光探針法,Cat.No:BN238)說明書配備反應體系和擴增條件。反應液A(內含引物與探針)17μl,反應液 B(混合酶)3μl,RNA 提取物 5μl;逆轉錄 50℃ 15min;預熱 95℃ 15min;變性 94℃ 15s,擴增55℃ 45s(FAM通道收集信號),40個循環(huán),在ABI7300儀器(下同)上進行擴增。

        1.4 熒光RT-PCR技術檢測麻疹病毒N基因 利用ABI公司的AgPath-IDTM One-step RT-PCR Kit(Cat No:AM1005)試劑盒進行反應體系配制,總體積為 25μl。 反應條件參照有關文獻[5,6]:46℃逆轉錄 10min,95℃預變性 10min,95℃變性15s,60℃延伸45s,共45個循環(huán)。N基因擴增選用Kimberly設計的引物和探針[7],具體序列如下,MV-N3(1139-1160F):5′-TGGCATCTGAACTCGGTATCAC-3′,MV-N3(1213-1190R):5′-TGTCCTCAGTAGTATG CATTGCAA-3′,MV-N3 (1163-1187P):5′-(FAM)CCGAGGATGCAAGGCTTGTTTCAGA-3′(BHQ1),引物與探針委托上海sagon生物工程股份有限公司合成。

        1.5 ELISA法檢測麻疹病毒IgM抗體 采用珠海海泰公司的麻疹病毒IgM抗體檢測試劑盒(ELISA捕獲法,Lot No:20140121)對患者血清進行檢測,經(jīng)酶標儀Anthos 2010讀取單波長A450nm值判斷結果。

        1.6 統(tǒng)計學處理 應用SPSS 13.0軟件進行卡方檢驗,P<0.05為差異具有統(tǒng)計學意義。

        2 結果

        2.1 兩種熒光RT-PCR檢測結果分析 在47例麻疹疑似病例咽拭子樣本中,經(jīng)2種熒光RT-PCR檢測結果均為陽性、陰性的樣本數(shù)分別為11例、35例,經(jīng)國產(chǎn)某RT-PCR試劑盒檢測為陰性而擬引進RT-PCR檢測為陽性的樣本數(shù)只有1例。兩種熒光RT-PCR方法的陽性率分別為23.4%(11/47)、25.53%(12/47),差異無統(tǒng)計學意義,兩法總符合率為 97.87%((11+35)/47),見表 1。

        表1 麻疹疑似病例咽拭子2種熒光RT-PCR檢測結果分析

        2.2 ELISA法與擬引進熒光RT-PCR檢測結果分析 47例麻疹疑似病例依次經(jīng)ELISA檢測血清IgM抗體和擬引進熒光RT-PCR檢測咽拭子N基因,檢測結果均為陽性、陰性的病例數(shù)分別為8例、35例,ELISA檢測結果為陰性而新熒光RTPCR檢測為陽性的病例數(shù)為4例。ELISA法與新RT-PCR法的檢測陽性率分別為17.02%(8/47)、25.53%(12/47),兩種方法檢測陽性率之間比較差異具有統(tǒng)計學意義(χ2=28.12,P<0.005),總符合率為 91.49%((8+35)/47),見表 2。

        表2 麻疹疑似病例血清IgM抗體、咽拭子N基因檢測結果分析

        3 討論

        麻疹病毒基因組為不分節(jié)段的單股負鏈RNA,主要有6個結構基因,分別編碼核蛋白(N)、基質蛋白(M)、血凝素蛋白(H)、融合蛋白(F)、磷蛋白和多聚酶,其中H、N基因變異最大[8]。根據(jù)H、N基因的序列特征,麻疹病毒被劃分為8個基因組和24個基因型[9-11]。文獻報道出來的有關檢測麻疹病毒熒光RT-PCR技術中,用以檢測的目標片段可以選取H或N基因上的序列,也可以是來源于F或M基因的[12-16]。Kimberly等人在研發(fā)以麻疹病毒H、N和F基因分別作為檢測目標的實時熒光RT-PCR方法中發(fā)現(xiàn):相比于常規(guī)RT-PCR,這些熒光RT-PCR法在維持高水平的特異性和結果重復性的同時,具有更低的檢測下限,可達到10拷貝數(shù)/反應;并且在模擬檢測合成RNA時檢測H、F基因的熒光RT-PCR顯示出相同或更強的敏感性,在檢測臨床樣本時針對N基因的檢測方法反而具有最高的敏感性[7]。造成這種相背離現(xiàn)象的原因在于:在麻疹病毒感染細胞中,三者中N基因的mRNA是最為豐富的轉錄本,轉錄梯度為N>F>H[17]。

        盡管血清學檢測在基層實驗室得到了廣泛應用,其中檢測麻疹患者出疹后3~28d IgM抗體的ELISA方法擁有83~89%的靈敏度和95~100%的特異度[18],但其局限性仍不可忽視。當出疹后過早地采集血清或檢測過程中IgG抗體分離不完全時可能引起假陰性結果;當血清中存在類風濕因子或者風疹、B19等病毒IgM抗體的干擾時可能造成假陽性結果[19]。在麻疹低流行區(qū)甄別散發(fā)病例,血清檢測結果出現(xiàn)難以下結論而不大可能采集到患者第二份(間隔數(shù)日)血樣的情況下,熒光RT-PCR技術不僅對血樣,還可以對鼻咽拭子、尿液、唾液等其他樣本進行核酸檢測,借以明確診斷。

        本實驗室經(jīng)江西省疾控中心疾檢所推薦,引進一種檢測麻疹病毒N基因的熒光RT-PCR新技術,它包含的一套特定引物和探針,現(xiàn)已被納入到最新版的麻疹診斷標準(WS296-2017)。通過與國產(chǎn)某熒光RT-PCR試劑盒、IgM抗體ELISA檢測試劑盒對比驗證得知,在檢測陽性率(敏感性)方面,新熒光RT-PCR法和國產(chǎn)熒光RT-PCR試劑盒較高,ELISA法較低,其中兩種熒光RT-PCR方法之間的符合率非常高 (約為98%)。新熒光RTPCR技術的引入和運用,將有助于提高新余市麻疹實驗室的監(jiān)測技術水平,增強麻疹散發(fā)病例、不典型病例的發(fā)現(xiàn)力度,對本地區(qū)麻疹控制和消除工作具有重要意義。

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