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        PALLD基因rs1071738位點(diǎn)單核苷酸多態(tài)性與乳腺癌的相關(guān)性研究

        2019-10-12 01:47:42李倩黃國(guó)強(qiáng)
        浙江臨床醫(yī)學(xué) 2019年9期
        關(guān)鍵詞:核苷酸多態(tài)性基因型

        李倩 黃國(guó)強(qiáng)*

        乳腺癌是女性常見的癌癥之一,在我國(guó)女性中乳腺癌的發(fā)病率逐年升高,研究顯示每年我國(guó)女性新發(fā)乳腺癌患者達(dá)27萬左右[1],其中約有3%~8%左右的乳腺癌患者初診時(shí)已經(jīng)轉(zhuǎn)移[2],嚴(yán)重威脅女性生命健康和生活質(zhì)量。microRNAs(miRNAs)是一種負(fù)調(diào)控基因表達(dá)的非編碼小RNA,與腫瘤發(fā)生、侵襲和轉(zhuǎn)移密切相關(guān)[3]。最近研究表明,miRNA結(jié)合位點(diǎn)中的單核苷酸多態(tài)影響miRNAs的調(diào)控作用,影響相關(guān)基因的表達(dá)水平,增加疾病的風(fēng)險(xiǎn)[4]。生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)PALLD基因rs1071738位點(diǎn)單核苷酸多態(tài)性可能與乳腺癌的轉(zhuǎn)移相關(guān),rs1071738位點(diǎn)位于PALLD基因的3'-UTR處,該位置是miR-96和miR-182的靶點(diǎn)位置。本文探討血漿miR-96和miR-182水平及PALLD基因rs1071738位點(diǎn)SNP與乳腺癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)以及進(jìn)展的相關(guān)性。

        1 資料與方法

        1.1 一般資料 選擇2014年10月至2017年12月本院收治的乳腺癌患者150例為觀察組,乳腺癌的診斷是2位病理醫(yī)師根據(jù)世界衛(wèi)生組織(WHO)《乳腺病理組織學(xué)分類》(2012年版)[5]標(biāo)準(zhǔn)讀片確認(rèn)其病理類型,其中浸潤(rùn)性導(dǎo)管癌100例,浸潤(rùn)性小葉癌45例,其它類型癌5例;年齡38~58歲,平均年齡(48.50±8.52)歲。身體質(zhì)量指數(shù)(BMI)為(24.15±3.52)kg/m2;雌激素受體(ER)陽性45例,孕激素受體(PR)陽性39例;TNM分期Ⅰ期52例,Ⅱ期32例,Ⅲ期37例,Ⅳ期29例。同期根據(jù)觀察組患者的年齡配對(duì)選擇體檢健康的婦女150例為對(duì)照組,年齡40~63歲,平 均(48.72±10.15) 歲,BMI(24.22±3.75)kg/m2。排除有其它部位腫瘤的患者、免疫系統(tǒng)疾病的患者。兩組年齡、BMI等一般資料比較差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05),具有可比性。

        1.2 PALLD基因分型檢測(cè) 取血漿約5ml,EDTA抗凝后血漿用于RNA抽提,血細(xì)胞用于基因組DNA提 取。 使 用 QIAamp DNA Blood Mini Kit(QIAGEN,Gaithersburg,MD)試劑盒提取基因組DNA,設(shè)計(jì)PALLD基因rs1071738位點(diǎn)PCR擴(kuò)增引物后由金唯智生物科技有限公司合成,其中上游引物序列為5'-AAC CGA GCA GGA CAG AAC-3';下游引物序列為5'-TGG TGG CAC TCC CAA TAC-3'。以提取的基因組DNA為模板,使用PCR擴(kuò)增試劑盒(生工生物工程(上海)股份有限公司)進(jìn)行PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增產(chǎn)物由金唯智生物科技有限公司進(jìn)行測(cè)序,根據(jù)測(cè)序結(jié)果分析PALLD基因rs1071738位點(diǎn)基因型。

        1.3 miR-96和miR-182測(cè)定方法 取分離的血漿,使用Trizol(Invitrogen)抽提總RNA,用miRNease Mini kit(QIAGEN,Gaithersburg,MD)進(jìn)行分離。為了去除任何對(duì)基因組或質(zhì)粒DNA的污染,使用RQ1 RNase-free DNase(Promega,Madison,WI)進(jìn)行處理。用實(shí)時(shí)定量RT-PCR檢測(cè)處理后的RNA樣品中miR-96和miR-182的表達(dá)量,使用的試劑盒是 TaqMan miRNA assay(Applied Biosystems,F(xiàn)oster City,CA),內(nèi)參為RNU6B,所有操作均嚴(yán)格按照試劑盒說明書進(jìn)行。

        1.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法 采用SPSS20.0統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件。計(jì)量資料以(s),采用單因素方差分析或t檢驗(yàn);計(jì)數(shù)資料以[n(%)]表示,用χ2檢驗(yàn)。使用χ2檢驗(yàn)分析基因型頻率是否符合Hardy-Weinberg平衡。使用非條件Logistic回歸分析計(jì)算比值比(OR)和95%置信區(qū)間(CI),分析不同基因型與乳腺癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)之間的相關(guān)性。以P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 PALLD基因rs1071738位點(diǎn)基因型和等位基因頻率 PALLD基因rs1071738位點(diǎn)基因型頻率符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。觀察組患者與對(duì)照組PALLD基因rs1071738位點(diǎn)基因型頻率之間的差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=31.589,P<0.001),以野生型(GG)作為參考,雜合子(GC)和純合子(CC)均是乳腺癌的保護(hù)因素(OR=0.140,95%CI:0.058~0.329,P<0.001;OR=0.240,95%CI:0.050~0.098,P=0.024)。觀察組患者C等位基因頻率顯著低于對(duì)照組,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=31.582,P<0.001),以G等位基因?yàn)閰⒖?,C等位基因是乳腺癌的保護(hù)因素(OR=0.200,95%CI:0.104~0.379,P<0.001),見表 1。

        表1 PALLD基因rs1071738位點(diǎn)單核苷酸多態(tài)性與乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)[n(%)]

        2.2 PALLD基因rs1071738位點(diǎn)單核苷酸多態(tài)性與乳腺癌分期的相關(guān)性 合并TNM分期Ⅰ期和Ⅱ期以及Ⅲ與Ⅳ期,分析PALLD基因rs1071738位點(diǎn)單核苷酸多態(tài)性與不同TNM分期的相關(guān)性,結(jié)果顯示不同基因型患者TNM分期的差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=5.871,P=0.015),以野生型為參考,突變型乳腺癌患者進(jìn) 展 期 的 較 少(OR=0.114,95%CI:0.005~0.904,P=0.015),見表 2。

        表2 PALLD基因rs1071738位點(diǎn)基因多態(tài)性與乳腺癌患者TNM分期相關(guān)性

        2.3 血漿miR-96和miR-182水平 采用RT-PCR檢測(cè)所有受試者血漿miR-96和miR-182水平,結(jié)果顯示乳腺癌患者血漿中miR-96和miR-182水平顯著低于對(duì)照組,差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.001),見圖1。

        圖1 血漿miR-96和miR-182水平比較

        2.4 血漿miR-96和miR-182水平與乳腺癌分期的相關(guān)性 分析乳腺癌患者不同TNM分期與血漿miR-96和miR-182水平之間的相關(guān)性,結(jié)果顯示Ⅰ、Ⅱ期患者血漿miR-96和miR-182水平顯著高于Ⅲ、Ⅳ期患者,差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.001),見圖2。

        圖2 不同TNM分期的乳腺癌患者血漿miR-96和miR-182水平

        2.5 PALLD基因rs1071738位點(diǎn)單核苷酸多態(tài)性與血漿miR-96和miR-182水平的關(guān)系 分析PALLD基因rs1071738位點(diǎn)不同基因型受試者血漿miR-96和miR-182水平,結(jié)果顯示,野生型受試者血漿miR-96和miR-182水平顯著低于突變型受試者,差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),見圖3A。分析乳腺癌患者血漿miR-96和miR-182水平與PALLD基因rs1071738位點(diǎn)單核苷酸多態(tài)性之間的相關(guān)性,結(jié)果顯示野生型乳腺癌患者血漿miR-96和miR-182水平顯著低于突變型乳腺癌患者,差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),見圖3B。

        圖3 PALLD基因rs1071738位點(diǎn)基因多態(tài)性與血漿miR-96和miR-182水平相關(guān)性。A圖為所有受試者血漿miR-96和miR-182水平,B為乳腺癌患者中血漿miR-96和miR-182水平。

        3 討論

        乳腺癌早期診斷和檢測(cè)是其篩查的主要方式。目前的常規(guī)篩選試驗(yàn)由于假陽性結(jié)果而具有危險(xiǎn)性或不可靠性,因此需要鑒定用于乳腺癌的可靠和早期檢測(cè)的新型非侵入性或微創(chuàng)生物標(biāo)志物?;隗w液的microRNA為早期檢測(cè)乳腺癌提供極好的非侵入性診斷工具[6-9]。近年來,microRNA的表達(dá)改變被認(rèn)為是包括乳腺癌在內(nèi)的各種癌癥中最可靠的診斷生物標(biāo)志物[10]。

        PALLD基因起始位點(diǎn)和選擇性剪接導(dǎo)致該基因編碼多個(gè)亞基,其亞基參與細(xì)胞的遷移,尤其是乳腺癌細(xì)胞的遷移[11]。通過細(xì)胞外基質(zhì)降解與細(xì)胞骨架[11]的連接、調(diào)節(jié)胞漿體和胞壁凸出形成[12-13]等多種機(jī)制,促進(jìn)細(xì)胞的侵襲和運(yùn)動(dòng)。PALLD基因表達(dá)的Palladin蛋白與miR-96和miR-182表達(dá)呈顯著的負(fù)相關(guān)關(guān)系,Palladin表達(dá)與浸潤(rùn)性乳腺癌細(xì)胞淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移呈正相關(guān)[14]。本資料結(jié)果顯示,在乳腺癌患者血漿中的miR-96和miR-182水平顯著低于健康對(duì)照組,筆者認(rèn)為乳腺癌患者血漿中miR-96和miR-182水平低,Palladin蛋白水平較高,而高水平的Palladin蛋白參與對(duì)于細(xì)胞的遷移和侵襲活動(dòng)具有促進(jìn)作用。本資料中Ⅲ期和Ⅳ期乳腺癌患者血漿中miR-96和miR-182水平低,同理Palladin蛋白水平較高,細(xì)胞的遷移和侵襲活動(dòng)較強(qiáng)。

        本資料結(jié)果顯示,攜帶突變型C等位基因的群體患乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)低于野生型等位基因(G)攜帶者,且突變型乳腺癌患者進(jìn)展的風(fēng)險(xiǎn)較低。野生型患者血漿miR-96和miR-182水平顯著低于突變型,作者推測(cè)C等位基因與miR-96和miR-182能夠更好的結(jié)合,使miR-96和miR-182能夠更好的發(fā)揮調(diào)控作用,顯著降低Palladin蛋白的表達(dá),降低乳腺癌的發(fā)生率和乳腺癌細(xì)胞的遷移和侵襲能力。然而,有研究者認(rèn)為miR-96在乳腺癌中具有促癌作用,如有研究者發(fā)現(xiàn)miR-96可能通過調(diào)節(jié)ABCA1抑制細(xì)胞凋亡,從而在乳腺癌中發(fā)揮致癌作用[15]。Hong等[16]研究認(rèn)為miR-96可通過沉默PTPN9促進(jìn)乳腺腫瘤發(fā)生,對(duì)于不同研究結(jié)果作者認(rèn)為miR-96在機(jī)體內(nèi)的靶點(diǎn)并不唯一,通過不同靶點(diǎn)作用可能產(chǎn)生不同的調(diào)控結(jié)果。

        綜上所述,PALLD基因rs1071738位點(diǎn)單核苷酸多態(tài)性與乳腺癌的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)和進(jìn)展相關(guān),可能機(jī)制是PALLD基因rs1071738位點(diǎn)單核苷酸多態(tài)性影響miR-96和miR-182的調(diào)控作用。

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