計(jì)曉沁 蔣林華

摘 ?要： 為了提取通過冷凍電鏡獲得的微管圖像中的微管目標(biāo)，本文提出了一種改進(jìn)的區(qū)域生長法。首先根據(jù)對(duì)微管圖像的分析，提出了一種針對(duì)高噪聲微管圖像的復(fù)合增強(qiáng)方案，有效的增強(qiáng)了圖像對(duì)比度。然后使用Otsu算法對(duì)微管圖像進(jìn)行粗分割。最后，再用區(qū)域生長法提取微管目標(biāo)。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，該方法有較強(qiáng)的抗噪性，同時(shí)能夠準(zhǔn)確提取微管目標(biāo)。

關(guān)鍵詞： 區(qū)域生長法;微管;冷凍電鏡;Otsu

中圖分類號(hào)： TP391. 41 ? ?文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼： A ? ?DOI：10.3969/j.issn.1003-6970.2019.06.003

本文著錄格式：計(jì)曉沁，蔣林華. 高噪聲顯微圖像下的微管提取算法研究[J]. 軟件，2019，40（6）：1316

【Abstract】： In order to extract microtubule targets from microtubule images obtained by cryoelectron microscopy， an improved regional growth method was proposed. Firstly， according to the analysis of the microtubule image， a composite enhancement scheme for the high-noise microtubule image was proposed， which effectively enhanced the image contrast. Then the microtubule image is roughly segmented by Otsu algorithm . Finally， regional growth method was used to detect microtubule targets. Experimental results show that this method has strong noise resistance and can accurately extract microtubule targets.

【Key words】： Regional growth method; Microtubules; Cryoelectron microscope; Otsu

0 ?引言

癌癥的治療一直都是醫(yī)學(xué)研究難以攻克的難點(diǎn)。癌癥是由癌細(xì)胞病變引起的惡性腫瘤，而癌基因的非正常表達(dá)會(huì)影響癌細(xì)胞內(nèi)部微管組織的形態(tài)，從而導(dǎo)致微管結(jié)構(gòu)發(fā)生巨大變化，同時(shí)研究者發(fā)現(xiàn)，微管[1-2]是主要抗癌藥物的靶點(diǎn)。因此對(duì)于微管的深入研究可以為醫(yī)學(xué)研究人員攻克細(xì)胞癌變等醫(yī)學(xué)難題及開發(fā)新型的抗癌藥物提供幫助。

冷凍電鏡[3]是重要的結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究方法，將通過冷凍電鏡獲取的生物醫(yī)學(xué)圖像與計(jì)算機(jī)技術(shù)相結(jié)合進(jìn)行醫(yī)學(xué)研究也是當(dāng)下的熱點(diǎn)。數(shù)字化處理Cyro-EM圖像也是目前的一個(gè)新話題。目前為止，研究人員已經(jīng)提出了許多生物大分子的提取算法，針對(duì)微管目標(biāo)提取的算法研究也做出了一些成功的嘗試。Yan[4]等人設(shè)計(jì)了一種非線性濾波器來檢測微管，Yue[5]等人改進(jìn)了CV模型實(shí)現(xiàn)了微管的分割。

本文提出一種新的算法來提取微管目標(biāo)。首先，使用中值濾波[6]和直方圖均衡化對(duì)存在高噪聲的冷凍電鏡微管圖像進(jìn)行預(yù)處理，提高圖像的質(zhì)量;接著使用Otsu算法及區(qū)域生長法提取圖像中的微管目標(biāo);最后使用形態(tài)學(xué)方法[7]來填充微管目標(biāo)中的孔洞，獲得最終的微管目標(biāo)。

1 ?噪聲分析

微管圖像是通過冷凍電鏡技術(shù)獲取的，在獲取微管圖像時(shí)，為了不破壞原始的生物組織形態(tài)，加至每幅圖像的透射電子累積劑量不能超200e-/nm2，因此，幾乎所有的微管圖像都存在極高的噪聲，且信噪比極低。如圖1所示，（a）是通過冷凍電鏡獲取的原始微管圖像，（b）是（a）中各像素在三維空間的灰度分布圖，（c）是（a）中虛線采樣處的灰度分布圖。

從（a）中可以明顯看出，微管圖像的前景和背景灰度差別很小，微管目標(biāo)與背景的邊緣信息不明顯，對(duì)比度極低;而且圖像中除微管目標(biāo)外，還有冰粒和因電子束照射而受損的其他細(xì)胞器等噪聲顆粒。（b）和（c）中可以看出，整幅圖像以及水平取樣線的灰度幅度都劇烈抖動(dòng)，說明圖像中存在很高的噪聲，信噪比很低。

由此可以發(fā)現(xiàn)，通過冷凍電鏡獲取的微管圖像質(zhì)量極差，且圖像內(nèi)部組成復(fù)雜，微管目標(biāo)較背景占圖像比例較小。因此，要提取出其中的微管目標(biāo)是一個(gè)很大的挑戰(zhàn)。

2 ?直方圖均衡化

直方圖均衡化[8]是圖像處理領(lǐng)域中利用圖像直方圖對(duì)對(duì)比度進(jìn)行調(diào)整的方法。其基本思想是把原始圖的直方圖變換為均勻分布的形式，這樣就增加了像素灰度值的動(dòng)態(tài)范圍，從而達(dá)到增強(qiáng)圖像整體對(duì)比度的效果。

直方圖是表示數(shù)字圖像中每一灰度出現(xiàn)頻率的統(tǒng)計(jì)關(guān)系。直方圖能給出圖像灰度范圍、每個(gè)灰度的頻度和灰度的分布、整幅圖像的平均明暗和對(duì)比度等概貌性描述?；叶戎狈綀D是灰度級(jí)的函數(shù)， 反映的是圖像中具有該灰度級(jí)像素的個(gè)數(shù)， 若大部分像素集中在低灰度區(qū)域， 圖像呈現(xiàn)暗的特性; 若像素集中在高灰度區(qū)域， 圖像呈現(xiàn)亮的特性。

x3 ?OTSU算法

OTSU[9]由日本學(xué)者大津于1979年提出，它是一種確定圖像二值化分割閾值的算法，被認(rèn)為是圖像分割中閾值選取的最佳算法，計(jì)算簡單，不受圖像亮度和對(duì)比度的影響。它是按圖像的灰度特性，將圖像分成背景和前景兩部分。

對(duì)于圖像I（x，y），前景和背景的分割閾值記作T，屬于前景的像素點(diǎn)數(shù)占整幅圖像的比例記為 ，其平均灰度 ;背景像素點(diǎn)數(shù)占整幅圖像的比例為 ，其平均灰度為 。圖像的總平均灰度記為 ，類間方差記為g。

4 ?區(qū)域生長法

區(qū)域生長法[10]最早是有Levine等人提出的圖像分割算法，它的基本思想是將有相似性質(zhì)的像素點(diǎn)合并到一起。對(duì)每一個(gè)區(qū)域要先指定一個(gè)種子點(diǎn)作為生長的起點(diǎn)，然后將種子點(diǎn)周圍領(lǐng)域的像素點(diǎn)和種子點(diǎn)進(jìn)行對(duì)比，將具有相似性質(zhì)的點(diǎn)合并起來繼續(xù)向外生長，直到?jīng)]有滿足條件的像素被包括進(jìn)來為止。

區(qū)域生長算法的設(shè)計(jì)主要由以下三點(diǎn)：生長種子點(diǎn)的確定，區(qū)域生長的條件，區(qū)域生長停止的條件。種子點(diǎn)的個(gè)數(shù)根據(jù)具體的問題可以選擇一個(gè)或者多個(gè)，并且根據(jù)具體的問題不同可以采用完全自動(dòng)確定或者人機(jī)交互確定。

5 ?仿真及實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析

5.1 ?仿真環(huán)境

仿真實(shí)驗(yàn)是在Windows10環(huán)境下執(zhí)行的，編程語言利用Matlab實(shí)現(xiàn)。實(shí)驗(yàn)選取了一系列2191* 1916大小的高噪聲冷凍電鏡微管圖像作為算法測試的原始圖像。

5.2 ?算法流程

5.3 ?實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析

（1）圖像預(yù)處理

根據(jù)對(duì)微管圖像的分析知道，通過冷凍電鏡獲取的微管圖像存在很高的噪聲，信噪比極低，前景與背景的邊緣不清晰，而且還有冰粒、受損細(xì)胞器等顆粒噪聲。這些噪聲的存在對(duì)于微管目標(biāo)的提取存在很大的影響，首先對(duì)圖像進(jìn)行預(yù)處理，以便后續(xù)微管目標(biāo)的提取。

由于圖像中存在的噪聲比較復(fù)雜，首先，使用中值濾波對(duì)圖像進(jìn)行平滑以濾除脈沖噪聲，同時(shí)保護(hù)目標(biāo)的邊緣不被模糊;然后，使用直方圖均衡來增強(qiáng)圖像對(duì)比度。圖3中（a）為原圖，（b）為中值濾波圖像，（c）為直方圖均衡后的圖像，（d）為直方圖均衡化后微管圖像的三維灰度圖，（e）為去噪前后（a）中虛線采樣處的灰度對(duì)比圖。可以看出，原始微管圖像的灰度值劇烈抖動(dòng)，表明圖像噪聲污染嚴(yán)重，而經(jīng)過直方圖均衡化后的圖像，圖像的尖峰噪聲得到了很好的抑制，且圖像的對(duì)比度得到增強(qiáng)。

（2）目標(biāo)提取

經(jīng)過預(yù)處理后的圖像質(zhì)量得以提高，圖像邊緣更加清晰。接著，利用OTSU算法將預(yù)處理后的圖像進(jìn)行閾值化。結(jié)果如圖4（a）所示?？梢园l(fā)現(xiàn)，閾值化后的圖像除需要的微管目標(biāo)外，還存在許多細(xì)胞器等大顆粒污染物。接著，在閾值化后的圖像上，采用人機(jī)交互的方式選區(qū)種子點(diǎn)，執(zhí)行區(qū)域生長算法，得到（b）中所示的微管目標(biāo)。由于區(qū)域生長之后的圖像會(huì)出現(xiàn)一些空洞，因此利用形態(tài)學(xué)中的膨脹運(yùn)算來填充空洞部分，得到（c）中所示的微管目標(biāo)。

5.4 ?實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析

圖像經(jīng)過中值濾波及直方圖均衡進(jìn)行預(yù)處理后，提高了圖像的質(zhì)量，然后用Otsu算法結(jié)合區(qū)域生長算法進(jìn)行微管目標(biāo)的提取，最后用形態(tài)學(xué)來填充微管目標(biāo)中的孔洞。實(shí)驗(yàn)選取了一系列的圖像進(jìn)行測試，由測試結(jié)果可以發(fā)現(xiàn)，本文提出的算法有效提高了圖像質(zhì)量，并且可以有效提取微管目標(biāo)。

6 ?結(jié)論

本文通過分析冷凍電鏡圖像存在的高噪聲問題，針對(duì)性地提出了一種基于直方圖均衡、OTSU算法與區(qū)域生長算法相融合的目標(biāo)提取方法。并用一系列冷凍電鏡微管圖像進(jìn)行了實(shí)驗(yàn)，對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行分析表明該方法能有效獲取微管目標(biāo)。在下一步的學(xué)習(xí)過程中可以就如何自動(dòng)選區(qū)區(qū)域生長的種子點(diǎn)進(jìn)行探討，來提高目標(biāo)獲取的效率。

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