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        鈣濃度對(duì)聚谷氨酸合成通路中α-酮戊二酸脫氫酶的表達(dá)調(diào)控

        2019-09-04 08:35:00張宸韓真
        生物化工 2019年4期
        關(guān)鍵詞:脫氫酶谷氨酸菌體

        張宸,韓真

        (陜西地建房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)集團(tuán)有限責(zé)任公司,陜西西安 710075)

        聚谷氨酸是由L-谷氨酸和D-谷氨酸單體縮合而成的環(huán)境友好型高分子材料,具有良好的水溶性、生物降解性及生物兼容性,在食品、醫(yī)藥和工農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域具有廣泛的應(yīng)用前景。本研究前期從納豆中分離到一株高產(chǎn)γ-PGA的納豆芽孢桿菌HSF 1410,在發(fā)酵過(guò)程中添加 0.1‰(w/v)的 CaCl2能有效降低發(fā)酵液黏度,提高γ-PGA產(chǎn)量,且不會(huì)引起γ-PGA分子量變化[1]。實(shí)驗(yàn)中測(cè)得菌體內(nèi)α-酮戊二酸脫氫酶的酶活明顯提高,使得α-酮戊二酸更多的發(fā)生氨基化反應(yīng)形成谷氨酸,進(jìn)而合成更多的γ-PGA。

        γ-PGA合成途徑涉及多種酶類(lèi),金屬離子對(duì)發(fā)酵過(guò)程有重要作用。于B.licheniformisNCIMB 11709、B.subtilisNX-2發(fā)酵液中添加不同濃度Mn2+,可獲得不同的γ-PGA D-異構(gòu)體[2]。于Bacillus sp.RKY3 發(fā)酵液中添加少量 Mg2+或 K+,能激發(fā)細(xì)胞生長(zhǎng)及增加γ-PGA產(chǎn)量[3]。通常情況下,由于聚合物不斷積累,γ-PGA發(fā)酵液會(huì)隨著時(shí)間的增加變得非常黏稠,這個(gè)現(xiàn)象會(huì)嚴(yán)重限制溶氧傳質(zhì),導(dǎo)致細(xì)胞生長(zhǎng)緩慢,同時(shí)造成γ-PGA產(chǎn)量下降[4]。據(jù)報(bào)道,向發(fā)酵液中加入NaCl可以有效減少泡沫、降低黏度,然而NaCl的加入會(huì)明顯降低γ-PGA的分子量大小[5]。

        本研究從胞內(nèi)調(diào)控角度,研究鈣離子是否調(diào)控了編碼α-酮戊二酸脫氫酶基因的轉(zhuǎn)錄水平,進(jìn)而使酶活性增加,聚谷氨酸產(chǎn)量提高。期望這一研究結(jié)果能夠?yàn)檫M(jìn)一步提高γ-PGA合成水平提供人為控制的技術(shù)策略。

        1 材料與方法

        1.1 材料與儀器

        (1)菌株納豆芽孢桿菌 Bacillus subtilisnatto HSF 1410。(2)試劑Trizol,購(gòu)自上海生工生物有限公司;反轉(zhuǎn)錄試劑盒 PrimeScript RT reagent Kit with gDNA Eraser、熒光定量試劑 SYBR? Premix Ex Taq?,購(gòu)自Takara公司;其余試劑均為進(jìn)口或國(guó)產(chǎn)分析純?cè)噭?/p>

        (3)實(shí)時(shí)定量 PCR 儀(PikoReal real-time PCR system美國(guó)Thermo公司);微量核酸蛋白測(cè)定儀(Nanodrop ND 2000型美國(guó)Thermo公司);高速離心機(jī)(1-14型Sigma公司);電泳儀(DYY-6C型北京市六一儀器廠);培清JS-680B全自動(dòng)凝膠成像分析儀(JS-680B型上海培清科技有限公司);隔水式恒溫培養(yǎng)箱(GSP-9080MBE型山海博訊實(shí)業(yè)有限公司醫(yī)療設(shè)備廠)。

        (4)引物實(shí)驗(yàn)選用gapdh作為內(nèi)參基因。采用Primer5.0軟件對(duì)引物進(jìn)行設(shè)計(jì)和分析,內(nèi)參基因gapdh引物序列 P1:TTCCGCACAAAGACTACCG;P2:AACACGCATTGCTCCACC。ogdh引物序列P3:AAAAGGGTATCAAGTAGGCGGT;P4:AGCATTGGCTGAGTGGTTGA。引物均在南京金斯瑞生物有限公司合成。

        (5)培養(yǎng)基。種子培養(yǎng)基:LB培養(yǎng)基。發(fā)酵培養(yǎng)基:葡萄糖 20g/L、谷氨酸鈉 10g/L、NH4Cl 1g/L、酵母粉 1g/L、K2HPO43g/L、MgSO40.2g/L,pH7.0,121℃滅菌 20 min。

        (6)100g/LCaCl2儲(chǔ)備液:稱(chēng)取 10g CaCl2,去離子水定容至100mL,121℃滅菌20min,4℃保存。

        1.2 實(shí)驗(yàn)方法

        1.2.1 發(fā)酵菌泥制備

        從HSF 1410保藏斜面上刮取一環(huán)菌體接至種子培養(yǎng)基(100mL/500mL),搖床上37℃、150r/min,12~16h得到種子培養(yǎng)液。在5份發(fā)酵培養(yǎng)基中分別加入CaCl2儲(chǔ)備液0、50、100、150μL和200μL,使CaCl2終濃度為0‰、0.05‰、0.1‰、0.15‰和0.2‰。按2%接種量(v/v)將種子培養(yǎng)液分別轉(zhuǎn)接至5份發(fā)酵培養(yǎng)基中,37℃、180r/min發(fā)酵24h。將發(fā)酵液稀釋5倍,轉(zhuǎn)移至50mL滅菌離心管,12000r/min、4℃離心10min收集菌體,用等體積預(yù)冷的生理鹽水(含 1mM PMSF,5mM DTT),12000r/min、4℃離心10min清洗菌體3次,得到新鮮菌泥。

        1.2.2 總RNA的提取

        與RNA接觸的器具均用DEPC水浸泡24h,121℃滅菌30min。菌泥中加入1mL無(wú)菌水,轉(zhuǎn)移至1.5mL離心管中,12000g、4℃離心2min收集菌體,棄上清。在研缽中加入液氮,迅速將含有菌泥的1.5mL離心管底部浸入液氮中速凍,保持液氮浴狀態(tài),使用一次性組織研磨杵迅速研磨菌體至菌體成粉末狀??焖偌尤?mL Trizol,用移液器反復(fù)吹吸至裂解液中無(wú)明顯沉淀,后續(xù)操作詳見(jiàn)Trizol使用說(shuō)明書(shū)。用微量核酸蛋白測(cè)定儀對(duì)總RNA進(jìn)行濃度值及純度檢測(cè);用甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳對(duì)總RNA進(jìn)行完整度檢測(cè)。

        1.2.3 反轉(zhuǎn)錄cDNA

        采用 Takara 公司的 PrimeScript? RT reagent Kit with gDNA Eraser試劑盒,操作步驟見(jiàn)說(shuō)明。所得cDNA立即用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)或于-20℃保存。

        1.2.4 實(shí)時(shí)定量PCR

        將實(shí)時(shí)定量PCR反應(yīng)體系加入96微孔板中,空白組以ddH2O代替cDNA加入,每個(gè)樣品3個(gè)復(fù)孔。加樣順序:SYBR 5μL,上游引物(10μM)0.4μL,下游引物(10μM)0.4μL,cDNA1μL,ddH2O 3.2μL。96孔板用透明膜封好,置于實(shí)時(shí)定量PCR儀中,按表1所述程序擴(kuò)增,檢測(cè)內(nèi)參及目的基因在樣本中的擴(kuò)增情況。

        表1 實(shí)時(shí)定量PCR反應(yīng)程序

        2 結(jié)果與分析

        2.1 總RNA檢測(cè)

        提取5組不同處理組中菌體總RNA,測(cè)得總RNA的OD260/OD280比值均在2.0左右,證明總RNA純度較高。甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果如圖1所示,23S及16S條帶清晰完整,總RNA完整性很好。

        1,2,3,4,5分別代表發(fā)酵液中CaCl2終濃度為0‰,0.05‰,0.1‰,0.15‰,0.2‰的樣品

        2.2 鈣離子對(duì)ogdh基因表達(dá)的影響

        圖2A代表CaCl2分別為0‰、0.05‰、0.1‰、0.15‰、0.2‰時(shí)GAPDH基因?qū)崟r(shí)定量PCR實(shí)驗(yàn)的擴(kuò)增曲線及熔解曲線 ;B代表CaCl2分別為0‰、0.05‰、0.1‰、0.15‰、0.2‰時(shí)ogdh基因定量PCR實(shí)驗(yàn)的擴(kuò)增曲線及熔解曲線

        圖1 總RNA電泳圖

        五個(gè)不同濃度鈣離子處理組目的基因ogdh與內(nèi)參基因GAPDH的PCR擴(kuò)增曲線及溶解曲線見(jiàn)圖2,擴(kuò)增曲線光滑,熔解曲線峰單一,說(shuō)明為特異性擴(kuò)增。

        不同濃度鈣離子處理組的ogdh表達(dá)水平結(jié)果見(jiàn)圖3。設(shè)定CaCl2濃度為0‰組的ogdh的相對(duì)表達(dá)量均為1時(shí),可計(jì)算出CaCl2分別為0‰、0.05‰、0.1‰、0.15‰、0.2‰時(shí),其ogdh相對(duì)表達(dá)量之比為:1∶1.672∶2.085∶4.468∶4.518。與CaCl2終濃度為0‰組相比,當(dāng)Ca2+在發(fā)酵培養(yǎng)基中濃度不斷升高時(shí),其ogdh基因表達(dá)量也隨之升高。

        3 結(jié)論

        實(shí)驗(yàn)從調(diào)控生物酶表達(dá)水平角度,研究了鈣離子對(duì)α-酮戊二酸脫氫酶的調(diào)節(jié)作用。結(jié)果顯示,在轉(zhuǎn)錄水平上Ca2+提高了編碼α-酮戊二酸脫氫酶基因的轉(zhuǎn)錄水平,使得酶表達(dá)量增加。α-酮戊二酸酶活提高從而加快TCA循環(huán),促進(jìn)內(nèi)源谷氨酸合成,最終提高聚谷氨酸產(chǎn)量。

        圖2-不同處理組GAPDH月ogdh擴(kuò)普曲線及溶解曲線

        圖3 不同鈣離子濃度下的ogdh相對(duì)表達(dá)量

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