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        大豆單株莢數(shù)QTL定位及整合

        2019-09-02 12:26:50楊玉花白志元張瑞軍衛(wèi)一超衛(wèi)保國
        華北農(nóng)學報 2019年4期
        關鍵詞:前人豆莢貢獻率

        楊玉花,白志元,張瑞軍,衛(wèi)一超,衛(wèi)保國

        (1.山西省農(nóng)業(yè)科學院 農(nóng)作物品種資源研究所,農(nóng)業(yè)部黃土高原作物基因資源與種質(zhì)創(chuàng)制重點實驗室,雜糧種質(zhì)資源發(fā)掘與遺傳改良山西省重點實驗室,山西 太原 030031;2.山西省農(nóng)業(yè)科學院 農(nóng)業(yè)資源與經(jīng)濟研究所,山西 太原 030006)

        大豆單株莢數(shù)是影響大豆產(chǎn)量的一個重要農(nóng)藝性狀,同時也是育種中的一個重要指標。在大豆產(chǎn)量構(gòu)成因素(百粒質(zhì)量、單株莢數(shù)、單株粒數(shù)等)中,單株莢數(shù)與產(chǎn)量相關性較高[1]。同時研究還發(fā)現(xiàn),單株莢數(shù)與百粒質(zhì)量、每莢粒數(shù)、主莖節(jié)數(shù)等重要性狀關聯(lián)度和相關系數(shù)較高[2],單株莢粒數(shù)的提高對百粒質(zhì)量等農(nóng)藝性狀不會有較大的負面影響[3],說明通過選育較高單株莢數(shù)的材料來提高大豆產(chǎn)量是可行的。因此,可以通過選擇較多單株莢數(shù)的材料進行聚合育種,從而更有效地提高大豆產(chǎn)量。

        單株莢數(shù)是一個非常復雜的性狀,它是由多因素調(diào)控的,其中最關鍵的3個過程分別為花芽分化數(shù)、胚珠成功受精比率和成功受精后的胚胎正常發(fā)育為莢果的比率[4]?;ㄑ康姆只桶l(fā)育決定子房胚珠數(shù)和可育胚珠比率。成功受精胚珠比率是由受精過程所決定的,其中包括花粉育性、花粉與柱頭的接觸量、花粉粒的萌發(fā)、受精條件以及花粉管的導入等過程。受精后的胚珠最終是否能發(fā)育為種子由結(jié)合子發(fā)育過程決定。然而其中任何一個生物學過程都是相當復雜的,因此,將通過研究每一個過程的分子機理和功能,才能最終將單株莢數(shù)這個復雜的性狀解析開來。

        單株莢數(shù)是一個典型的數(shù)量性狀,受多基因控制,同時也易受環(huán)境的影響。目前,就國內(nèi)外已有的關于大豆莢數(shù)QTL定位研究的報道可知[5-16],定位了約50多個QTLs位點,這些位點幾乎分布于大豆20條染色體上(除B2和H);解釋表型變異平均值為13.4%,約有69%的QTLs解釋表型變異在20%之下,主效莢數(shù)QTL也較少。

        本研究利用多莢材料C025和少莢材料JD18為親本,然后利用雙親構(gòu)建的F2群體定位大豆單株莢數(shù)QTL,通過定位的大豆莢數(shù)QTL,闡明大豆單株莢數(shù)的分子機制;同時整合前人對大豆莢數(shù)定位的QTL,解析大豆單株莢數(shù)QTL在全基因組的分布以及聯(lián)系,旨在為選育大豆較高單株莢數(shù)提供材料基礎并為后續(xù)研究大豆單株莢數(shù)分子機制奠定基礎。

        1 材料和方法

        1.1 試驗材料

        本研究使用的親本材料C025(多莢)和JD18(少莢)來源于山西省農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)作物品種資源研究所,雙親雜交得到182個單株F2群體。2016年5-10月在太原山西省農(nóng)業(yè)科學院東陽基地完成雜交試驗得到F1雜交種,2017年5-10月和2018年5-10月(太原2017年、太原2018年)連續(xù)2 a在太原山西省農(nóng)業(yè)科學院東陽基地完成親本和F2群體田間種植和表型鑒定。

        1.2 試驗方法

        田間試驗按照完全隨機區(qū)組設計,3次重復,每個小區(qū)2行,行距(株距為50.0 cm×13.5 cm。大豆成熟時,每個小區(qū)選擇10個代表單株人工統(tǒng)計莢數(shù)。具體調(diào)查標準參照《中國大豆品種志》[17]進行。

        1.3 QTL定位分析

        利用在公共數(shù)據(jù)庫中已發(fā)表的大豆遺傳連鎖圖譜(https://soybase.org/),結(jié)合莢數(shù)表型鑒定進行QTL定位。QTL掃描采用WinQTL Cartographer 2.5軟件(http://statgen.ncsu.edu/qtlcart/WQTLCart.htm)中的復合區(qū)間作圖法[18]。LOD閾值顯著性采用1 000次排布測驗分析[19],基本參數(shù)步長、窗口大小、掃描間距和運行速度分別設置為1,10,5,1 cM,P=0.05顯著水平檢測并確認QTL。采用QTL-元分析方法整合前人研究的不同環(huán)境不同群體檢測的大豆莢數(shù)QTL[20]。

        1.4 數(shù)據(jù)分析

        利用SAS V8軟件中的PROC ANOVA程序?qū)Σ煌h(huán)境單株莢數(shù)表型進行方差分析,從而估算遺傳力。群體單株莢數(shù)頻率分布和親本間單株莢數(shù)的顯著性分析采用Excel中的函數(shù)進行。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 父母本及F2群體單株莢數(shù)表型變異和遺傳力分析

        親本C025和JD18在2個不同環(huán)境中的單株莢數(shù)均表現(xiàn)出極顯著差異(P<0.01),C025單株總莢數(shù)明顯高于JD18,是JD18的近2倍,并且在2 a表型考察中較穩(wěn)定(表1)。F2分離群體單株莢數(shù)在不同環(huán)境中都表現(xiàn)出廣泛的變異(2~150),并且有些株系有明顯的超親分離,表明控制大豆莢數(shù)的基因在2個親本中都存在。F2分離群體單株莢數(shù)在2個環(huán)境中都呈現(xiàn)近似正態(tài)分布,可以說明單株莢數(shù)符合數(shù)量性狀特征,適合利用QTL定位分析(圖1)。通過方差分析評估大豆莢數(shù)的遺傳力為65%,說明大豆莢數(shù)遺傳力較大,有利于進行后期的遺傳改良。

        表1 雙親和F2群體在2個不同環(huán)境下單株莢數(shù)表型分析Tab.1 Phenotypic variation of pod number per plant for parents and F2 population in two investigated environments

        實心箭頭是JD18;虛線箭頭是C025。 Solid arrows JD18; Dashed arrows C025.

        2.2 大豆單株莢數(shù)QTL定位分析

        利用1張包括1 015個SSR標記的大豆遺傳圖譜(https://soybase.org/),其覆蓋大豆基因組2 282.92 cM,長度為 71.31~165.73 cM,相鄰標記間的平均距離為2.44 cM,這些SSR標記在 20 條染色體上分布較均勻。利用軟件WinQTL Cartographer 2.5對2個環(huán)境的單株莢數(shù)分別進行全基因組QTL掃描,結(jié)果顯示,單環(huán)境下共檢測出33個QTLs,分別位于D1a、N、C1、C2、M、A2、K、O、B1、F、B2、E、J、D2、G、L和I 共17個染色體上,LOD值在2.8~15.1,貢獻率在0.2%~56.4%,平均值為14.9%。經(jīng)過元分析整合后,共定位23個QTLs,分別位于D1a、N、C1、C2、M、A2、K、O、B1、F、B2、E、J、D2、G、L和I 共17個染色體(表2)。其中,有10個QTLs在2個環(huán)境中被重復檢測到,分別定位于A2、D2、C2、I、B1、C1和J染色體上,LOD值在2.8~15.1,平均值為9.4,解釋的平均表型變異0.2%~56.4%,平均值為25.2%,其中有6個QTLs的貢獻率高于20%。qPN.C2-4、qPN.C1、qPN.J、qPN.D2-1和qPN.A2-1的貢獻率分別為29.5%,35.4%,38.9%,53.9%和56.4%,均高于前人定位的大豆莢數(shù)QTLs。通過比較發(fā)現(xiàn),qPN.C2-4和qPN.C1的置信區(qū)間與前人的研究重疊,并且本研究的效應值高于前人,同時QTL-qPN.A2-1的貢獻率為56.4%,是目前檢測到的效應值最大的控制大豆單株莢數(shù)的QTL。因此,這3個QTLs可看作控制大豆單株莢數(shù)的主效QTL,并對其進一步深入解析。

        表2 多環(huán)境檢測到的大豆單株莢數(shù)QTLsTab.2 Detected QTLs for pod number per plant of soybean from different environment

        2.3 大豆莢數(shù)QTL整合分析

        通過查閱已報道的與大豆莢數(shù)定位相關的文獻,結(jié)果顯示,共定位了51個QTLs,在大豆18個染色體上均有分布(在B2和H中沒有檢測到莢數(shù)QTL),其中,在C2染色體上并且在一個區(qū)段內(nèi)分布較為集中。經(jīng)過元分析整合前人定位的大豆莢數(shù)QTLs,最終確定39個QTLs,LOD值為2.80~6.83,貢獻率為6.54%~27.01%,平均值為13.4%(表3),約有69%的QTLs的貢獻率在20%之下,約有5個QTLs可看作主效QTLs。整合的39個QTLs,其中有6個重復檢測到的QTLs被整合,分別分布在B1、C1、C2、D1a和L染色體上。

        與前人研究的結(jié)果相比,本研究新定位了18個大豆單株莢數(shù)QTLs,并且首次在B2染色體上定位了1個控制大豆單株莢數(shù)的QTL(qPN.B2),充分補充了大豆單株莢數(shù)分子機制研究。同時還發(fā)現(xiàn),本研究定位的23個QTLs中有5個QTLs與前人的研究重疊,分別為qPN.C2-3、qPN.I、qPN.C2-4、qPN.C1和qPN.L,其中,qPN.C2-4和qPN.C1是本研究發(fā)現(xiàn)的主效QTL,說明qPN.C2-4和qPN.C1是可多環(huán)境多材料重復檢測的大豆單株莢數(shù)主效QTLs,這可為后續(xù)大豆單株莢數(shù)分子研究奠定基礎。

        表3 整合不同研究中檢測到的大豆莢數(shù)QTLsTab.3 Pod number QTLs of soybean in different studies

        表3(續(xù))

        3 結(jié)論與討論

        由于前人對大豆莢數(shù)QTL定位研究所用的遺傳圖譜和標記不一致,以至于目前還未得到一個完整的大豆莢數(shù)分子遺傳圖譜。本研究基于已有研究的大豆遺傳圖譜,將大豆莢數(shù)QTL整合在同一張遺傳圖譜上。這些QTLs幾乎分布于大豆20條染色體上(除H),其絕大部分的貢獻率在20%以下,只有幾個達到20%以上[7],這幾個QTLs可為后續(xù)大豆單株莢數(shù)QTL精細定位和基因克隆奠定基礎。

        本研究共定位了23個大豆單株莢數(shù)QTLs,其中有5個與已報道的QTL重疊,另外18個代表新的大豆單株莢數(shù)QTL定位,填補了在B2染色體上沒有檢測到大豆單株莢數(shù)QTL的空白(本研究定位了qPN.B2)。qPN.C2-4和qPN.C1雖然與前人研究重疊[5, 7],但是本研究的主效QTL貢獻率高于前人報道,說明QTL-qPN.C2-4和QTL-qPN.C1是控制大豆單株莢數(shù)的主效QTLs位點,可被不同材料和不同環(huán)境重復檢測,可作為后續(xù)精細定位和基因克隆的首選QTLs。同時本研究多環(huán)境檢測到qPN.A2-1的貢獻率為56.4%,是目前檢測到的效應值最大的QTL,并且與前人研究沒有重疊。因此可以看作是一個新的控制大豆單株莢數(shù)的QTL。

        整合前人對大豆單株莢數(shù)的研究發(fā)現(xiàn),目前僅處于一個初步研究階段,還未闡明大豆單株莢數(shù)分子機理。Wang等[21]在大豆中克隆GmCYP78A10基因,通過分析發(fā)現(xiàn),GmCYP78A10基因的表達影響大豆單株莢數(shù)。目前,還未有其他有關基因在大豆中報道,這可能與大豆單株莢數(shù)性狀復雜并且受環(huán)境條件影響較大難以精準鑒定有關。

        總之,本研究定位的3個主效QTLs貢獻率均較大,完全具備進一步精細定位和基因克隆的基礎,從而可為大豆單株莢數(shù)遺傳改良打下堅實的理論基礎和技術服務。

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