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        豬用生物制品及相關豬源原輔材料中非洲豬瘟病毒核酸的檢測方法

        2019-07-17 08:35:00
        四川畜牧獸醫(yī) 2019年7期
        關鍵詞:核酸酶豬源緩沖液

        1 適用范圍

        1.1 豬用及采用豬源原輔材料制備的生物制品成品及半成品。

        1.2 豬源毒種。

        1.3 豬源細胞及相關制品生產用細胞。

        1.4 其他豬源原輔材料,如組織、血清、胰酶衍生物等。

        2 取樣和處理

        2.1 疫苗

        2.1.1 活疫苗 取至少2瓶樣品,按瓶簽注明頭份用適宜稀釋液分別稀釋成10頭份/0.2mL,等量混合,取混合液進行核酸提取。

        2.1.2 滅活疫苗 取至少2瓶樣品,等量混合后進行以下處理:

        2.1.2.1 油佐劑滅活疫苗 取36 mL混合疫苗,加入正戊醇4.0 mL,充分振蕩混合1 min,2~8℃冰箱靜置不少于60 min,直至油相和水相分離。取水相進行核酸提取。

        2.1.2.2 水性佐劑滅活疫苗

        (1)鋁膠佐劑滅活疫苗 取混合疫苗5.0mL,搖勻,加入0.25 g解離劑CPG-odn(人工合成的寡聚核苷酸),放入搖床(200 r/min)37℃解離1 h,5000r/min離心10min,取上清液進行核酸提取。

        (2)其他水性佐劑滅活疫苗 直接取混合樣品進行核酸提取。

        2.2 其他生物制品和半成品凍干類制品,按活疫苗進行取樣和處理;液體制品及半成品,取至少2份(瓶)樣品,等量混合,取混合液進行核酸提取。

        2.3 豬源毒種 取至少2支毒種。凍干毒種,按凍干前體積復溶后等量混合,取混合液進行核酸提??;非凍干毒種,等量混合后直接取混合液進行核酸提取。

        2.4 豬源細胞 除另有規(guī)定外,取至少2瓶細胞濃度不少于107.0個細胞/mL的細胞懸液進行核酸提取。

        2.5 其他豬源原輔材料

        2.5.1 豬組織 每種組織,分別取樣和處理。取不少于2.0g組織,研磨后用5倍體積滅菌PBS懸浮,70℃滅活30min,4℃下以2000~3000g離心10min,取上清液進行核酸提取。

        2.5.2 豬血清 每批血清取至少2個最小包裝的樣品,等量混合,取混合液進行核酸提取。

        2.5.3 豬胰酶 干粉狀胰酶,取至少2份樣品,根據使用情況分別配制成不低于2.5%濃度的溶液,等量混合,取混合液進行核酸提?。灰后w胰酶,取至少2個最小包裝的樣品,等量混合,取混合液進行核酸提取。

        2.5.4 其他豬源衍生物 固體、液體或干粉狀豬源衍生物,可分別按組織、血清或干粉狀胰酶的方法進行取樣和樣品處理。

        3 核酸提取

        3.1 試劑和器材

        3.1.1 試劑 根據核酸提取方法確定,如氯仿、異丙醇、無水乙醇、0.1mol/L檸檬酸鈉(含10%乙醇)、75%乙醇等。

        3.1.2 儀器 核酸含量測定儀;常溫臺式離心機;旋渦振蕩器;水浴鍋;微量移液器1套(最大量程分別為10、100、200、1000μL)。

        3.1.3 耗材 1.5 mL帶蓋離心管,無菌吸頭(0~10、0~200、100~1000μL),一次性乳膠手套。

        3.2 操作程序 采用Trizol法(也可以選擇其他等效核酸提取方法)提取樣品中的DNA。

        3.2.1 取樣品250μL,加入750μL Trizol,顛倒混勻,室溫放置5min。

        3.2.2 加入200 μL氯仿,充分混勻,室溫放置10min,4℃下以12000g離心15min。

        3.2.3 棄去上清液,加入220 μL無水乙醇,顛倒混合,15~30℃放置2~3 min,2~8℃以2 000 g離心5min,沉淀物即為DNA。

        3.2.4 棄去上清液,加入含10%乙醇的0.1 mol/L檸檬酸鈉750μL洗滌DNA,15~30℃放置30min,2~8℃以2000g離心5min。重復一次。

        3.2.5 加入75%乙醇1.2 mL,重懸DNA沉淀,15~30℃放置20 min,4℃以2 000 g離心5 min??芍貜鸵淮?,充分洗滌DNA沉淀。

        3.2.6 棄去上清液,敞開離心管管口,在空氣中干燥5~10min,加入30~50μL無核酸酶滅菌水溶解DNA,-20℃以下保存?zhèn)溆谩?/p>

        3.3 注意事項

        3.3.1 核酸提取試劑具有腐蝕和強變性能力,應做好個人防護,佩戴手套、口罩和護目鏡,防止液體飛濺到皮膚和眼睛。

        3.3.2 后續(xù)的核酸檢測敏感性很高,要防止樣品之間相互污染,最好使用帶濾芯的槍頭,且每次吸取液體時均需更換槍頭。

        3.3.3 為防止核苷酸降解,應避免核酸酶污染,使用的耗材均需無核酸酶。

        3.3.4 做好剩余樣品的無害化處理及操作臺面的消毒處理。剩余樣品可通過高壓滅菌或煮沸處理,也可放在1%衛(wèi)可或2%氫氧化鈉消毒液中浸泡處理,操作臺面使用1%衛(wèi)可擦拭。

        3.3.5 提取后的DNA樣品要用錫箔紙封存,取樣時應用槍頭直接刺破錫箔紙取樣,防止污染。

        4 檢測

        下列兩種方法可任選其一。

        4.1 實時熒光定量PCR檢測法

        4.1.1 試劑

        4.1.1.1 熒光定量PCR試劑 本操作中以Applied Biosystems TaqMan Gene Expression Assays kit為例,也可選用其他熒光定量PCR試劑。

        4.1.1.2 擴增引物及探針 擴增引物如下:

        ASF-05-Zsak-1466F(10μmol/L):5′-CCTCGG CGAGCGCTTTATCAC-3′;ASF-05-Zsak-1528R(10μmol/L):5′-GGAAACTCATTCACCAAATCCT T-3′。

        探針 ASF-05-Zsak-1486prob(10 μmol/L):5′-FAM-CGATGCAAGCTTTAT-MGB-3′。

        4.1.1.3 無核酸酶的滅菌水 PCR級別。

        4.1.2 儀器 熒光定量PCR儀;微量移液器1套(最大量程分別為10、100、200、1000μL)。

        4.1.3 耗材 1.5 mL帶蓋離心管,0.2 mL薄壁PCR管,熒光定量PCR 96孔板,0.1 mL熒光PCR八連管,無菌吸頭(0~10、0~200、100~1000μL),一次性乳膠手套。

        4.1.4 操作程序

        4.1.4.1 樣品DNA制備 按照前述方法進行核酸提取。

        4.1.4.2 反應體系的配制 配制比樣品數量至少多4個的反應體系,同時設置強陽性、弱陽性和陰性對照。在強陽性和弱陽性對照反應管中分別加入含有非洲豬瘟P72基因的標準質粒DNA各3μL,在陰性對照反應管中加入3μL無核酸酶滅菌水。每個PCR反應管中應包含以下成分:

        images/BZ_38_1321_2475_2225_2529.png2×ABI TaqMan Gene ExpressionMix ASF-05-Zsak-1466F(10 μmol/L)ASF-05-Zsak-1528R(10μmol/L)探針(10μmol/L)DNA無核酸酶滅菌水10 1 1 0.8 3 4.2總量20

        4.1.4.3 反應程序 將所有待檢樣品和強陽性、弱陽性、陰性對照反應管放在熒光定量PCR儀中,按照以下程序進行擴增:50℃ 2min,95℃ 5min,95℃ 15s,58℃退火延伸1min,45個循環(huán)(熒光信號收集在每次循環(huán)的退火延伸時進行)。

        4.1.4.4 結果判定

        (1)閾值設定 試驗操作結束后,確定Ct值。Ct值為每個樣品反應管內熒光信號到達設定閾值時所經歷的循環(huán)數。

        閾值設定原則:根據儀器噪聲情況進行調整,以閾值線剛好超過陰性對照擴增曲線的最高點為準。

        (2)質控標準 對照組的檢測結果應符合以下情況,此次檢測方為有效:陰性對照無Ct值,且無擴增曲線;強陽性對照的Ct值應在18~22之間,并出現典型的擴增曲線;弱陽性對照的Ct值應在33~35之間,并出現典型的擴增曲線。

        (3)判定 陰性:無Ct值,且未出現擴增曲線,判定為樣品中無ASFV核酸;陽性:Ct值≤40,且出現典型的擴增曲線,判定為樣品中存在ASFV核酸;可疑:Ct值>40,且出現典型擴增曲線,判定為可疑,應重檢。重檢后,Ct值≤40且出現典型擴增曲線者,判定為陽性,其他情況均判定為陰性。

        4.2 普通PCR檢測法

        4.2.1 試劑

        4.2.1.1 PCR試劑 10×PCR緩沖液(含25mmol/L Mg2+),DNA擴增酶,dNTP預混液。

        4.2.1.2 擴增引物 primer PPA-1(10 μmol/L):5′-AGTTATGGGAAACCCGACCC-3′(上游引物);primer PPA-2(10 μmol/L):5′-CCCTGAATCGGAGCATCCT-3′(下游引物)。

        4.2.1.3 DNA分子量標準品 DL500。

        4.2.1.4 TAE電泳緩沖液 配制方法見《電泳液標準配制流程》。

        4.2.1.5 1%瓊脂糖凝膠板 在100mL 1×TAE緩沖液中加入1 g瓊脂糖,加熱融化,加入5.0 μL(10 mg/mL)溴化乙錠,混勻,倒入水平放置的凝膠盤中,膠板厚度達5.0mm左右。根據樣品數量選用適宜的梳子。待凝膠冷卻凝固后拔出梳子(膠中形成加樣孔),放入電泳槽中,加1×TAE緩沖液淹沒膠面。

        4.2.2 儀器 DNA擴增儀,穩(wěn)壓穩(wěn)流電泳儀,水平電泳槽,凝膠成像系統(或紫外透射儀),微量移液器1套。

        4.2.3 耗材 1.5 mL帶蓋離心管,0.2 mL薄壁PCR管,無菌吸頭(0~10、0~200、100~1000 μL)。

        4.2.4 操作程序

        4.2.4.1 樣品DNA制備 按照前述方法進行核酸提取。

        4.2.4.2 反應體系的配制 配制比樣品數量至少多3個的反應體系,同時設立陽性和陰性對照。在陽性對照反應管中加入非洲豬瘟P72基因重組質粒2.0μL,在陰性對照反應管中加入2.0μL無核酸酶滅菌水。每個PCR反應管中應包含以下成分:

        images/BZ_39_1321_970_2225_1020.png10×PCR緩沖液DNA擴增酶dNTP PPA-1(10 μmol/L)PPA-2(10 μmol/L)DNA無核酸酶滅菌水2 1 0.5 1 1 2 12.5總量20

        4.2.4.3 反應程序 將所有待檢樣品及陽性、陰性對照反應管放在PCR儀中,按照以下程序進行擴增:94℃ 2min,94℃ 30s,60℃ 30s,72℃ 30s,35個循環(huán);72℃ 10min,4℃保存。

        4.2.4.4 PCR擴增產物分析 取PCR擴增產物10 μL,加6×加樣緩沖液2.0 μL,混勻,用1.5%瓊脂糖凝膠對混合物進行電泳分析,電壓120V,電流50mA,電泳時間30min。電泳結束后,用凝膠成像系統拍照,記錄檢測結果。

        4.2.4.5 結果判定

        (1)質控標準 對照組的檢測結果應符合以下情況,此次檢測方為有效:陰性對照不應出現257 bp的特異性條帶;陽性對照應出現257 bp的特異性條帶。

        (2)判定 陽性:待檢樣品出現與陽性對照大小一致的擴增條帶,判定為非洲豬瘟病毒核酸陽性,擴增產物可通過DNA測序進一步確定基因型;陰性:待檢樣品未出現與陽性對照大小一致的擴增條帶,判定為非洲豬瘟病毒核酸陰性。

        4.3 注意事項

        4.3.1 檢測過程中應遵循PCR實驗分區(qū)原則,即應區(qū)分試劑配制區(qū)、樣本處理區(qū)、核酸擴增區(qū)。

        4.3.2 應避免在含有靶序列的區(qū)域中使用引物,防止污染靶序列。

        (本套檢測方法由農業(yè)農村部權威發(fā)布)

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