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        基于投影尋蹤分類法評價43份澳大利亞甘蔗種質(zhì)資源

        2019-06-11 03:00:54趙培方趙麗萍昝逢剛劉家勇
        亞熱帶農(nóng)業(yè)研究 2019年1期
        關(guān)鍵詞:分類法類群長勢

        趙 勇, 趙培方, 趙 俊, 趙麗萍, 昝逢剛, 姚 麗, 劉家勇

        (云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院甘蔗研究所,云南 開遠(yuǎn) 661699)

        種質(zhì)資源評價是甘蔗雜交育種的重要工作,主要對工農(nóng)藝性狀進(jìn)行比較,為雜交利用提供參考。我國甘蔗雜交親本體系的建立主要基于引進(jìn)種質(zhì)資源與國內(nèi)自主創(chuàng)制相結(jié)合[1]。國外甘蔗種質(zhì)資源在我國甘蔗親本體系和雜交育種中占有重要地位[2],外引親本對我國甘蔗品種改良發(fā)揮了重要作用[3-4]。據(jù)不完全統(tǒng)計,自20世紀(jì)50年代至2009年,我國利用引進(jìn)種質(zhì)育成的甘蔗品種有163個[3]。目前對甘蔗種質(zhì)資源的研究主要集中在兩方面。一是表型評價[5-8],即通過測量、比較表型性狀而實現(xiàn)評價和分類,是最直觀的評價;二是基于分子標(biāo)記技術(shù)對遺傳基礎(chǔ)深入解析[9-13]。其中,研究甘蔗表型性狀主要采用綜合分析法[14-16],即通過比較單項指標(biāo)以及指標(biāo)之間的因果關(guān)系或相關(guān)性而對樣本加以分析。但不同因子對綜合評價的影響程度(即權(quán)重)主要憑研究者的經(jīng)驗進(jìn)行評判,往往受到研究者主觀性的影響[17-18]。

        1974年Friedman和Turkey提出了投影尋蹤分類法(projectionpursuit clustering, PPC)[19]。所謂投影,就是從不同角度觀察數(shù)據(jù),尋找能夠最大程度地反映數(shù)據(jù)特征和最能充分挖掘數(shù)據(jù)信息的最優(yōu)投影方向[20]。其特點是在未知權(quán)重系數(shù)的情況下,通過把高維數(shù)據(jù)投影到低維(1~3維)子空間上[21]。該方法省去了專家打分評定的步驟,避免了專家打分的人為干擾,因此更為準(zhǔn)確和便捷,在定量評價指標(biāo)數(shù)據(jù)的處理上更具優(yōu)勢。目前該方法已應(yīng)用于水質(zhì)評價[22]、環(huán)境質(zhì)量綜合評價[23]、工業(yè)經(jīng)濟(jì)[24]等方面。在農(nóng)作物研究上的應(yīng)用主要集中在作物補(bǔ)償效應(yīng)[25]、水分利用評價[26]等,尚未見甘蔗上的應(yīng)用報道?;诖? 本研究利用投影尋蹤分類法對引進(jìn)的澳大利亞甘蔗種質(zhì)資源進(jìn)行評價,挖掘優(yōu)異的種質(zhì)資源,以期為我國甘蔗種質(zhì)創(chuàng)新提供參考,同時也為甘蔗種質(zhì)資源評價探索新方法。

        1 材料與方法

        1.1 試驗材料

        參試的澳大利亞雜交種質(zhì)資源共計43份,其中,Q型40份、KQ型3份。

        1.2 試驗設(shè)計

        1.2.1 試驗地與田間種植 試驗在云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院甘蔗研究所育種基地進(jìn)行。該試驗地為水田,海拔1 051.8 m,屬亞熱帶高原季風(fēng)氣候,光照資源充足,年日照時數(shù)2 382 h,年均氣溫20 ℃,年均降雨量771.1 mm,年潛在蒸發(fā)量1 987 mm,無霜期341 d左右。2016年12月29日進(jìn)行田間試驗(新植)。采用隨機(jī)區(qū)組設(shè)計,3次重復(fù),行長4.0 m、行距1.1 m,每個種質(zhì)、每個重復(fù)種植2行,每小區(qū)下芽52個,四周設(shè)保護(hù)行。試驗地管理同大田生產(chǎn)相一致。

        1.2.2 農(nóng)藝性狀調(diào)查 農(nóng)藝性狀調(diào)查采用分級方法,主要基于本試驗的分級需要并結(jié)合育種經(jīng)驗而設(shè)定指標(biāo)參數(shù)范圍。2017年10月25日至27日,田間調(diào)查43份種質(zhì)的株高、莖徑、有效莖、葉部病害嚴(yán)重度和總體長勢共5個農(nóng)藝性狀。其中,葉部病害嚴(yán)重度指田間自然發(fā)病的花葉病、銹病、褐條病等葉部病害的綜合反映。之后由3~4名本研究團(tuán)隊成員組成的分級小組以觀察到的性狀表現(xiàn)為分級依據(jù),對小區(qū)種質(zhì)群體進(jìn)行整體評估、討論分級。每個性狀指標(biāo)均分為5級,分級的數(shù)值范圍見表1。

        表1 甘蔗種質(zhì)資源重要農(nóng)藝性狀的分級Table 1 Classification reference for important agronomic traits of sugarcane germplasm resources

        1.2.3 品質(zhì)性狀檢測 于2017年11月至2018年3月對43份種質(zhì)進(jìn)行錘度、蔗糖分、蔗汁糖分、簡純度和纖維分檢測。各個種質(zhì)每次隨機(jī)檢測6條蔗莖(每重復(fù)3條蔗莖),共檢測5次。其中,糖分、蔗汁糖分、簡純度和纖維分檢測參考Liu et al[27]的方法。

        1.3 數(shù)據(jù)分析

        利用Excel 2013整理數(shù)據(jù)。采用DPS統(tǒng)計分析軟件對各農(nóng)藝性狀分級數(shù)據(jù)和主要品質(zhì)性狀指標(biāo)進(jìn)行方差分析和基本參數(shù)估計;采用投影尋蹤分類法對43份種質(zhì)資源進(jìn)行投影方向和投影值大小分析,并基于投影值的聚類分析對各種質(zhì)進(jìn)行分類評價,以篩選優(yōu)異種質(zhì)。其中,農(nóng)藝性狀指標(biāo)原始分級數(shù)據(jù)先進(jìn)行倒數(shù)處理,然后再進(jìn)行相關(guān)統(tǒng)計分析。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 主要工農(nóng)藝性狀差異分析

        2.1.1 農(nóng)藝性狀 方差分析表明,各種質(zhì)農(nóng)藝性狀差異均極顯著(P<0.01),變異系數(shù)在24.30%~35.21%之間,變異廣泛(表2)。

        2.1.2 品質(zhì)性狀 方差分析表明,各種質(zhì)品質(zhì)性狀間均存在極顯著差異(P<0.01),變異系數(shù)在5.31%~11.99%之間(表3)。除纖維分變異較大外,其他變異較穩(wěn)定。

        表2 43份澳大利亞甘蔗種質(zhì)主要農(nóng)藝性狀差異比較1)Table 2 Analysis of variance on main agronomic traits among 43 Australian sugarcane germplasm

        1)**表示差異達(dá)極顯著水平(P<0.01)。

        表3 43份澳大利亞甘蔗種質(zhì)主要品質(zhì)性狀差異比較1)Table 3 Analysis of variance on main quality traits among 43 Australian sugarcane germplasm

        1)**表示差異達(dá)極顯著水平(P<0.01)。

        2.2 投影尋蹤分類法評價

        2.2.1 投影方向分析 根據(jù)投影尋蹤分類法原理,投影方向各分量的大小反映了該指標(biāo)對甘蔗種質(zhì)綜合評價的影響程度。利用DPS統(tǒng)計分析軟件對43份參試種質(zhì)的主要農(nóng)藝性狀分級數(shù)據(jù)(倒數(shù))和品質(zhì)性狀(11月— 翌年3月均值)進(jìn)行投影尋蹤分類法分析,得到各性狀的投影方向(圖1)。從圖1可見,葉部病害嚴(yán)重度對甘蔗綜合指標(biāo)的影響最大,其次為甘蔗總體長勢;莖徑、有效莖、株高和蔗糖分的影響相當(dāng),纖維分和簡純度等其他品質(zhì)性狀指標(biāo)影響較小。

        2.2.2 投影值計算 確定投影方向后,基于主要工農(nóng)藝性狀的投影尋蹤分析,得到各甘蔗種質(zhì)資源的投影值(圖2)。從圖2可以看出,43份種質(zhì)投影值在0~2之間。其中,Q179最高(1.83),Q72最低(0.32),且各種質(zhì)投影值大小差異顯著。

        2.2.3 基于聚類分析對43份種質(zhì)進(jìn)行分類 基于參試種質(zhì)投影值大小,采用系統(tǒng)聚類,以歐氏距離-WPGMA法對43份種質(zhì)進(jìn)行分類。在0.16~0.32的距離上可把43份種質(zhì)分為5類(圖3)。其中,Ⅰ~Ⅴ類群分別有5、8、14、14、2個。進(jìn)一步對各類群投影值進(jìn)行分析表明,第Ⅰ~Ⅴ類群投影均值分別為1.41、1.73、1.02、0.72、0.37,且類群間存在顯著差異(表4)。第Ⅰ~Ⅳ類群投影值變異系數(shù)在2.78%~17.51%之間,第Ⅳ類群變異最大(17.51%)。第Ⅴ類群個數(shù)太少,故未統(tǒng)計變異系數(shù)。

        2.2.4 判別分析 為了鑒別聚類結(jié)果是否可靠,采用多類逐步判別法對其進(jìn)行判別(表5)。結(jié)果表明,第Ⅰ、Ⅱ、Ⅴ類群判別準(zhǔn)確率均為100.00%,第Ⅲ、Ⅳ類群判別準(zhǔn)確率分別為92.86%、78.57%。根據(jù)判別分析原理可知,判別準(zhǔn)確率越高,表明種質(zhì)被正確分類的機(jī)率越大。從表5可以看出,每個種質(zhì)被正確分類的概率都較高,平均判別準(zhǔn)確率為90.70%。

        圖1 甘蔗主要工農(nóng)藝性狀的投影方向
        Figure 1 Projection direction of major sugarcane industrial and agronomic traits

        圖2 43份澳大利亞甘蔗種質(zhì)綜合性狀投影值雷達(dá)圖
        Figure 2 Radar map of comprehensive traits projection values on 43 Australian sugarcane germplasm

        圖3 基于投影值的43份澳大利亞甘蔗種質(zhì)聚類分析Figure 3 Cluster analysis of 43 Australian sugarcane germplasm based on projection values

        類群個數(shù)投影值均值最大值最小值變異系數(shù)/%Ⅰ51.411.481.372.78Ⅱ81.731.831.594.81Ⅲ141.021.270.9212.18Ⅳ140.720.830.5217.51Ⅴ20.370.420.32

        表5 聚類結(jié)果的判別檢驗Table 5 Discriminant test of clustering results

        2.3 優(yōu)異種質(zhì)挖掘

        從參試種質(zhì)綜合投影值的聚類結(jié)果來看,第Ⅰ、Ⅱ類群綜合投影值較高,且判別準(zhǔn)確率為100%。根據(jù)投影尋蹤原理,投影值越大,其綜合性狀表現(xiàn)越好,故篩選出13份優(yōu)異種質(zhì)(Ⅰ類群5份,Ⅱ類群8份)。從表6可以看出,13份種質(zhì)蔗糖分分級在13.89%~16.02%之間;總體長勢分級在1.33~2.33之間;莖徑分級在2.33~3.00之間;有效莖分級在1.33~3.00之間;葉片病害分級在1.67~3.33之間;株高分級在1.00~2.67之間(3重復(fù)平均值)。綜合來看,主要工農(nóng)藝性狀總體評價較好。

        表6 13份優(yōu)良種質(zhì)投影值及原始性狀數(shù)據(jù)1)Table 6 Projection values and original trait data of 13 excellent Australian sugarcane germplasm

        1)以上分級數(shù)據(jù)為3次重復(fù)平均值。

        3 討論與結(jié)論

        近年來,我國不斷引進(jìn)國外甘蔗種質(zhì)應(yīng)用于育種[28]。因此,客觀評價引進(jìn)種質(zhì)對篩選優(yōu)異種質(zhì)具有現(xiàn)實意義。蒲光蘭等[29]研究了四川核桃種質(zhì)資源堅果的數(shù)量性狀變異及概率分級,發(fā)現(xiàn)數(shù)量性狀分級數(shù)據(jù)1~5級出現(xiàn)的頻率符合正態(tài)分布;蔡志翔等[30]完善了桃種質(zhì)資源托葉長度評價方法,同時提出了桃托葉長度分級指標(biāo);Zhao et al[31]將甘蔗總體長勢分為9級應(yīng)用于新品種選育,發(fā)現(xiàn)在育種第一階段總體長勢遺傳變異大于錘度,應(yīng)當(dāng)利用總體長勢和錘度對親本進(jìn)行選擇,以優(yōu)化雜交組合。基于上述研究結(jié)果,本研究將重要農(nóng)藝性狀分級法應(yīng)用于甘蔗種質(zhì)評價,發(fā)現(xiàn)43份澳大利亞甘蔗種質(zhì)農(nóng)藝性狀分級數(shù)據(jù)差異達(dá)到極顯著水平(P<0.01),變異廣泛。

        對43份澳大利亞甘蔗種質(zhì)進(jìn)行投影尋蹤分類法分析表明,甘蔗葉部病害、總體長勢的投影方向值最大,有效莖、莖徑、蔗糖分、株高等次之;簡純度和纖維分投影方向較小。根據(jù)投影尋蹤分類法原理,各指標(biāo)對種質(zhì)綜合評價的影響程度依次為總體長勢、有效莖、莖徑、蔗糖分、株高;簡純度和纖維分影響最低。育種中,葉部病害發(fā)生程度決定了甘蔗材料成為推廣品種的潛力,而總體長勢代表了甘蔗品種對環(huán)境的適應(yīng)性水平。同時,選種時通常給予甘蔗糖分和產(chǎn)量較大的選擇壓力,其他品質(zhì)性狀指標(biāo)選擇壓力相對較小。投影尋蹤分類法較好地體現(xiàn)了各性狀指標(biāo)的權(quán)重,客觀評價了各種質(zhì)資源實際情況。43份種質(zhì)主要農(nóng)藝性狀變異系數(shù)在24.30%~35.21%之間,主要品質(zhì)性狀變異系數(shù)在5.51%~11.99%之間,表明主要農(nóng)藝性狀變異較廣、糖分品質(zhì)變異較小。進(jìn)一步說明投影尋蹤分類法確定主要農(nóng)藝性狀有較高投影方向的合理性。根據(jù)投影值大小,篩選優(yōu)良種質(zhì)13份(Ⅰ、Ⅱ類群),占全部種質(zhì)數(shù)的30.23%;中等或以下的種質(zhì)合計30份,占69.77%。說明在數(shù)量眾多的甘蔗品種資源中,表現(xiàn)優(yōu)良的種質(zhì)數(shù)量并不多,因此對數(shù)量眾多的種質(zhì)資源進(jìn)行客觀和有效的評價具有重要的意義。

        通過對主要農(nóng)藝性狀進(jìn)行分級和檢測蔗糖分等品質(zhì)性狀,本研究建立了以甘蔗葉部病害、總體長勢、有效莖、莖徑、株高和甘蔗糖分為主要權(quán)重的投影尋蹤分類法以評價甘蔗種質(zhì)的方法,篩選了13份主要工農(nóng)藝性狀優(yōu)良(投影值較高)外引種質(zhì)用于雜交育種。投影尋蹤分類法只要合理選擇評價指標(biāo),其評價結(jié)果符合實際,往往能達(dá)到預(yù)期效果,同時有利于提高種質(zhì)精準(zhǔn)評價和雜交利用的針對性。

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