●2004年12月1日，新修訂的《傳染病防治法》施行。該法賦予醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)在傳染病預(yù)防和控制中的重要職責(zé)，對(duì)傳染病預(yù)防、疫情報(bào)告、控制以及醫(yī)療救治和保障措施等方面作出規(guī)定。隨后，根據(jù)《傳染病防治法》《病原微生物實(shí)驗(yàn)室生物安全管理?xiàng)l例》《醫(yī)療廢物管理?xiàng)l例》《疫苗流通和預(yù)防接種管理?xiàng)l例》等行政法規(guī)，《消毒管理辦法》《醫(yī)院感染管理辦法》等規(guī)章、規(guī)范相繼頒布、修訂，依法防病、科學(xué)防病體系逐步完善，加強(qiáng)對(duì)醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)傳染病防治的衛(wèi)生監(jiān)督執(zhí)法成為衛(wèi)生健康部門公共事務(wù)管理職責(zé)的重要組成部分。

●2005年，《關(guān)于衛(wèi)生監(jiān)督體系建設(shè)的若干規(guī)定》發(fā)布。明確依法監(jiān)督傳染病防治工作是衛(wèi)生監(jiān)督的主要職責(zé)之一，主要工作為：對(duì)醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)（醫(yī)療機(jī)構(gòu)、采供血機(jī)構(gòu)和疾病預(yù)防控制機(jī)構(gòu)）的傳染病疫情報(bào)告、疫情控制措施、醫(yī)療廢物處置情況和醫(yī)療機(jī)構(gòu)消毒隔離制度執(zhí)行情況、疾病預(yù)防控制機(jī)構(gòu)菌（毒）種管理情況開展日常衛(wèi)生監(jiān)督工作。

●2010年，原衛(wèi)生部印發(fā)《傳染病防治日常衛(wèi)生監(jiān)督工作規(guī)范》，規(guī)范各級(jí)衛(wèi)生行政部門及其衛(wèi)生監(jiān)督機(jī)構(gòu)開展傳染病防治日常衛(wèi)生監(jiān)督。

●2013年，原國家衛(wèi)生計(jì)生委印發(fā)《國家衛(wèi)生計(jì)生委關(guān)于切實(shí)加強(qiáng)綜合監(jiān)督執(zhí)法工作的指導(dǎo)意見》，明確傳染病防治衛(wèi)生監(jiān)督內(nèi)容為對(duì)醫(yī)療機(jī)構(gòu)、采供血機(jī)構(gòu)、疾病預(yù)防控制機(jī)構(gòu)的傳染病疫情報(bào)告、疫情控制措施、消毒隔離制度執(zhí)行情況、醫(yī)療廢物處置情況和菌（毒）種管理情況等監(jiān)督檢查，并查處違法行為。

●2014年7月，原國家衛(wèi)生計(jì)生委印發(fā)《傳染病防治衛(wèi)生監(jiān)督工作規(guī)范》。根據(jù)《國家衛(wèi)生計(jì)生委關(guān)于切實(shí)加強(qiáng)綜合監(jiān)督執(zhí)法工作的指導(dǎo)意見》，并認(rèn)真總結(jié)《傳染病防治日常衛(wèi)生監(jiān)督工作規(guī)范》頒布以來的執(zhí)行情況，結(jié)合機(jī)構(gòu)改革和職能轉(zhuǎn)變要求，原國家衛(wèi)生計(jì)生委組織對(duì)《傳染病防治日常衛(wèi)生監(jiān)督工作規(guī)范》進(jìn)行修改完善。明確傳染病防治衛(wèi)生監(jiān)督內(nèi)容為預(yù)防接種、傳染病疫情報(bào)告、疫情控制措施、消毒隔離制度執(zhí)行情況、醫(yī)療廢物處置情況及病原微生物實(shí)驗(yàn)室生物安全共6項(xiàng)監(jiān)督檢查內(nèi)容。

●2012年，原國家衛(wèi)生計(jì)生委綜合監(jiān)督局在浙江、安徽兩省試點(diǎn)醫(yī)療機(jī)構(gòu)醫(yī)療廢物監(jiān)督模式工作，探索建立醫(yī)療機(jī)構(gòu)醫(yī)療廢物處置分級(jí)分類監(jiān)督模式，全面提高醫(yī)療機(jī)構(gòu)醫(yī)療廢物監(jiān)督效率，逐步建立起醫(yī)療廢物監(jiān)管長效機(jī)制，促進(jìn)醫(yī)療機(jī)構(gòu)醫(yī)療廢物規(guī)范化管理。

●2014～2015年度，原國家衛(wèi)生計(jì)生委綜合監(jiān)督局決定，在浙江、安徽兩省試點(diǎn)的醫(yī)療機(jī)構(gòu)醫(yī)療廢物監(jiān)督模式基礎(chǔ)上，擴(kuò)大內(nèi)容和范圍，監(jiān)督內(nèi)容涵蓋傳染病防治衛(wèi)生監(jiān)督各專業(yè)，省份增加遼寧、上海和河南共5個(gè)?。ㄊ校?，接受監(jiān)督評(píng)價(jià)的對(duì)象包括疾病預(yù)防控制、采供血機(jī)構(gòu)和各類各級(jí)醫(yī)療機(jī)構(gòu)。

●2016～2017年度，《國家衛(wèi)生計(jì)生委辦公廳關(guān)于進(jìn)一步推進(jìn)醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)傳染病防治分類監(jiān)督綜合評(píng)價(jià)試點(diǎn)工作的通知》印發(fā)，繼續(xù)擴(kuò)大試點(diǎn)范圍。根據(jù)我國區(qū)域特點(diǎn)和監(jiān)督工作發(fā)展水平，增加北京、山西、江蘇、江西、山東、廣東和陜西?。ㄊ校┳鳛榈诙圏c(diǎn)?。ㄊ校?。要求試點(diǎn)?。ㄊ校┦〖?jí)衛(wèi)生計(jì)生行政部門負(fù)責(zé)本?。ㄊ校┰圏c(diǎn)工作的組織協(xié)調(diào)，由監(jiān)督會(huì)同疾控、醫(yī)政醫(yī)管、基層衛(wèi)生、科教等多部門研究制訂試點(diǎn)工作實(shí)施方案并組織實(shí)施，疾控、醫(yī)政醫(yī)管、基層衛(wèi)生、科教等部門負(fù)責(zé)將綜合評(píng)價(jià)結(jié)果納入行政管理工作。國家衛(wèi)生計(jì)生委監(jiān)督中心負(fù)責(zé)傳染病防治監(jiān)督信息系統(tǒng)建設(shè)、運(yùn)行維護(hù)和數(shù)據(jù)分析，促進(jìn)全國傳染病防治衛(wèi)生監(jiān)督執(zhí)法工作信息化轉(zhuǎn)型升級(jí)，提高監(jiān)督檢查效率。組織編寫《醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)傳染病防治分類監(jiān)督綜合評(píng)價(jià)試點(diǎn)工作手冊(cè)》（試行）。當(dāng)年，參與試點(diǎn)的醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)24665家。

●2018年3月，原國家衛(wèi)生計(jì)生委印發(fā)《國家衛(wèi)生計(jì)生委辦公廳關(guān)于開展醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)傳染病防治分類監(jiān)督綜合評(píng)價(jià)工作的通知》，按照“全覆蓋”、“分步走”的原則，醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)傳染病防治分類監(jiān)督綜合評(píng)價(jià)工作在全國推行，將其作為實(shí)施健康中國戰(zhàn)略、推進(jìn)醫(yī)改工作、維護(hù)人民群眾健康權(quán)益的重要措施來抓。要求監(jiān)督、疾控、醫(yī)政醫(yī)管、基層衛(wèi)生、科教等部門要加強(qiáng)協(xié)調(diào)配合，建立長效工作機(jī)制，定期通報(bào)信息，形成工作合力。醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)認(rèn)真開展自查，對(duì)存在的問題立整立改。衛(wèi)生監(jiān)督執(zhí)法機(jī)構(gòu)加強(qiáng)對(duì)醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)的督促指導(dǎo)和檢查，不斷提高傳染病防治監(jiān)督工作效率和水平。

●2018年，國務(wù)院辦公廳印發(fā)《深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革2018年下半年重點(diǎn)工作任務(wù)》，要求加強(qiáng)綜合監(jiān)管體制機(jī)制改革創(chuàng)新，在全國推廣實(shí)施醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)傳染病防治分類監(jiān)督綜合評(píng)價(jià)。

●2019年4月，《國家衛(wèi)生健康委辦公廳關(guān)于進(jìn)一步推進(jìn)醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)傳染病防治分類監(jiān)督綜合評(píng)價(jià)工作的通知》發(fā)布，進(jìn)一步明確醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)傳染病防治分類監(jiān)督綜合評(píng)價(jià)工作主要包括分類監(jiān)督、綜合評(píng)價(jià)、結(jié)果干預(yù)3部分內(nèi)容。各級(jí)各類醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)依據(jù)評(píng)價(jià)表開展自查，衛(wèi)生健康部門對(duì)當(dāng)年傳染病防治國家隨機(jī)監(jiān)督抽查抽中的單位進(jìn)行分類監(jiān)督綜合評(píng)價(jià)。有條件的地區(qū)可結(jié)合實(shí)際擴(kuò)大工作范圍。