學校始終緊扣國家重大戰(zhàn)略需求，著力解決行業(yè)急需、涉及國計民生的重大問題，不斷提高學校的貢獻度。學?，F(xiàn)有省部級以上科研基地48個：國家級國際科技合作基地2個;教育部重點實驗室3個;教育部工程研究中心2個;高等學校學科創(chuàng)新引智基地2個;國家中醫(yī)藥管理局三級實驗室14個;國家中醫(yī)藥管理局重點研究室10個;國務(wù)院臺灣事務(wù)辦公室臺灣中醫(yī)藥研究基地1個;北京市重點實驗室6個;北京市教委工程研究中心1個;北京市國際科技合作基地6個;北京中醫(yī)藥文化研究基地1個。學校制定的《中風病中醫(yī)診斷與療效評定標準》成為中醫(yī)行業(yè)標準和國家標準，中醫(yī)體質(zhì)辨識研究成果作為唯一的中醫(yī)成果被納入《國家基本公共衛(wèi)生服務(wù)規(guī)范》?！疤震B(yǎng)心丸”為航天員提供中醫(yī)藥保健，“清開靈”“胃蘇沖劑”“排毒養(yǎng)顏膠囊”等創(chuàng)造出巨大的社會效益和經(jīng)濟效益。

學校始終以仁術(shù)的精神和濟世的情懷，積極開展醫(yī)藥衛(wèi)生保健服務(wù)，促進了人類健康事業(yè)的發(fā)展。學?，F(xiàn)有第一臨床醫(yī)學院（東直門醫(yī)院）、第二臨床醫(yī)學院（東方醫(yī)院）、第三臨床醫(yī)學院（第三附屬醫(yī)院）3家直屬附屬醫(yī)院和國醫(yī)堂中醫(yī)門診部。近年來，學校遵循“引導醫(yī)療衛(wèi)生工作重心下移、資源下沉”原則，探索合作共建新模式，搭建了區(qū)域標志性的高質(zhì)量中醫(yī)藥服務(wù)平臺，建立第四臨床醫(yī)學院（棗莊醫(yī)院）、第五臨床醫(yī)學院（深圳醫(yī)院）、第六臨床醫(yī)學院（房山醫(yī)院）、第七臨床醫(yī)學院（孫思邈醫(yī)院）和第八臨床醫(yī)學院（廈門醫(yī)院）。另有，中日友好醫(yī)院、廣安門醫(yī)院、西苑醫(yī)院、望京醫(yī)院、北京中醫(yī)醫(yī)院等16個臨床教學基地，承擔著全校學生的臨床教學、見習、實習工作。學?，F(xiàn)有國家臨床重點?？?7個，國家中醫(yī)藥管理局重點?？?3個。建設(shè)有國醫(yī)大師傳承工作室5個，全國中醫(yī)學術(shù)流派傳承工作室2個和全國名老中醫(yī)藥專家傳承工作室40個，北京中醫(yī)藥“薪火傳承3+3工程”二室一站41個。