王爍,陳波,苗雄鷹
(中南大學湘雅二醫(yī)院 普外肝膽專科,湖南 長沙 410011)
肝細胞癌(以下簡稱肝癌)是世界上最常見的惡性腫瘤之一[1],它以惡性程度高,浸潤性和轉(zhuǎn)移性強,預后差,嚴重威脅人民健康,隨著醫(yī)療技術的不斷發(fā)展,肝癌治療已發(fā)展為多學科綜合治療模式[2-3],其有效治療的可能性很大程度上取決于癥狀發(fā)生前早期的檢測[4]。目前已有研究表明谷胱甘肽過氧化物酶1(glutathione peroxidase 1,GPX1)在乳腺癌、前列腺癌、肺癌和結腸癌等腫瘤組織中表達上調(diào),可能有利于腫瘤的進展和擴散[5-6],但是GPX1在肝癌中的研究較少,尚無研究系統(tǒng)全面分析其在肝癌中的臨床價值,而實現(xiàn)肝癌的早期診斷對于肝癌的有效治療和改善預后非常重要,通過基因技術手段進行腫瘤分子標志物的篩選和基因治療,是目前治療肝癌的研究方向和熱點。
GPX1基因位于染色體3p21上,表達產(chǎn)物主要存在于氧張力較高的組織中如肺、肝、腎等[7]。GPX1在過氧化氫的解毒中起作用,是人體最重要的抗氧化酶之一。這種蛋白是高等脊椎動物中僅有的幾種含有硒半胱氨酸的蛋白之一。此外,該蛋白在N端區(qū)域以多丙氨酸序列多態(tài)性為特征,該序列中包括3 個具有5、6 或7 個丙氨酸重復序列的等位基因。GP X1 的主要功能是降解活性氧(ROS),保護細胞免受氧化應激[8-9],而ROS在腫瘤的發(fā)生發(fā)展過程中起到了重要的推動作用。相比正常細胞腫瘤細胞內(nèi)存在更高水平的ROS[10],腫瘤細胞可通過多種途徑產(chǎn)生過量的ROS[11-12]。過量的ROS能夠刺激腫瘤細胞發(fā)生、增殖、侵襲、遷移及血管生成,且能夠啟動逃避凋亡的機制,并誘導化療藥物耐藥性的產(chǎn)生,涉及的相關機制包括導致點突變,活化原癌基因、促進上皮間充質(zhì)轉(zhuǎn)化、介導間質(zhì)結構破壞、血管內(nèi)皮細胞通透性增強、刺激缺氧誘導因子1α(hypoxia-inducible factor 1α,HIF-lα)表達等[13-14]。
目前GPX1在肝癌中的研究較少,尚無研究對其在肝癌中的臨床價值進行系統(tǒng)全面的分析,因此,本研究旨在通過生物信息學的方法分析GPX1在肝癌中的表達情況以及GPX1對肝癌早期篩選、預后的價值。
從Ualcan數(shù)據(jù)庫(http://ualcan.path.uab.edu/index.html)獲取50例正常肝組織及371例原發(fā)性肝癌組織的G PX 1 表達數(shù)據(jù)。肝癌組織中I期168例,II期84例,III期82例,IV期6例;男245例,女117例;21~40歲27例,41~60歲140例,61~80歲181例,81~100歲10例。部分患者無法準確分期或缺性別信息,以及<20歲和>100歲的患者例數(shù)過少均未納入統(tǒng)計。
分析肝癌組織與正常組織及肝癌患者不同分期、性別、年齡不同分組間GPX1的表達差異,并于LinkedOmics數(shù)據(jù)庫(http://www.linkedomics.org)中檢索GPX1共表達基因,得出與GPX1正相關及負相關表達基因熱圖,同時對共表達基因做GO 富集分析、KEGG 通路分析,并基于STRING10.5(https://string-db.org)進行相關基因編碼蛋白的相互作用網(wǎng)絡分析。最后基于GEPIA數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)(http://gepia.cancer-pku.cn)分析GPX1與肝癌患者總體生存率(OS)、無病生存時間(DFS)的關系,繪制GPX1表達水平與預后生存曲線。
GPX1的表達水平經(jīng)四分位數(shù)分成四等份并分別繪制成箱線圖進行比較,數(shù)據(jù)以中位數(shù)(四分位間距)[M(P25,P75)]表示,采用秩和檢驗。GEPIA數(shù)據(jù)庫使用Kaplan-Meier生存分析法來計算生存時間及生存率并繪制OS及DFS曲線,采用Log-rank檢驗比較不同表達水平的生存差異從而得出P值。
Ualcan數(shù)據(jù)庫中50例正常肝組織GPX1表達水平為266.211(231.986,316.004);371例肝癌組織中GPX1表達水平為446.254(325.771,637.913)。肝癌組織中GPX1表達水平明顯高于正常肝組織(P<0.05)(圖1)。
圖1 肝癌與正常肝組織GPX1 表達水平Figure 1 GPX1 expression levels in liver cancer and normal liver tissues
Ualcan數(shù)據(jù)庫中168例I期肝癌組織中GPX1表達水平為418.032(319.815,608.761);84例II期肝癌組織中GPX1表達水平為527.488(406.292,708.117);82例III期肝癌組織中GPX1表達水平為396.883(292.728,586.859);6例IV期肝癌組織中GPX1表達水平為571.242(536.796,719.670)。I、II、III期肝癌組織中GPX1表達水平均明顯高于正常肝組織(均P<0.05),而IV期肝癌組織中GPX1表達水平與正常肝組織差異無統(tǒng)計學意義(P=0.09)。各期肝癌組織組中GPX1表達水平兩兩比較結果顯示,II期肝癌組織GPX1表達水平高于I期肝癌組織(P<0.01),其余各分期之間GPX1表達水平無統(tǒng)計學差異(均P>0.05)(圖2)。
圖2 不同分期肝癌GPX1 表達水平Figure 2 GPX1 expression levels in liver cancer tissues of different stages
Ualcan數(shù)據(jù)庫中245例男性肝癌患者肝癌組織中GPX1表達水平為477.440(333.705,689.337);117例女性患者肝癌組織中GPX1表達水平為418.591(269.648,524.148)。男性肝癌患者肝癌組織中GPX1表達水平明顯高于女性肝癌患者(P=0.02)(圖3)。
Ualcan數(shù)據(jù)庫中27例21~40歲患者肝癌組織中GPX1表達水平為396.302(257.820,578.551);140例41~60歲患者肝癌組織中GPX1表達水平為420.743(286.715,651.264);181例61~80歲患者肝癌組織中GPX1表達水平為469.043(356.222,652.360);10例81~100歲患者肝癌組織中GPX1表達水平為443.651(314.771,506.432)。各年齡段患者肝癌組織GPX1表達水平均明顯高于正常肝組織(均P<0.05)。盡管GPX1的表達水平隨著年齡的增加有升高趨勢,但是各年齡組之間GPX1表達水平無統(tǒng)計學差異(P>0.05)(圖4)。
圖3 不同性別肝癌患者GPX1 表達水平Figure 3 GPX1 expression levels in liver cancer tissues from patients of different sexes
圖4 不同年齡肝癌患者GPX1 表達水平Figure 4 GPX1 expression levels in liver cancer tissues from patients of different ages
于LinkedOmics中檢索到3 061個與GPX1共表達基因,對相關系數(shù)>0.3的共表達基因進行分析,GO 富集結果發(fā)現(xiàn),這些共表達基因主要集中轉(zhuǎn)錄、翻譯、蛋白泛素化、蛋白質(zhì)磺?;壬飳W過程(表1);細胞質(zhì)、細胞核仁、中心體、蛋白酶體復合體等細胞成分(表2);RNA結合、蛋白質(zhì)結合、癌基因結合蛋白、螺旋酶活性等分子功能(表3)。
表1 生物學過程Table 1 Biological process
表2 細胞成分Table 2 Cellular component
表3 分子功能Table 3 Molecular function
KEGG通路分析結果顯示這些基因明顯富集于TGF-β信號通路、MAPK信號通路、HIF-1α信號通路、NF-κB信號通路、VEGF信號通路、Notch信號通路、RAS信號通路及各種癌癥(胰腺癌、前列腺癌、結直腸癌、腎細胞癌、子宮內(nèi)膜癌、小細胞型肺癌、非小細胞型肺癌、甲狀腺癌、阿爾茲海默癥、非酒精性脂肪肝、乙肝病毒性肝炎、急性髓樣白血?。┩緩矫黠@有關(均P <0.0 5)(表4)。
表4 通路分析 Table 4 Pathway analysis
檢索LinkedOmics中與GPX1相關的共表達基因,根據(jù)與GPX1表達的相關性繪制出共表達基因熱圖(圖5)。
圖5 共表達基因熱圖 A:正相關基因;B:負相關基因Figure 5 The heat maps of the co-expressed genes A: Positively correlated genes; B: Negatively correlated genes
STRING 10.5 數(shù)據(jù)庫檢索GPX1相關基因,結果顯示谷胱甘肽還原酶(glutathione reductase,GSR)、超氧化物歧化酶1 ~3(superoxide dismutase SOD 1-3)、谷胱甘肽合成酶(glutathione synthetase,GSS)、谷胱苷肽S-轉(zhuǎn)移酶類(glutathione S-transferase theta pseudogene 1,GSTT1P;glutathione S-transferase theta 2B,GSTT2B;glutathione S-transferase pi,GSTP1;glutathione S-transferase mu 1,GSTM1)、造血前列腺素D合成酶(hematopoietic prostaglandin D synthase,HPGDS)等10個肝癌相關基因編碼的蛋白與GPX1所編碼的蛋白存在相互作用關系(圖6)。
利用GEPIA數(shù)據(jù)庫繪制出GPX1表達水平與肝癌患者預后生存曲線圖,分析GPX1表達水平與OS、DFS之間的關系。結果顯示,GPX1高表達患者OS、DFS均明顯低于GPX1低表達患者(P=0.048、P=0.035)(圖7)。
圖6 肝癌相關基因編碼的蛋白與GPX1 所編碼的蛋白網(wǎng)絡Figure 6 Interaction network of the proteins encoded by liver cancer related genes and GPX1
圖7 不同GPX1 表達情況患者生存曲線Figure 7 Survival curves of patients with different GPX1 expression profiles
本研究結果顯示,肝癌組織中GPX1表達水平高于正常肝臟組織。I、II、III期肝癌組織中GPX1表達水平均高于正常肝組織,而IV期肝癌組織GPX1表達水平與正常肝臟組織表達水平無統(tǒng)計學差異,考慮出現(xiàn)該現(xiàn)象的原因可能為晚期腫瘤組織多伴有壞死、機化,局部氧化應激反應相對早、中期肝癌減少,遂與氧化應激反應相關的GPX1表達水平亦隨之下降。I期肝癌組織中GPX1表達水平與II期肝癌組織有統(tǒng)計學差異,表現(xiàn)為 II期肝癌組織GPX1表達水平高于I期肝癌組織,其余各分期之間GPX1表達水平無統(tǒng)計學差異。肝癌患者中男性患者GPX1表達水平較女性患者更高。不同年齡患者肝癌組織GPX1表達水平高于正?;颊逩PX1表達水平,盡管隨著年齡的增加,GPX1的表達水平逐漸升高,但是各年齡組之間GPX1表達水平無明顯統(tǒng)計學差異。GPX1高表達患者OS、DFS均低于GPX1低表達患者。
Zhao等[15]分析了肝癌細胞和正常肝細胞之間GPX1的表達情況,結果表明,人肝癌HepG2細胞中GPX1上調(diào),提示該基因可能在肝癌發(fā)生的發(fā)生和發(fā)展中起重要作用。Su等[16]發(fā)現(xiàn)了增加的氧化劑負擔與肝癌發(fā)生有關,并且抗氧化酶抵消潛在的氧化損傷。因此,編碼抗氧化酶的基因中的GPX1可能在肝癌的發(fā)展中起重要作用。影響肝癌預后的因素很多,大致可分為患者因素、腫瘤本身因素、治療相關因素等幾大類[17],所以分析肝癌發(fā)生發(fā)展的機理及參與的多個通路非常重要,這可以為肝癌的治療靶點提供新的方向。GO富集及KEGG通路分析發(fā)現(xiàn)GPX1共表達基因主要參與基因轉(zhuǎn)錄、翻譯、蛋白泛素化、蛋白質(zhì)磺?;RNA穩(wěn)定性調(diào)節(jié)、蛋白酶體核復合體、線粒體翻譯等分子生物學過程,并參與TGF-β、mTOR、WNT、MAPK、HIF-1α、NF-κB、VEGF、Notch等信號通路及各種癌癥疾病通路發(fā)生過程。TGF-β信號通路在肝臟腫瘤中起著重要和復雜的作用,這些包括許多不同的功能,如維持干細胞內(nèi)穩(wěn)態(tài)、促進纖維化、免疫調(diào)節(jié)、作為腫瘤抑制物和矛盾地作為腫瘤進展物[18-19]。RAS/MAPK信號通路在大多數(shù)肝癌患者中被激活,并且與預后不良相關,肝癌Ras通路異常激活的主要細胞內(nèi)機制及其潛在的治療意義,RAS/MAPK通路效應被認為可能是肝癌的潛在治療靶點[20]。肝癌的發(fā)病機制與肝細胞持續(xù)死亡、炎性細胞浸潤和代償性肝再生密切相關,NF-κB信號通路在發(fā)育和成年肝臟中均可促進肝細胞存活,它還通過控制一系列生長因子和細胞因子的表達,在肝臟炎癥反應中發(fā)揮關鍵作用,該信號通路也有作為治療靶點的潛力[21-22]。HIF-1α和VEGF在原發(fā)性肝癌組織中的mRNA和蛋白水平均有較高的表達,HIF-1α和VEGF的表達與腫瘤分期、淋巴結轉(zhuǎn)移和肺轉(zhuǎn)移相關。HIF-1α在原發(fā)性肝癌中的表達與VEGF表達呈正相關(r=0.665,P<0.05)。HIF-1α和VEGF均與總生存率顯著相關,而HIF-1α是獨立的預后因子,HIF-1α和VEGF可作為肝癌TACE療效和原發(fā)性肝癌轉(zhuǎn)移的預測因子,是肝癌晚期的生物標志物,提示肝癌患者預后不良,HIF-1α和VEGF可能是改善原發(fā)性肝癌預后的靶點[23]。Notch信號通路在肝癌的轉(zhuǎn)移、復查、預后中亦有重要作用,在肝癌組織中,Notch1高表達與腫瘤大小、分級、侵襲、轉(zhuǎn)移、血管侵犯及TNM分期均顯著相關[24]。此外,Notch1在肝轉(zhuǎn)移癌組織中異常高表達,Notch1及其下游分子HES1在肝癌組織中均呈高表達狀態(tài)[25]。
綜上所述,GPX1在肝癌組織中高表達,且與肝癌的發(fā)生、發(fā)展密切相關。因此,GPX1可以作為肝癌篩選、預后預測的標志物之一。