李 璐,王 翔,王狀元,曹 云,胡 格,王留壹,尹 鈞
(河南農(nóng)業(yè)大學(xué),國家小麥工程技術(shù)研究中心,河南 鄭州 450002)
小麥?zhǔn)俏覈蠹Z食作物之一,在我國糧食生產(chǎn)中占重要地位。光周期是植物從營養(yǎng)生長轉(zhuǎn)為生殖生長的重要影響因子,光敏色素互作因子(Phytochrome interacting factors,PIFs)在植物的光周期途徑中起重要作用。bHLH(Basic helix-loop-helix)家族是植物中第二大類轉(zhuǎn)錄因子家族,參與植物不同組織眾多代謝過程的調(diào)控, 在植物光信號傳導(dǎo)、抗逆脅迫和次生代謝等過程中發(fā)揮重要作用[1]。PIFs是一類bHLH轉(zhuǎn)錄因子,能直接與光激活后的遠(yuǎn)紅光吸收型光敏色素相互作用來控制光調(diào)節(jié)基因的表達(dá)[1-2]。目前,擬南芥中已經(jīng)克隆的PIFs成員共有7個:PIF1(PIL5)、PIF3、PIF4、PIF5(PIL6)、PIF6(PIL2)、PIF7、PIF8(UNE10)。研究表明,PIFs是位于光受體下游的負(fù)調(diào)控因子,可以抑制光形態(tài)建成[3]。科學(xué)家用酵母雙雜交法從擬南芥中篩選出第1個可與光敏色素直接相互作用的PIF3蛋白, PIF3蛋白具有E-box結(jié)合功能, 定位于細(xì)胞核內(nèi), 是HLH家族的一員[4]。之后通過反向遺傳學(xué)的方法篩選得到PIFs家族的第2個成員PIF4,它可以和遠(yuǎn)紅光吸收型光敏色素B相互作用[5]。在光信號傳遞到轉(zhuǎn)錄網(wǎng)絡(luò)的過程中,遠(yuǎn)紅光吸收型光敏色素由細(xì)胞質(zhì)遷移到細(xì)胞核并與PIFs相互作用誘導(dǎo)靶細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄應(yīng)答[6]。PIFs中保守的bHLH結(jié)構(gòu)域能特異結(jié)合到啟動子中的G-box元件上,從而調(diào)控靶基因的表達(dá)[7]。研究發(fā)現(xiàn),黑暗條件下擬南芥幼苗中PIF3基因表達(dá)量高,光照條件下其表達(dá)量迅速減少,推測光敏色素負(fù)調(diào)控PIF3基因的表達(dá)[8]。后來研究表明,PIF3含量的減少是由于光敏色素A或光敏色素B直接結(jié)合到PIF3的光敏色素結(jié)合區(qū)APA或APB位點上,誘導(dǎo)PIF3快速磷酸化并通過泛素-蛋白酶體系統(tǒng)(UPS)快速泛素化和降解造成的[9-10]。之后,關(guān)于PIF1、PIF4和PIF5的研究也得到與PIF3類似的結(jié)果[11-13]。PIFs參與植物溫度信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑,植物在低溫條件下生長減緩,高溫條件下表現(xiàn)出一系列形態(tài)變化, 如胚軸伸長、提早開花, 研究證明這些反應(yīng)是由PIF4調(diào)控的[14]。此外,PIFs還參與激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑[15]。已有研究證明,PIF4參與植物中赤霉素(GA)[16]、生長素(IAA)[17]、油菜素內(nèi)酯(BR)[18]的信號傳遞,協(xié)同調(diào)控植物的生長發(fā)育。目前,關(guān)于PIF4基因的研究主要集中在擬南芥中[19-21],在小麥中并未見報道。為此,從光周期相關(guān)數(shù)字基因表達(dá)譜中篩選光周期調(diào)節(jié)基因TaPIF4,然后克隆該基因并對其序列進行生物信息學(xué)分析,同時利用實時熒光定量 PCR(qRT-PCR)檢測該基因在長、短日照條件下的節(jié)律表達(dá)特性及非生物脅迫下的表達(dá)模式,為進一步研究該基因調(diào)控小麥光周期反應(yīng)的機制及抗逆功能奠定理論基礎(chǔ)。
基因克隆供試材料為小麥品種遼春10號,qRT-PCR擴增材料為光敏小麥品種寧春36號。大腸桿菌 DH5α菌株(Escherichiacoli)購自北京天根生化科技有限公司,DNA聚合酶(高保真酶)、普通瓊脂糖膠回收試劑盒、質(zhì)粒小量提取試劑盒、克隆載體pMD19-T、反轉(zhuǎn)錄試劑盒、熒光定量試劑盒SYBR Green Ⅰ均購自TaKaRa公司,TRIzol試劑盒購自Invitrogen公司,氨芐青霉素和卡納青霉素購自Sigma公司。引物合成及測序均由北京六合華大基因科技有限公司完成,其余常規(guī)藥品均為進口或國產(chǎn)分析純。
選取飽滿小麥種子,滅菌后置于25 ℃條件下浸泡12~24 h,萌動后播種于裝有營養(yǎng)土的種植盆中,放置于22 ℃培養(yǎng)箱中培養(yǎng)。遼春10號放置于16 h光照(LD)條件下培養(yǎng)。寧春36設(shè)置2個光照處理,分別放置在6 h光照(SD)和16 h光照(LD)2種條件下培養(yǎng)。每天常規(guī)水肥管理,21 d后剪取遼春10號的葉片用于目的基因克隆,同時剪取寧春36在2個光周期處理條件下的葉片用于目的基因的晝夜節(jié)律性表達(dá)分析。取樣時間以光照開始時設(shè)為0 h,每隔3 h取樣一次,連續(xù)取樣48 h,樣品用液氮速凍后置于-80 ℃冰箱備用。脅迫處理試驗的小麥種子在16 h光照條件下培養(yǎng),培養(yǎng)液為1/2 MS培養(yǎng)液,每隔2 d更換一次培養(yǎng)液。21 d后進行脅迫處理,分別用含有100 μmol/L脫落酸(ABA)、100 mmol/L NaCl、20% PEG6000的1/2MS培養(yǎng)液繼續(xù)培養(yǎng)幼苗,溫度為22 ℃;另取一部分幼苗置于4 ℃條件下進行冷處理;以不進行任何處理的材料為對照,分別剪取各處理0.5,6.0,12.0,24.0 h的葉片,用液氮速凍后置于-80 ℃冰箱備用。
國家小麥工程技術(shù)研究中心小麥遺傳育種研究室前期采用Illumina/Solexa基因測序技術(shù)對不同光周期處理下遼春10號小麥品種進行了光周期發(fā)育轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建和數(shù)字基因表達(dá)譜差異分析[22]。本研究從所得的光周期表達(dá)譜中進行篩選,得到光周期相關(guān)基因的EST序列,在 NCBI 網(wǎng)站的nr數(shù)據(jù)庫中進行 Blast比對分析,因與粗山羊草的PIF4-like基因高度同源且有較高一致性,故命名該基因序列為TaPIF4。利用Primer Premier 5.0在該序列開放閱讀框(ORF)的5′和3′非編碼區(qū)設(shè)計2 條引物(表1)用于ORF片段的擴增。小麥葉片DNA的提取采用CTAB法,小麥總RNA的提取參照Invitrogen 的TRIzol試劑盒說明書,取1 μg RNA, 使用PrimeScriptTMRT reagent Kit with gDNA Eraser試劑盒(TaKaRa 公司)進行反轉(zhuǎn)錄合成第一鏈cDNA。PCR反應(yīng)體系參照TaKaRa公司的PremiSTAR Max DNA Polymerase說明書配制,體積為20 μL:2× PCR PrimeSTAR Max Premix 10 μL、10 μmol/L上下游引物各0.5 μL、模板1 μL,用ddH2O補齊至20 μL。以遼春10號cDNA為模板時,PCR 反應(yīng)條件為:95 ℃預(yù)變性3 min;95 ℃變性30 s,55 ℃退火30 s,72 ℃延伸2 min,35個循環(huán);72 ℃最后延伸10 min。以DNA為模板時,PCR 反應(yīng)條件為:95 ℃預(yù)變性3 min;95 ℃變性30 s,55 ℃退火30 s,72 ℃延伸3 min,35個循環(huán);72 ℃最后延伸10 min。PCR 產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳檢測后,切下目的條帶,經(jīng)回收后與pMD19-T載體連接,然后轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5α感受態(tài)細(xì)胞,篩選陽性克隆后送至公司進行測序分析。
表1 TaPIF4基因PCR及qRT-PCR擴增所用引物序列Tab.1 Primers used for TaPIF4 gene PCR and qRT-PCR amplification
利用DNAMAN 軟件對DNA、cDNA序列進行比對分析,確定外顯子和內(nèi)含子。通過NCBI(http:// www.ncbi. nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi)在線分析基因的保守結(jié)構(gòu)域。采用在線分析工具ProtParam(http://web.expasy. org/protparam/)、Predictprotein(https://www.predictprotein.org/)、SOPMA(https:// npsa-prabi.ibcp.fr)預(yù)測目的基因編碼蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和性質(zhì)。利用Blast(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)在線分析工具對TaPIF4基因編碼的氨基酸序列進行相似性分析,利用MEGA 6.0軟件進行系統(tǒng)進化樹構(gòu)建。
參照qRT-PCR引物設(shè)計原則,根據(jù)GenBank登錄的小麥內(nèi)參基因GAPDH(gi:7579063) cDNA序列設(shè)計特異引物TaGAPDH-F、TaGAPDH-R,同時設(shè)計TaPIF4基因引物TaPIF4-SYBR-F、TaPIF4-SYBR-R(表1)。qRT-PCR反應(yīng)體系參照TaKaRa公司的SYBR Premix ExTaqTMⅡ(Tli RNaseH Plus) 試劑盒說明書,20 μL 體系含 SYBR Premix ExTaqTMⅡ(2×) 10 μL、cDNA 模板 2.0 μL、10 μmol/L 的正反向引物各1.0 μL、ddH2O 6.0 μL。每個樣品設(shè)置3個重復(fù)。反應(yīng)條件為:95 ℃預(yù)變性30 s;95 ℃變性 15 s,60 ℃退火 30 s,72 ℃ 延伸30 s,40個循環(huán)。根據(jù)擴增曲線確定基因的Ct值,相對表達(dá)量采用2-ΔΔCt方法計算。
以遼春10號葉片cDNA為模板,經(jīng)PCR擴增得到1條長1 244 bp的片段(圖1),與預(yù)期片段大小基本一致,其中ORF為1 053 bp。利用同一引物以DNA為模板進行PCR擴增,擴增產(chǎn)物長度為1 624 bp(圖1)。用DNAMAN進行序列比對分析(圖2)表明,TaPIF4基因編碼區(qū)包含4個外顯子(分別為60,702,66,225 bp)和3個內(nèi)含子(分別為113,99,129 bp)。保守結(jié)構(gòu)域分析表明(圖3),TaPIF4蛋白在多肽鏈C端有1個bHLH功能域,該功能域含有堿性DNA結(jié)合域和HLH結(jié)構(gòu)域,并含有典型的E-box/N-box識別位點。
M.DNA分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)(左.DL5000,右.DL2000);1.cDNA的PCR擴增產(chǎn)物;2.DNA的PCR擴增產(chǎn)物。M. DNA molecular weight Marker(Left. DL5000, Right. DL2000); 1. PCR products of cDNA ; 2. PCR products of DNA.
圖2 TaPIF4基因編碼區(qū)結(jié)構(gòu)Fig.2 Coding region structure of TaPIF4 gene
圖3 TaPIF4蛋白的保守結(jié)構(gòu)域分析Fig.3 Analysis of conservative domains of TaPIF4 protein
TaPIF4基因ORF編碼350個氨基酸。經(jīng)預(yù)測,TaPIF4蛋白分子質(zhì)量為37.96 ku,分子式為C1618H2585N491O525S20,酸性氨基酸(Asp+Glu)殘基數(shù)為45個,堿性氨基酸(Arg+Lys)殘基數(shù)為40個,理論等電點為5.87。脂肪系數(shù)為63.91,平均親水性(GRAVY)值為-0.579,預(yù)測為親水性蛋白(圖4)。不穩(wěn)定指數(shù)為64.87,預(yù)測該蛋白為不穩(wěn)定蛋白,易發(fā)生水解、氧化、消旋等反應(yīng)。
經(jīng)預(yù)測,TaPIF4蛋白無跨膜螺旋和雙硫鍵,定位于細(xì)胞核中。TaPIF4蛋白的二級結(jié)構(gòu)包括α-螺旋、β-轉(zhuǎn)角、無規(guī)則卷曲、延伸鏈。其中,構(gòu)成無規(guī)則卷曲的氨基酸數(shù)最多,為155個,占44.29%;構(gòu)成螺旋和延伸鏈的氨基酸數(shù)分別為120,49個,占34.29%,14.00%;構(gòu)成β-轉(zhuǎn)角的氨基酸數(shù)最少,為26個,僅占7.43%(圖5)。
圖4 TaPIF4蛋白疏水區(qū)預(yù)測Fig.4 Prediction of hydrophobic region of TaPIF4 protein
圖5 TaPIF4蛋白的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測Fig.5 Prediction of secondary structure of TaPIF4 protein
將TaPIF4蛋白氨基酸序列與粗山羊草(Aegilopstauschii, XP_020189473.1)、大麥(Hordeumvulgare, BAJ92170.1)、谷子(Setariaitalica, XP_012699734.1)、黍(Panicumhallii, PAN 2.1836.1)、水稻(Oryzasativa, XP_015618080.1)、高粱(Sorghumbicolor, KXG23955.1)、玉米(Zeamays, ONM07085.1)等植物的同源PIF蛋白氨基酸序列進行比對分析(圖6)發(fā)現(xiàn),TaPIF4蛋白氨基酸序列與其他物種同源PIF蛋白氨基酸序列長度相近,所有參比序列均含有1個bHLH結(jié)構(gòu)域,該結(jié)構(gòu)域在序列上非常保守,其中有47個氨基酸在不同PIF蛋白中是完全相同的,占bHLH結(jié)構(gòu)域氨基酸總數(shù)的88.5%。TaPIF4蛋白序列與粗山羊草、大麥、谷子、黍、水稻、高粱、玉米的氨基酸序列同源性分別達(dá)100%,79%,56%,54%,51%,46%,40%。
將小麥TaPIF4蛋白氨基酸序列與粗山羊草、大麥、谷子、黍、水稻、高粱、玉米、短柄草(Brachypodiumdistachyon, XP_003559649.1)、菠蘿(Ananascomosus, XP_020095267.1)、海棗(Phoenixdactylifera, XP_008776592.1)、油棕(Elaeisguineensis, XP_010906815.1)、小果野蕉(Musaacuminata, XP_009399053.1)、蘆筍(Asparagusofficinalis, ONK74413.1)、黃麻(Corchoruscapsularis, OMO49600.1)、可可(Theobromacacao, XP_017971849.1、柑橘(Citrusclementina, XP_006437071.1)、巨桉(Eucalyptusgrandis, XP_010054152.1)、胡楊(Populuseuphratica, XP_011032742.1)、棗(Ziziphusjujuba, XP_015880601.1)、木豆(Cajanuscajan, KYP73322.1)等20個物種中同源蛋白質(zhì)氨基酸序列進行進化分析(圖7)發(fā)現(xiàn),所有參比的植物可以分為3類,分別是粗山羊草、大麥等親緣關(guān)系較近的單子葉禾本科植物,菠蘿、海棗等單子葉非禾本科植物,以及黃麻、可可等雙子葉植物。其中,TaPIF4蛋白與粗山羊草同源蛋白質(zhì)親緣關(guān)系最近,其次為大麥、谷子、黍、水稻。
下劃線.bHLH結(jié)構(gòu)域;黑色陰影.相同氨基酸;灰色陰影.差異氨基酸。The underlined part is the bHLH domain; The amino acids in black are the same amino acid; The amino acids in gray are the different amino acids.
圖7 TaPIF4蛋白的系統(tǒng)進化樹Fig.7 Phylogenetic tree of TaPIF4 protein
2.4.1 長短光處理下TaPIF4基因的表達(dá)分析 研究表明,擬南芥PIF4基因的表達(dá)具有晝夜節(jié)律性[23],但未見單子葉作物小麥TaPIF4基因表達(dá)的晝夜節(jié)律性研究。為此,分析了TaPIF4基因的晝夜節(jié)律性表達(dá)。由圖8可知,在長日照和短日照條件下,TaPIF4基因表達(dá)總體上均表現(xiàn)出晝夜節(jié)律性。在長光照處理條件下,0~16 h光照期間TaPIF4基因的表達(dá)量總體呈先下降后趨于平穩(wěn)之后再稍微升高的趨勢,之后在黑暗條件下TaPRF4基因表達(dá)量在18~24 h中先顯著提升后迅速下降;在第2個循環(huán)(24~48 h)中,TaPIF4基因表達(dá)量在光照條件下先迅速下降并基本趨于平穩(wěn),之后在黑暗期間TaPIF4基因表達(dá)量在42~48 h中顯著提升后迅速下降(P<0.05)。在短光照處理條件下,TaPIF4基因表達(dá)量在光照期間(0~6 h)先持續(xù)下降后趨于平穩(wěn),在黑暗條件下其表達(dá)量在9~21 h中經(jīng)歷2次顯著提升和下降;后下降,然后再上升后下降;在第2個循環(huán)(24~48 h)中,TaPIF4基因表達(dá)量的升降趨勢同第1個循環(huán)(0~24 h),在33~39 h,42~45 h中分別經(jīng)歷2次顯著提升后下降(P<0.05)。這表明該基因的表達(dá)具有晝夜節(jié)律性,可能在光周期信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑中發(fā)揮作用。
2.4.2 非生物脅迫下TaPIF4基因的表達(dá)分析TaPIF4基因含有bHLH結(jié)構(gòu)域,暗示其可能參與植物的逆境脅迫信號通路。對TaPIF4基因在不同脅迫處理條件下的表達(dá)特性進行分析(圖9)發(fā)現(xiàn),在外源ABA處理條件下,TaPIF4基因的表達(dá)被明顯抑制,在12,24 h該基因的表達(dá)量僅為CK的9.5%,7.5%。在20% PEG6000處理條件下,前期干旱誘導(dǎo)TaPIF4基因的表達(dá),其表達(dá)量在0.5 h時遠(yuǎn)超過對照,在6 h時該基因的表達(dá)量是對照的1.44倍;但從干旱處理12 h開始,干旱開始顯著抑制TaPIF4基因的表達(dá)。在100 mmol/L NaCl處理條件下,TaPIF4基因的表達(dá)無明顯的規(guī)律。在4 ℃低溫處理條件下,0.5 h時TaPIF4基因表達(dá)量與CK相比無明顯差異,在6~12 h時該基因明顯被抑制,隨后在24 h時該基因被誘導(dǎo)表達(dá)。
不同小寫字母表示差異顯著(P<0.05)。圖9同。Different letters indicate significant differences(P<0.05).The same as Fig.9.
圖9 TaPIF4在4種非生物脅迫條件下的表達(dá)分析Fig.9 Expression analysis of TaPIF4 gene under four abiotic stresses
本研究從小麥品種遼春10號中克隆到與光周期相關(guān)的基因TaPIF4,該基因ORF長1 053 bp,編碼350個氨基酸,定位在細(xì)胞核中。小麥TaPIF4編碼的氨基酸序列與粗山羊草(小麥的DD基因組供體)的一致性達(dá)到100%,推測TaPIF4基因可能完全來源于粗山羊草。TaPIF4蛋白序列相當(dāng)保守,含有典型的bHLH結(jié)構(gòu)域,具有E-box/N-box識別位點,含有與DNA片段結(jié)合的堿性區(qū)域,能夠與其他PIFs或其他蛋白質(zhì)形成同源或異源二聚體,拓展了TaPIF4作為轉(zhuǎn)錄因子進行植物生理系統(tǒng)調(diào)控的范圍。經(jīng)過近幾十年的研究發(fā)現(xiàn),PIFs不僅參與光信號調(diào)控活動,還參與植物的多種生物學(xué)過程,如種子萌發(fā)、植株形態(tài)建成、激素信號響應(yīng)及晝夜節(jié)律等[18,24]。此外,bHLH轉(zhuǎn)錄因子還參與植物抗逆調(diào)控。雖然人們對PIFs參與多種信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑、調(diào)控植物生長發(fā)育的機制已有了一定的認(rèn)識, 然而研究主要集中在雙子葉植物擬南芥上,對單子葉植物還需進一步研究。
研究發(fā)現(xiàn),在擬南芥中許多bHLH轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)具有晝夜節(jié)律性,如bHLH69和bHLH92[25]。bHLH 轉(zhuǎn)錄因子家族的PIFs可以通過與遠(yuǎn)紅光吸收型光敏色素互作來調(diào)控植物開花,其中,PIF4和PIF5的表達(dá)具有節(jié)律性,可能通過與節(jié)律鐘基因的相互作用來調(diào)控植物的生長、開花[21]。研究發(fā)現(xiàn),在光照條件下,受激活的光敏色素既可以通過光誘導(dǎo)的磷酸化作用與PIFs蛋白互作,也可以與PIFs蛋白直接互作,誘導(dǎo)PIFs蛋白迅速降解[26-28];同時光敏色素還可以通過調(diào)控COP1(Constitutively photomorphogenic 1)-SPA(Suppressor of phytochrome A)復(fù)合體的活性, 間接影響PIFs蛋白的穩(wěn)定性[29],降低PIFs的表達(dá)水平。在黑暗條件下,光敏色素處于失活狀態(tài),PIFs不斷累積,COP1-SPA復(fù)合物又通過抑制HY5(Hypocotyl 5)[29]、HFR1(Hypocotyl in far-red 1)[30]等光信號通路正調(diào)控因子的活性,間接提高PIFs蛋白的表達(dá)水平。本研究中,TaPIF4基因的表達(dá)總體表現(xiàn)出晝夜節(jié)律性,在光照條件下低水平表達(dá),在黑暗條件下則高水平表達(dá),但在持續(xù)的黑暗中表達(dá)量會出現(xiàn)升-降的波動現(xiàn)象。以上結(jié)果表明,TaPIF4在植物生命活動中參與光信號傳導(dǎo)并可能影響細(xì)胞核中生物鐘調(diào)節(jié)基因的表達(dá),推測TaPIF4可以通過遠(yuǎn)紅光吸收型光敏色素誘導(dǎo)降解,同時又能反饋調(diào)節(jié)光敏色素的表達(dá)水平來削弱這種抑制作用,使其不再繼續(xù)降解而保持在一個較低的表達(dá)水平。初步推測TaPIF4基因可能在植物光周期途徑中發(fā)揮作用。
PIFs不僅在光信號傳遞路徑中起關(guān)鍵作用, 還參與GA、IAA、BR、ABA、乙烯等植物內(nèi)源信號的傳遞,協(xié)同調(diào)控植物的生長、發(fā)育[16-18]。本研究發(fā)現(xiàn),外源ABA抑制了TaPIF4基因的表達(dá),推測TaPIF4基因可能參與ABA調(diào)控的反應(yīng)。bHLH轉(zhuǎn)錄因子參與植物的抗逆調(diào)控網(wǎng)絡(luò),具有抗非生物脅迫的能力,如OsbHLH148[31]、OrbHLH001基因[32]。PIFs是一類bHLH轉(zhuǎn)錄因子,本研究發(fā)現(xiàn),TaPIF4基因在外源ABA處理下表達(dá)被明顯抑制;在干旱處理下,短時間內(nèi)其表達(dá)量升高,之后表達(dá)被抑制,推測這種現(xiàn)象可能與TaPIF4基因參與光合作用有關(guān),TaPIF4基因具有抵御干旱脅迫的能力;冷處理下,短時間內(nèi)其表達(dá)被抑制,之后開始大量表達(dá),推測TaPIF4基因具有抵御冷害的能力;鹽處理下,TaPIF4基因的表達(dá)無明顯規(guī)律。由以上結(jié)果推測,TaPIF4基因可能參與植物ABA、干旱、低溫脅迫的信號通路。