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        雞Toll樣受體15的生物信息學(xué)分析及組織表達(dá)

        2019-03-08 05:49:40邢波建李連艷劉玉芬
        華北農(nóng)學(xué)報(bào) 2019年1期

        邢波建,于 淼,吳 迪,徐 笑,李連艷,劉玉芬

        (哈爾濱師范大學(xué) 生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,黑龍江 哈爾濱 150025)

        Toll樣受體(Toll-like receptors, TLRs)是一類Ⅰ型跨膜糖蛋白模式識別受體,能夠通過識別保守的病原相關(guān)分子模式(Pathogen-associated molecular patterns, PAMPs)參與機(jī)體的天然免疫過程。TLRs分布十分廣泛,在20多種細(xì)胞中均可檢測到其存在信號,主要分布于單核-巨噬細(xì)胞、NK細(xì)胞、T細(xì)胞等免疫細(xì)胞中[1]。TLRs可以激活相關(guān)信號分子,同時(shí)也可以引起胞內(nèi)炎性介質(zhì)的轉(zhuǎn)錄和表達(dá),進(jìn)而激活非特異性和特異性免疫,共同清除抗原異物[2]。

        近年來,有大量研究顯示[3-5],TLRs與各種細(xì)菌感染導(dǎo)致的疾病發(fā)生有著密不可分的關(guān)系,這些研究對細(xì)菌感染的機(jī)制及疾病的預(yù)防、診斷和治療具有重要意義。迄今為止,已在人體中發(fā)現(xiàn)11種TLRs,即TLR1~TLR10和TLR14,在動(dòng)物體內(nèi)發(fā)現(xiàn)15種TLRs[6-7],其中小鼠可表達(dá)TLR11~TLR13,但不表達(dá)TLR10。以往認(rèn)為,TLR15為禽類所特有[8-9],但最新研究證實(shí),在釘螺中也存在TLR15,其生物學(xué)功能是否與禽類的TLR15相同,目前尚不清楚[10]。

        chTLR15作為雞體內(nèi)的一種天然免疫分子,在如何參與免疫應(yīng)答、保護(hù)機(jī)體方面已經(jīng)具有了一定的研究基礎(chǔ)[11],但是對于不同品種雞該因子詳細(xì)的生物信息學(xué)分析和組織表達(dá)譜尚不夠豐富。因此,本研究通過克隆海蘭褐雞TLR15全長基因,獲得生物信息學(xué)特征,并對其胞外區(qū)進(jìn)行原核表達(dá),制備相應(yīng)的多克隆抗體,檢測TLR15在雞體內(nèi)的分布規(guī)律,旨在為進(jìn)一步研究禽類TLR相關(guān)的免疫調(diào)節(jié)機(jī)制提供基礎(chǔ)材料。

        1 材料和方法

        1.1 試驗(yàn)動(dòng)物、菌種、質(zhì)粒和試劑

        海蘭褐雞購自哈爾濱市松北區(qū)興旺養(yǎng)殖場;成年昆明鼠購自中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院哈爾濱獸醫(yī)研究所實(shí)驗(yàn)動(dòng)物中心。

        大腸桿菌DH5α、BL21(DE3)、pGM-T載體均購自天根生化科技(北京)有限公司;pET32a表達(dá)載體由哈爾濱師范大學(xué)生物化學(xué)與分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室保存。KpnⅠ、Hind Ⅲ和T4DNA連接酶購自全式金(TRANS)生物有限公司;鼠抗His標(biāo)簽單克隆抗體、HRP-羊抗鼠IgG二抗和DAB顯色試劑盒購自博奧森生物技術(shù)(北京)有限公司;其他試劑為進(jìn)口或者國產(chǎn)分析純。

        表1 chTLR15引物序列Tab.1 Primer pairs of chTLR15

        注:pTLR15擴(kuò)增序列為胞外區(qū);chTLR15擴(kuò)增區(qū)域?yàn)榭缒^(qū)和胞內(nèi)區(qū)。

        Note:The amplified sequence ofpTLR15 is extracellular region;The region ofchTLR15 amplification was transmembrane and intracellular.

        1.2 引物設(shè)計(jì)

        根據(jù)GenBank上已發(fā)表的三黃雞chTLR15(登錄號:JN112024.1)序列,利用Primer 5.0和Primer-Blast (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/)設(shè)計(jì)第1對特異性引物,用于擴(kuò)增chTLR15的胞外區(qū),分別在上游引物和下游引物引入KpnⅠ和Hind Ⅲ酶切位點(diǎn)。同時(shí)設(shè)計(jì)第2對引物,用于擴(kuò)增跨膜區(qū)和胞內(nèi)區(qū)序列(表1)。

        1.3 chTLR15基因的RT-PCR擴(kuò)增

        從雞脾臟中提取總RNA,依據(jù)TRIzol LS plus RNA Extraction Kit說明書進(jìn)行操作,獲得完整的RNA樣品,再按照 Golden 1stcDNA Synthesis Kit(with gDNA Remover)說明書進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄操作,37 ℃孵育10 min去除gDNA,55 ℃孵育1 h后,85 ℃再孵育10 min,得到完整的cDNA。依照SuperTaqDNA Polymerase說明書進(jìn)行PCR反應(yīng)體系的配置,反應(yīng)條件為94 ℃預(yù)變性5 min;94 ℃變性30 s,55~60 ℃退火30 s,72 ℃延伸3 min,72 ℃終延伸10 min。獲得的PCR產(chǎn)物進(jìn)行純化回收后,委托博仕(哈爾濱)生物技術(shù)有限公司進(jìn)行序列測定,獲得序列后將進(jìn)行全序列拼接。

        1.4 chTLR15基因的生物信息學(xué)分析

        使用Blast (basic local alignment search tool, http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)對NCBI (National Center for Biotechnology Information, http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)上與海蘭褐TLR15同源的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析;采用SMART (simple modular architecture research tool, http://smart.embl-heidelberg.de/)對蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)域進(jìn)行預(yù)測;SWISS-MODEL (http://www.swissmodel.expasy.org/)對蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測,并利用MEGA 7.0以及DNAMAN 6.0,對核苷酸序列進(jìn)行建樹分析。

        1.5 chTLR15胞外區(qū)原核表達(dá)載體的構(gòu)建

        以KpnⅠ和Hind Ⅲ分別雙酶切胞外區(qū)PCR產(chǎn)物和pET32a載體,回收目的片段,以T4DNA連接酶構(gòu)建重組表達(dá)載體pET32a-TLR15ER,轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5α后進(jìn)行鑒定,然后再轉(zhuǎn)化BL21(DE3)感受態(tài)菌,提取質(zhì)粒,進(jìn)行酶切和測序鑒定出陽性菌株。

        1.6 重組蛋白的誘導(dǎo)表達(dá)、檢測及多克隆抗體的制備

        將陽性菌株接種于2 mL LB培養(yǎng)基(Amp+, 100 μg/mL)中,37 ℃振蕩培養(yǎng)過夜。取上述菌液以1/100的比例接種于50 mL新鮮的LB液體培養(yǎng)基(Amp+, 100 μg/mL)中,37 ℃搖床培養(yǎng)至OD600值達(dá)0.3~0.5,在超凈工作臺(tái)中取出1 mL菌液作為誘導(dǎo)前對照,在剩余菌液中加入IPTG至終濃度為0.5 mmol/L,37 ℃誘導(dǎo),每隔1 h收集菌體,離心收獲細(xì)菌沉淀。將收集的菌體用10 mmol/L的PBS (pH值8.0)懸浮進(jìn)行超聲破碎、蛋白純化,進(jìn)行SDS-PAGE分析,再轉(zhuǎn)印到NC膜上,5%的脫脂奶封閉后,加入鼠抗His單克隆抗體孵育,PBS清洗后加入1∶4 000稀釋的HRP-羊抗鼠IgG孵育,DAB顯色至條帶清洗,完成對表達(dá)產(chǎn)物的Western Blot檢測。純化的蛋白與等體積的弗氏完全佐劑進(jìn)行充分混合,按照每只50 μg的劑量采用皮下多點(diǎn)注射法免疫四周齡昆明成年小鼠,對照組注射等劑量0.9%生理鹽水。14 d后,再進(jìn)行2次加強(qiáng)免疫。加強(qiáng)免疫14 d后,眼眶采全血分離血清,采用ELISA方法測定抗體效價(jià)后,于-20 ℃分裝保存。

        1.7 chTLR15的免疫組織化學(xué)檢測

        采用石蠟包埋法對脾、肝、肺進(jìn)行處理,以約5 μm厚度進(jìn)行切片。脫蠟復(fù)水后用10%山羊血清進(jìn)行封閉后加入一抗,37 ℃濕盒孵育20 min,之后滴加生物素化二抗工作液,37 ℃孵育40 min,洗滌后滴加辣根過氧化物酶標(biāo)記鏈霉卵白素工作液(S-A/HRP),室溫濕盒中孵育40 min,用DAB進(jìn)行顯色。蘇木精復(fù)染、梯度脫水透明并樹膠封片。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 chTLR15基因的PCR擴(kuò)增

        以提取的雞脾臟組織中總RNA為模板,根據(jù)GenBank上發(fā)表的chTLR15基因的序列設(shè)計(jì)2對引物,PCR反應(yīng)后經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳檢測,均得到清晰的目的條帶(圖1-2),全部基因長度約為2 607 bp,其中,胞外區(qū)目的基因片段大小約為1 980 bp,與預(yù)期相符。

        M.DNA Marker DL2000;1,2.chTLR15基因胞外區(qū)的擴(kuò)增。M.DNA Marker DL2000;1,2.Amplification of extracellular domain of chTLR15 gene.

        M.DNA Marker DL5000;1.陰性對照;2.chTLR15基因全長的RT-PCR產(chǎn)物。M.DNA Marker DL5000;1.Negative control;2.Full-length RT-PCR products of chTLR15 gene.

        圖3 chTLR15蛋白的結(jié)構(gòu)域預(yù)測Fig.3 The prediction of chTLR15 domain structures

        2.2 chTLR15基因的生物信息學(xué)分析

        經(jīng)序列拼接,獲得的海蘭褐雞TLR15基因全長2 607 bp,編碼868個(gè)氨基酸,其中,胞外區(qū)1 962 bp。該克隆序列已提交GenBank,登錄號為:MH143572。使用SMART在線軟件,模擬出chTLR15的功能區(qū)(圖3)。chTLR15蛋白胞外區(qū)位于肽鏈的N端區(qū),有1個(gè)典型亮氨酸富集亞家族區(qū)(Leucine-rich repeats, typical subfamily, LRR_TYP),6個(gè)明顯的亮氨酸重復(fù)序列(Leucine-rich repeat, LRR),1個(gè)C端亮氨酸富集區(qū)(Leucine-rich repeat C-terminal domain, LRR_CT),1個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)區(qū)和胞內(nèi)C端TIR結(jié)構(gòu)域,符合TLR分子的典型結(jié)構(gòu)特征[12]。應(yīng)用SWISS-MODEL在線軟件,模擬出chTLR15氨基酸的三級結(jié)構(gòu)(圖4),N端的胞外區(qū)呈現(xiàn)出2個(gè)馬蹄形的折疊,中間的跨膜區(qū)由2個(gè)α螺旋組成,C端形成TIR結(jié)構(gòu)域,通過三維模擬可以看出,該分子中α螺旋的含量較少,β折疊和β轉(zhuǎn)角相對較多。

        經(jīng)DNAMAN 6.0的比對以及MEGA 7.0建立的核苷酸系統(tǒng)進(jìn)化樹分析發(fā)現(xiàn)(圖5),與所選參考序列相比,三黃雞和海蘭褐雞的同源性高達(dá)99.85%,僅有4處位點(diǎn)發(fā)生變化,分別是168,449,925和1 362位堿基發(fā)生變化,但氨基酸的序列沒有變化;和草原松雞略有差異,同源性為92.13%,和鴻雁差異較大同源性為84.77%,與白腰叉尾海燕、紫水雞和其他物種差異較大。從圖中可以發(fā)現(xiàn),海蘭褐雞與家麻雀以及釘螺TLR15親緣關(guān)系較遠(yuǎn),序列差異也很大,與釘螺的核苷酸同源性是39.81%,氨基酸序列同源性僅有22.10%。

        A圖與B圖是同一水平面,順時(shí)針旋轉(zhuǎn)90°。Figure A and Figure B are the same horizontal plane with clockwise rotation 90°.

        圖5 基于不同物種TLR15的核苷酸序列進(jìn)化樹Fig.5 Phylogenetic tree based on the nucleotide sequences of TLR15 from different species

        2.3 chTLR15胞外區(qū)重組表達(dá)載體的構(gòu)建

        以KpnⅠ和Hind Ⅲ分別雙酶切胞外區(qū)PCR產(chǎn)物和pET32a表達(dá)載體,回收目的片段后連接。連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化DH5α感受態(tài)細(xì)胞,進(jìn)行雙酶切鑒定和測序驗(yàn)證。瓊脂糖凝膠電泳檢測后,得到一條約5 900 bp的片段和一條約2 000 bp的片段,與預(yù)期片段大小相符(圖6)。經(jīng)最后測序表明,目的基因片段已經(jīng)與表達(dá)載體相連接,并且正確插入到了表達(dá)載體的目的位點(diǎn)處,由此構(gòu)建了重組表達(dá)質(zhì)粒,命名為pET32a-TLR15ER。

        M1.DNA Marker DL15000;M2.DNA Marker DL2000;1.酶切產(chǎn)物;2.對照質(zhì)粒。M1.DNA Marker DL15000;M2.DNA Marker DL2000;1.Enzyme-digested product;2.Control plasmid.

        2.4 胞外區(qū)的誘導(dǎo)表達(dá)和多克隆抗體的制備

        將重組質(zhì)粒pET32a-TLR15ER轉(zhuǎn)化大腸桿菌BL21(ED3)受體菌中,經(jīng)過IPTG誘導(dǎo)后每隔1 h收集菌樣,提取包涵體蛋白,進(jìn)行SDS-PAGE電泳分析(圖7),發(fā)現(xiàn)經(jīng)IPTG誘導(dǎo)后,在5 h為最佳誘導(dǎo)條件,誘導(dǎo)菌在72 ku處增加了一條特異的誘導(dǎo)表達(dá)條帶。取誘導(dǎo)后菌液,經(jīng)超聲波破碎后對收集的上清和沉淀進(jìn)行SDS-PAGE電泳分析(圖8),結(jié)果發(fā)現(xiàn),在裂解沉淀物中有與目的蛋白大小相符的條帶,而上清中無此條帶,表明該表達(dá)產(chǎn)物主要以包涵體形式存在。經(jīng)過3次免疫制備鼠抗雞TLR15胞外區(qū)抗體,經(jīng)ELISA 檢測,抗體效價(jià)為1∶10 000。采用Western Blot方法檢測重組蛋白的特異性(圖9),抗His單克隆抗體與pET32a-TLR15ER重組蛋白發(fā)生反應(yīng),在分子量約為72 ku處出現(xiàn)一條特異性條帶。

        M.蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn);1.細(xì)菌無誘導(dǎo)對照;2-8.誘導(dǎo)不同時(shí)間的表達(dá)產(chǎn)物。M.Protein Marker;1.Bacteria without induction control;2-8. Induction of expression products at different times.

        M.蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn);1-3.菌體裂解的沉淀;4-6.菌體裂解的上清。M.Protein Marker;1-3.Precipitation of cell cleavage;4-6.Supernatant of cell cleavage.

        M.蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn);1.蛋白樣品的雜交條帶;2.未誘導(dǎo)重組菌。M.Protein Marker;1.Hybridization strip of protein sample;2.Uninduced recombinant bacteria.

        2.5 chTLR15的免疫組織化學(xué)檢測

        取海蘭褐雞脾臟、肝臟、肺的組織材料,經(jīng)免疫組織化學(xué)檢測(圖10),A圖為脾臟,B圖為肝臟,C圖為肺。A、B、C組中1組為對照組,2組為試驗(yàn)組。結(jié)果表明,對照組無陽性染色,在試驗(yàn)組中,脾臟、肝臟、肺均有陽性染色,陽性染色細(xì)胞呈深黃色,脾臟染色最深;肝臟和肺染色較淺,少數(shù)陽性染色細(xì)胞呈淺黃色,表明脾臟是主要產(chǎn)生TLR15的部位且主要分布在細(xì)胞質(zhì)中。

        3 討論

        眾所周知,早期對TLR的研究顯示,該基因可以參與果蠅背腹側(cè)極性的形成,所以命名為Toll受體[13]。隨后,Hashimoto等[14]研究發(fā)現(xiàn),該基因編碼1種跨膜蛋白,進(jìn)而闡述了該蛋白的結(jié)構(gòu)。而在1996年,研究人員又發(fā)現(xiàn)該基因能夠激起成年果蠅的免疫反應(yīng),其表達(dá)產(chǎn)物在抗感染方面發(fā)揮重要作用[15-16]。chTLR15作為天然免疫的重要組成部分,在禽類感染性疾病中的作用已經(jīng)具有了一定的研究基礎(chǔ)。已有研究表明,chTLR15主要在雞抗細(xì)菌感染過程中發(fā)揮重要作用[17],但Chen等[18]研究發(fā)現(xiàn)TLR15也能夠識別病毒和細(xì)菌的非甲基化的CpG-DNA序列,激活機(jī)體的抗病毒反應(yīng)。而且,以往研究認(rèn)為TLR15為禽類所特有,但在2018年,有報(bào)道稱,在釘螺中發(fā)現(xiàn)TLR15[10], 但對該分子在細(xì)胞中的定位、配體的誘導(dǎo)和傳導(dǎo)的信號通路都尚未明確,故不能確定二者是同系物。由于物種的親緣關(guān)系,可以看出海蘭褐雞與三黃雞的核苷酸同源性高達(dá)99.85%,氨基酸完全一致。這與Ruan等[19]研究發(fā)現(xiàn),在不同地方品種雞chTLR15的胞外區(qū)會(huì)存在某些多態(tài)性位點(diǎn)的報(bào)道不一致。海蘭褐雞與其他鳥類之間相比親緣關(guān)系也較近,和貝類的親緣關(guān)系相對較遠(yuǎn)[20]。

        有研究表明,在受到細(xì)菌感染時(shí)chTLR15的表達(dá)量會(huì)上調(diào)[21]。王燕等[22]在用白痢沙門氏菌刺激雛雞時(shí)也得到了相同的結(jié)論。還有一些研究者通過免疫組化實(shí)驗(yàn)也發(fā)現(xiàn),chTLR15可以在脾臟中大量表達(dá),說明脾臟在TLR15的表達(dá)中占有十分重要的地位,作為外周免疫器官,脾臟受到細(xì)菌感染之后,chTLR15的表達(dá)量會(huì)出現(xiàn)上調(diào)[23]。一些研究還揭示出禽類特異性的TLR15在功能上和TLR2相似[24],這在雞感染沙門氏菌后,脾臟中TLR15和TLR2的mRNA表達(dá)量都會(huì)增加中得到證實(shí)[17]。本研究發(fā)現(xiàn),未受感染的狀態(tài)下,海蘭褐雞TLR15在脾臟中表達(dá)量也是最高,與前述研究具有一致性。

        TLR15在發(fā)揮作用時(shí),主要通過其胞外區(qū)識別病原微生物的PAMPS,故本研究選用胞外區(qū)進(jìn)行原核表達(dá),得到了與預(yù)計(jì)相符的重組目的蛋白,免疫動(dòng)物后獲得了相關(guān)抗體。在驗(yàn)證chTLR15組織分布譜時(shí)該抗體可以進(jìn)行有效的結(jié)合,表明該重組蛋白屬于有活性的有功能的TLR15分子,可以用于今后進(jìn)一步觀察分析TLR15的功能特征,并為開發(fā)出新型的生物制劑奠定了基礎(chǔ),也為后續(xù)的相關(guān)領(lǐng)域的研究提供了充足的分子基礎(chǔ)。

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