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        基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)激酶-小分子相互作用研究進展*

        2019-01-29 01:53:06王方軍
        關(guān)鍵詞:激酶質(zhì)譜靶向

        陳 津,王方軍

        (1.福建厘科大學(xué)臨床分子診治研發(fā)中心,福建醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院 泉州 362000;2.中國科學(xué)院分離分析化學(xué)重點實驗室,中國科學(xué)院大連化學(xué)物理研究所 大連 116023)

        正常細胞中蛋白質(zhì)激酶受到嚴格調(diào)控,蛋白質(zhì)激酶表達量和活性發(fā)生變化將引起細胞生物學(xué)過程的紊亂甚至導(dǎo)致癌癥等惡性疾病的發(fā)生。早在20世紀70年代末期,科研人員就發(fā)現(xiàn)了激酶和癌癥的聯(lián)系,激酶活性不受控制將會引起細胞性狀發(fā)生改變最終導(dǎo)致疾病[1-3]。利用靶向小分子抑制劑或激動劑對特定蛋白質(zhì)激酶的活性進行特異性調(diào)控能為相關(guān)疾病提供有效的治療方案,小分子抑制劑也成為了目前最重要的抗腫瘤藥物之一。截止2017年,共有38種小分子激酶抑制劑類藥物獲美國FDA批準并應(yīng)用于臨床。目前已經(jīng)有5000多種蛋白質(zhì)激酶和蛋白質(zhì)激酶-抑制劑復(fù)合體的晶體結(jié)構(gòu)被成功解析,極大促進了人們對抑制劑作用機理的理解并為新型小分子抑制劑藥物的設(shè)計合成提供了重要參考。靶向激酶的小分子抑制劑是生命健康領(lǐng)域的一個重要研究熱點,探究蛋白質(zhì)激酶與小分子相互作用機制可以為各種疾病治療藥物的設(shè)計研究提供重要指導(dǎo)[4],包括腫瘤[5],神經(jīng)學(xué)[6],免疫學(xué)[7],心臟病[8]和傳染病[9]等。

        1 蛋白質(zhì)激酶和小分子抑制劑簡介

        蛋白質(zhì)激酶是一類能將底物蛋白質(zhì)磷酸化的磷酸基轉(zhuǎn)移酶,將ATP上的γ磷酸基團轉(zhuǎn)移到底物蛋白質(zhì)的絲氨酸、蘇氨酸或酪氨酸殘基上[10]。蛋白質(zhì)磷酸化在細胞信號的傳導(dǎo)中起著至關(guān)重要的作用,直接影響著蛋白質(zhì)的功能、相互作用和信號通路,對細胞的生長、增殖、代謝、轉(zhuǎn)錄、分化、衰亡等過程產(chǎn)生重要影響。人類基因編碼中有518種蛋白質(zhì)激酶[11],可分為傳統(tǒng)型和非典型蛋白質(zhì)激酶。傳統(tǒng)型激酶(478種)可劃分為AGC、CAMK、CK1、CMGC、STE、TK和TKL等激酶家族。剩余的40種激酶可歸屬于13個非典型激酶家族[12]。不同家族的激酶針對不同類型的蛋白質(zhì)底物,在信號通路中的功能也有顯著差異。根據(jù)磷酸化作用的蛋白質(zhì)不同,還可將蛋白質(zhì)激酶分為絲氨酸/蘇氨酸蛋白質(zhì)激酶STK(serine/threonine-specific protein kinase)和酪氨酸蛋白質(zhì)激酶TPK(tyrosine-specific protein kinase)。在人源蛋白質(zhì)激酶中有約80%屬于STK激酶[11]。

        表1 靶向蛋白質(zhì)激酶的小分子抑制劑的分類

        蛋白質(zhì)激酶結(jié)構(gòu)有較大相似度,尤其是其催化活性結(jié)構(gòu)域高度保守。在此區(qū)域中含有主要由β-折疊(β-sheet)構(gòu)成的N-lobe區(qū)域和主要由α-螺旋(α-helix)構(gòu)成的C-lobe區(qū)域。ATP結(jié)合在兩者構(gòu)成的溝狀區(qū),并且和N-lope和C-lope之間有相互作用。除此之外,ATP還和蛋白質(zhì)激酶其他結(jié)構(gòu)保守的區(qū)域有相互作用,比如連接N-lope和C-lope的鉸鏈區(qū)(hinge region),磷酸基團結(jié)合環(huán)(phosphate-binding loop,P-loop),活化環(huán)(activation loop),催化環(huán)(catalytic loop)等[13,14]。通常,hinge region能與ATP中的腺苷有氫鍵等相互作用;P-loop中含有保守序列GXGXФG(Ф為苯丙氨酸或者酪氨酸),能靈活靠近ATP并與磷酸基團發(fā)生作用[15]?;罨h(huán)末端還存在一個保守的DFG(Asp-Phe-Gly)序列區(qū)域。

        小分子激酶抑制劑是一類可以靶向結(jié)合并調(diào)控蛋白質(zhì)激酶活性的小分子化合物,根據(jù)他們相互作用機制的不同,可以將小分子抑制劑分成六種類型(表1)[16]。Type I抑制劑結(jié)合“DFG-in”構(gòu)象狀態(tài)下的蛋白質(zhì)激酶(即天冬氨酸和苯丙氨酸指向ATP結(jié)合位點);Type II抑制劑結(jié)合“DFG-out”構(gòu)象下未被激活的蛋白質(zhì)激酶。以上這兩種類型抑制劑都是通過競爭占據(jù)ATP的結(jié)合位置達到抑制酶活性的目的,屬于ATP競爭型抑制劑。Type III抑制劑的作用位點十分接近ATP結(jié)合區(qū)域;而Type IV抑制劑的作用位點偏離ATP和底物的結(jié)合區(qū)域。這2種抑制劑都是天然的別構(gòu)型抑制劑,通過結(jié)合激酶蛋白質(zhì)非ATP結(jié)合區(qū)域調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)從而實現(xiàn)激酶活性調(diào)控。因為所有蛋白質(zhì)激酶均具有序列結(jié)構(gòu)高度保守的ATP結(jié)合區(qū),ATP競爭型抑制劑往往特異性較差。為了選擇性結(jié)合并調(diào)控某一特定的蛋白質(zhì)激酶,發(fā)展別構(gòu)型抑制劑是提高調(diào)控選擇性的關(guān)鍵。Type V抑制劑(也稱作bivalent inhibitors)通常連接著激酶結(jié)構(gòu)域中兩個不同的區(qū)域,以Src激酶為例,它的type V抑制劑一端是ATP類似物另一端是非底物配體雙磷酸化肽段,分別結(jié)合激酶的ATP結(jié)合區(qū)域和SH2結(jié)合域從而抑制激酶活性[17]。以上這五類抑制劑主要通過氫鍵、鹽橋鍵、疏水相互作用等非共價作用力靶向蛋白質(zhì)激酶,屬于可逆型小分子抑制劑。Type VI抑制劑與上述種類抑制劑不同,是通過共價鍵與激酶相連的不可逆抑制劑。

        目前通過FDA批準的激酶小分子抑制劑藥物中,涉及到多種類型,例如靶向CDK4/6的抑制劑Palbociclib屬于Type I;靶向B-Raf的抑制劑Dabrafenib屬于Type II;靶向MEK1/2的抑制劑Trametinib屬于Type III;靶向FKBP12/mTOR的抑制劑Temsirolimus屬于Type IV;靶向BTK的抑制劑Ibrutinib屬于Type VI等。然而,這些抑制劑的使用經(jīng)常會伴隨一些副作用的產(chǎn)生,包括血球減少、皮膚病、消化系統(tǒng)異常、抑郁癥、肺病等[18]。因此,研究激酶與小分子抑制劑的相互作用機制,開發(fā)新型高效無副作用的抑制劑仍然面臨著巨大挑戰(zhàn)。

        2 基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)激酶和小分子抑制劑相互作用研究

        X射線晶體衍射(X-ray diffraction,XRD)[19,20]、冷凍電鏡(Cryo-electron microscopy,Cryo-EM)[21,22]和核磁共振(nuclear magnetic resonance,NMR)[23-25]等分析方法已經(jīng)被廣泛用于蛋白質(zhì)激酶和小分子相互作用機制研究,但這些常規(guī)分析方法對蛋白質(zhì)樣品的用量和純度要求較高、樣品制備困難、分析通量較低。近年來,一系列基于質(zhì)譜技術(shù)的蛋白質(zhì)-小分子相互作用分析方法得到快速發(fā)展(表2),這些方法具有靈敏度高、通量高、樣品制備簡單、可確定相互作用位點等特點,已經(jīng)成為傳統(tǒng)分析方法的重要補充。本綜述主要針對基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)激酶-小分子相互作用普適性分析方法的主要研究進展。

        2.1 氫氘交換-質(zhì)譜分析方法

        氫氘交換質(zhì)譜分析(hydrogen-deuterium exchangemass spectrometry,HDX-MS)是指利用氘代溶劑(D2O,CH3OD等)與樣品蛋白質(zhì)分子上的氫原子發(fā)生互換,并通過質(zhì)譜檢測酶解肽段質(zhì)量偏移確定發(fā)生氫氘原子交換的蛋白質(zhì)序列位置[26]。一般容易發(fā)生氫氘交換的氫原子多位于蛋白質(zhì)與溶液的接觸界面,比位于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)內(nèi)部或參與氫鍵形成的氫原子的交換速率更快,可以根據(jù)氫氘交換速率的不同探測蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)及動態(tài)變化[27]。當小分子抑制劑與激酶結(jié)合時,會影響結(jié)合位置的氫原子的氫氘交換速率,通過氫氘交換速率的變化可以探究小分子和激酶的相互作用區(qū)域及強度。HDX-MS具體操作流程主要分成以下幾個步驟[28]:分別讓蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)-抑制劑復(fù)合物與氘代試劑混合實現(xiàn)氘代標記;在一定交換時間后通過酸化水溶液(pH2.5)實現(xiàn)蛋白質(zhì)變性并盡量維持在0℃左右終止氫氘交換反應(yīng);進行蛋白質(zhì)酶解并對酶解肽段混合物進行色譜串聯(lián)質(zhì)譜連用(LC-MS/MS)系統(tǒng)進行分析。根據(jù)實驗獲得肽段質(zhì)量偏移隨著時間的變化曲線可以解析抑制劑存在的情況下蛋白質(zhì)的動態(tài)變化。除了蛋白質(zhì)或者蛋白質(zhì)-小分子復(fù)合物本身結(jié)構(gòu)的性質(zhì)之外,影響氫氘交換速率的還有溶液的pH、溫度等因素[29]。

        HDX-MS作為蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和相互作用動力學(xué)研究的一個有效工具,已經(jīng)被成功用于蛋白質(zhì)激酶與小分子(如ATP及其類似物、核酸小分子、藥物小分子等)相互作用機制分析[30,31]。Marshall等人將該技術(shù)用于研究藥物imatinib、sunitinib與產(chǎn)生抗藥性的激酶receptor tyrosine kinase(KIT)的相互作用機理,發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)激酶突變體D816H使KIT變成活性形式從而無法與抑制劑結(jié)合;而突變體V560D有兩種低能量結(jié)構(gòu),一種結(jié)構(gòu)松散類似于D816H,一種結(jié)構(gòu)相對緊湊,類似于野生型KIT,受到這兩種低能量結(jié)構(gòu)的影響,抑制劑對突變體V560D的抑制效果介于野生型和突變體D816H之間[32]。Zhang等人將HDX-MS用于別構(gòu)抑制劑GNF-2與酪氨酸激酶Bcr-Abl的結(jié)合位置和相互作用機理研究[33]。氫氘交換質(zhì)譜分析主要缺點是在樣品酶解、色譜分離、質(zhì)譜離子化等過程中存在明顯的氫氘原子回交現(xiàn)象,這將顯著影響分析的準確性,限制了該方法的應(yīng)用。并且,此方法對樣品預(yù)處理和色譜分離等條件控制較為嚴格,例如必須低溫操作降低回交現(xiàn)象,從而極大影響了蛋白質(zhì)樣品的酶解效率、肽段色譜分離分辨率等[26]。

        2.2 共價化學(xué)標記-質(zhì)譜分析方法

        交聯(lián)質(zhì)譜分析(cross-linking combined with MS,XL-MS)是近年來迅速發(fā)展的研究蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和相互作用的質(zhì)譜分析技術(shù)。交聯(lián)反應(yīng)包括將一個蛋白之內(nèi)或者兩個蛋白之間功能基團通過化學(xué)交聯(lián)試劑共價連接,蛋白質(zhì)酶解后對發(fā)生交聯(lián)反應(yīng)的肽段進行富集和分離鑒定從而確定空間上相鄰的兩個交聯(lián)位點[34]。通常來說,交聯(lián)試劑由一個特定長度的間隔臂連接著兩個功能基團,這兩個基團根據(jù)性質(zhì)可與蛋白質(zhì)的賴氨酸、半胱氨酸或其他氨基酸發(fā)生共價化學(xué)反應(yīng)[35]。蛋白質(zhì)交聯(lián)后可直接進入質(zhì)譜分析,比如Nazabal和Wenzel考察了抑制劑PKF17、PKF118等對蛋白復(fù)合物tymidin kinase/TCf4/β-catenin的影響[36]。此外,還可以通過對交聯(lián)的蛋白質(zhì)進行酶解,對酶解后的交聯(lián)肽段進行分析。酶解后的肽段混合物在進入液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜分析之前,往往還會采用富集或分離手段(如體積排阻色譜[37],離子交換色譜[38],親和標簽富集[39,40]等)對交聯(lián)肽段進行富集從而降低樣品的復(fù)雜程度。交聯(lián)質(zhì)譜分析方法已被成功用于研究蛋白磷酸酶PP2A復(fù)合物結(jié)構(gòu)[41]和進行內(nèi)源性蛋白質(zhì)復(fù)合物的深度覆蓋分析[42]。

        基于活性的蛋白質(zhì)組分析[43](activated-based probe profiling,ABPP)是應(yīng)用化學(xué)探針(activated-based probe,ABP)靶向蛋白質(zhì)中有特定結(jié)構(gòu)和生物活性的區(qū)域。該化學(xué)探針由反應(yīng)基團、報告基團和將二者相連的聚乙二醇鏈或者碳鏈組成,反應(yīng)基團一般是親電小分子,用于選擇性結(jié)合蛋白酶的活性中心,報告基團可以是熒光基團、生物素基團或者是用于引入新基團的正交反應(yīng)基團等[43,44]。Cravatt實驗室將小分子碎片結(jié)合親電基團作為親電試劑,靶向結(jié)合蛋白質(zhì)中的活性半胱氨酸位點。為了得到該小分子與蛋白質(zhì)的相互作用信息,還需引入化學(xué)探針(該化學(xué)探針可通過“點擊”反應(yīng)引入輕重標簽)[45]。具體過程如下:將樣品分成等量的兩份,一份加入親電試劑隨后加入化學(xué)探針與之反應(yīng),另一份直接加入化學(xué)探針處理。而后分別引入輕重標簽后混合,富集,酶解,液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜分析。此時,先與親電試劑結(jié)合和直接與化學(xué)探針結(jié)合的活性半胱氨酸位點所在的肽段的質(zhì)譜強度存在顯著差異,根據(jù)所在肽段定量的比值來判斷小分子與蛋白質(zhì)的相互作用,從而為抑制劑的設(shè)計等提供指導(dǎo)[45]。例如,該方法證明了親電試劑靶向MAP3激酶MLTK的第22位的活性半胱氨酸的位點會抑制該激酶的活性并且還能夠得到產(chǎn)生相互作用的小分子等[45]。

        以上共價化學(xué)標記方法中所采用的化學(xué)反應(yīng)試劑存在分子尺寸較大,難以標記位阻較大的蛋白質(zhì)微觀結(jié)構(gòu)區(qū)域;并且所采用的標記反應(yīng)如針對賴氨酸側(cè)鏈氨基的酰胺化等反應(yīng)會嚴重影響相應(yīng)蛋白質(zhì)的電荷分布、結(jié)構(gòu)和活性[46,47],標記后的蛋白質(zhì)基本上都失去生理活性。

        針對上述共價化學(xué)標記的方法的不足,Zhou等人發(fā)展了基于賴氨酸側(cè)鏈二甲基化的活性標記方法用于研究蛋白質(zhì)復(fù)合物中的賴氨酸近程微環(huán)境(Lysine Proximal Microenvironment,圖1)。由于標記試劑分子量小,能對蛋白質(zhì)復(fù)合物中的全部賴氨酸進行結(jié)構(gòu)特異性差異標記;由于該反應(yīng)不影響蛋白質(zhì)電荷情況,在標記后蛋白質(zhì)仍然能夠保持生物學(xué)活性;從而實現(xiàn)了大分子量蛋白質(zhì)復(fù)合物(700 kDa)內(nèi)部蛋白質(zhì)相互作用的系統(tǒng)分析[48]。Linden等人根據(jù)1252個激酶-配體的晶體結(jié)構(gòu)得到85個與配體結(jié)合位點相關(guān)的激酶保守序列的氨基酸[12],發(fā)現(xiàn)甘氨酸、賴氨酸等氨基酸在保守區(qū)域的多個位點均有分布,對賴氨酸近程微環(huán)境的分析有利于蛋白質(zhì)激酶尤其是保守區(qū)域與小分子的相互作用的研究。并且,在生理條件下蛋白質(zhì)中的賴氨酸一般帶正電荷,與鄰近氨基酸殘基間的相互作用如靜電相互作用、氫鍵等是調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和蛋白-蛋白相互作用的關(guān)鍵因素之一。小分子抑制劑常與激酶的賴氨酸殘基相互作用從而更好地靶向蛋白質(zhì)激酶并抑制其活性,例如抑制劑MK2206、PIA23分別與AKT1激酶的K268[49]、K14[50]位點;抑制劑Imatinib與ABL1激酶的K271位點[51];抑制劑MP7與PDK1激酶的K111位點[52]等都存在相互作用。分析賴氨酸近程微環(huán)境相互作用對于研究蛋白質(zhì)及蛋白質(zhì)復(fù)合物的結(jié)構(gòu)和功能調(diào)控機理具有重要作用,在研究蛋白質(zhì)激酶和小分子相互作用上表現(xiàn)出極大的潛力。

        2.3 基于蛋白質(zhì)熱穩(wěn)定性的質(zhì)譜分析方法

        蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)隨著溫度的升高發(fā)生改變,由此可以得到關(guān)于蛋白質(zhì)的熱熔解曲線(thermal melting curve),當小分子結(jié)合蛋白質(zhì)時會引起蛋白質(zhì)穩(wěn)定性的變化從而影響其熱熔解曲線[53,54],具體表現(xiàn)在熱熔解曲線發(fā)生偏移(cellular thermal shift assay,CETSA)[55]。

        圖1 基于二甲基化標記的活性標記方法研究賴氨酸的近程微環(huán)境

        蛋白質(zhì)隨著溫度的升高會發(fā)生變性隨后發(fā)生聚沉[56],這將導(dǎo)致在磷酸鹽緩沖液中的溶解該蛋白質(zhì)的量逐漸減少[55-57]。Mikhail等人依據(jù)這點特性,通過定量標記試劑TMT標記溶解的蛋白質(zhì)組樣品,結(jié)合液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜,實現(xiàn)一次進樣同時分析蛋白質(zhì)的十個溫度點的熱穩(wěn)定性,得到蛋白質(zhì)的熱熔解曲線。通過對比蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)-小分子的熱熔解曲線的偏移,高通量的篩選小分子或藥物在活細胞中的作用底物蛋白質(zhì)[58]。例如,為蛋白質(zhì)激酶抑制劑十字孢堿(staurosporine)確定了50多個靶點蛋白質(zhì)(如激酶PKN1,AURKA)。此外,Huber等人也利用蛋白質(zhì)的熱穩(wěn)定性的變化得到甲氨喋呤等小分子的靶向底物[59]?;跓岱€(wěn)定性的方法能夠得到小分子與蛋白質(zhì)在細胞內(nèi)的相互作用信息,這更能反應(yīng)蛋白質(zhì)實際的生理環(huán)境??偠灾@種檢測熱穩(wěn)定性變化的方法能有效鑒定藥物的靶向蛋白質(zhì)底物,有助于系統(tǒng)研究藥物功效和毒性。然而,該方法不能給出藥物與靶向蛋白的具體位點結(jié)合信息。

        2.4 活性質(zhì)譜(Native MS)分析

        隨著高分辨、高質(zhì)量檢測范圍質(zhì)譜技術(shù)的快速發(fā)展,質(zhì)譜已經(jīng)能對保持活性結(jié)構(gòu)和活性的大分子量蛋白質(zhì)直接進行分析檢測,分析對象通常是純化蛋白質(zhì)樣品[60]。Jecklin等人將絲裂原活化蛋白質(zhì)激酶MAPK14和酪氨酸激酶LCK(lymphocyte specific kinase)與17種激酶抑制劑結(jié)合,并通過質(zhì)譜信號分析得到抑制劑-激酶的解離常數(shù)等[61]。Heck等人結(jié)合高分辨率、高精度Exactive Plus Orbitrap分析了分子量150 kDa的蛋白質(zhì)激酶PKG(cGMP-dependent protein kinase)與小分子cAMP和cGMP相互作用[62]。具體過程為(圖2),PKG與小分子cAMP或cGMP共同孵育,在ATP和鎂離子的參與下PKG發(fā)生磷酸化(圖2A),通過EDTA中止磷酸化修飾,并在低溫(4℃)下置換成可與質(zhì)譜兼容的醋酸銨溶液(圖2B),隨后將含有活性蛋白激酶-小分子復(fù)合物的溶液直接進入高分辨率質(zhì)譜進行分析,并對得到的高精度譜圖進行數(shù)據(jù)分析(圖2C,D)。根據(jù)分析的結(jié)果,cAMP和cGMP可分別使PKG發(fā)生高達13和6個的磷酸化修飾[62]。然而,該方法無法直接確定發(fā)生修飾的具體位點,需要通過對蛋白質(zhì)進行酶解再根據(jù)酶解的肽段的液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜分析(即“自下而上”的蛋白質(zhì)組學(xué)分析)方法來確定具體修飾位點[62]。

        圖2 Native MS分析蛋白質(zhì)激酶和小分子相互作用

        表2 基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)激酶-小分子相互作用的方法

        2.5 限制性蛋白質(zhì)酶解

        蛋白質(zhì)酶解切過程中需要底物蛋白質(zhì)匹配蛋白酶活性位點的誘導(dǎo)機制形成水解反應(yīng)過渡態(tài)。當活性蛋白質(zhì)區(qū)域結(jié)構(gòu)不能被蛋白酶識別,例如與小分子相互作用或發(fā)生蛋白質(zhì)折疊,則該蛋白質(zhì)區(qū)域不能被蛋白酶完全水解,即發(fā)生限制性蛋白質(zhì)水解(limited proteolysis,LiP)[63]。通過研究活性蛋白質(zhì)與小分子結(jié)合前后的酶切區(qū)域和效率差異即可得到部分小分子與蛋白質(zhì)的相互作用區(qū)域和強度信息。Picotti等人利用限制性蛋白質(zhì)酶解結(jié)合酶解產(chǎn)物質(zhì)譜分析對蛋白質(zhì)不同生理狀態(tài)結(jié)構(gòu)變化及其與小分子相互作用進行了高通量分析[64,65]。當小分子結(jié)合活性蛋白質(zhì)時阻礙了蛋白酶(proteinase K)水解小分子相互作用區(qū)域,從而顯著降低該蛋白質(zhì)區(qū)域的酶解效率。限制性酶解完成后將蛋白質(zhì)變性并用蛋白酶充分酶解,通過質(zhì)譜定量分析構(gòu)象不同區(qū)域?qū)?yīng)的肽段,從而推斷出蛋白質(zhì)與小分子的相互作用區(qū)域。通過此方法,Picotti等人發(fā)現(xiàn)了未被報道的PfkB激酶的抑制劑磷酸烯醇丙酮酸鹽、檸檬酸鹽和鳥苷三磷酸[65]。限制性蛋白水解的方法可以用來測試藥物與蛋白質(zhì)的相互作用情況并確定藥物的作用區(qū)域,但是對酶解條件的控制要求較為嚴格。

        3 總結(jié)和展望

        蛋白質(zhì)激酶在生命過程中發(fā)揮著重要作用,許多惡性疾病如腫瘤的產(chǎn)生與蛋白質(zhì)激酶密切相關(guān),人們對設(shè)計研發(fā)靶向蛋白質(zhì)激酶的新型小分子抑制劑的要求十分迫切?;谫|(zhì)譜的分析方法能夠全面、系統(tǒng)、準確地研究蛋白質(zhì)激酶-小分子相互作用,并給出作用位點(或區(qū)域)和作用強度等信息,從而更好的為藥物的設(shè)計和疾病的治療提供幫助。隨著技術(shù)的發(fā)展,基于質(zhì)譜的分析手段將不斷的發(fā)展和完善,必定會極大地推動蛋白質(zhì)激酶-小分子相互作用分析研究,從而更好的為人類的健康服務(wù)。

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