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        PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)中參考文獻(xiàn)題名引用和著錄存在問題及分析

        2019-01-19 02:45:37鄭雨田
        天津科技 2019年10期
        關(guān)鍵詞:正體原稿斜體

        齊 燁,鄭雨田,李 娜,蘆 洋

        (天津市第三中心醫(yī)院生物醫(yī)學(xué)工程與臨床編輯部 天津300170)

        參考文獻(xiàn)是一篇完整的科技論文不可缺少的組成部分,是作者在學(xué)術(shù)研究中,對(duì)某一著作或論文整體的參考或借鑒,是對(duì)前人學(xué)術(shù)研究尊重的表現(xiàn),同時(shí)也可為讀者提供進(jìn)一步查詢資料或信息的線索。PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)是目前國(guó)際公認(rèn)的檢索生物醫(yī)學(xué)和生命科學(xué)領(lǐng)域文獻(xiàn)的權(quán)威性數(shù)據(jù)庫(kù),旨在提供科研領(lǐng)域信息[1]。為確保編校質(zhì)量,在編輯工作中,應(yīng)十分關(guān)注稿件中參考文獻(xiàn)的把關(guān)與核查。因此,利用PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)中信息查對(duì)稿件參考文獻(xiàn),是編輯工作的一項(xiàng)重要內(nèi)容。但筆者在編輯工作中發(fā)現(xiàn),PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)在收錄文獻(xiàn)基本信息時(shí),部分存在著錄的文章題名與實(shí)際內(nèi)容不一致的情況,原因可能是對(duì)一些特定詞語使用替代性處理[2],這需要編輯查對(duì)原始文獻(xiàn)并予以修改。現(xiàn)針對(duì)筆者利用PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)查對(duì)參考文獻(xiàn)時(shí),在題名方面容易出現(xiàn)的不一致問題及其表現(xiàn)進(jìn)行介紹和歸納,有助于減少錯(cuò)誤著錄的發(fā)生。

        1 正斜體的核定

        科技期刊中外文字母的應(yīng)用較普遍,一些名詞術(shù)語、符號(hào)的正、斜體常具有特定意義,這使得規(guī)范書寫顯得十分重要。然而PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)中的文獻(xiàn)題名多采用正體,導(dǎo)致參考文獻(xiàn)存在著錄不一致情況。編輯在查對(duì)時(shí)應(yīng)特別留意,有針對(duì)性地查詢?cè)嘉墨I(xiàn)并予以修改。

        1.1 拉丁文名

        一些拉丁詞如 via(通過)、vs(相對(duì))、in vitro/ ex vivo(體外)、in vivo(在體)、in situ(原處),以及衍生詞 In silico(于電腦中)需要用斜體表示。例如,某投稿文章引用一篇涉及羥基磷灰石生物活性體外評(píng)價(jià)的參考文獻(xiàn),該文獻(xiàn)標(biāo)題中的 in vitro 在作者原稿和PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)[3]中均采用正體表達(dá),而發(fā)表在Biomaterials 雜志中的原始文獻(xiàn)[4]則以規(guī)范的斜體形式呈現(xiàn)。

        1.2 生物物種的學(xué)名

        目前,生物學(xué)名通常采用“雙命名法”規(guī)則,其主要結(jié)構(gòu)為:屬名+種名+命名人。其中,屬名應(yīng)斜體書寫,且首字母大寫;種名采用斜體書寫,全部為小寫;命名人姓名需正體書寫[5]。

        在細(xì)胞分化和器官發(fā)育的研究中,題名常出現(xiàn)動(dòng)植物學(xué)名。例如,一篇關(guān)于秀麗隱桿線蟲(Caenorhabditis elegans)轉(zhuǎn)化的RNAi 載體構(gòu)建方法的參考文獻(xiàn),該文獻(xiàn)標(biāo)題中的Caenorhabditis elegans在作者原稿和 PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)[6]中均采用正體表達(dá),而發(fā)表在 Nature 雜志中的原始文獻(xiàn)[7]則以規(guī)范的斜體形式呈現(xiàn)。在免疫學(xué)文獻(xiàn)題名中,經(jīng)常出現(xiàn)微生物的學(xué)名。例如,一篇關(guān)于耐藥金黃色葡萄球菌(Enterococcus faecium)感染的參考文獻(xiàn),該文獻(xiàn)標(biāo)題中的Enterococcus faecium 在作者原稿和PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù) [8] 中均采用正體表達(dá),而發(fā)表在Pharmacotherapy 雜志中的原始文獻(xiàn)[9]則以規(guī)范的斜體形式呈現(xiàn)。

        1.3 限制性內(nèi)切酶

        基于內(nèi)切酶來源的微生物學(xué)名命名規(guī)則,內(nèi)切酶前3 個(gè)字母采用斜體(第1 個(gè)為內(nèi)切酶來源的微生物屬名首字母需大寫,其后 2 個(gè)為微生物種名需小寫),后面的字母(通常為該變種或品系名稱)和編碼(同一種微生物多種內(nèi)切酶時(shí)便于分離)正體平排,如:BamHⅠ、HindⅢ、Sau3AⅠ等[10]。

        1.4 基因和蛋白質(zhì)

        根據(jù)遺傳學(xué)趨勢(shì)(trends in genetics,TIC)遺傳命名指南規(guī)定[11],不同物種有不同的命名規(guī)則,但一般來說,基因名稱應(yīng)寫成斜體,蛋白質(zhì)名稱與對(duì)應(yīng)的基因/等位基因的名稱相同,則采用正體。大小寫常用于區(qū)分不同物種:一般地,對(duì)于小鼠、大鼠,基因名稱首字大寫,其余小寫;對(duì)于人類、非人類靈長(zhǎng)類動(dòng)物/家畜,基因名稱均使用大寫字母;對(duì)于細(xì)菌、斑馬魚基因符號(hào)用 3 個(gè)小寫字母表示;對(duì)于果蠅、豌豆,基因符號(hào)小寫表示隱性突變基因,首字母大寫表示顯性突變基因。筆者曾編輯一篇關(guān)于基因突變的參考文獻(xiàn),該文獻(xiàn)標(biāo)題中的人 BTK 基因在作者原稿和 PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)[12]中均采用正體表達(dá),而發(fā)表在 Gene 雜志中的原始文獻(xiàn)[13]則以規(guī)范的斜體形式呈現(xiàn)。

        1.5 化學(xué)符號(hào)

        化學(xué)中表示旋光性、分子構(gòu)型、取代基位置和異構(gòu)體等符號(hào)應(yīng)用斜體排版,并在其后加半字線,置于化合物名稱前。例如,物質(zhì)旋光性采用左旋 l-、右旋d-表示,官能團(tuán)在有機(jī)化合物位置可以通過臨位 o-、對(duì)位 p-表示,其他還包括反式 trans-、順式 cis-。另外,在化合物表示中,共聚物連接用-co-來書寫。例如,一篇關(guān)于化合物消旋體的參考文獻(xiàn),該文獻(xiàn)標(biāo)題中的 poly(D,L-lactic-co-glycolic acid)在作者原稿和PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)[14]中均采用正體表達(dá),而發(fā)表在Tissue Engineering Part A 雜志中的原始文獻(xiàn)[15]則以規(guī)范的斜體形式發(fā)表。

        1.6 醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)符號(hào)

        統(tǒng)計(jì)學(xué)符號(hào)采用斜體書寫,如t 檢驗(yàn)、F 檢驗(yàn),概率 P,標(biāo)準(zhǔn)差 s 及相關(guān)系數(shù) r 等。筆者在編輯加工過程中,曾查對(duì)過一篇關(guān)于線性回歸模型顯著性檢驗(yàn)方面的參考文獻(xiàn),該文獻(xiàn)標(biāo)題中的F-test 在作者原稿和PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)[16]中均采用正體表達(dá),而發(fā)表在Statistics in Medicine 雜志中的原始文獻(xiàn)[17]則是以正確的斜體形式呈現(xiàn)。

        1.7 變量符號(hào)

        在生物醫(yī)學(xué)科技論文題名中,以斜體形式呈現(xiàn)的情況還包括表示物理量的符號(hào)、特征數(shù)符號(hào)(雷諾數(shù)Re、傅里葉數(shù) Fo、格拉曉夫數(shù) Gr、普朗特?cái)?shù) Pr)、數(shù)學(xué)符號(hào)表示變量(變量、坐標(biāo)系符號(hào)、視為常數(shù)的參數(shù)、函數(shù)、矢量和矩陣符號(hào)等)的書寫[18],這些雖暫未出現(xiàn)在筆者查對(duì)的參考文獻(xiàn)中,但在編校時(shí)也應(yīng)予以注意,以免出現(xiàn)錯(cuò)誤使用。

        2 上下角標(biāo)的核定

        正確使用上下角標(biāo)符號(hào)對(duì)讀者快速、準(zhǔn)確理解書稿內(nèi)容起到畫龍點(diǎn)睛的作用。筆者通過分析上下角標(biāo)的編輯規(guī)范,在期刊中正確標(biāo)注,對(duì)普及國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)起到推動(dòng)作用。

        2.1 化學(xué)式

        化和物分子式中表示某種元素原子個(gè)數(shù),應(yīng)標(biāo)注在相應(yīng)元素之后并以下角標(biāo)形式表示,如:乙醇C2H6O。編輯曾收到一篇涉及鎂合金材料的參考文獻(xiàn),該文獻(xiàn)題名中碳酸鎂(MgCO3)在作者原稿和PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)[19]中均以錯(cuò)誤形式 MgCO3 出現(xiàn),而發(fā)表在Journal of Biomedical Materials Rresearch 雜志中的原始文獻(xiàn)[20]原子個(gè)數(shù)則以正確的下角標(biāo)形式呈現(xiàn)。

        2.2 化合物名稱

        在一些化合物中會(huì)使用不同阿拉伯?dāng)?shù)字區(qū)分同一家族間不同成員,例如維生素 B 族有 12 種以上,主要有維生素(vitamin)B1、維生素 B2、維生素 B6等。該化合物中數(shù)字的表示應(yīng)標(biāo)注在字母之后并以下角標(biāo)形式出現(xiàn)。

        2.3 物質(zhì)陰陽性

        在一些名詞術(shù)語中,加號(hào)(+)代表是該細(xì)胞含有某種物質(zhì)分子表達(dá),是陽性;減號(hào)(-)就是沒有檢測(cè)到某種物質(zhì),是陰性。無論該物質(zhì)為陽性還是陰性,加號(hào)、減號(hào)均位于該物質(zhì)后,且以右上角標(biāo)形式呈現(xiàn),例如干細(xì)胞Lgr5+ve。某作者文章引用一篇涉及表面陽性表達(dá) CD4,CD25 T 細(xì)胞的參考文獻(xiàn),該文獻(xiàn)標(biāo)題中的 CD4+CD25+FOXP3+Treg 在作者文章原稿和 PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù) [21] 中均以錯(cuò)誤形式CD4+CD25+FOXP3+Treg 出現(xiàn),而發(fā)表在 Cellular Physiologu and Biochemistry 雜志中的原始文獻(xiàn)[22]陽性加號(hào)則以規(guī)范的上角標(biāo)形式呈現(xiàn)。

        2.4 離子符號(hào)

        在元素符號(hào)右上角表示出離子所帶正、負(fù)電荷數(shù)的符號(hào)。其中正電荷為+號(hào),負(fù)電荷用-號(hào)表示。原子量用阿拉伯?dāng)?shù)字表示,以右下角標(biāo)形式呈現(xiàn),放在該元素符號(hào)后,如:SO42-,NH4+。例如,某作者文章引用一篇涉及鋁離子對(duì)大鼠骨形態(tài)影響的參考文獻(xiàn),該文獻(xiàn)標(biāo)題中的 Al3+在作者文章原稿中和 PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)[23]中均以錯(cuò)誤形式 Al3+出現(xiàn),而發(fā)表在 ASAIO Transactions 雜志中的原始文獻(xiàn)[24]離子所帶正電荷符號(hào)則以規(guī)范的上角標(biāo)形式呈現(xiàn)。

        2.5 同位素符號(hào)

        原子量用阿拉伯?dāng)?shù)字表示放在該元素前,以上角標(biāo)形式呈現(xiàn),在核素中最常見,如碘的一種放射性同位素131I,放射性核素18F。還有一種形式多為存在于同位素標(biāo)記的化合物,如氫質(zhì)子波譜1H-MRS。某作者文章引用一篇涉及不穩(wěn)定同位素锝(99mTc)在異位甲狀旁腺腫瘤定位診斷的參考文獻(xiàn),該文獻(xiàn)標(biāo)題中的99mTc 在作者文章原稿和 PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)[25]中均以錯(cuò)誤形式出現(xiàn),而刊載在European Journal of Nuclear Medicine and Molecular Imaging 原始文獻(xiàn)[26]上則以規(guī)范的上角標(biāo)形式呈現(xiàn)。

        2.6 受體亞型

        一種受體應(yīng)該根據(jù)其內(nèi)源性激動(dòng)劑來命名,可以用該受體激動(dòng)劑的縮寫,如果有確鑿證據(jù)可以把一些受體進(jìn)一步分類時(shí),可以用數(shù)字、字母下標(biāo)的形式表示受體的不同亞型。某作者文章引用一篇涉及血管加壓素受體拮抗劑的參考文獻(xiàn),該文獻(xiàn)標(biāo)題中的V1a/V2在作者文章原稿和 PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)[27]中均以錯(cuò)誤形式V1a/V2 出現(xiàn),而刊載在 Neurocritical Care原始文獻(xiàn)[28]上則以規(guī)范的下角標(biāo)形式呈現(xiàn)。

        2.7 影像技術(shù)

        在醫(yī)學(xué)影像稿件中,經(jīng)常遇到名詞術(shù)語使用不規(guī)范情況,特別是MRI 掃描序列的表示,阿拉伯?dāng)?shù)字應(yīng)以下角標(biāo)形式書寫,如:T1WI。筆者曾編輯一篇涉及MRI 技術(shù)評(píng)價(jià)心肌功能的參考文獻(xiàn),該文獻(xiàn)標(biāo)題中的T1-mapping 在作者文章原稿和PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)[29]中均以錯(cuò)誤形式 T1-mapping 出現(xiàn),而刊載在 Eur Heart Journal Cardiovascular Imaging 原始文獻(xiàn)[30]上則以規(guī)范的下角標(biāo)形式呈現(xiàn)。

        3 特殊符號(hào)的核定

        3.1 字母的混用

        生物醫(yī)學(xué)工程稿件中細(xì)胞因子、基因名稱等常出現(xiàn)希臘字母,根據(jù)其生物學(xué)性質(zhì)不同,腫瘤壞死因子(tumor necrosis factor,TNF)包括 TNF-α、TNF-β,干擾素(interferon,IFN)可分為 IFN-α、IFN-β 及 IFN-γ,淋巴毒素(lymphotoxin,LT)可分為 LT-α、LT-β。例如,某作者文章引用一篇涉及Toller 樣受體介導(dǎo)信號(hào)傳導(dǎo)通路的參考文獻(xiàn),在該表題中的希臘字母κ 在作者文章原稿和 PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)[31]中均以錯(cuò)誤形式NF-kappaB 出現(xiàn),而發(fā)表在 Nature Immunology 原始文獻(xiàn)[32]上則以正確形式 NF-κB 呈現(xiàn)。

        3.2 符號(hào)的遺漏

        國(guó)外產(chǎn)品在中國(guó)國(guó)內(nèi)正式注冊(cè)后,會(huì)用?表示已經(jīng)注冊(cè)過商標(biāo)的意思。R 是英文 register(注冊(cè))的第一個(gè)字母。生物工程類稿件中,偶爾會(huì)遇到注冊(cè)商標(biāo)丟失的情況。例如,一篇關(guān)于引用使用肝素涂層透析濾器的參考文獻(xiàn),該文獻(xiàn)標(biāo)題中的肝素涂層濾器Genius 在作者原稿和 PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)[33]中均未標(biāo)明注冊(cè)符號(hào),而發(fā)表在Nephrol Dial Transplant 雜志中的原始文獻(xiàn)[34]則以規(guī)范的產(chǎn)品名稱+注冊(cè)符號(hào)的上角標(biāo)形式呈現(xiàn)。

        4 結(jié) 語

        PubMed 數(shù)據(jù)庫(kù)是生物醫(yī)學(xué)科技工作者獲取科研信息的重要途徑,為相關(guān)研究工作的開展提供特定的文獻(xiàn)資料。由于數(shù)據(jù)庫(kù)應(yīng)用系統(tǒng)設(shè)計(jì)存在弊端,其在收錄、加工處理信息時(shí)對(duì)一些特定詞語會(huì)給予與原文獻(xiàn)有別的處理,通常表現(xiàn)在文章題名上,會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤的著錄形式。這些問題常常被文獻(xiàn)引用的作者忽視,而導(dǎo)致引用錯(cuò)誤。編輯在編校工作中應(yīng)給予足夠的重視,持有嚴(yán)謹(jǐn)?shù)目茖W(xué)態(tài)度,利用互聯(lián)網(wǎng)和數(shù)據(jù)庫(kù)等平臺(tái)仔細(xì)查詢?cè)次墨I(xiàn),及時(shí)核定和更正,避免留下編校差錯(cuò),以提高論文水平和期刊質(zhì)量。

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