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        Trichoderma lentiforme ACCC30425脂肪酶基因的原核表達及其酶學性質的初步研究

        2018-11-28 09:47:06王宇洲陳敬師李世貴龔明波顧金剛
        生物技術進展 2018年6期
        關鍵詞:木霉脂肪酶基因組

        王宇洲, 馬 銳, 向 杰, 陳敬師, 李世貴, 龔明波, 顧金剛*

        1.中國農業(yè)科學院農業(yè)資源與農業(yè)區(qū)劃研究所, 農業(yè)農村部農業(yè)微生物資源收集保藏重點實驗室, 北京 100081;2.中國農業(yè)科學院飼料研究所, 農業(yè)農村部飼料生物技術重點實驗室, 北京 100081

        脂肪酶(EC 3.1.1.3)被認為是最重要的商業(yè)酶之一,可在油水界面上催化甘油三酯水解釋放甘油二酯、長鏈脂肪酸(>8碳)和甘油[1]。在水解過程中,脂肪酶與甘油?;Y合形成脂肪酶?;鶑秃衔?,然后將酰基轉移到水的-OH上;而在非水性催化條件下,脂肪酶將羧酸酰基轉移至親核化合物上[2]。根據蛋白質結構的相似性,脂肪酶屬于α/β水解酶家族,其中催化三聯(lián)體(通常為絲氨酸、組氨酸、谷氨酸或天冬氨酸)和氧離子空穴是催化反應的關鍵[3],此外,蓋子結構、底物親和性也與活性位點的結合能力有著緊密關系。

        脂肪酶廣泛存在于微生物、植物和動物中,其中,細菌脂肪酶、真菌脂肪酶因具有產量高、易操作等特點,一直是研究和應用的重點。研究表明,細菌和酵母來源的脂肪酶可在高溫下保持較高的酶活力,如來源于Pseudomonasaeruginosa、嗜熱芽孢桿菌(Bacillusthermophilus)和酵母(Kurtzmanomycessp.)的脂肪酶,最適溫度在60~75℃[4,5]。

        木霉(Trichoderma)具有顯著的木質纖維素降解能力,能產生多種水解酶、裂解酶和輔助酶,包括纖維素酶、木聚糖酶、幾丁質酶、漆酶、脂肪酶等[6],而且木霉是酶制劑產業(yè)的重要表達系統(tǒng)之一[7]。目前,已完成了13株木霉菌株的基因組測序[8,9],其中綠色木霉[10]、里氏木霉[11]、哈茨木霉[12]和T.gamsii[13]的基因組序列分析結果表明,木霉普遍具有多個脂肪酶基因[14]。本課題組在前期研究中篩選獲得了1株脂肪酶酶活力較高的木霉菌株T.lentiformeACCC30425[15],本研究依據該菌株的全基因組測序結果,注釋了15個脂肪酶基因,以此進行基因合成和原核異源表達,并對脂肪酶的酶學性質進行初步研究,以期為耐熱脂肪酶的開發(fā)利用提供參考。

        1 材料與方法

        1.1 菌株與質粒

        大腸桿菌感受態(tài)細胞EscherichiacoliTransI和BL21(DE3)均購自北京全式金生物技術有限公司;質粒pET-30a(+)載體購于美國Invitrogen公司。

        1.2 溶劑和底物配制

        異丙基硫代β-D-半乳糖苷(isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside,IPTG)、硫酸卡那霉素、LB培養(yǎng)基等配制方法均參考孫喬喬等[16]的配方。

        底物配制:A液:取固體對硝基苯酚棕櫚酸酯(p-nitrophenylpalmitate,pNPP)8 mmol溶解于10 mL異丙醇中,溫熱溶解,于4℃保存,有效期為1周;B液:用蒸餾水配制20 mmol/L Tris,加0.22 g阿拉伯膠,用鹽酸調至pH 8(視具體情況而定),于4℃保存,有效期為1周。按照1∶9的比例混合A液和B液,制成底物溶液。

        1.3 脂肪酶基因分析

        利用KOG/KEGG/GO數據庫對全基因組測序結果進行注釋,獲得脂肪酶基因。再利用Vector NTI 10軟件(美國Invitrogen公司)對cDNA序列進行翻譯并獲得推導氨基酸序列,分析等電點和蛋白質分子量,然后利用SignalP(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP)線上軟件預測信號肽長度,最后利用BlastP(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)分析序列相似性。同時,利用Swiss-model(https://swissmodel.expasy.org/)完成預測脂肪酶的同源建模以及與PDB數據庫(https://www.rcsb.org/)中序列的比對,并采用MEGA 6和ClustalX 1.81構建系統(tǒng)發(fā)育樹,進行蛋白質聚類分析。

        1.4 脂肪酶基因合成與原核表達

        根據ACCC30425全基因組序列,經數據庫注釋獲得了15個脂肪酶基因cDNA,以此為基礎,手動刪除信號肽,選擇合適酶切位點,刪除原有終止密碼子,將所需合成的成熟肽鏈的DNA序列信息交至上海捷瑞生物工程有限公司,以合成密碼子優(yōu)化的適合原核表達的核苷酸序列。對合成產物以及pET30a(+)質粒進行EcoRⅠ與XhoⅠ雙酶切后,使用T4 DNA連接酶進行連接(20℃過夜)。將連接產物pET30a(+)-lip熱激轉化至E.coliBL21(DE3)感受態(tài)細胞中,獲得pET30a(+)-lip-BL21,挑單菌落驗證陽性克隆。再利用IPTG誘導菌株表達,并通過超聲波破碎獲得脂肪酶粗酶液[16]。

        1.5 重組脂肪酶的酶學性質分析

        1.5.1pNPP法測定脂肪酶酶活力 按照pNPP法測定脂肪酶酶活力,于37℃反應15 min后,加入2 mL無水乙醇終止反應,隨后12 000 r/min離心2 min取上清液,于410 nm處測定吸光度(OD值),進而計算重組脂肪酶的活性[15]。1個脂肪酶活性單位(U)定義為在一定的反應條件下,每分鐘分解pNPP生成1 μmoL對硝基酚(p-Nitrophenol,pNP)所需的脂肪酶酶量[16]。

        1.5.2酶學性質分析 酶活粗篩:按照1.5.1分別測定重組酶酶活力。

        最適反應pH:保持A液不變,用不同pH(7.0、8.0、8.5、9.0、9.5和10.0)的20 mmol/L Tris-HCl緩沖液配制B液。其他步驟同1.5.1。

        最適反應溫度:在酶的最適pH條件下,于不同溫度(40℃、50℃、60℃、65℃、70℃、80℃、90℃和95℃)中測定酶活力。其他步驟同1.5.1。

        2 結果與分析

        2.1 脂肪酶基因分析

        經T.lentiformeACCC30425基因組序列分析,共注釋獲得15個脂肪酶編碼基因(表1)。Vector NTI 10軟件分析結果表明菌株ACCC30425的脂肪酶分子量在55~70 kDa之間,其中ACCC30425_8519基因編碼的脂肪酶分子量最大,高達68.8 kDa,而ACCC30425_5744編碼的脂肪酶分子量最小。脂肪酶的等電點處于4.0~6.0之間。SignalP線上軟件確定所有脂肪酶均為胞外分泌。

        基于Swissprot數據庫的Blast比對,有11個脂肪酶與已知序列的相似性低于50%,其中有5個低于40%;而于PDB數據庫中序列比對,有10個脂肪酶與已知序列的相似性低于40%,其中有3個低于30%。結合2個數據庫的比對結果,有5個脂肪酶基因(表1中下劃線標注)在酶學性質和結構比對方面都具有一定的新穎性。

        2.2 T. lentiforme ACCC30425脂肪酶的聚類分析

        將T.lentiformeACCC30425的15個脂肪酶基因與相似序列以最大相似法構建聚類關系樹(圖1)。結果表明,菌株ACCC30425的脂肪酶與哈茨木霉(T.harzianum)和貴州木霉(T.guizhouense)來源的脂肪酶的同源性更高,其中脂肪酶ACCC30425_2714更接近于T.lixii來源的脂肪酶。

        2.3 T. lentiforme ACCC30425重組脂肪酶的酶學性質分析

        T.lentiformeACCC30425的15個脂肪酶基因經密碼子優(yōu)化后分別與載體pET30a(+)連接以構建重組質粒,并在E.coliBL21(DE3)感受態(tài)細胞中表達。

        2.3.1脂肪酶酶活力篩選 按照1.5.1測定重組脂肪酶酶活力,結果表明,共有11個陽性克隆產脂肪酶,分別為LipA、LipB、LipC、LipD、LipH、LipI、LipK、LipL、LipM、LipP、LipQ,具體酶活力見表2。其中,LipP、LipK、LipH、LipM、LipQ、LipD的酶活力均高于0.1 U/mL,LipB的酶活最低,而其他4個克隆未產脂肪酶。

        表1 Trichoderma lentiforme ACCC30425的脂肪酶基因分析Table 1 Analysis of the lipase genes from Trichoderma lentiforme ACCC30425.

        圖1 T. lentiforme ACCC30425脂肪酶的聚類分析Fig.1 Cluster analysis of the lipases from T. lentiforme ACCC30425.

        2.3.2最適反應pH 在37℃、不同pH條件下測定T.lentiformeACCC30425重組脂肪酶酶活力。如圖2所示,LipB最適pH為8.5,LipA、LipH最適pH為9.0,而LipC、LipD、LipI、LipK、LipL、LipM、LipP和LipQ的最適pH均為9.5。當pH<8.5時,LipL失去活性;當pH>10.0時,LipA和LipB的相對活性低于60%;而其他脂肪酶均保持著60%以上的相對活性。因此,T.lentiformeACCC30425脂肪酶普遍具有耐堿性,即在堿性條件下可保持較高的酶活力。

        表2 重組脂肪酶活性Table 2 Activities of recombinant lipases.

        圖2 pH對Trichoderma lentiforme ACCC30425重組脂肪酶酶活力的影響Fig.2 Effect of pH on the activities of recombinant lipases from Trichoderma lentiforme ACCC30425.A:具有特性的酶LipA、LipB、LipH;B:性質相近的酶LipC、LipI、LipM、LipP;C:性質相近的酶LipD、LipK、LipL、LipQ。

        2.3.3最適反應溫度 在最適pH、不同溫度的條件下測定脂肪酶酶活力。結果如圖3所示,LipQ為中溫酶,最適溫度為50℃,當溫度高于60℃時,其酶活力急劇下降。其他脂肪酶均屬高溫脂肪酶,最適溫度在70~90℃。其中,LipP的最適溫度為90℃,且在中溫環(huán)境也保持50%以上的相對活性;LipA、LipL的最適溫度為70℃;而其他脂肪酶的最適溫度均為80℃。

        2.3.4最適條件下測定酶活力 如圖4所示,重組脂肪酶在最適條件下的酶活力,相較于標準條件均有明顯提高。如在標準條件下酶活力最低的LipB,在最適條件下其酶活力提高了87倍;LipP酶活力仍為最高,在最適條件下其酶活力提高了8倍,高達1.5 U/mL。最適溫度為80℃的脂肪酶在最適條件下的酶活力普遍在0.8~1.2 U/mL范圍內。

        3 討論

        篩選具有特殊性質的脂肪酶一直備受研究領域和工業(yè)應用領域的關注,微生物來源的脂肪酶最適溫度普遍在30~50℃之間,溫度過高會導致脂肪酶結構變性至失活,國內單志文等[17]在2001年首次篩選到1個來源于Pseudomonasfragi的脂肪酶,其最適溫度為65~70℃,具有耐熱性。

        在實際應用中,脂肪酶參與的工業(yè)催化反應過程大多需要較高的反應溫度,尤其是替代化石能源的生物柴油的生產工藝的研究。近年來,人們一直在挖掘耐熱以及超耐熱酯酶/脂肪酶,通常是先在熱泉和籠屜等高溫環(huán)境下篩選嗜熱菌株,再對嗜熱微生物中的脂肪酶基因進行克隆、異源表達,亦或構建突變體,從而改良酶學性質,如來自嗜熱細菌[18]、短梗霉[19]、假單胞菌[20]、芽孢桿菌[21,22]等嗜熱微生物[23]的耐熱酯酶/脂肪酶基因重組表達后的最適反應溫度往往在60~75℃,此外,來自嗜熱古細菌的酯酶[24]的最適反應溫度為90℃,此為迄今國內發(fā)現(xiàn)的最適反應溫度最高的酯酶,然而超耐熱脂肪酶的研究近來鮮有報道。

        圖4 脂肪酶在標準條件酶活和最適反應條件下的酶活力Fig.4 The activities of lipases under standard and optimal reaction conditions.

        本研究首次報道了基于基因組序列分析的木霉Trichodermalentiforme脂肪酶的系統(tǒng)研究,來源于T.lentiformeACCC30425的脂肪酶LipP最適溫度為90℃,是目前已知的最適反應溫度最高的脂肪酶。此外,本研究還發(fā)現(xiàn)了多個具有耐堿性(pH 8.5~9.5)、耐熱性(70~90℃)的脂肪酶,為脂肪酶的基礎研究和潛在應用提供了寶貴的材料。這些性質各異的木霉脂肪酶具有很好的應用前景和開發(fā)潛能,需要通過更加高效的表達系統(tǒng)進行表達和純化,以便在酶學的結構功能上進行更深一步的研究。

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