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        7個燕麥品種的ISSR遺傳多樣性分析

        2018-11-08 06:05:52余青青王普昶趙麗麗唐華江李繼偉
        江蘇農(nóng)業(yè)科學 2018年19期
        關(guān)鍵詞:燕麥條帶多態(tài)性

        余青青, 王普昶, 趙麗麗, 陳 超, 唐華江, 李繼偉

        (1.貴州大學動物科學學院草業(yè)科學系,貴州貴陽 550025; 2.貴州省草業(yè)研究所,貴州貴陽 550006;3.北京佰青源畜牧業(yè)科技發(fā)展有限公司,北京 100020)

        燕麥(AvenasativaL.)別稱玉麥,屬禾本科(Gramineae)燕麥族(AveneaeDumort)燕麥屬(AvenaL.),是重要的1年生牧草、飼料和糧食作物,為自花授粉植物[1],主要分布在北半球溫帶地區(qū)的北美、歐洲、東部亞洲和大洋洲,播種面積和總產(chǎn)量僅次于小麥、水稻、玉米、高粱和大麥[2]。燕麥主要分為2種,一種是裸燕麥,是主要的糧食作物,且具有重要的藥用價值;另一種是皮(有殼)燕麥,含有豐富的營養(yǎng)價值,主要是飼用。燕麥的蛋白質(zhì)、脂肪、礦質(zhì)元素和維生素均高于小麥、水稻、玉米、高粱和大麥,鈣、磷、鐵、維生素E和賴氨酸的含量也都超過了其他谷類作物[3]。

        飼用燕麥是高寒牧區(qū)人工草地廣泛種植的1年生草料兼用作物,具有適應性強、容易種植和飼用價值高等特點,在維系高寒牧區(qū)家畜越冬和抗災保畜中發(fā)揮著重要的作用。在貴州,飼用燕麥的生長旺季是晚秋和冬春季,具有生長快、籽實產(chǎn)量高等特點,是解決貴州省草地生態(tài)畜牧業(yè)冬春季節(jié)飼草料短缺的優(yōu)質(zhì)牧草。但長期以來,貴州省缺乏當家燕麥品種,推廣的品種主要從青海、甘肅、加拿大等地購進,所購進品種在該地適應性差、生產(chǎn)性能不穩(wěn)定。且從外地購種受影響因素較多,價格高,難以保證有長期、穩(wěn)定、廉價的燕麥品種為農(nóng)戶所用,導致燕麥種子供不應求。因此,培育出適宜當?shù)厣L的早熟、高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)飼用燕麥新品種就顯得尤為重要。

        遺傳多樣性不僅僅表現(xiàn)在表型性狀上的差異,更重要的是表現(xiàn)在蛋白質(zhì)、染色體和DNA水平上的差異。分子標記的發(fā)展為從DNA水平檢測品種及品系間的遺傳多樣性提供了有利的工具。ISSR技術(shù)是由Zietkiewicz等創(chuàng)建的一種新型的微衛(wèi)星類分子標記技術(shù),具有高多態(tài)性、可重復性、低成本、易操作以及無須知道基因組序列等優(yōu)點,廣泛應用于多種作物和部分牧草的品種鑒定、系統(tǒng)分類、遺傳多樣性檢測、基因定位和遺傳圖譜構(gòu)建等研究中[4-6]。因此,本試驗利用ISSR分子標記的方法對7個皮燕麥品種進行遺傳多樣性分析,研究不同品種之間的遺傳差異,為飼用燕麥在貴州引種、遺傳改良、品種培育奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        試驗材料分別為甘早、Baler、加燕2號、青海白燕麥、Hay Wire、青引2號、甜燕2號,均由北京佰青源畜牧業(yè)科技發(fā)展有限公司提供。材料原產(chǎn)地及編號見表1。

        表1 試驗材料編號及原產(chǎn)地

        1.2 方法

        1.2.1 基因組DNA的提取與檢測 將材料播種于貴州大學試驗場,待出苗后20 d,每個材料隨機取20個單株的幼嫩葉片0.5 g均勻混合,使用植物基因組DNA提取試劑盒(離心柱型)提取植物總DNA。用1.0%瓊脂糖、Gold View染色凝膠電泳檢測質(zhì)量,保存在-20 ℃冰箱中備用。

        1.2.2 燕麥ISSR分析

        1.2.2.1 ISSR-PCR反應體系建立及引物篩選 通過查閱相關(guān)文獻資料[7-11]以及預試驗,最終確定最佳反應體系為 20 μL:2×EasyTaqPCR Super Mix 10 μL、引物1 μL、DNA模板(15 ng/μL)2 μL、ddH2O 7 μL。反應程序為:94 ℃預變性 3 min;94 ℃變性30 s,50~56 ℃(不同引物的溫度不同)退火30 s,72 ℃延伸1 min,35個循環(huán);最后72 ℃延伸10 min,4 ℃保存。ISSR引物是根據(jù)加拿大哥倫比亞大學公布的100個引物序列,選出50個交由生工生物工程(上海)股份有限公司合成,通過進一步預試驗,篩選引物。引物篩選以同一燕麥的DNA為模板,設(shè)置不同的溫度梯度,將所有引物在不同的溫度下進行PCR擴增,經(jīng)1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測,篩選出條帶清晰且具有多態(tài)性的引物作為此次燕麥ISSR的引物。

        1.2.2.2 ISSR擴增產(chǎn)物的檢測 PCR反應結(jié)束后,將擴增產(chǎn)物在1.0%瓊脂糖凝膠電泳中檢測。電泳條件:上樣7 μL,1×TAE電泳緩沖液,120 V的電壓32 min。電泳完畢后用Bio-Rad凝膠成像儀Gel Doc XR+成像,觀測、保存并記錄數(shù)據(jù)。

        1.3 數(shù)據(jù)統(tǒng)計及分析

        對PCR產(chǎn)物電泳的結(jié)果進行量化,通常認為ISSR是顯性標記,同一條引物擴增產(chǎn)物中電泳遷移率一致的條帶被認為具有同源性,在相同位移上有擴增帶的記為1,無條帶的記為0,記錄清晰的電泳圖譜條帶,統(tǒng)計多態(tài)性位點,計算多態(tài)比率。所有數(shù)據(jù)統(tǒng)計利用NTSYS2.1、Popgene 32、Excel等軟件進行統(tǒng)計分析。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 基因組DNA的檢測

        DNA電泳檢測結(jié)果見圖1。電泳條帶清晰且亮度高,說明所提取的DNA純度高,沒有被RNA、蛋白質(zhì)污染,可以進行后續(xù)的研究工作。

        2.2 ISSR引物篩選

        同一燕麥的DNA在不同退火溫度下進行PCR擴增,從50條ISSR引物中篩選出17條能夠擴增出清晰條帶且具有多態(tài)性的引物,引物的詳細序列見表2。圖2為退火溫度 54.6 ℃ 時,24個UBC引物擴增產(chǎn)物在1.0%瓊脂糖凝膠電泳獲得的圖譜。根據(jù)試驗要求,從圖2中選出7號引物UBC855在54.6 ℃退火溫度下擴增燕麥DNA。其他引物的篩選過程與此相似。

        表2 17條ISSR引物擴增結(jié)果

        2.3 ISSR引物擴增產(chǎn)物的多態(tài)性

        利用17條ISSR引物對7個燕麥品種的DNA進行PCR擴增,共獲得204條清晰可辨的條帶,其中多態(tài)性條帶103條,平均多態(tài)性比率為50.49%,擴增的DNA片段集中在200~2 000 bp,部分擴增產(chǎn)物結(jié)果見圖3。平均每個引物擴增出12條帶,6.06條具有多態(tài)性(表2),其中多態(tài)性最高的為 63.64%(引物UBC844和UBC840),低的只有15.38%(引物UBC888)。

        本試驗通過3次重復可以看出,擴增出的DNA片段長度基本相同,重復性較高,只有較弱的條帶重復性差。說明引物的重復性好,可以繼續(xù)后續(xù)的燕麥間遺傳多樣性研究,以及品種間遺傳距離的分析,為燕麥引種及雜交育種奠定基礎(chǔ)。

        2.4 ISSR標記的遺傳相似性分析

        采用Popgene 32軟件計算燕麥品種間的遺傳相似系數(shù)(GS值),得到供試品種的相似性矩陣(表3)。遺傳相似系數(shù)越大,表明親緣關(guān)系越近;遺傳相似系數(shù)越小,表明親緣關(guān)系越遠。7個燕麥品種的GS值為0.855~0.945,變幅為0.09。其中,加燕2號和Hay Wire二者之間的遺傳相似系數(shù)最大(0.945),表明加燕2號和Hay Wire的親緣關(guān)系較近,遺傳差異最??;早甘和青海白燕麥遺傳相似系數(shù)最小(0.855),表明早甘和青海白燕麥的親緣關(guān)系較遠,遺傳差異最大,存在較高的遺傳多樣性。遺傳相似性分析可知,供試品種之間有一定的遺傳差異性。

        表3 基于ISSR標記的7種燕麥的遺傳相似系數(shù)矩陣

        2.5 ISSR標記聚類分析

        根據(jù)遺傳相似系數(shù)矩陣,利用NTSYS 2.1軟件進行聚類分析。在遺傳相似系數(shù)為0.914時,7種燕麥分為4類(圖4),第1類為甘早,其產(chǎn)地為我國甘肅山丹;第2類包括加燕2號、Hay Wire、青引2號和甜燕2號,其中加燕2號、Hay Wire、甜燕2號原產(chǎn)地為加拿大;第3類為Baler,其產(chǎn)地為加拿大;第4類為青海白燕麥,其產(chǎn)地為我國青海。聚類結(jié)果初步證實了ISSR分子標記對7種燕麥進行親緣關(guān)系分析的可行性。

        3 結(jié)論與討論

        燕麥表型性狀的數(shù)量是有限的,容易受到外界環(huán)境的影響,從傳統(tǒng)的形態(tài)學分類方法來區(qū)分較難。分子標記能從DNA水平上檢測遺傳變異,被認為是物種親緣關(guān)系研究的有力工具。劉歡等利用8個ISSR引物在48份燕麥材料中共獲得144條擴增帶,其中多態(tài)性條帶126條,平均多態(tài)率為 86.1%[7];王茅雁等利用RAPD標記對我國21份燕麥材料的遺傳差異及類群劃分的研究中,22個多態(tài)性引物共擴增出114條條帶,其中85.1%具有多態(tài)性[12]。Pal等用RFLP分析燕麥屬13個種間存在41%的多態(tài)性[13]。本研究從50個ISSR引物中篩選出17個多態(tài)性明顯、條帶清晰、反應穩(wěn)定的引物,共擴增了204條譜帶,多態(tài)性條帶有103條,平均每個引物能擴增出12個條帶,多態(tài)性比率為50.49%。與以上研究結(jié)果相比,在檢測技術(shù)上,本研究使用的技術(shù)是相對成熟的瓊脂糖凝膠電泳檢測,其檢測結(jié)果比較可靠。另外,燕麥是自花授粉植物,利用ISSR標記分析的準確性也相對較高。在檢測結(jié)果方面,各研究中相關(guān)的分子標記都能產(chǎn)生各自有效的多態(tài)性條帶,但本研究揭示的燕麥品種間遺傳差異相對較小,這可能是供試品種數(shù)量少和所選品種種性差異所致。

        本研究利用ISSR技術(shù)所統(tǒng)計的遺傳相似系數(shù),能反映不同材料間的遺傳距離及關(guān)系。供試的7個燕麥品種的遺傳相似系數(shù)(GS)0.855~0.945,表明供試燕麥品種間遺傳相似系數(shù)和遺傳距離的變化范圍相對較小。其中,加燕2號和Hay Wire二者之間的遺傳相似系數(shù)最大(0.945),表明加燕2號和Hay Wire的親緣關(guān)系較近,遺傳差異最小,因為兩者都來自同一原產(chǎn)地,育種時是否擁有共同祖先還須進一步查證;甘早和青海白燕麥遺傳相似系數(shù)最小(0.855),表明甘早和青海白燕麥的親緣關(guān)系較遠,遺傳差異最大,可能是因為2個品種來自不同的地方,由于地域、環(huán)境等差異造成品種間存在較大的遺傳差異,又或者因其父母本之間具有相對較遠的遺傳距離。在植物雜交育種中,具有較大遺傳距離的2個種或品種之間更容易獲得遺傳性狀較多的雜交種。因此,在得知各品種間遺傳距離的情況下,能夠科學地指導雜交育種和品種改良的進行??傊狙芯恐饕槍F州省目前引進的品種開展遺傳差異鑒定,所得結(jié)果能較好地為貴州省燕麥育種提供理論依據(jù)。

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