朱未， 朱磊， 何凡， 付磊， 帥素蓉， 江建平*

(1. 中國(guó)科學(xué)院成都生物研究所，成都610041； 2. 四川中測(cè)環(huán)境技術(shù)有限公司，成都611731； 3.四川農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院，成都611130)

豬Susscrofadomesticus在解剖學(xué)、生理學(xué)、疾病發(fā)生機(jī)理方面和人Homosapiens極其相似(任麗華，2006)，是人類疾病研究的潛力模型。小型豬的一般生物學(xué)特征與普通家豬基本相同，但其具有養(yǎng)殖成本低、便于實(shí)驗(yàn)操作、節(jié)約試劑與受試物等突出優(yōu)勢(shì)，目前已被廣泛用于人類疾病模型構(gòu)建、藥理毒理學(xué)研究以及新藥與化妝品評(píng)價(jià)等方面(Bronneretal.，2002；Garthoffetal.，2002；Ryskaetal.，2004；Sebertetal.，2005；Turketal.，2005；Imaietal.，2006；袁進(jìn)，顧為望，2011)。目前，我國(guó)小型豬資源和品種主要有版納微型豬、五指山豬、廣西巴馬小型豬、貴州香豬、滇南小耳豬、藏豬等(李群，2008)。其中，藏豬是我國(guó)唯一的高原高寒型放牧豬種，環(huán)境適應(yīng)力強(qiáng)、抗病性高、飼養(yǎng)成本低，6月齡體質(zhì)量約20 kg(何凡等，2013)，適用于藥物代謝實(shí)驗(yàn)，因而具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值和科研價(jià)值。在此基礎(chǔ)上，進(jìn)一步選育抗病能力強(qiáng)、生長(zhǎng)發(fā)育穩(wěn)定、小型化的品系具有良好的應(yīng)用前景，而篩選可以作為標(biāo)記輔助選擇(marker-assisted selection，MAS)的遺傳標(biāo)記無(wú)疑是實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo)的重要手段。

研究表明，豬的白細(xì)胞抗原復(fù)合體(swine leukocyte antigen，SLA)基因多態(tài)性不僅影響豬對(duì)疾病的抵抗能力，還與個(gè)體生長(zhǎng)發(fā)育、繁殖性能、胴體品質(zhì)以及肉質(zhì)等性狀有關(guān)(Gautschi & Gaillard，1990；Mallardetal.，1991；彭勇波等，2005)。SLA基因主要分為Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ三大類，其中，SLAⅡ類基因位于SLA-D區(qū)，控制機(jī)體的免疫應(yīng)答與調(diào)控，在調(diào)節(jié)機(jī)體抗病能力方面起到非常重要的作用。SLAⅡ類基因包括DPA、DPB、DMA、DMB、DOA、DOB、DQA、DQB、DRA和DRB等，但僅SLA-DQ及SLA-DR基因能編碼蛋白質(zhì)(Shiaetal.，1991，1995)。SLA-DRB基因包含6個(gè)外顯子和5個(gè)內(nèi)含子，其產(chǎn)物由237個(gè)氨基酸殘基組成(Gustafssonetal.，1990a，1990b)。吳圣龍等(2007)對(duì)蘇太豬SLA-DQB和SLA-DRB基因外顯子多態(tài)性及其與繁殖性能的關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)，組合基因型BBDF的第3胎繁殖性能(總產(chǎn)仔數(shù)、產(chǎn)活仔數(shù)、初生窩重和斷奶仔豬數(shù))顯著高于組合基因型AADD、AADF、ABDD和CCDF。張冬杰(2010)對(duì)黑龍江野豬與北京黑豬雜交的F1代個(gè)體的研究發(fā)現(xiàn)，SLA-DRB基因經(jīng)BcnⅠ和MboⅠ酶切后產(chǎn)生BB型和AB型的個(gè)體，其仔豬的初生質(zhì)量更大。這些研究結(jié)果表明，SLA-DRB基因的多態(tài)性在豬種的選育方面具有重要參考價(jià)值。

本文檢測(cè)了近親選配的阿壩藏豬SLA-DRB基因部分內(nèi)含子3、外顯子4、內(nèi)含子4、外顯子5共1 220 bp序列，分析了其單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism，SNP)位點(diǎn)多態(tài)性及其與生長(zhǎng)發(fā)育性狀的相關(guān)性，以篩選可以用于藏豬早期篩選的MAS遺傳標(biāo)記。這將為藏豬的選育、資源評(píng)價(jià)、利用及保護(hù)提供理論依據(jù)，促進(jìn)藏豬實(shí)驗(yàn)動(dòng)物化的研發(fā)工作。

1 材料和方法

1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物

本實(shí)驗(yàn)的藏豬是引自四川省阿壩藏族羌族自治州紅原縣的1雄2雌全同胞藏豬的后代(F4～F6)，飼養(yǎng)于四川省蒲江縣復(fù)興鎮(zhèn)。雌雄藏豬分圈飼養(yǎng)，每圈2頭，按日齡供料，每日09∶00和17∶00各飼喂1次，自動(dòng)飲水器喂水。

1.2 性狀測(cè)定

共測(cè)定89頭藏豬(45雄44雌)不同月齡的體高、體長(zhǎng)、頭長(zhǎng)、最大額寬、頭深、尻高(薦部最高點(diǎn)至地面的垂直距離)、尻長(zhǎng)(腰角前緣到臀端后緣的直線距離)、腰角寬、胸深、胸寬、胸圍、腹圍、管圍(左前肢前臂骨上三分之一處的水平周徑)和體質(zhì)量共14項(xiàng)指標(biāo)，具體測(cè)量標(biāo)準(zhǔn)參考何凡(2013)。體質(zhì)量精確到0.05 kg，其他指標(biāo)精確到0.2 cm。所有被測(cè)豬體尺均在喂食2 h后實(shí)地測(cè)定，體質(zhì)量在早上飼喂前稱量。管圍率為管圍除以其他體尺指標(biāo)后所得的衍生指標(biāo)。

1.3 SLA-DRB基因序列獲取

取約25 mg耳組織樣品，切碎后置于無(wú)菌的1.5 mL離心管中，細(xì)胞組織DNA提取試劑盒(TransGen Biotech，北京)提取DNA，通用型DNA純化回收試劑盒(天根生化科技，北京)純化組織DNA。

參照SLA-DRB基因序列(GenBank登錄號(hào)：AY303991)，利用Primer Premier 5.0設(shè)計(jì)PCR擴(kuò)增引物，主要擴(kuò)增區(qū)域?yàn)樵摶虻牟糠謨?nèi)含子3、外顯子4、內(nèi)含子4、外顯子5，擴(kuò)增片段長(zhǎng)度為1 220 bp。上游引物序列為SLA-DRBF：5’-ACCCACTGAGCG-AGGGAAGGGATTG-3’，下游引物序列為SLA-DRBR：5’-GGAGGACGCAGAGCATAGCAGGAGC-3’。

PCR反應(yīng)體系為25 μL，包括2×Mix 12 μL，上、下游引物各0.7 μL(10 pmol·μL-1)，DNA模板1.6 μL(50 ng·μL-1)，ddH2O 10 μL。PCR擴(kuò)增條件為：94 ℃預(yù)變性4 min；94 ℃變性35 s，68 ℃退火30 s，72 ℃延伸40 s，35個(gè)循環(huán)；72 ℃延伸10 min，最后4 ℃保存。PCR產(chǎn)物用1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)，切膠后用試劑盒純化，純化產(chǎn)物送生工生物工程(上海)股份有限公司和北京六合華大基因科技有限公司測(cè)序。

1.4 數(shù)據(jù)分析

使用DNAStar中的MegAlign對(duì)測(cè)序獲得的所有SLA-DRB基因序列進(jìn)行比對(duì)，檢測(cè)SNP位點(diǎn)?；谒蠸LA-DRB基因序列計(jì)算其基因頻率、基因型頻率，并進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡卡方適合性檢驗(yàn)(王鐵崗，2009)，計(jì)算位點(diǎn)純合度(Ho)、位點(diǎn)雜合度(He)、有效等位基因(Ne)和多態(tài)信息含量(PIC)(Nei，1978)。參照Shi和He(2005)的方法，利用SHEsis(http：//analysis2.bio-x.cn/myAnalysis.php)對(duì)SLA-DRB基因的SNP位點(diǎn)進(jìn)行連鎖不平衡分析，并根據(jù)連鎖強(qiáng)度將各SNP位點(diǎn)分組，每組含1到多個(gè)SNP位點(diǎn)。對(duì)于僅含1個(gè)SNP的位點(diǎn)組(即獨(dú)立SNP)，利用Matlab的多因素方差分析評(píng)價(jià)該位點(diǎn)的單體型組合和日齡與各體尺指標(biāo)的關(guān)聯(lián)；對(duì)于含有2個(gè)及以上的SNP位點(diǎn)組，參照黃萌和蔡琳(2009)的方法，利用PHASE 2.1分析其在該藏豬群體中存在的單體型、單體型組合及各自頻率，然后利用Matlab的多因素方差分析評(píng)價(jià)該位點(diǎn)組的單體型組合和日齡與各體尺指標(biāo)的關(guān)聯(lián)；合并兩部分的分析結(jié)果，并用BHFDR對(duì)P值進(jìn)行矯正。

2 結(jié)果

2.1 SNP位點(diǎn)的識(shí)別

共獲得89頭個(gè)體的SLA-DRB基因序列，通過(guò)序列比對(duì)發(fā)現(xiàn)存在14個(gè)SNP位點(diǎn)(圖1)，其中，6個(gè)突變位于內(nèi)含子3，分別為g.11369 C>G、g.11387 A>G、g.11440 C>T、g.11468 C>T、g.11470 A>G、g.11478 C>T；1個(gè)突變位于外顯子4(g.11532 A>G)；7個(gè)突變位于內(nèi)含子4，分別為g.11708 C>T、g.11829 A>G、g.11838 C>T、g.11911 T>G、g.11944 C>G、g.11945 A>G、g.11997 C>T；外顯子5無(wú)突變。

2.2 SLA-DRB基因遺傳結(jié)構(gòu)分析

遺傳結(jié)構(gòu)分析結(jié)果(表1)表明，位點(diǎn)g.11369、g.11387、g.11470、g.11478、g.11532、g.11829、g.11838、g.11944、g.11945、g.11997處于中度多態(tài)(0.25G使原始密碼子GGA突變?yōu)镚GG，均編碼甘氨酸，屬同義突變。卡方適合性檢驗(yàn)顯示，除位點(diǎn)g.11468處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P>0.05)外，其余13個(gè)SNP位點(diǎn)均處于不平衡狀態(tài)，即均受到選擇壓的影響。

2.3 SLA-DRB基因位點(diǎn)連鎖分析及單體型分析

根據(jù)連鎖不平衡分析的定義，2個(gè)位點(diǎn)間的r2≥0.33，即2個(gè)位點(diǎn)處于強(qiáng)連鎖狀態(tài)。對(duì)SLA-DRB基因的14個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)行連鎖不平衡分析，發(fā)現(xiàn)所有位點(diǎn)均存在直接或間接的強(qiáng)連鎖關(guān)系(圖2)。以14個(gè)SNP位點(diǎn)識(shí)別單體型，發(fā)現(xiàn)89頭豬共有27種單體型，30種單體型組合。

圖1 藏豬SLA-DRB 基因14個(gè)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(箭頭所指)Fig. 1 14 loci of single nucleotide polymorphisms of SLA-DRB gene in Tibetan pigs (arrows)

通過(guò)提高強(qiáng)連鎖的標(biāo)準(zhǔn)(r2)，發(fā)現(xiàn)g.11468、g.11440、g.11478與g.11944各自與其他位點(diǎn)的關(guān)聯(lián)性相對(duì)較低；g.11911與g.11708間的關(guān)聯(lián)性高，而與其他位點(diǎn)的關(guān)聯(lián)性低；g.11470、g.11945、g.11997、g.11387、g.11369與g.11829兩兩間的關(guān)聯(lián)性高；g.11532與g.11838兩者間的關(guān)聯(lián)性高(圖2)。因此，將g.11470、g.11945、g.11997、g.11387、g.11369與g.11829歸為緊密相關(guān)的SNP位點(diǎn)，定義為組合1；g.11532與g.11838歸為緊密相關(guān)的SNP位點(diǎn)，定義為組合2；g.11911與g.11708歸為緊密相關(guān)的SNP位點(diǎn)，定義為組合3。在此基礎(chǔ)上，將所有樣本的序列重新劃分單體型(表2)：組合1共有11種單體型(H11～H111)和12種單體型組合(H11H11=35、H111H111=37、H11H111=4、H11H51=3、H11H41=3、H31H51=1、H91H111=1、H71H111=1、H61H101=1，H71H81=1、H11H61=1、H21H111=1)；組合2共有4種單體型(H12～H42)和5種單體型組合(H42H42=48、H12H12=26、H12H42=9、H12H22=5、H12H32=1)；組合3共有2種單體型(H13、H23)和3種單體型組合(H13H13=73、H23H23=12、H13H23=4)。

2.4 SLA-DRB基因單體型與生長(zhǎng)發(fā)育性狀的關(guān)聯(lián)分析

性別、各位點(diǎn)頻次大于3的單體型組合與生長(zhǎng)發(fā)育性狀的關(guān)系分析結(jié)果(圖3)表明：性別與腹圍、體質(zhì)量、胸寬、胸深、胸圍和腰角寬的相關(guān)性顯著，雌性較雄性大。g.11944和g.11440的位點(diǎn)多態(tài)性與所有體尺指標(biāo)的相關(guān)性均不顯著；g.11478的位點(diǎn)多態(tài)性與管圍、尻高、體長(zhǎng)和頭長(zhǎng)的相關(guān)性顯著，單體型組合為C/T的個(gè)體具有較小的管圍、尻高、體長(zhǎng)和頭長(zhǎng)；g.11468的位點(diǎn)多態(tài)性與管圍顯著相關(guān)。組合3的位點(diǎn)多態(tài)性與除尻高、體質(zhì)量和頭長(zhǎng)以外的所有體尺指標(biāo)顯著相關(guān)，這些體尺指標(biāo)在單體型組合為TT/CG(H13H23)的個(gè)體中均偏小。組合2的位點(diǎn)多態(tài)性與管圍、尻長(zhǎng)和胸圍的相關(guān)性顯著，其中，單體型組合為AC/AT(H12H22)的個(gè)體有較小的尻長(zhǎng)和胸圍。組合1的位點(diǎn)多態(tài)性與管圍、尻長(zhǎng)、體高和胸深顯著相關(guān)，其中，單體型組合為CAAGGT/CAGAAT(H11H41)的個(gè)體有較小的管圍、尻長(zhǎng)、體高和胸深。

圖2 單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)間的相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)(基于r2值的連鎖不平衡分析)Fig. 2 Network between the loci of single nucleotide polymorphisms (linkage disequilibrium analysis based on r2 value)

編號(hào)ID單體型Haplotype位點(diǎn)Locusg.11369g.11387g.11470g.11532g.11708g.11829g.11838g.11911g.11945g.11997頻次FrequencyH11CAAGGTCAA——G——GT81H21CAAAGTCAA——A——GT1H31CAGGGTCAG——G——GT1H41CAGAATCAG——A——AT3H51CAGAACCAG——A——AC4H61CGGAACCGG——A——AC2H71GAAGGTGAA——G——GT2H81GAGAACGAG——A——AC1H91GGAAGTGGA——A——GT1H101GGAAGCGGA——A——GC1H111GGGAACGGG——A——AC81H12AC———A——C———67H22AT———A——T———5H32GC———G——C———1H42GT———G——T———105H13TT————T——T——150H23CG————C——G——28

管圍受SLA-DRB基因單體型的影響最突出，共與5個(gè)位點(diǎn)存在關(guān)聯(lián)(圖3)，且g.11478、g.11468、組合1和組合2與管圍存在極顯著的關(guān)聯(lián)(FDR<0.001)。g.11478的單體型組合為C/C、g.11468的單體型組合為C/C、組合1的單體型組合為GGGAAC/GGGAAC(H111H111)和組合2的單體型組合為GT/GT(H42H42)的個(gè)體具有更大的管圍(圖4)。

2.5 SLA-DRB基因單體型與管圍率的關(guān)聯(lián)分析

單體型組合與管圍率間關(guān)系的分析結(jié)果(圖5)表明：g.11478、g.11468、組合1和組合2的位點(diǎn)多態(tài)性與基于額寬、腹圍、尻高、體長(zhǎng)、體高、頭長(zhǎng)、頭深、胸寬、胸深、胸圍和腰角寬的管圍率均存在極顯著的關(guān)聯(lián)(FDR<0.001)，提示這些位點(diǎn)多態(tài)性與藏豬的管圍密切相關(guān)。與這些位點(diǎn)多態(tài)性關(guān)聯(lián)最緊密的是基于體高的管圍率，其中，g.11478的單體型組合為C/C、g.11468的單體型組合為C/C、組合1的單體型組合為GGGAAC/GGGAAC(H111H111)和組合2的單體型組合為GT/GT(H42H42)的個(gè)體有更大的管圍率(圖6)，與管圍的結(jié)果一致，提示其可以有效反映個(gè)體的體型、健康狀況?；谄渌L(zhǎng)度指標(biāo)的管圍率大致具有相同的趨勢(shì)。與基于長(zhǎng)度指標(biāo)的管圍率不同，基于體質(zhì)量的管圍率與g.11478、g.11468、組合1和組合2的位點(diǎn)多態(tài)性無(wú)顯著相關(guān)性。

3 討論

為了推進(jìn)藏豬實(shí)驗(yàn)動(dòng)物化的培育工作，本課題組從四川省阿壩藏族羌族自治州引入全同胞藏豬，在四川省蒲江縣進(jìn)行近親繁育，早期的研究工作探討了垂體特異性轉(zhuǎn)錄因子(pituitary specific transcription factor-1，POU1F1)第4內(nèi)含子SNP位點(diǎn)多態(tài)性對(duì)該藏豬種群生長(zhǎng)狀況的影響，發(fā)現(xiàn)POU1F1基因的g.13952A、g.14192T、g.14384G、g.14464T位點(diǎn)分別為A/A、T/T、G/G和T/T的個(gè)體在所測(cè)個(gè)體中生長(zhǎng)最緩慢，提示POU1F1基因?qū)υ摬刎i群體的小型化篩選具有指導(dǎo)價(jià)值(何凡等，2013)。

本文進(jìn)一步研究了該群體中SLA-DRB基因部分序列(部分內(nèi)含子3、外顯子4、內(nèi)含子4、外顯子5)的多態(tài)性，共發(fā)現(xiàn)了14個(gè)SNP位點(diǎn)。根據(jù)這些位點(diǎn)的連鎖相關(guān)性，共識(shí)別出3個(gè)組合和4個(gè)單一位點(diǎn)。分析表明，不同位點(diǎn)組合/單一位點(diǎn)與藏豬個(gè)體生長(zhǎng)發(fā)育性狀間相關(guān)的程度不同。

圖3 單體型組合與各體尺指標(biāo)的關(guān)聯(lián)分析Fig. 3 Association analysis between haplotype combination and growth traits

每一方格的顏色代表-log10轉(zhuǎn)換的P值， 顏色越深代表該值越大， 即FDR值越小， 該組合與該體尺指標(biāo)的關(guān)聯(lián)越顯著； *** FDR<0.001， ** FDR<0.01， * FDR<0.05； 方格中標(biāo)注的單體型組合的含義為在這一多態(tài)性位點(diǎn)上擁有該單體型組合的個(gè)體， 其對(duì)應(yīng)的體尺指標(biāo)最??； 下同

The color of tiles stands for -log10transformedPvalue， the darker， the bigger， then FDR value is smaller； *** FDR<0.001， ** FDR<0.01， * FDR<0.05； individuals with haplotype combinations labelled on a certain tile tend to have smaller corresponding growth trait； the same below

圖5 單體型組合與管圍率的關(guān)聯(lián)分析Fig. 5 Association analysis between haplotype combination and the ratio of cannon bone circumference (CBC) to other growth traits

方格中標(biāo)注了2種單體型組合， 具有上排單體型組合的個(gè)體的管圍率偏大， 具有下排單體型組合的個(gè)體的管圍率偏?。?M. 雄性， F. 雌性

Two types of haplotype combinations were labelled in tiles， individuals with the upper haplotype combinations tend to have larger ratio of CBC to corresponding growth trait， while those with lower haplotype combinations tend to have smaller ratio of CBC to corresponding growth trait； M. male， F. female

圖6 單體型組合與基于體高的管圍率的關(guān)聯(lián)Fig. 6 Association between haplotype combination and the ratio of cannon bone circumference to the body height

3.1 SLA-DRB基因SNP位點(diǎn)多態(tài)性與個(gè)體生長(zhǎng)發(fā)育的關(guān)系

已有研究表明，SLA-DRB基因SNP位點(diǎn)多態(tài)性與豬的繁殖性能(總產(chǎn)仔數(shù)、產(chǎn)活仔數(shù)、初生窩重、斷奶仔豬數(shù)等)密切相關(guān)(吳圣龍等，2007；張冬杰，2010)。本研究結(jié)果表明，SLA-DRB基因與藏豬個(gè)體的生長(zhǎng)發(fā)育速率亦存在關(guān)聯(lián)。其中，組合3與藏豬的發(fā)育速率最相關(guān)，影響個(gè)體的額寬、腹圍、管圍、尻長(zhǎng)、體長(zhǎng)、體高、頭深、胸寬、胸深、胸圍、腰角寬等體尺指標(biāo)。值得注意的是，具有H13H23(TT/CG)單體型組合個(gè)體的上述所有指標(biāo)均最小，意味著該基因型的個(gè)體生長(zhǎng)較為緩慢，整體體型偏小。組合H13H13與H23H23個(gè)體間的體尺指標(biāo)差異不大，對(duì)小型化藏豬個(gè)體的篩選意義有限。除組合3以外，組合1和g.11478分別與體高和體長(zhǎng)相關(guān)聯(lián)，具有單體型組合H11H41(CAAGGT/CAGAAT)的個(gè)體具有較小的體高，而g.11478的單體型組合為C/T的個(gè)體具有較小的體長(zhǎng)。表明SLA-DRB基因SNP位點(diǎn)多態(tài)性與藏豬個(gè)體生長(zhǎng)趨勢(shì)存在顯著關(guān)聯(lián)，提示其可作為潛在的MAS遺傳標(biāo)記候選基因應(yīng)用于特定生長(zhǎng)趨勢(shì)藏豬品系的篩選。

3.2 SLA-DRB基因SNP位點(diǎn)與管圍的關(guān)系

本研究發(fā)現(xiàn)，與SLA-DRB基因SNP位點(diǎn)多態(tài)性最為相關(guān)的藏豬體尺指標(biāo)為管圍。管圍與管骨的粗細(xì)密切相關(guān)，而管骨為長(zhǎng)骨，其內(nèi)具有豐富的骨髓。脊椎動(dòng)物骨髓內(nèi)含有豐富的間充質(zhì)干細(xì)胞，屬于多能干細(xì)胞，可以分化為成骨細(xì)胞、軟骨細(xì)胞、心肌細(xì)胞、骨髓脂肪細(xì)胞和beta-胰島細(xì)胞等(Ankrumetal.，2014)。管圍和管圍率較大的藏豬個(gè)體理應(yīng)具有較多的管骨骨髓，因而可能在骨發(fā)育、心肌功能等方面更具優(yōu)越性。除此以外，骨髓更是淋巴系統(tǒng)的重要組成部分，是造血組織細(xì)胞分裂分化為淋巴細(xì)胞的重要場(chǎng)所，與胸腺共同完成淋巴細(xì)胞的產(chǎn)生和早期選擇(Yoffey，1975)。SLA基因作為豬的主要組織相容性復(fù)合體基因，在淋巴細(xì)胞的產(chǎn)生和選擇過(guò)程中發(fā)揮著重要作用(Nakayama，2015)。研究結(jié)果表明，管圍與SLA-DRB基因多態(tài)性之間存在極顯著的關(guān)聯(lián)，這與SLA-DRB基因在免疫系統(tǒng)中所扮演的角色相符合。因此，下一步的研究應(yīng)著力于證實(shí)管圍與管骨骨髓含量、淋巴血細(xì)胞造血能力以及個(gè)體免疫能力之間的關(guān)聯(lián)性，為基于SLA-DRB基因的MAS遺傳標(biāo)記開(kāi)發(fā)提供完善的理論依據(jù)。

除潛在的免疫力指示作用以外，管圍及管圍率直接影響藏豬的體型。研究表明，馬的管圍率(管圍/體高)與其速度、步態(tài)特征具有顯著關(guān)聯(lián)，管圍率大的個(gè)體奔跑速率較低(李敏等，2014a，2014b)，藏豬可能存在類似的關(guān)聯(lián)。另外，豬的管圍是肉豬市場(chǎng)的重要選擇指標(biāo)，因?yàn)楣車赡芘c生長(zhǎng)速率、性成熟時(shí)間等因素相關(guān)(Myersetal.，2012)。因此，管圍在培育實(shí)驗(yàn)動(dòng)物豬、寵物豬、娛樂(lè)豬和食用豬等方面均具有重要參考價(jià)值。而SLA-DRB基因與管圍之間的顯著關(guān)聯(lián)則為早期遺傳輔助篩選提供了潛在途徑。

根據(jù)本研究結(jié)果，g.11468、g.11478、組合1和組合2的單體型組合分別為C/C、C/C、GGGAAC/GGGAAC和GT/GT時(shí)，個(gè)體趨向于有較大的管圍率，而這些單體型組合均為純合性。這意味著一旦證實(shí)了管圍與免疫能力之間的關(guān)聯(lián)，這些單體型組合可以作為實(shí)驗(yàn)用藏豬的篩選標(biāo)準(zhǔn)。

綜上所述，本研究測(cè)定了89頭人工藏豬種群的部分SLA-DRB基因序列，并從中鑒定出了14個(gè)SNP位點(diǎn)，根據(jù)這些SNP位點(diǎn)的連鎖緊密程度識(shí)別出3個(gè)組合和4個(gè)位點(diǎn)。經(jīng)過(guò)與體尺指標(biāo)的關(guān)聯(lián)性分析，發(fā)現(xiàn)組合1的多態(tài)性與藏豬個(gè)體的體型存在關(guān)聯(lián)，而g.11468、g.11478、組合1和組合2的位點(diǎn)多態(tài)性則與個(gè)體的管圍、管圍率顯著相關(guān)。本研究結(jié)果為SLA-DRB基因作為MAS遺傳標(biāo)記候選基因提供了理論依據(jù)，為藏豬的定向遺傳篩選提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)和參考資料。