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        IRF6基因多態(tài)性與非綜合征型唇腭裂相關(guān)性的meta分析

        2018-10-19 05:24:02孫慧慧葛振林
        關(guān)鍵詞:亞組多態(tài)性異質(zhì)性

        馬 銳 孫慧慧 高 潔 葛振林

        非綜合征型唇腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)是指不伴有其他先天畸形的唇腭裂,在世界范圍內(nèi)其出生率約為1‰~2‰,是最常見的先天畸形[1]。不同地區(qū)NSCL/P新生兒患病率存在差異,中國(guó)出生率約為1.62‰,是NSCL/P的高發(fā)區(qū)[2]。因此探究NSCL/P的病因和危險(xiǎn)因素,進(jìn)而預(yù)防其發(fā)生發(fā)展,對(duì)于提高我國(guó)出生人口素質(zhì)有著非常重要的意義。NSCL/P病因較為復(fù)雜,涉及環(huán)境與遺傳因素及其交互作用。目前研究并得到較多支持的有IRF6、MSX1、MTFR等基因和位點(diǎn)[3]。但I(xiàn)RF6基因是迄今發(fā)現(xiàn)的最有價(jià)值的、與NSCL/P致病有關(guān)的基因之一[4]。許多的研究表明IRF6基因和非綜合征型唇腭裂的發(fā)生有密切的關(guān)聯(lián)[5~7]。其中對(duì)于rs2235371位點(diǎn)SNPs的研究尤為突出,但各個(gè)研究得出結(jié)論并不一致[8~14],因此本研究收集有關(guān)rs2235371位點(diǎn)SNPs與NSCL/P的病例對(duì)照研究進(jìn)行meta分析,以探究rs2235371位點(diǎn)SNPs與NSCL/P之間的關(guān)系。

        資料和方法

        1.納入和排除標(biāo)準(zhǔn)

        (1)納入標(biāo)準(zhǔn):①研究對(duì)象為確診為患有非綜合征型唇腭裂的中國(guó)患者;②研究類型為病例對(duì)照;③相關(guān)IRF6基因rs2235371位點(diǎn)SNPs與NSCL/P的研究;④臨床資料詳細(xì)且文獻(xiàn)中數(shù)據(jù)的完整文獻(xiàn);⑤文獻(xiàn)僅限中英文。

        (2)排除標(biāo)準(zhǔn):對(duì)于研究對(duì)象非中國(guó)患者;質(zhì)量低的文獻(xiàn)以及綜述;重復(fù)發(fā)表的文獻(xiàn)報(bào)道;未提供充分原始數(shù)據(jù)的文獻(xiàn)予以排除。

        2.文獻(xiàn)檢索

        計(jì)算機(jī)檢索 PubMed、VIP、CNKI 和 WanFang Date數(shù)據(jù)庫(kù),檢索自各數(shù)據(jù)庫(kù)建庫(kù)至2016年2月公開發(fā)表的有關(guān)IRF6基因多態(tài)性與NSCL/P相關(guān)的文獻(xiàn)。英文檢索詞:“interferon regulatory factor 6”“IRF6”“polymorphism”“NSCL/P”“non-syndrom ic cleft lip with or without cleft palate”,中文檢索詞:“IRF6”“基因多態(tài)性”“唇腭裂”“非綜合癥型唇腭裂”等。

        3.文獻(xiàn)的篩選與數(shù)據(jù)提取

        由兩名研究人員(馬銳和孫慧慧)獨(dú)立地篩選文獻(xiàn),嚴(yán)格地按照此次研究的納入排除標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行文獻(xiàn)的篩選,然后進(jìn)行交叉核對(duì)篩選結(jié)果。若遇到分歧,則通過與第三方研究者(高潔)討論解決。兩名研究者獨(dú)立地對(duì)原始文獻(xiàn)中記錄數(shù)據(jù)的收集。提取作者和時(shí)間、研究地區(qū)及種族、病例組對(duì)照組基因型分布、對(duì)照組基因型分布是否符合Hardy-Weinberg(H-W)平衡、納入文獻(xiàn)研究的質(zhì)量分?jǐn)?shù)。制作并完成文獻(xiàn)數(shù)據(jù)提取表格根據(jù)相關(guān)文獻(xiàn)報(bào)道[15]對(duì)各個(gè)納入文獻(xiàn)研究的質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)的評(píng)估,本次研究的文獻(xiàn)質(zhì)量評(píng)估內(nèi)容:①樣本量大??;②研究中的病例診斷是否充分;③病例組與對(duì)照組的基線資料是否匹配;④對(duì)照組H-W平衡;⑤基因檢測(cè)是否準(zhǔn)確可靠;⑥一般信息是否充分。以上6項(xiàng),每1項(xiàng)記1分,其中單篇評(píng)分總計(jì)>3分者為質(zhì)量可靠。

        4.統(tǒng)計(jì)分析

        應(yīng)用Stata12.0軟件對(duì)納入的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行Mata分析,用OR值和其95%CI表示其效應(yīng)量。可以利用卡方檢驗(yàn)檢驗(yàn)納入的各研究間異質(zhì)性的大小,此次檢驗(yàn)的水準(zhǔn)是α=0.1,即當(dāng)P≤0.1時(shí),表示各研究之間的異質(zhì)性較大。并且利用I2檢驗(yàn)對(duì)其異質(zhì)性進(jìn)行定量的分析。當(dāng)各研究之間的異質(zhì)性較小時(shí),可以應(yīng)用固定效應(yīng)模型對(duì)研究的數(shù)據(jù)進(jìn)行Meta分析:當(dāng)存在較大的統(tǒng)計(jì)學(xué)異質(zhì)性時(shí),可以采用隨機(jī)效應(yīng)模型對(duì)研究的數(shù)據(jù)進(jìn)行Meta分析。為分析異質(zhì)性來源,可根據(jù)納人研究的某些特征分層,最終進(jìn)行亞組分析。采用漏斗圖檢驗(yàn)是否存在發(fā)表偏倚,并采用Begg法對(duì)發(fā)表偏倚進(jìn)行定量分析[16,17]。

        結(jié) 果

        1.納入研究的一般情況

        初檢出相關(guān)文獻(xiàn)296篇,查重之后剩下193篇。閱讀題目和摘要,并經(jīng)過小組討論,確定基本符合納入標(biāo)準(zhǔn)的文獻(xiàn)共25篇。進(jìn)一步查找和仔細(xì)閱讀全文,剔除篇18,最終納入完全符合標(biāo)準(zhǔn)的文獻(xiàn)共7篇[8~14]。包含969例患者和783例對(duì)照。納入研究的一般情況和質(zhì)量評(píng)價(jià)分?jǐn)?shù)見表1,文獻(xiàn)篩選流程見圖1。

        圖1 文獻(xiàn)篩選流程圖

        表1 納入研究基本信息表

        2.分析結(jié)果

        (1)meta分析結(jié)果:如表 2所示 GA vs GG:P=0.000,OR=0.629 (95%CI:0.519~0.762);GA+AA vs GG:P =0.000,OR =0.615 (95%CI:0.512 ~0.738),有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,提示GA和GA+AA型可降低中國(guó)人罹患非綜合征型唇腭裂的風(fēng)險(xiǎn)(圖2、3)。AA vs GG :P=0.063,OR=0.598(95%CI:0.349~1.025);GA+GG vs AA:P=0.304,OR=1.355(95%CI:0.794~2.312),無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,同時(shí)其異質(zhì)性檢驗(yàn)定性P為0.032,0.006均小于0.1,定量I2(%)為56.6和66.9均大于50??紤]其異質(zhì)性來源為種族差異引起,因此進(jìn)行亞組分析。

        圖2 IRF6基因多態(tài)性與NSCL/P相關(guān)性的meta分析:GA vs GG

        圖3 IRF6基因多態(tài)性與NSCL/P相關(guān)性的meta分析:GA+AA vs GG

        圖4 亞組分析:漢族與非漢族AA vs GG

        (2)亞組分析:如表2所示,亞組分析后其異質(zhì)性明顯減小,可采用固定效應(yīng)模型。漢族AA vs GG :P=0.000,OR=0.384(95%CI:0.256~0.577),有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,提示AA型可降低漢族罹患NSCL/P的風(fēng)險(xiǎn)。漢族GA+GG vs AA:P=0.000,OR=2.129(95%CI:1.457~3.111),有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,提示GA+GG型可增加漢族罹患NSCL/P的風(fēng)險(xiǎn)。非漢族AA vs GG:P=0.857,OR=1.050(95%CI:0.619~1.782);GA+GG vs AA:P=0.287,OR=0.760(95%CI:0.461~1.253),無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(圖 4、5)。

        表2 IRF6基因rs2235371位點(diǎn)SNPs與NSCL/P的meta分析結(jié)果

        圖5 亞組分析:漢族與非漢族GA+GG vs AA

        圖6 IRF6基因多態(tài)性與NSCL/P相關(guān)性的發(fā)表性偏倚:GA vs GG

        (3)發(fā)表性偏倚:如圖6~7,應(yīng)用Stata12.0Begg法對(duì)發(fā)表偏倚進(jìn)行定量分析:GA vs GG:P=1.000;GA+AA vs GG:P=0.764。P 值均大于 0.5,且漏斗圖結(jié)果對(duì)稱,涂點(diǎn)均在95%CI內(nèi),提示發(fā)表偏倚較小,結(jié)果較為可靠。

        圖7 IRF6基因多態(tài)性與NSCL/P相關(guān)性的發(fā)表性偏倚:GA+AA vs GG

        討 論

        本次研究共納入7篇文獻(xiàn),其中Yongchu Pan2010[8]和王玲2015[13]的研究指出IRF6基因rs2235371位點(diǎn)基因型頻率和等位基因頻率分布在NSCL/P組與對(duì)照組間差別無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,但李夢(mèng)潔2012[11]和姚旺2013[14]的研究卻指出明rs2235371位點(diǎn)的A等位基因突變與NSCL/P的發(fā)病呈負(fù)相關(guān),該突變降低了NSCL/P的發(fā)病危險(xiǎn)。經(jīng)過合并分析得出IRF6基因rs2235371位點(diǎn)GA和GA+AA基因型在NSCL/P組與對(duì)照組間差別有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,可降低中國(guó)人罹患非綜合征型唇腭裂的風(fēng)險(xiǎn)。AA vs GG和GA+GG vs AA這兩組meta分析時(shí),其異質(zhì)性較大,由于納入的7個(gè)研究中,有4個(gè)來自漢族,3個(gè)來自其它民族,考慮種族可能是異質(zhì)性來源之一,因此進(jìn)行亞組分析。亞組分析后,異質(zhì)性明顯減小,且AA vs GG和GA+GG vs AA基因型在漢族NSCL/P組與對(duì)照組間差別有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。此結(jié)果提示:IRF6基因rs2235371位點(diǎn)SNPs與NSCL/P之間的關(guān)系存在種族差異,且AA型可降低漢族罹患NSCL/P的風(fēng)險(xiǎn),GA+GG型可增加漢族罹患NSCL/P的風(fēng)險(xiǎn)。

        IRF6基因是通過研究伍德綜合征而被發(fā)現(xiàn)的,1987年,Bocian等[18]通過染色體分析首次報(bào)道了伍德綜合征患者有染色體lq32-lq41的缺失。隨后一些學(xué)者們?cè)谖挥趌q32-1q41區(qū)域內(nèi)的IRF6基因上找到了與伍德綜合征表型一樣的基因突變。伍德綜合征患者臨床表現(xiàn)與單純唇裂或腭裂難以區(qū)別,因此對(duì)伍德綜合征致病基因的研究,為NSCL/P致病基因的探索提供了有利的線索。同時(shí)該基因編碼干擾素調(diào)節(jié)因子6,其蛋白結(jié)構(gòu)包括N端高度保守的DNA結(jié)合域以及C端相對(duì)保守的蛋白結(jié)合域,這種蛋白結(jié)合域是可以介導(dǎo)TGF-β信息通路的其中一種轉(zhuǎn)錄因子[19],所以IRF6基因的變異導(dǎo)致此種重要的發(fā)育通路受到影響,許多研究分析表明伍德綜合征在相關(guān)的頜面部、生殖器以及皮膚等部位中都有比較高表達(dá),基于此將IRF6基因作為NSCL/P的候選基因來研究。2004年,Zucchero等[20]的研究證實(shí)NSCL/P的發(fā)生在遺傳學(xué)方面12%歸因于IRF6的基因突變,尤其是G等位基因變異作為一種危險(xiǎn)因素。近年來,關(guān)于IRF6基因rs2235371位點(diǎn)的變異(由G到A的替換)日益增多,但各個(gè)研究得出的結(jié)論并不一致,因此本次研究采用meta分析的方法定量評(píng)價(jià)IRF6基因rs2235371位點(diǎn)SNPs與中國(guó)非綜合征型唇腭裂患者的相關(guān)性。

        另外此次研究同時(shí)存在一些局限性:本次二次研究的對(duì)象僅僅為中國(guó)患者,未考慮年齡、性別、飲食及其他基因因素的影響。這些因素都有可能會(huì)對(duì)此次結(jié)果產(chǎn)生一定的影響。所以,對(duì)于此次的研究結(jié)果還需要更多的大樣本,同質(zhì)性的臨床病例研究去驗(yàn)證,以便對(duì)lRF6基因多態(tài)性與非綜合征型唇腭裂相關(guān)性做出更可靠、更合理的結(jié)論。

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