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        耐碳青霉烯類肺炎克雷伯菌藥物敏感性和耐藥基因研究

        2018-09-04 13:29:46潘亞萍徐元宏沈繼錄王中新
        關(guān)鍵詞:烯酶培南外排

        王 健,潘亞萍,徐元宏,沈繼錄,王中新

        碳青霉烯類抗生素對大多數(shù)革蘭陽性、陰性需氧菌、厭氧菌及多重耐藥菌均有較強(qiáng)的抗菌活性,已成為臨床對抗耐藥菌株有力的武器。2001年首次報(bào)道了一株碳青霉烯類抗生素耐藥的肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistantKlebsiellapneumoniae,CRKP)[1],該株細(xì)菌能對包括碳青霉烯類抗生素在內(nèi)的所有β-內(nèi)酰胺類抗生素耐藥。隨后不久,世界各地均有CRKP菌株被報(bào)道的案例出現(xiàn)[2-3]。

        肺炎克雷伯菌對碳青霉烯類抗生素的耐藥性是目前全球性關(guān)注的熱點(diǎn)問題[4-5]。產(chǎn)碳青霉烯酶是腸桿菌科細(xì)菌對碳青霉烯類藥物耐藥最主要的耐藥機(jī)制,目前研究[6]肺炎克雷伯菌對亞胺培南耐藥主要系產(chǎn)生KPC型碳青霉烯酶。該研究對臨床分離的31株CRKP的耐藥表型和耐藥基因進(jìn)行檢測分析以及外排泵抑制劑對CRKP的作用進(jìn)行探究。

        1 材料與方法

        1.1材料

        1.1.1菌株來源 31株CRKP來源于醫(yī)院臨床分離菌,經(jīng)法國梅里埃公司Vitek2全自動(dòng)微生物鑒定系統(tǒng)鑒定,對碳青酶烯類均耐藥。

        1.1.2主要儀器和試劑 GeneAmp970基因擴(kuò)增儀(美國PE公司);C-880V CO2孵箱、蛋白電泳分析系統(tǒng)(美國Bio-Rad公司);高速冷凍離心機(jī)(中國heal force公司);抗菌藥物(美國BBL公司、英國OXOID公司);藥敏試驗(yàn)培養(yǎng)基為Muller-Hinton瓊脂;外排泵抑制劑(Phe-Arg-β-naphthylamide,PAβN)(美國Sigma公司);標(biāo)志物DL 2 000、Ex Taq DNA聚合酶試劑盒購自寶日醫(yī)生物技術(shù)(北京)有限公司;瓊脂糖、引物購自生工生物工程(上海)股份有限公司。

        1.2方法

        1.2.1藥敏實(shí)驗(yàn)及細(xì)菌鑒定 采用CLSI 2014版推薦的紙片擴(kuò)散法和Vitek2法進(jìn)行藥敏試驗(yàn)并判讀結(jié)果,細(xì)菌鑒定采用全自動(dòng)微生物鑒定。最低抑菌濃度(minimum inhibitory concentration, MIC)測定按CLSI2010版推薦的瓊脂稀釋法進(jìn)行。亞胺培南和美羅培南濃度范圍為128~0.06 mg/L。細(xì)菌接種菌量為104CFU/點(diǎn)。質(zhì)控菌株為大腸埃希菌(ATCC 25922)、銅綠假單胞菌(ATCC 27853)、肺炎克雷伯菌(ATCC BAA1705/ATCC BAA1706)。

        1.2.2碳青霉烯酶的篩選

        1.2.2.1Carba-NP試驗(yàn) A液配制:取25~50 ml燒杯,將2 ml 0.5%酚紅溶液加入到16.6 ml純水中,加入180 ml 10 mmol/L硫酸鋅溶液,使用0.1 N氫氧化鈉溶液(或10%鹽酸溶液)調(diào)整pH值為(7.8±0.1)。B液配制:A液+6 mg/ml亞胺培南。步驟:標(biāo)記兩個(gè)微量離心管分別為a、b,每管中加入100 μl 細(xì)菌蛋白抽提液(美國Thermo Scientific公司),1 μl接種環(huán)待測物(從過夜的血平板上刮取),渦旋震蕩器上劇烈震蕩5 s后,a管中加入100 μl A液,b管中加入100 μl B液,渦旋振蕩混勻,35 ℃溫箱孵育2 h觀察結(jié)果(每30 min觀察一次顏色變化)。

        1.2.2.2改良Hodge試驗(yàn) 按CLSI 2012推薦的方法進(jìn)行,將0.5麥?zhǔn)蠞岫葐挝坏拇竽c埃希菌ATCC25922稀釋10倍后涂布于M-H平板,中間貼厄他培南(10 μg)紙片,接種環(huán)自紙片外緣向平板邊緣劃線接種待檢菌,注意不要?jiǎng)澠破桨灞砻妗?5 ℃過夜培養(yǎng),次日,厄他培南抑菌圈處出現(xiàn)矢狀生長者為待檢菌產(chǎn)碳青霉烯酶。

        1.2.3PCR擴(kuò)增KPC、ESBL和AmpC酶基因 提取并純化細(xì)菌基因組DNA作為擴(kuò)增模板,KPC、NDM-1、ESBL和AmpC酶基因。產(chǎn)物經(jīng)1.2%瓊脂糖凝膠電泳,在凝膠成像系統(tǒng)下成像分析結(jié)果。擴(kuò)增產(chǎn)物測序均由上海生工公司完成。獲得序列與GenBank中序列進(jìn)行比對,以證實(shí)擴(kuò)增產(chǎn)物為目的基因片段和確定基因型。

        1.3外排泵的抑制試驗(yàn)在采用瓊脂稀釋法測定亞胺培南單藥MIC的同時(shí)另設(shè)一組加入泵抑制劑PAβN(終濃度20 mg/L)的亞胺培南的試驗(yàn)組。亞胺培南的濃度范圍為128~0.06 mg/L。外排泵表型檢測結(jié)果的判斷以添加和不添加PAβN時(shí)MIC值降低4倍或4倍以上者可推斷認(rèn)為該菌具有外排泵機(jī)制。

        1.4ERIC-PCR同源性分析引物序列:ERIC1: ATGTAAGCTCCTGGGGATTCAC;ERIC2:AAGTAAGTGACTGGGGTGAGCG。擴(kuò)增條件如下:95 ℃預(yù)變性3 min,94 ℃變性1 min,35 ℃退火1 min,2 ℃延伸1 min,共20個(gè)循環(huán),隨后94 ℃變性1 min, 42 ℃退火1 min,72 ℃延伸1 min,進(jìn)行35個(gè)循環(huán),72 ℃延伸5 min。取擴(kuò)增產(chǎn)物于1.5%瓊脂糖凝膠中進(jìn)行電泳(100 V,100 min,0.5×TBE)。

        1.5統(tǒng)計(jì)學(xué)處理使用WHONET 5.6軟件對紙片法的抑菌圈直徑藥敏結(jié)果和儀器法MIC藥敏結(jié)果進(jìn)行數(shù)據(jù)處理和分析。

        2 結(jié)果

        2.1藥敏試驗(yàn)結(jié)果所有菌株對碳青霉烯類耐藥率為100%,對頭孢菌素類、氨基糖苷類和喹諾酮類耐藥率均高于80%,而四環(huán)素類抗生素耐藥率在20%左右,見圖1。

        2.2碳青霉烯酶檢測結(jié)果結(jié)果顯示有29株CRKP的Carba-NP試驗(yàn)和改良Hodge試驗(yàn)均為陽性,陽性率93.5%,24號(hào)株Carba-NP試驗(yàn)陽性而改良Hodge試驗(yàn)陰性,6號(hào)株Carba-NP試驗(yàn)和改良Hodge試驗(yàn)均為陰性。

        2.3耐藥基因檢測結(jié)果PCR結(jié)果顯示KPC酶基因檢出率為87.1%,均為KPC-2型,NDM-1的檢出率為71.0%;ESBLs本次檢測的耐藥基因中blaCTX-M、blaSHV和blaTEM陽性率分別為61.3%、96.8%和77.4%;質(zhì)粒介導(dǎo)的AmpC酶檢測出DHA、CTT、FOX酶基因,陽性率分別為100%、61.3%、87.1%。未檢出SME、OXA-48、GES、VIM、IMP、VEB、AAC、EBC、MOX。

        2.4外排泵的抑制試驗(yàn)結(jié)果泵抑制劑PAβN和亞胺培南、美羅培南和替加環(huán)素協(xié)同試驗(yàn)的結(jié)果顯示有3株對亞胺培南和美羅培南的MIC分別下降了4倍和8倍,而替加環(huán)素卻未下降。

        2.5ERIC-PCR基因分型31株CRKP主要分為9型,其中1型13株,4型和5型各5株,6型和8型各2株,2、3、9型各1株。見圖2。

        圖1 31株CRKP對常見抗生素的耐藥率和敏感率

        AMP:氨芐西林;PRL:哌拉西林;SCF:頭孢哌酮/舒巴坦;SAM:氨芐西林/舒巴坦;TZP:哌拉西林/他唑巴坦;CZO:頭孢唑啉;CXM:頭孢呋辛;CAZ:頭孢他啶;CRO:頭孢曲松;CTX:頭孢噻肟;FEP:頭孢吡肟;CTT:頭孢替坦;ATM:氨曲南;IMP:亞胺培南;MEM:美羅培南;AMK:阿米卡星;GEN:慶大霉素;TOB:妥布霉素;CIP:環(huán)丙沙星;LVX:左旋氧氟沙星;SXT:復(fù)方新諾明;FOS:磷霉素;NIT:呋喃妥因;MH:米諾環(huán)素;TGC:替加環(huán)素

        圖2 部分臨床菌株ERIC-PCR基因分型圖譜

        M:Marker;1、2、4、6、7:1型;3:2型;5:3型;8、9、10、14:4型;11、12、13、15:5型;16:6型

        3 討論

        碳青霉烯類對質(zhì)粒介導(dǎo)的超廣譜β-內(nèi)酰胺酶(ESBLs)、染色體及質(zhì)粒介導(dǎo)的頭孢菌素酶(AmpC酶)均具有高度穩(wěn)定性,但可被碳青霉烯酶水解滅活,造成碳青酶烯類抗生素耐藥。隨著臨床應(yīng)用的不斷增加,產(chǎn)碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌感染持續(xù)增多,我國克雷伯菌屬細(xì)菌對碳青霉烯類藥物耐藥率呈逐年上升趨勢,形勢不容樂觀[7]。本研究中篩選的31株CRKP,同時(shí)對青霉素類、頭孢菌素、氨曲南等其他β內(nèi)酰胺類抗菌藥物也表現(xiàn)出高度耐藥,而對四環(huán)素類耐藥率較低。數(shù)據(jù)表明本院分離的CRKP多為高水平耐藥的多重耐藥菌,而有效抗生素范圍很窄,這對本院臨床治療感染帶來嚴(yán)重挑戰(zhàn),前景令人擔(dān)憂。

        革蘭陰性菌對碳青霉烯類的耐藥機(jī)制,最突出的是碳青霉烯酶的產(chǎn)生[8],其他的還有高產(chǎn)AmpC酶伴外膜孔蛋白的丟失、靶位點(diǎn)的改變和主動(dòng)泵出系統(tǒng)的過量表達(dá)。目前常見的碳青霉烯酶主要有KPC、IMP、VIM、NDM等,國內(nèi)以KPC和IMP為主[9]。Carba-NP試驗(yàn)和改良Hodge試驗(yàn)是CLSI推薦的碳青霉烯酶表型檢測方法。本研究中所有產(chǎn)KPC菌Carba-NP 試驗(yàn)和改良Hodge試驗(yàn)均陽性,表明Carba-NP 試驗(yàn)和改良Hodge試驗(yàn)檢測KPC型碳青霉烯酶有較高的靈敏度,可用于對疑是產(chǎn)碳青霉烯酶細(xì)菌進(jìn)行表型初篩試驗(yàn)。31株CRKP有4株KPC基因檢測陰性,其中3株均攜帶NDM-1基因,NDM-1可水解碳青霉烯類抗生素,剩下的6號(hào)株Carba-NP試驗(yàn)和改良Hodge試驗(yàn)均為陰性,KPC基因和NDM-1基因檢測也陰性,而膜孔蛋白OmpK35/36均未缺失,可能由于細(xì)菌產(chǎn)ESBLs酶出現(xiàn)假陽性結(jié)果[10]或其他耐藥機(jī)制。

        本研究中KPC型碳青霉烯酶均為KPC-2型,檢出率87.1%。KPC-2酶能單獨(dú)引起碳青霉烯類耐藥,不依賴于膜孔蛋白的丟失,基因由可轉(zhuǎn)移的70 kb質(zhì)粒編碼,位于質(zhì)粒的轉(zhuǎn)座子上,具有高傳播可能。2009年,英國卡迪夫大學(xué)的研究團(tuán)隊(duì)在肺炎克雷伯桿菌中首次發(fā)現(xiàn)了一種新型金屬β-內(nèi)酰胺酶,即NDM酶,該酶可以水解除氨曲南以外的所有β-內(nèi)酰胺類藥物,包括碳青霉烯類抗生素,其最常見NDM-1型,在我國NDM-1檢出率逐年上升[11]。本院CRKP中NDM-1型檢出率較高,為71.0%,加大了臨床治療CRKP感染的難度,因此院感科要引起重視。我國ESBLs流行的種類以CTX型和SHV型為主[12],本院流行耐藥基因型與國內(nèi)報(bào)道基本一致。本研究AmpC酶陽性率為100%,主要為DHA型和FOX型。所有菌株未檢出 EBC、ACC和MOX酶基因。耐藥基因檢測結(jié)果顯示,26株菌同時(shí)攜帶KPC、ESBL、AmpC三種酶基因,說明CRKP存在多種耐藥基因積聚共存現(xiàn)象。Ogbolu et al[13]認(rèn)為產(chǎn)β-內(nèi)酰胺酶的細(xì)菌往往同時(shí)攜帶其他種類抗菌藥物的耐藥基因。耐藥細(xì)菌通過產(chǎn)生多種β-內(nèi)酰胺酶基因以及質(zhì)粒水平轉(zhuǎn)移導(dǎo)致耐藥性播散及拓寬耐藥譜,可能是導(dǎo)致菌株耐藥性更強(qiáng)、耐藥譜更廣的原因。

        外排泵系統(tǒng)的表達(dá)是肺炎克雷伯菌產(chǎn)生耐藥性的重要機(jī)制[14]。細(xì)菌的外排泵系統(tǒng)包括:耐藥結(jié)節(jié)化細(xì)胞分化家族、ATP結(jié)合盒家族、主要易化子超家族、小多重耐藥家族和多藥及毒性化合物外排家族。通過外排泵表型抑制試驗(yàn),結(jié)果顯示3株細(xì)菌對亞胺培南和美羅培南的MIC分別下降了4倍和8倍,可能是外排泵機(jī)制導(dǎo)致的耐藥。Filgona et al[15]也發(fā)現(xiàn)外排泵抑制劑可以降低CRKP對厄他培南、多尼培南的MIC值。Seecoomar et al[16]研究發(fā)現(xiàn)產(chǎn)碳青霉烯酶腸桿菌科細(xì)菌中ArcAB外排泵與β-內(nèi)酰胺類耐藥有關(guān)。

        本研究中31株CRKP的基因分型顯示有9種類型,其中1型13株,為主要流行株,表明我院可能存在1型克隆株的播散流行,由于CRKP耐藥嚴(yán)重,易發(fā)生流行,因此要嚴(yán)格控制抗菌藥物的使用,加強(qiáng)院內(nèi)感染的防控措施。其次為4型和5型各5株,6型和8型各2株,2、3、9型各1株。

        CRKP通常合并其他抗生素耐藥,發(fā)展為多重耐藥菌,有效治療藥物有限,給臨床治療帶來了極大的困擾。我院肺炎克雷伯菌產(chǎn)碳青霉烯酶為KPC-2型酶,且常常合并產(chǎn)生ESBLs酶和AmpC酶,形成耐藥基因的積聚共存現(xiàn)象,導(dǎo)致細(xì)菌的多重耐藥。外排泵的表達(dá)可能參與肺炎克雷伯菌對碳青霉烯類抗生素耐藥,其關(guān)系有待進(jìn)一步研究。同時(shí)臨床應(yīng)加強(qiáng)醫(yī)院感染控制及用藥管理,避免耐亞胺培南肺炎克雷伯菌傳播擴(kuò)散。

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