李豆南,王曉丹,羅小葉,黃 魏,邱樹毅,*
(1.貴州大學(xué) 貴州省發(fā)酵工程與生物制藥重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,釀酒與食品工程學(xué)院,貴州 貴陽 550025;2.貴州大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,貴州 貴陽 550025)
鏈霉菌(Streptomyces)從分類學(xué)上歸屬于放線菌目,是最為高等的放線菌類群,具有發(fā)育良好的分枝菌絲,主要分布于土壤環(huán)境中。研究表明,該類群主要是一類革蘭氏陽性、化能異養(yǎng)型好氧菌[1],該菌屬下的菌株多數(shù)能夠合成結(jié)構(gòu)復(fù)雜的次生代謝產(chǎn)物(如抗生素等),具有良好的生物活性,是一類具有很大應(yīng)用潛力的微生物[2]。近年來,在醬香型、濃香型白酒釀造過程中也陸續(xù)分離得到該菌屬下的多種菌株,并對(duì)其代謝特性進(jìn)行了一定的探究,確認(rèn)該菌屬在釀造體系中存在重要的生物調(diào)控作用[3-4]。
全基因組測(cè)序是針對(duì)未知基因組序列的物種進(jìn)行個(gè)體全部基因組測(cè)序,具有測(cè)序覆蓋面廣、準(zhǔn)確性極高的技術(shù)優(yōu)勢(shì)[5]。近年來隨著該技術(shù)的快速發(fā)展,以第2代測(cè)序技術(shù)為主體的全基因組測(cè)序技術(shù)已成為了一種高效檢測(cè)手段,廣泛應(yīng)用于生物、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域。在微生物學(xué)方面,以低錯(cuò)誤率、低成本化和測(cè)序通量高為特征的羅氏454、Illumina HiSeq 2000測(cè)序平臺(tái)已演變?yōu)榛镜亩蚪M測(cè)序技術(shù),成為了探究未知微生物類群多樣性、生物學(xué)特性、代謝功能機(jī)制的重要手段[6-7],已經(jīng)在土壤、腸道環(huán)境中微生物類群的分析鑒定以及工程菌株的開發(fā)中發(fā)揮了重要的作用[8-10]。針對(duì)一些極端環(huán)境中的微生物而言,由于其難以分離、可培養(yǎng)性低的特點(diǎn),傳統(tǒng)的分析方法已不適用,這時(shí)全基因組測(cè)序技術(shù)的優(yōu)勢(shì)便展現(xiàn)出來[11],其中,在諸如油田中嗜熱采油芽孢桿菌(Geobacillus thermodenitrif i cans)[12]、新西蘭地?zé)釁^(qū)域中嗜酸甲烷氧化細(xì)菌[13-14]、水稻根際土壤中的斯氏假單胞菌(Pseudomonas stutzeri)[15]、蠟狀芽孢桿菌[16]、深海沉積物中耐壓耐冷的希瓦氏菌屬[17]、兩極地區(qū)永久凍土中的產(chǎn)甲烷菌類群[18]、氯消毒飲用水中的抗性變形菌類群[19]以及高酸性金屬礦中的硫桿菌、酸微菌群落[20]等極端環(huán)境下微生物的研究中均有該技術(shù)的運(yùn)用,為微生物防治石油污染、特殊代謝途徑的發(fā)現(xiàn)和極端環(huán)境微生物多樣性等方面的研究起到了巨大的推動(dòng)作用。
本研究的開展建立在課題組王曉丹等[21]之前的研究之上,其利用羅氏454 FLX+高通量測(cè)序平臺(tái)對(duì)貴州3 種醬香型高溫大曲中細(xì)菌的群落結(jié)構(gòu)多樣性進(jìn)行了深入研究,發(fā)現(xiàn)在屬水平上鏈霉菌屬為大曲中的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌屬之一,含量均占到大曲總生物量的1%以上,暗示該類群可能具有重要的功能性作用;基于這一結(jié)果,本課題組通過分離方法的設(shè)計(jì),成功從大曲中得到1 株具有耐高溫特性的鏈霉菌株FBKL4.005,并以該菌株為材料進(jìn)行全基因組測(cè)序分析,從基因功能注釋的角度快速剖析菌株的代謝特征,為日后醬香大曲中該類群功能性研究打下基礎(chǔ)。
鏈霉菌菌株(實(shí)驗(yàn)室編號(hào):FBKL4.005)篩選分離自茅臺(tái)某酒廠高溫醬香大曲;細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒 美國(guó)Biomiga公司;制霉菌素、新生霉素、瓊脂糖、Tris、EDTA二鈉 北京索萊寶科技有限公司;其他化學(xué)試劑均為國(guó)產(chǎn)分析純。
Thermo高速冷凍離心機(jī) 美國(guó)貝克曼庫(kù)爾特有限公司;核酸凝膠電泳儀、凝膠成像儀 德國(guó)耶拿分析儀器股份公司;微型旋渦混合儀、Flex cycler多功能聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction,PCR)儀 美國(guó)Bio-Rad公司;BXM-30R立式滅菌鍋 上海博訊實(shí)業(yè)有限公司醫(yī)療設(shè)備廠;SW-CJ-1D凈化工作臺(tái) 蘇州凈化設(shè)備有限公司。
1.3.1 培養(yǎng)基的選擇與配方
菌株純化、斜面保藏培養(yǎng)基:ISP2培養(yǎng)基。
液體種子擴(kuò)培培養(yǎng)基:葡萄糖10 g/L、酵母膏4 g/L、蛋白胨4 g/L、酵母浸粉4 g/L、K2HPO44 g/L、KH2PO42 g/L、MgSO4·7H2O 0.5 g/L,pH 7.2~7.4。
1.3.2 菌株總DNA的提取
從實(shí)驗(yàn)室低溫(4 ℃)保藏的ISP2斜面培養(yǎng)基上刮取適量待測(cè)菌株,接種于100 mL液體種子擴(kuò)培培養(yǎng)基中,于45 ℃培養(yǎng)24 h后,采用細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒提取基因組DNA,操作步驟參照試劑盒說明書進(jìn)行,所得基因組利用0.8%的瓊脂糖電泳后在凝膠成像儀上對(duì)提取效果進(jìn)行檢測(cè)并用于基因組測(cè)序。
1.3.3 全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)處理及分析
基因組DNA提取后采用Illumina HiSeq 2000測(cè)序平臺(tái)完成全基因組測(cè)序,上機(jī)前先利用HiSeq平臺(tái)完成建庫(kù),使用Agilent 2100對(duì)文庫(kù)的插入片段進(jìn)行檢測(cè),并運(yùn)用實(shí)時(shí)定量PCR技術(shù)對(duì)文庫(kù)的有效濃度進(jìn)行準(zhǔn)確定量,保證文庫(kù)質(zhì)量。將測(cè)序得到的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾處理,分別去除質(zhì)量值不大于38的低質(zhì)量堿基、N堿基達(dá)到10 bp、與連接物之間overlap超過15 bp的reads,去除樣品宿主以及重復(fù)污染,得到有效數(shù)據(jù)。
經(jīng)過預(yù)處理后得到的有效數(shù)據(jù),使用SOAP denovo組裝軟件[22-23]進(jìn)行序列拼接組裝,根據(jù)序列的雙端信息,確定出contig排列,取長(zhǎng)度大于500 bp的序列,根據(jù)不同的K-mer進(jìn)行組裝得到初步組裝結(jié)果,然后采用krskgf、gapclose等軟件對(duì)初步組裝結(jié)果進(jìn)行優(yōu)化和補(bǔ)洞,將contig連接成基因組序列,得到最終組裝結(jié)果,并與GO(Gene Ontology)、COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins)、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)、NR(Non-Redundant Protein Database)、TCDB(Transporter Classification Database)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)分析,從而獲得菌株基因組功能注釋信息。
利用SOAP denovo組裝軟件[22-23]對(duì)測(cè)序得到的序列雙端的信息數(shù)據(jù)進(jìn)行拼接(原始序列67 771 429 個(gè)reads,讀長(zhǎng)150 bp,文庫(kù)插入片段大小6 000 bp),共獲得7 個(gè)scaffolds和69 個(gè)contigs,共9 441 858 bp的序列信息,其中用于判斷基因組拼接效果優(yōu)劣的N50大小為352 516 bp,N90大小為116 315 bp;經(jīng)過優(yōu)化與補(bǔ)洞處理后,獲得菌株整個(gè)基因組大小為9 454 406 bp,GC含量為73.03%,基因平均長(zhǎng)度為976 bp,其中編碼區(qū)基因總數(shù)為8 316 個(gè),占整個(gè)基因組序列大小86.01%。由菌株基因GC含量及測(cè)序深度分布圖可知(圖1),經(jīng)過拼接組裝后的GC含量主要分布在60%~80%之間,序列深度多分布在70~200×的范圍;Unigene長(zhǎng)度分布集中在300~1 100 bp及大于2 000 bp范圍內(nèi)(圖2),其中400~500 bp長(zhǎng)度的基因分布最多,達(dá)到669 個(gè),占總數(shù)的8.00%左右。
圖1 菌株GC含量及測(cè)序深度分布圖Fig.1 GC Content and sequencing depth distribution
圖2 菌株Unigene長(zhǎng)度分布Fig.2 Unigene length distribution
將菌株測(cè)序數(shù)據(jù)與GO(Released November,2013)、COG(Released September,2015)、KEGG(Released April,2016)、NR(Released April,2016)、TCDB(Released April,2016)功能數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行BLAST比對(duì),同時(shí)使用antiSMASH(version 2.0.2)對(duì)基因組上已知次級(jí)代謝基因簇進(jìn)行預(yù)測(cè),對(duì)上述結(jié)果完成過濾(BLASTP,evalue≤1e-5),對(duì)于每一條序列的BLAST結(jié)果,均選取得分最高的比對(duì)結(jié)果(identity≥0%,coverage≥40%)進(jìn)行注釋。發(fā)現(xiàn)菌株基因組共有7 946 個(gè)基因得到成功比對(duì)注釋,占基因總數(shù)的95.38%,共有258 個(gè)基因在所有數(shù)據(jù)庫(kù)中得到注釋,占基因總數(shù)的3.10%;其中,在NR、GO、COG數(shù)據(jù)庫(kù)中得到功能注釋的基因較多,分別為7 903、5 358 個(gè)和5 720 個(gè),占基因總數(shù)的94.86%、64.31%及68.66%,而在TCDB數(shù)據(jù)庫(kù)中得到注釋的基因最少,僅有451 個(gè),占基因總數(shù)的5.41%,具體的菌株基因組功能注釋分布情況見圖3。
圖3 菌株基因功能注釋分布情況Fig.3 Database distribution of gene functional annotation from the strain
2.2.1 NR數(shù)據(jù)庫(kù)基因注釋分析
表1 菌株基因組NR數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)分析結(jié)果Table1 Results of BLAST with NR database
續(xù)表1
NR是一個(gè)非冗余的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)[24],通過BLAST軟件,將菌株FBKL4.005的基因序列翻譯為相應(yīng)的氨基酸序列,并與NR數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì),得到最終的注釋結(jié)果。菌株一共有7 903 個(gè)基因被注釋到,占基因總數(shù)的94.86%,其中菌株FBKL4.005拼接基因組在屬水平上與現(xiàn)有的鏈霉菌屬(Streptomyces sp.)基因組核酸序列相似性在57.50%左右,總體相似度最高;而在種水平上則與吸水鏈霉菌(S. hygroscopicus)具有14.82%最高相似性。
2.2.2 COG數(shù)據(jù)庫(kù)基因注釋分析
圖4 菌株基因組COG數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)分析結(jié)果Fig.4 COG functional classif i cation of maitake Unigenes
COG是由NCBI創(chuàng)建并維護(hù)的蛋白數(shù)據(jù)庫(kù),根據(jù)細(xì)菌、藻類和真核生物完整基因組的編碼蛋白系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系分類構(gòu)建而成[25]。利用BLAST軟件,將菌株FBKL4.005的翻譯得到的氨基酸序列,與COG數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì),完成相應(yīng)基因的功能注釋。從功能注釋分析結(jié)果可以看出(圖4),菌株FBKL4.005基因功能注釋結(jié)果總共可以分為25 類,其中具有一般功能預(yù)測(cè)的注釋結(jié)果最為豐富,共778 個(gè),占注釋基因總數(shù)的13.60%,其次是與物質(zhì)代謝密切相關(guān)的759 個(gè)轉(zhuǎn)錄注釋結(jié)果,占注釋基因總數(shù)的13.27%,而與碳水化合物轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝、氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)與代謝、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制等功能相關(guān)的基因也得到較多的注釋結(jié)果,分別為611、602 個(gè)和453 個(gè),此外還發(fā)現(xiàn)了302 個(gè)功能未知的基因,有待今后進(jìn)一步研究。
2.2.3 GO數(shù)據(jù)庫(kù)注釋分析
表2 菌株基因組GO功能分類Table2 Gene ontology classif i cation of the strain
GO是1988年由基因本體聯(lián)合會(huì)創(chuàng)立基因本體論數(shù)據(jù)庫(kù),能夠通過細(xì)胞學(xué)組件、生物學(xué)途徑、分子功能3 大分支數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)物種基因組進(jìn)行分類和準(zhǔn)確描述[26]。將菌株FBKL4.005翻譯氨基酸序列與GO數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì),對(duì)GO的不同分類比對(duì)結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì),得到菌株功能基因含量的分布情況(圖5)。菌株共有5 358 個(gè)基因在GO數(shù)據(jù)庫(kù)中被注釋到,在3 大類功能注釋數(shù)據(jù)下又可分為43 種功能注釋結(jié)果(表2),其中的細(xì)胞學(xué)組件類有10 個(gè)分支,共3 591 個(gè)基因注釋結(jié)果,菌株基因組與細(xì)胞、細(xì)胞組分功能組表現(xiàn)出最高相關(guān)性,各有1 514 個(gè);生物學(xué)途徑類注釋存在22 個(gè)分支,共10 615 個(gè),其中菌株基因組與代謝過程、細(xì)胞過程、生物調(diào)節(jié)、生物過程調(diào)控等功能組相關(guān)性較高,分別為3 161、2 677、993 個(gè)和979 個(gè);分子功能類有11 個(gè)分支共7 044 個(gè)相關(guān)性注釋結(jié)果,其中菌株基因組與催化活性、連接功能組相關(guān)性最高,分別為2 987 個(gè)和2 697 個(gè)。
圖5 菌株的功能基因含量分布情況Fig.5 Functional gene distribution of strain FBKL4.005
2.2.4 KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)注釋分析
KEGG建立于1995年,是全面分析基因表達(dá)產(chǎn)物在細(xì)胞中的代謝途徑及功能作用的重要參考,其中,最核心的便是KEGG PATHWAY數(shù)據(jù)庫(kù);通過數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì)查閱,可以快速方便地確定發(fā)揮某類功能相關(guān)的所有注釋基因[27-28]。本研究將菌株的氨基酸序列與KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì),對(duì)KEGG不同分類比對(duì)結(jié)果完成統(tǒng)計(jì),發(fā)現(xiàn)菌株基因組共有3 492 個(gè)基因得到注釋,占菌株基因總數(shù)的43.95%,碳水化合物、氨基酸以及脂肪代謝為菌株基因組最主要涉及的幾種代謝通路,分別有355、345 個(gè)和155 個(gè)基因注釋結(jié)果。
進(jìn)一步通過KEGG PATHWAY數(shù)據(jù)庫(kù)分析,確定菌株有179 個(gè)物質(zhì)代謝通路得到注釋,其中嘌呤代謝(93 個(gè))、糖酵解與糖異生作用(91 個(gè))、丁酸甲酯代謝(82 個(gè))、氨基苯甲酸酯降解代謝(79 個(gè))、脂肪酸代謝(78 個(gè))、精氨酸/脯氨酸代謝(76 個(gè))以及氨基糖/核苷酸糖代謝(75 個(gè))等通路與菌株基因組相比擁有較高的相關(guān)度(表3)。此外,通過比對(duì)結(jié)果的匯總還發(fā)現(xiàn)338 個(gè)與白酒特征風(fēng)味物質(zhì)產(chǎn)生通路、187 個(gè)與土腥味物質(zhì)代謝通路、87 個(gè)與環(huán)境污染物降解通路、74 個(gè)與大分子糖類物質(zhì)降解通路以及57 個(gè)與鏈霉素和新霉素等抗生素產(chǎn)生通路相關(guān)的基因;因此根據(jù)這些信息,初步推測(cè)該菌株在白酒釀造體系中可能與特征風(fēng)味產(chǎn)生有一定的關(guān)系,同時(shí)可能還具有一定的抗生素代謝功能和大分子物質(zhì)降解能力,為今后該菌株代謝功能的探究打下了基礎(chǔ)。
表3 菌株基因組KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)主要代謝通路分析Table3 Main metabolic pathways of the strain from KEGG database
2.2.5 TCDB數(shù)據(jù)庫(kù)注釋分析
TCDB是轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白分類數(shù)據(jù)庫(kù),包括離子通道的分類系統(tǒng),該數(shù)據(jù)庫(kù)提供了TC編號(hào)、描述信息和超過600 個(gè)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白家族的實(shí)例數(shù)據(jù);而轉(zhuǎn)移系統(tǒng)則以5 個(gè)級(jí)別進(jìn)行分類,每個(gè)級(jí)別都對(duì)應(yīng)于TC編號(hào)里的一個(gè)編號(hào),用以表示特定類型的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白質(zhì)[29]。研究中使用BLAST軟件,將菌株的氨基酸序列與TCDB數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì),分別得到TCDB一級(jí)分類統(tǒng)計(jì)結(jié)果與二級(jí)分類統(tǒng)計(jì)結(jié)果。其中從一級(jí)分類統(tǒng)計(jì)結(jié)果來看(表4),菌株基因組涉及到初級(jí)主動(dòng)運(yùn)輸以及電化學(xué)勢(shì)驅(qū)動(dòng)轉(zhuǎn)運(yùn)體功能的基因最多,分別為244 個(gè)與136 個(gè),初步表明了菌株FBKL4.005可能多以主動(dòng)運(yùn)輸、電化學(xué)轉(zhuǎn)運(yùn)的方式分泌和吸收各種物質(zhì);而從二級(jí)分類統(tǒng)計(jì)結(jié)果來看(圖6),與單向傳遞體、協(xié)同轉(zhuǎn)運(yùn)子、逆向轉(zhuǎn)運(yùn)子轉(zhuǎn)運(yùn)以及P-P磷酸化驅(qū)動(dòng)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白相關(guān)的基因最多,分別為211 個(gè)和136 個(gè),為菌株主要的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白系統(tǒng)。
表4 菌株TCDB數(shù)據(jù)庫(kù)一級(jí)分類統(tǒng)計(jì)結(jié)果Table4 First level classif i cation of the strain by TCDB database
圖6 菌株TCDB數(shù)據(jù)庫(kù)二級(jí)分類統(tǒng)計(jì)結(jié)果Fig.6 Second level classif i cation of the strain by TCDB database
2.2.6 菌株次級(jí)代謝基因簇分析
次級(jí)代謝產(chǎn)物是微生物在一定的生長(zhǎng)時(shí)期,以初級(jí)代謝產(chǎn)物為前體合成的一系列大分子生長(zhǎng)非必需物質(zhì);通過次級(jí)代謝基因簇注釋分析可以看出(表5),菌株基因組有關(guān)萜烯類物質(zhì)合成以及非核糖體肽合成酶的基因簇最多,各有5 個(gè),此外還發(fā)現(xiàn)了與芳香類化合物合成有關(guān)的基因簇,其中萜烯類物質(zhì)是醬香型白酒生產(chǎn)中鏈霉菌屬的主要代謝產(chǎn)物,與釀造過程中的土霉味產(chǎn)生密切相關(guān),同時(shí)在藥香型以及濃香型白酒中也均有該類物質(zhì)少量檢出[30-32],是白酒中與風(fēng)味形成有關(guān)的物質(zhì)之一;而芳香類化合物則同樣存在于各種香型的白酒中,同樣是構(gòu)成白酒風(fēng)味的重要成分[33]。
表5 菌株次級(jí)代謝基因簇分析Table5 Secondary metabolic gene clusters of the strain
本研究采用Illumina HiSeq第2代高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)分離自醬香大曲的具有耐高溫特性的鏈霉菌菌株FBKL4.005進(jìn)行全基因組測(cè)序,經(jīng)序列拼接組裝后,確定菌株基因組大小為9 454 406 bp,是一種GC含量高達(dá)73.03%的微生物類群,同時(shí)將整合基因組數(shù)據(jù)與GO、COG、KEGG、NR、TCDB等幾大基本數(shù)據(jù)庫(kù)的進(jìn)行比對(duì)分析,完成菌株基因組各方面功能的注釋及數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)工作,從分子生物學(xué)的角度探究了該菌株的生物學(xué)特性以及代謝功能機(jī)制。
總體而言,菌株FBKL4.005在基因上與鏈霉菌屬尤其是該屬下的吸水鏈霉菌具有最高的相似性,從功能預(yù)測(cè)的角度來看,COG數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì)結(jié)果顯示轉(zhuǎn)錄、碳水化合物、氨基酸代謝是菌株主要的功能預(yù)測(cè)結(jié)果;通過GO數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì),細(xì)胞、細(xì)胞組分、代謝過程、催化活性等注釋結(jié)果呈現(xiàn)出較高的相關(guān)性;利用KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)中的代謝通路分析手段,確定了菌株主要代謝通路的組成,發(fā)現(xiàn)多個(gè)與白酒特征風(fēng)味、土腥味、糖類物質(zhì)降解、鏈霉素和新霉素產(chǎn)生等代謝通路相關(guān)的基因;此外,對(duì)菌株轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白系統(tǒng)及次級(jí)代謝產(chǎn)物基因簇進(jìn)行了探究,從結(jié)果來看轉(zhuǎn)運(yùn)子轉(zhuǎn)運(yùn)、磷酸化驅(qū)動(dòng)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白系統(tǒng)主導(dǎo)的主動(dòng)運(yùn)輸、電化學(xué)轉(zhuǎn)運(yùn)為菌株運(yùn)輸物質(zhì)的主要方式,同時(shí)發(fā)現(xiàn)與白酒風(fēng)味、土腥味物質(zhì)代謝相關(guān)的基因結(jié)構(gòu)。而針對(duì)類似菌株,荊新云[34]也完成了全測(cè)序分析,獲得了全長(zhǎng)8 047 771 bp的基因組、7 570 個(gè)編碼基因以及23 個(gè)次生代謝產(chǎn)物基因簇,同時(shí)發(fā)現(xiàn)與其耐熱性相關(guān)普遍脅迫蛋白基因的拷貝數(shù)比一般鏈霉菌高。與耐高溫鏈霉菌4F相比,菌株FBKL4.005基因組更大、次生代謝基因簇較多,且發(fā)現(xiàn)了高溫鏈霉菌4F所沒有的風(fēng)味代謝相關(guān)基因,但其耐熱性基因卻未能有效證實(shí)。
研究針對(duì)醬香大曲中具有耐高溫特性的鏈霉菌菌株,采用全基因組測(cè)序技術(shù)對(duì)其生物學(xué)特性和代謝功能機(jī)制進(jìn)行探究,得到大量基因組學(xué)信息,為今后深入開展醬香大曲中耐熱性鏈霉菌代謝功能特征及相關(guān)機(jī)制的研究提供了重要的數(shù)據(jù)參考。