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        水稻OsMPK15的cDNA克隆和轉(zhuǎn)錄水平分析

        2018-06-29 06:47:00石佳楊丹丹葛慧雯杜京堯梁衛(wèi)紅
        生物技術(shù)通報(bào) 2018年6期
        關(guān)鍵詞:水稻植物

        石佳 楊丹丹 葛慧雯 杜京堯 梁衛(wèi)紅

        (河南師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,新鄉(xiāng) 453007)

        促分裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated protein kinase,MAPK)是一類(lèi)絲氨酸/蘇氨酸(Thr/Ser)蛋白激酶,普遍存在于哺乳動(dòng)物、高等植物和真菌等高等真核生物體內(nèi)[1]。MAPK的結(jié)構(gòu)和功能在進(jìn)化中都是高度保守的。由MAPK介導(dǎo)的細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)參與了包括細(xì)胞分裂、細(xì)胞分化以及多種脅迫應(yīng)答過(guò)程,并且MAPK還涉及激素介導(dǎo)的信號(hào)通路[2]。

        研究顯示,植物的MAPK家族參與了調(diào)控植物生長(zhǎng)發(fā)育的過(guò)程,包括配子形成、胚胎發(fā)育、形態(tài)發(fā)生、衰老、脫落、受精和種子的形成[3]。如MAPK家族可以作為受體樣激酶(Receptor-like kinase,RLKs)的下游信號(hào)分子參與調(diào)節(jié)植物的生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程,其中對(duì)擬南芥AtMPK3和AtMPK6研究較為深入,其能作為RLKs的下游信號(hào)分子參與調(diào)節(jié)植物生長(zhǎng)發(fā)育、細(xì)胞通訊過(guò)程[4-6]。有研究顯示,煙草MAPK級(jí)聯(lián)信號(hào)通路NPK1-NQK1-NRK1在調(diào)控細(xì)胞分裂中發(fā)揮重要的作用[7-9]。植物的MAPK還參與逆境脅迫以及激素信號(hào)應(yīng)答。如擬南芥MAPK級(jí)聯(lián)反應(yīng)中,AtMKK1或AtMKK2通過(guò)激活下游的AtMPK4,不僅調(diào)控水楊酸(Salicylic acid,SA)的積累、活性氧(Reactive oxygen species,ROS)的平衡,還對(duì)低溫、高鹽和機(jī)械損傷等非生物脅迫也能作出響應(yīng)[10-12]。

        水稻MAPK同樣參與了水稻的生長(zhǎng)發(fā)育、生物脅迫應(yīng)答和非生物脅迫應(yīng)答過(guò)程,有些MAPK與調(diào)控植物激素信號(hào)通路有關(guān),如OsMPK6的活性能被白葉枯病菌的侵染所激活,從而引起抗逆植物激素的積累,活化茉莉酸(Jasmonic acid,JA)和水楊酸信號(hào)通路,進(jìn)而上調(diào)抗病基因的表達(dá)量,增強(qiáng)植株局部對(duì)白葉枯病菌的抗性[13-14]。OsMPK5參與水稻對(duì)高鹽、干旱、紫外、臭氧、重金屬、高溫及低溫脅迫等幾乎所有非生物脅迫應(yīng)答過(guò)程[15-16];OsMEK1-OsMAP1級(jí)聯(lián)通路則廣泛參與了水稻的低溫脅迫應(yīng)答過(guò)程[17]。盡管許多MAPK參與水稻的生物與非生物脅迫應(yīng)答及生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程[2],但其生物學(xué)功能和作用機(jī)制仍有待深入研究。

        本實(shí)驗(yàn)室前期對(duì)水稻MAPK家族成員OsMPK14的研究顯示,該基因參與多種水稻非生物脅迫應(yīng)答過(guò)程[18],水稻功能未知基因OsMPK15與其同源性最高。為此,本研究擬克隆OsMPK15的cDNA編碼區(qū),并通過(guò)qRT-PCR技術(shù)檢測(cè)OsMPK15的表達(dá)特性,旨為后續(xù)的功能研究奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        水稻材料為粳稻品種日本晴(Oryza sativa L.

        japonica.cv. Nipponbare)??寺≥d體pEASY-T載體和高純度質(zhì)粒小提試劑盒購(gòu)自北京全式金有限公司,大腸桿菌(Escherichia coli)DH5α由河南師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院植物發(fā)育分子細(xì)胞生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室保存。TRIzol總RNA提取試劑、反轉(zhuǎn)錄試劑盒、熒光定量試劑盒 SYBR PrimeScript RT-PCR Kit、SYBR?Premix Ex TaqTM、限制性?xún)?nèi)切酶均購(gòu)自大連寶生物公司;植物激素脫落酸(Abscisic acid,ABA)、水楊酸、茉莉酸、聚乙二醇(Polyethylene glycol,PEG6000)、氯化鈉(Sodium chloride)、氨芐霉素(Ampicillin)購(gòu)于北京鼎國(guó)生物公司。

        1.2 方法

        1.2.1 水稻幼苗的種植及處理 取日本晴水稻種子若干置于小燒杯中,用75%的酒精消毒30 s,再用無(wú)菌水沖洗5-6次,每次沖洗1 min。用無(wú)菌水完全淹沒(méi)種子,浸泡1 h。將種子轉(zhuǎn)移至培養(yǎng)皿中,加入適量的水(不能完全淹沒(méi)種子),28℃黑暗培養(yǎng)2-3 d。待種子長(zhǎng)出幼芽后,采用人工氣候箱進(jìn)行培養(yǎng),培養(yǎng)條件為28℃、光照強(qiáng)度16 000 lx、光照時(shí)間為16 h/d。將水培生長(zhǎng)15 d的水稻幼苗轉(zhuǎn)移到培養(yǎng)皿中。待水稻幼苗適應(yīng)2 d后,分別用含有150 mmol/L NaCl(鹽脅迫)、30% PEG6000(模擬干旱脅迫)、100 μmol/L JA、100 μmol/L SA 和 100 μmol/L ABA的Yoshida培養(yǎng)液[19]處理水稻幼苗,處理方法參照張靜等[20]方法進(jìn)行。分別在處理0、3、6、9、12和24 h后取水稻幼苗的根組織適量,經(jīng)液氮速凍后,保存于-80℃超低溫冰箱中備用。

        1.2.2 水稻的大田種植及取材 試驗(yàn)田平整、浸泡作為苗床育苗,2014年5月1日將種子分散播種至苗床,加水淹沒(méi)苗床,2014年5月25日進(jìn)行分苗,在水稻生長(zhǎng)至幼穗期取其根、莖、葉、葉鞘、幼穗(生長(zhǎng)至1-2 cm、3-5 cm、5-8 cm)組織,液氮速凍后保存于-80℃冰箱。

        1.2.3 總RNA的提取和cDNA的合成 采用TRizon法提取上述組織的總RNA,經(jīng)快速電泳,檢測(cè)確認(rèn)后,按照反轉(zhuǎn)錄試劑盒說(shuō)明書(shū),配制反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)體系,制備cDNA。

        1.2.4 水稻OsMPK15的cDNA編碼區(qū)的克隆 以上述制備的水稻根組織的cDNA為模板,用根據(jù)水稻OsMPK15編碼框設(shè)計(jì)引物P1/P2,擴(kuò)增OsMPK15的cDNA編碼區(qū)。PCR反應(yīng)體系為cDNA 1 μL、上下游引物各 0.5 μL、dNTP 2.5 μL、5×Taq buffer 5 μL、Taq酶 0.5 μL,加 ddH2O 至終體積 50 μL;反應(yīng)程序?yàn)?95℃ 2 min ;95℃ 20 s,53℃ 20 s,72℃ 1 min,40個(gè)循環(huán);72℃ 5 min;4℃保存。以1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)PCR產(chǎn)物,采用快速瓊脂糖凝膠DNA回收試劑盒回收目的條帶。取3 μL回收產(chǎn)物與pEASY-T載體(含T4連接酶)連接后轉(zhuǎn)入大腸桿菌DH5α感受態(tài)細(xì)胞,將轉(zhuǎn)化產(chǎn)物涂布于含有100 μg/mL Ampicillin的LB固體培養(yǎng)基上,于37℃恒溫培養(yǎng)箱倒置過(guò)夜培養(yǎng)。挑取LB固體培養(yǎng)基的單克隆,接種至5 mL含有100 μg/mL Ampicillin的LB液體培養(yǎng)基中,37℃,200 r/min,震蕩培養(yǎng)過(guò)夜,雙酶切鑒定后測(cè)序。將測(cè)序獲得的OsMPK15的cDNA編碼區(qū)提交至 NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)進(jìn)行序列分析和同源檢索。采用DNAMAN軟件進(jìn)行序列比對(duì),繪制系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。引物(表1)均委托蘇州金唯智生物公司合成。

        表1 引物序列信息

        1.2.5 水稻OsMPK15不同組織中的表達(dá)分析 以組成型表達(dá)的OsActin1為內(nèi)參基因進(jìn)行實(shí)時(shí)定量熒光PCR檢測(cè),以反轉(zhuǎn)錄制備的各個(gè)組織樣品的cDNA為模板,采用P3/P4和P5/P6引物組合分別擴(kuò)增OsMPK15和OsActin1。熒光定量反應(yīng)體系為SYBR?Premix Ex TaqTM(2×)10 μL,上下游引物(10 μmol/L) 各 0.4 μL,ROX Reference Dye Ⅱ(50×)0.4 μL,cDNA 2 μL,加 ddH2O 至終體系 20 μL。使用ABI 7500 實(shí)時(shí)PCR儀(Applied Biosystems)進(jìn)行PCR擴(kuò)增。反應(yīng)采用兩步法PCR擴(kuò)增標(biāo)準(zhǔn)程序95℃30 s;95℃ 5 s;60℃ 30 s,40個(gè)循環(huán)。每個(gè)組織進(jìn)行3次重復(fù),采用2-△△Ct法分析結(jié)果,數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)采用Excel軟件,顯著性分析采用Spass v19.0軟件。

        1.2.6 OsMPK15對(duì)非生物脅迫和激素的響應(yīng)分析取經(jīng)過(guò)干旱、高鹽、激素處理的水稻幼苗根組織,以組成型表達(dá)的OsActin1為內(nèi)參基因,進(jìn)行OsMPK15的qRT-PCR分析,操作同1.2.5。

        2 結(jié)果

        2.1 水稻OsMPK15的cDNA編碼區(qū)的克隆

        以提取的總RNA反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA為模板,P1/P2為引物,擴(kuò)增得到1條約1 500 bp的特異性片段,與預(yù)期的OsMPK15序列的cDNA編碼區(qū)序列大小符合(圖1-A)。將上述PCR產(chǎn)物進(jìn)行膠回收,與pEASY-T載體連接。將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化大腸桿菌,篩選轉(zhuǎn)化子。挑取若干單菌落分別擴(kuò)大培養(yǎng),提取質(zhì)粒進(jìn)行雙酶切鑒定(圖1-B)。將篩選到的陽(yáng)性克隆進(jìn)行測(cè)序,測(cè)序結(jié)果顯示,通過(guò)RT-PCR技術(shù)克隆的OsMPK15序列與文獻(xiàn)推測(cè)的序列[21]一致,OsMPK15的cDNA編碼區(qū)長(zhǎng)1 497 bp,預(yù)期編碼498個(gè)氨基酸和1個(gè)終止密碼子。

        圖1 OsMPK15的cDNA編碼區(qū)的擴(kuò)增和克隆

        2.2 水稻OsMPK15的序列分析

        將OsMPK15的cDNA編碼區(qū)序列提交至NCBI,分析其編碼蛋白的保守結(jié)構(gòu)域,發(fā)現(xiàn)該蛋白在第13-304處的氨基酸對(duì)應(yīng)MAPK特有的絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶結(jié)構(gòu)域。利用DNAMAN軟件,對(duì)水稻MAPK家族E組的3個(gè)成員OsMPK13、OsMPK14和OsMPK15進(jìn)行比對(duì)(圖2),發(fā)現(xiàn)盡管構(gòu)成3種蛋白的氨基酸數(shù)目不同,但是序列同源性很高,尤其是N端序列相似性很高,其序列差異主要體現(xiàn)在C端;且絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶結(jié)構(gòu)域具有高度保守性,都具有TDY基序。其中OsMPK14和OsMPK15蛋白同源性達(dá)到82.87%。

        將OsMPK15蛋白質(zhì)序列提交至NCBI進(jìn)行BLAST檢索,選擇其中11種同源性較高的,來(lái)自花生、番茄、葡萄、卷柏、小麥、擬南芥、煙草、棉花及苜蓿的MAPK,采用DNAMAN軟件進(jìn)行多序列比對(duì)分析,結(jié)果(圖3)顯示,與水稻OsMPK15相似性最高的是小麥TaMPK2,同源性高達(dá)79.78%,提示二者可能是同源基因。

        圖2 水稻MAPK家族E組3個(gè)成員的氨基酸序列比對(duì)

        圖3 基于水稻OsMPK15與其他植物MAPK序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)

        2.3 OsMPK15在幼穗期水稻中的表達(dá)特性

        以組成型表達(dá)的OsActin1為內(nèi)參基因,通過(guò)熒光定量PCR檢測(cè)OsMPK15在幼穗期水稻根、莖、葉、葉鞘以及不同發(fā)育階段幼穗組織中的相對(duì)表達(dá)水平。結(jié)果(圖4)顯示,OsMPK15在水稻幼穗期所檢測(cè)的各組織中普遍表達(dá),但表達(dá)水平存在差異。其中在葉和葉鞘中的表達(dá)量顯著高于在其他組織中的表達(dá)量,是其他組織中表達(dá)量的4-6倍。

        2.4 激素對(duì)OsMPK15在幼苗根中表達(dá)的影響

        以JA、SA和ABA分別處理15 d的水稻幼苗,以水稻OsActin1作為內(nèi)參基因,采用qRT-PCR技術(shù)檢測(cè)OsMPK15在3種激素處理后的根中24 h之內(nèi)的表達(dá)變化。結(jié)果(圖5)顯示,OsMPK15對(duì)3種激素均有應(yīng)答,在檢測(cè)的24 h內(nèi),均出現(xiàn)表達(dá)水平上調(diào),而后恢復(fù)的趨勢(shì),但是表達(dá)峰值出現(xiàn)的時(shí)間不同,其中JA處理12 h后其表達(dá)上調(diào)了4倍,SA處理3 h后表達(dá)上調(diào)了4倍,ABA處理9 h后其表達(dá)上調(diào)了7倍,提示該基因?qū)@些激素的敏感度和應(yīng)答模式存在差異。

        圖4 OsMPK15在水稻幼穗期各組織中的表達(dá)

        2.5 非生物脅迫對(duì)OsMPK15基因表達(dá)的影響

        對(duì)水稻幼苗進(jìn)行模擬干旱和高鹽處理,采用實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)該基因在根中24 h之內(nèi)的表達(dá)變化,發(fā)現(xiàn)在模擬干旱的脅迫下,OsMPK15的表達(dá)量出現(xiàn)明顯上調(diào),在處理的12 h內(nèi)其表達(dá)量維持在0 h的3倍左右,隨后呈現(xiàn)下降趨勢(shì);在高鹽處理?xiàng)l件下,其表達(dá)量也有上調(diào),在9 h內(nèi)表達(dá)量逐漸上升,達(dá)到2倍后呈現(xiàn)下降趨勢(shì)(圖6)。結(jié)果表明,干旱和高鹽對(duì)OsMPK15的表達(dá)都有影響,但是相比之下,干旱對(duì)該基因表達(dá)的影響更為顯著。

        圖5 JA、SA和ABA激素處理對(duì)OsMPK15基因表達(dá)的影響

        圖6 干旱和鹽脅迫對(duì)OsMPK15表達(dá)的影響

        3 討論

        無(wú)論酵母還是動(dòng)植物的MAPK在進(jìn)化過(guò)程中都高度保守,具有相似的保守結(jié)構(gòu)。與動(dòng)物的細(xì)胞外調(diào)節(jié)蛋白激酶(Extracellular regulated protein kinases,ERK)相似,植物MAPK活性環(huán)上同樣具有TDY或TEY基序[21]。同樣,依據(jù)活性環(huán)上特殊基序TXY的種類(lèi)(TEY/TDY),將水稻MAPK劃分為A-F 7組,本研究通過(guò)RT-PCR技術(shù)克隆的OsMPK15序列與文獻(xiàn)推測(cè)的序列[22]一致,預(yù)期編碼的蛋白包含498個(gè)氨基酸,屬于E組成員。與之同屬E組的OsMPK13已被證實(shí)參與苯并噻二唑(Benzothiadiazole,BTH)誘導(dǎo)的水稻抗病反應(yīng)[23],OsMPK14在水稻的非生物脅迫與激素應(yīng)答調(diào)控過(guò)程中具有重要作用[22],但對(duì)OsMPK15的研究尚未見(jiàn)報(bào)道。

        不良的土壤條件如干旱、高鹽等是制約水稻產(chǎn)量的主要因素。已有研究顯示,MAPK在植物應(yīng)答多種非生物脅迫的過(guò)程中扮演了重要的角色。例如,在擬南芥中,低溫、高鹽、機(jī)械損傷等可以顯著提高AtMEKK1的轉(zhuǎn)錄水平[24];低溫、干旱、高滲、創(chuàng)傷等可以激活A(yù)tMPK4和AtMPK6的瞬時(shí)表達(dá)[25]。水 稻 中 OsMPK4、OsMPK5、OsMPK7、OsMPK8和OsMPK12等都可以被干旱、鹽或者溫度的變化而誘導(dǎo)表達(dá)[26-28]。為了研究非生物脅迫對(duì)水稻OsMPK15基因表達(dá)的影響,本研究模擬了干旱和高鹽脅迫,并利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)進(jìn)行了檢測(cè)。發(fā)現(xiàn)在干旱和鹽脅迫下,OsMPK15在根中的表達(dá)量均出現(xiàn)上調(diào)。相對(duì)于鹽脅迫,OsMPK15對(duì)干旱脅迫更敏感。有報(bào)道顯示,與OsMPK15同源性極高的OsMPK14和小麥TaMPK2均參與了非生物脅迫和激素的應(yīng)答調(diào)控過(guò)程[22]。已有研究顯示,外源ABA影響了多種植物MAPK基因的表達(dá)、蛋白的積累以及酶的活性,MAPK還參與了ABA介導(dǎo)的多種信號(hào)通路,包括氧化防御、保衛(wèi)細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和種子的萌發(fā)[29-32]。在擬南芥中,JA和SA可以誘導(dǎo)AtMPK6和AtMPK3的表達(dá)[33-34]。本研究發(fā)現(xiàn),OsMPK15對(duì)激素ABA、JA和SA均有響應(yīng),其中以ABA誘導(dǎo)OsMPK15表達(dá)上調(diào)幅度最大。鑒于ABA是植物逆境脅迫相關(guān)激素,OsMPK15對(duì)ABA處理產(chǎn)生高度的應(yīng)答反應(yīng),同樣暗示該基因可能參與了水稻的逆境脅迫應(yīng)答過(guò)程。本研究還發(fā)現(xiàn),OsMPK15的表達(dá)與實(shí)驗(yàn)室前期報(bào)道的OsMPK14基因的表達(dá)模式十分相似,但也存在顯著差異,如OsMPK14的表達(dá)在一定程度上受到干旱脅迫的抑制作用[18],這些結(jié)果說(shuō)明這兩種水稻MAPK與水稻的非生物脅迫應(yīng)答有密切聯(lián)系。此外,OsMPK15在幼穗期的水稻各組織中在葉和葉鞘中優(yōu)勢(shì)表達(dá),OsMPK14在水稻地上部分的表達(dá)受到光的負(fù)調(diào)控[18],提示它們也可能與水稻的光信號(hào)通路存在關(guān)聯(lián),值得進(jìn)一步的深入研究。

        本研究結(jié)果提示,水稻OsMPK15可能與水稻的非生物脅迫應(yīng)答、激素信號(hào)通路以及光信號(hào)通路有所關(guān)聯(lián),但其具體功能尚未見(jiàn)報(bào)道,應(yīng)答機(jī)制也有待研究。目前,實(shí)驗(yàn)室已通過(guò)CRISPR-Cas9基因組編輯技術(shù)構(gòu)建了OsMPK15敲除水稻,后續(xù)將開(kāi)展對(duì)OsMPK15與水稻非生物脅迫應(yīng)答、激素應(yīng)答、光信號(hào)通路關(guān)系的研究,以期對(duì)其功能開(kāi)展進(jìn)一步的分析鑒定,為揭示其在體內(nèi)的作用機(jī)制提供理論依據(jù)。

        4 結(jié)論

        克隆了水稻OsMPK15的cDNA編碼區(qū),發(fā)現(xiàn)該基因在不同組織中表達(dá)存在差異,能夠被ABA、SA、JA高度誘導(dǎo),同時(shí)受干旱和鹽脅迫影響,推測(cè)該基因可能與水稻的抗逆應(yīng)答過(guò)程密切相關(guān)。

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