潘君飛,彭麗云,趙春麗,王 曉,張梓浩,陳裕坤,賴鐘雄,劉生財(cái)
(福建農(nóng)林大學(xué)園藝植物生物工程研究所,福州 350002)
ARFs(Auxin response factors)是重要生長(zhǎng)素響應(yīng)因子,其編碼蛋白質(zhì)可與生長(zhǎng)素響應(yīng)基因啟動(dòng)子特定響應(yīng)元件結(jié)合,在植物器官不同發(fā)育時(shí)期表達(dá)調(diào)控,調(diào)節(jié)植物生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程[1-2]。李惠華等研究發(fā)現(xiàn) DlARF1、DlARF3、DlARF4、DlARF6、DlARF8、DlARF10、DlARF16和DlARF17在龍眼體胚發(fā)育各階段均有表達(dá)[3-4]。植物激素和外界環(huán)境因子對(duì)ARF基因功能發(fā)揮重要調(diào)控作用。Tian等研究發(fā)現(xiàn)擬南芥AtARF8受光誘導(dǎo)[5],林麗霞等研究發(fā)現(xiàn)外源生長(zhǎng)素IAA上調(diào)龍眼DlARF5a表達(dá)[6]。ARF6作為ARF基因家族一員,在其他高等植物中研究較少。唐雨微發(fā)現(xiàn)番茄SlARF6在莖和盛花期表達(dá)水平較高,SlARF6基因參與果實(shí)形成和發(fā)育過(guò)程[7]。此外,王飛燕等發(fā)現(xiàn)SlARF6明顯受GA3和2,4-D等外源激素負(fù)調(diào)控[8]。
莧菜(Amaranthus tricolor L.)屬石竹目莧科莧屬植物,具有營(yíng)養(yǎng)和藥用價(jià)值[9],是甜菜色素提取重要原料[10]。甜菜色素是抗氧化能力較強(qiáng)的天然植物色素。外源激素可影響植物生長(zhǎng)發(fā)育,調(diào)控次生代謝產(chǎn)物代謝過(guò)程[11]。ARF6基因受多種激素調(diào)控,影響植物生長(zhǎng)發(fā)育[12]。但有關(guān)ARF6是否響應(yīng)外源激素并影響植物幼苗生長(zhǎng)研究尚未見(jiàn)報(bào)道。因此,本研究根據(jù)莧菜轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)克隆1個(gè)莧菜生長(zhǎng)素應(yīng)答因子家族成員amaARF6,分析外源激素對(duì)莧菜幼苗處理下,amaARF6基因表達(dá)特征及其與莧菜形態(tài)間關(guān)系,旨在為研究amaARF6基因?qū)η{菜幼苗生長(zhǎng)和甜菜紅素合成調(diào)控機(jī)制奠定基礎(chǔ)。
本研究莧菜材料為‘大紅’花葉莧菜,由福建農(nóng)林大學(xué)園藝植物生物工程研究所提供。處理后莧菜材料取樣,液氮速凍并保存于-80℃冰箱。
1.2.1 莧菜總RNA提取及cDNA合成
多糖多酚總RNA提取試劑盒(購(gòu)自北京百泰克生物技術(shù)有限公司)提取莧菜幼苗總RNA,Gene RacerTM試劑盒和SYBR Ex ScriptTM逆轉(zhuǎn)錄試劑盒(TaKaRa)反轉(zhuǎn)錄為cDNA分別用于基因克隆和定量PCR分析。
1.2.2 amaARF6基因克隆
根據(jù)莧菜轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)(SRA:SSR924089~SSR924092),查找amaARF6基因序列片段,與NCBI登錄甜菜BvARF6基因序列比對(duì),找出保守區(qū),利用Primer5.0根據(jù)保守區(qū)設(shè)計(jì)3'-RACE和5'-RACE特異引物(見(jiàn)表1),以上述反轉(zhuǎn)錄cDNA為模板作巢式PCR反應(yīng),擴(kuò)增3'和5'末端序列。利用DNAMAN將所得序列片段拼接獲得amaARF6基因cDNA全長(zhǎng),設(shè)計(jì)ORF引物驗(yàn)證(見(jiàn)表1)。
按TaKaRa LA Taq說(shuō)明書(shū)作PCR擴(kuò)增,反應(yīng)條件為:94℃預(yù)變性2 min,94℃變性30 s,54~56℃退火30 s,72℃延伸1~3 min(根據(jù)目的片段大小決定),30個(gè)循環(huán),72℃延伸10 min。將目的條帶割膠純化回收,連接pMD18-T載體后轉(zhuǎn)化大腸桿菌,挑取PCR驗(yàn)證陽(yáng)性克隆菌液送北京六合華大基因科技股份有限公司測(cè)序。
表1 引物序列Table 1 List of primers used
1.2.3 生物信息學(xué)分析
DNAMAN7.0軟件對(duì)基因序列片段拼接及氨基酸序列推導(dǎo);利用在線軟件對(duì)該基因編碼蛋白作生物信息學(xué)分析;MEGA5.0軟件Neighbor-Joining(NJ)法構(gòu)建不同物種間ARF6蛋白系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)。
1.2.4 外源激素處理
水培法對(duì)‘大紅’花葉莧菜作外源激素處理。以MS不添加有機(jī)成分為基本營(yíng)養(yǎng)液并作對(duì)照,添加不同濃度IAA,IBA,2,4-D,GA3及PP333等外源激素處理。參照文獻(xiàn)[13]方法,激素質(zhì)量濃度梯度設(shè)置為IAA:0.5,1.0,1.5,2.0,2.5 mg · L-1;IBA和2,4-D:0.5,1.0,1.5,2.5 mg· L-1;GA3和PP333:0.1,0.5,1.0,1.5,2.0 mg · L-1。首先在培養(yǎng)皿底部墊3層濾紙,將各處理及對(duì)照營(yíng)養(yǎng)液倒入各培養(yǎng)皿中,直至濾紙完全濕潤(rùn),濾紙上均勻播種莧菜種子,每個(gè)培養(yǎng)皿30粒,每個(gè)處理重復(fù)3次,隨機(jī)排列。培養(yǎng)期間添加營(yíng)養(yǎng)液2次·d-1,參照文獻(xiàn)[14],培養(yǎng)7 d后莧菜幼苗拍照取樣。
1.2.5 qRT-PCR分析
以EF1a為內(nèi)參基因,根據(jù)克隆amaARF6基因cDNA全長(zhǎng)設(shè)計(jì)出特異引物(見(jiàn)表1),檢測(cè)不同處理下莧菜amaARF6基因表達(dá)量。熒光定量PCR反應(yīng)體系為20 μL,參照SYBR Premix Ex TaqTM試劑盒(TaKaRa),反應(yīng)條件為:95℃預(yù)變性30 s,95℃變性10 s,退火時(shí)間20 s(溫度根據(jù)引物Tm值適當(dāng)調(diào)整),72℃延伸12 s,40個(gè)循環(huán)。每個(gè)樣品設(shè)置3個(gè)生物學(xué)重復(fù),擴(kuò)增amaARF6基因和內(nèi)參基因,3次重復(fù)。基因相對(duì)表達(dá)量計(jì)算參照文獻(xiàn)[14]方法。
1.2.6 數(shù)據(jù)處理
運(yùn)用Excel 2010和DPS 14.10軟件作數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)和差異顯著性分析。
以‘大紅’花葉莧菜為材料,提取RNA并反轉(zhuǎn)錄為cDNA作為模板,通過(guò)莧菜試管開(kāi)花過(guò)程轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)信息篩選莧菜amaARF6基因cDNA片段,RACE技術(shù)及ORF驗(yàn)證作PCR擴(kuò)增,最終獲得莧菜amaARF6 cDNA全長(zhǎng)序列,命名為amaARF6(NCBI登錄號(hào):MG581459)。amaARF6基因全長(zhǎng)為3 758 bp,其中5'UTR 679 bp,3'UTR 359 bp,poly A尾長(zhǎng)24 bp,該基因開(kāi)放閱讀框?yàn)? 697 bp(見(jiàn)圖1),編碼898個(gè)氨基酸。
圖1 莧菜amaARF6基因cDNA全長(zhǎng)Fig.1 Full-length amaARF6 cDNA sequence of Amaranthus tricolor L.
利用ProtParam預(yù)測(cè)分析莧菜amaARF6基因編碼蛋白質(zhì)理化性質(zhì)。結(jié)果顯示,該蛋白分子式為C4447H6892N1244O1363S33,相對(duì)分子質(zhì)量為100.65 ku,等電點(diǎn)為5.88,屬于親水但不穩(wěn)定蛋白。根據(jù)NCBICDS在線分析工具分析amaARF6蛋白結(jié)構(gòu)域,該蛋白包括生長(zhǎng)素響應(yīng)因子結(jié)構(gòu)域和生長(zhǎng)素功能位點(diǎn)(見(jiàn)圖2)。通過(guò)MEME在線分析,莧菜motif與甜菜和擬南芥非常保守,說(shuō)明本研究獲得ARF6與甜菜、番茄和擬南芥ARF6功能相同(見(jiàn)圖3)。
圖2 NCBI中amaARF6蛋白氨基酸序列保守結(jié)構(gòu)域檢索Fig.2 Search for conserved domain of amaARF6 protein amino acid sequence by NCBI
圖3 與甜菜、番茄和擬南芥ARF6蛋白motif分析Fig.3 Motif analysis with BvARF6,SlARF6 and AtARF6 protein
在線分析工具Signal P4.1 Server預(yù)測(cè)莧菜amaARF6蛋白信號(hào)肽發(fā)現(xiàn),該蛋白無(wú)明顯信號(hào)肽,可能在胞質(zhì)中起作用。
利用在線分析軟件TMpred對(duì)莧菜amaARF6蛋白作跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),結(jié)果表明該蛋白不屬于跨膜蛋白,亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)表明該蛋白定位于葉綠體中。利用NetPhos 2.0 Serve在線磷酸化位點(diǎn)分析工具預(yù)測(cè)莧菜amaARF6蛋白磷酸化位點(diǎn),發(fā)現(xiàn)絲氨酸磷酸化在莧菜amaARF6蛋白中占主導(dǎo)地位(見(jiàn)圖4),推測(cè)絲氨酸磷酸化可能在莧菜amaARF6蛋白行使功能中有重要作用。二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)表明(利用在線分析工具PHD和SWISS-MODEL),amaARF6蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)以無(wú)規(guī)則卷曲結(jié)構(gòu)為主(見(jiàn)圖5~6)。
圖4 莧菜amaARF6蛋白磷酸化修飾預(yù)測(cè)Fig.4 Predicted phosphorylation sites in amino acid sequence of amaARF6
圖5 amaARF6蛋白序列二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)Fig.5 Secondary structure prediction of amaARF6
圖6 amaARF6蛋白三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)Fig.6 Three-dimensional structure prediction of amaARF6
為分析比較克隆獲得amaARF6基因與其他物種ARF6基因親緣關(guān)系,將擬南芥、甜菜、番茄、玉米等其他11種植物與莧菜amaARF6基因cDNA核酸序列推導(dǎo)的氨基酸序列作進(jìn)化樹(shù)分析(見(jiàn)圖7)。莧菜amaARF6蛋白與甜菜相似度最高,達(dá)100%,莧菜與甜菜同屬為石竹目,說(shuō)明ARF6蛋白在生物進(jìn)化過(guò)程中保守。此外,莧菜amaARF6蛋白與番茄相似度達(dá)98%,說(shuō)明莧菜amaARF6蛋白與番茄親緣關(guān)系較近。
圖7 ARF6基因系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)Fig.7 Phylogenetic tree for ARF6 gene
2.4.1 不同濃度生長(zhǎng)素處理對(duì)莧菜生長(zhǎng)和amaARF6基因表達(dá)影響
在IAA處理莧菜幼苗中,隨IAA濃度升高,amaARF6基因表達(dá)量整體呈先升后降趨勢(shì)。其中,當(dāng)IAA濃度為1.5 mg·L-1時(shí),amaARF6基因表達(dá)量最高,約為對(duì)照表達(dá)量3.1倍(見(jiàn)圖8)。在不同濃度IBA處理?xiàng)l件下,amaARF6基因表達(dá)量隨IBA濃度升高而逐漸上升,濃度為1.0 mg·L-1時(shí)略有下降(見(jiàn)圖8)。在2,4-D處理?xiàng)l件下,莧菜生長(zhǎng)明顯受抑制,根系生長(zhǎng)受抑制,莖段變短甚至彎曲,甜菜紅素累積也隨2,4-D濃度增加呈下降趨勢(shì)(見(jiàn)圖9);2,4-D處理下amaARF6基因表達(dá)量隨2,4-D濃度升高呈先升后降趨勢(shì),當(dāng)2,4-D濃度為0.5 mg·L-1時(shí),amaARF6基因表達(dá)量最高,約為對(duì)照5倍(見(jiàn)圖8)。此外,在2,4-D、IAA、IBA3種生長(zhǎng)素處理下,amaARF6基因表達(dá)均上調(diào)。
2.4.2 不同濃度GA3和PP333處理對(duì)莧菜生長(zhǎng)和amaARF6基因表達(dá)影響
在不同濃度GA3處理?xiàng)l件下,隨GA3濃度提高,莧菜莖段均逐漸伸長(zhǎng),甜菜紅素累積明顯受抑制(見(jiàn)圖10),amaARF6基因表達(dá)量呈先降后升再降趨勢(shì)變化(見(jiàn)圖11)。PP333處理?xiàng)l件下,莧菜莖段隨濃度升高而變短,甜菜紅素累積呈上升趨勢(shì)(見(jiàn)圖10),與GA3處理相反,可能因PP333抑制GA3作用;隨PP333濃度提高,amaARF6基因表達(dá)量也整體呈先降后升趨勢(shì)(見(jiàn)圖11)。但在GA3和PP333處理下,amaARF6基因表達(dá)均發(fā)生下調(diào),與2,4-D、IAA、IBA三種生長(zhǎng)素處理結(jié)果相反。
圖8 amaARF6基因在不同生長(zhǎng)素處理下表達(dá)趨勢(shì)Fig.8 Change of expression of amaARF6 gene under different auxin treatment
圖9 莧菜幼苗在2,4-D處理下生長(zhǎng)狀態(tài)Fig.9 Growth status of amaranth seedlings in 2,4-D treatment
圖10 莧菜幼苗在GA3和PP333處理下生長(zhǎng)狀態(tài)Fig.10 Growth status of amaranth seedlings in GA3and PP333treatment
圖11 amaARF6基因在GA3和PP333處理下表達(dá)趨勢(shì)Fig.11 Change of expression of amaARF6 gene under GA3and PP333treatment
本研究克隆獲得1個(gè)莧菜ARF6基因,命名為amaARF6。ARF是一個(gè)具保守域轉(zhuǎn)錄因子,有明顯序列特征[8]。生物信息學(xué)分析表明,莧菜amaARF6基因與其他ARF6基因有高度同源性,amaARF6蛋白包括生長(zhǎng)素響應(yīng)因子結(jié)構(gòu)域和生長(zhǎng)素功能位點(diǎn),均是ARF基因家族所特有序列特征[15];通過(guò)motif分析,莧菜ARF6 motif與甜菜、番茄和擬南芥motif結(jié)構(gòu)相近,說(shuō)明該轉(zhuǎn)錄因子功能系統(tǒng)較相似;進(jìn)化樹(shù)分析表明,莧菜amaARF6與甜菜BvARF6蛋白進(jìn)化距離最近,與其他物種相似性較高。表明新基因amaARF6是莧菜ARF家族基因成員,與其他植物ARF6基因功能相似。
植物生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程受激素調(diào)控,尤其是生長(zhǎng)素類物質(zhì)。甜菜色素對(duì)不同類型生長(zhǎng)素物質(zhì)和濃度響應(yīng)差別較大[16-18]。本研究發(fā)現(xiàn)2,4-D抑制莧菜幼苗生長(zhǎng)和甜菜紅素積累,與鄭學(xué)立研究結(jié)果一致[13]。鄭學(xué)立研究發(fā)現(xiàn)2,4-D影響甜菜紅素代謝通路中部分相關(guān)基因表達(dá),影響甜菜色素合成,但機(jī)理尚不清楚。本研究通過(guò)對(duì)莧菜幼苗中amaARF6基因定量表達(dá)分析后認(rèn)為,2,4-D可促進(jìn)莧菜幼苗中amaARF6基因表達(dá),尤其在低濃度條件下效果更顯著,使幼苗對(duì)2,4-D產(chǎn)生響應(yīng),影響甜菜色素代謝相關(guān)基因表達(dá)及甜菜色素代謝。amaARF6基因響應(yīng)方式及是否影響甜菜色素代謝相關(guān)基因表達(dá)還需進(jìn)一步驗(yàn)證。王飛燕等研究發(fā)現(xiàn),外源激素2,4-D在一定濃度條件下可抑制番茄果實(shí)發(fā)育過(guò)程中ARF6表達(dá)[8],與本研究結(jié)果不同,可能是材料遺傳背景差異較大或發(fā)育時(shí)期不同導(dǎo)致。
Zhao等研究表明,IAA對(duì)鹽地堿蓬愈傷組織色素含量無(wú)顯著影響[19],本研究發(fā)現(xiàn)IAA和IBA對(duì)莧菜幼苗生長(zhǎng)及甜菜紅素積累無(wú)顯著影響。另外,amaARF6積極響應(yīng)IAA和IBA調(diào)控,不同濃度IAA和IBA處理下均在濃度1.0 mg·L-1時(shí)輕微抑制。
以上3種生長(zhǎng)素處理下,amaARF6基因均存在上調(diào)現(xiàn)象,推測(cè)amaARF6基因可能具備ARF家族正調(diào)控因子表達(dá)特征和功能,影響不同發(fā)育或代謝過(guò)程中相關(guān)基因表達(dá)。
GA維持黑暗條件下暗形態(tài)建成[20],可能間接抑制甜菜紅素合成。Kinsman等研究報(bào)道,莧菜幼苗中甜菜紅素含量在GA存在條件下減少[16],與本研究結(jié)果一致。赤霉素信號(hào)途徑和生長(zhǎng)素運(yùn)輸相關(guān)[21]。生長(zhǎng)素可有效促進(jìn)赤霉素合成途徑各種相關(guān)基因轉(zhuǎn)錄[22],同時(shí),赤霉素促進(jìn)生長(zhǎng)素運(yùn)輸[23],與本研究GA3處理促進(jìn)莧菜莖段伸長(zhǎng)一致。PP333處理下,莧菜生長(zhǎng)、甜菜紅素累積趨勢(shì)及amaARF6基因表達(dá)量均與GA3相反,因此推測(cè)amaARF6基因可能參與調(diào)控莧菜幼苗生長(zhǎng)和甜菜紅素合成。唐雨微研究發(fā)現(xiàn)番茄ARF基因家族有SlARF6A和SlARF6B兩個(gè)成員[7],本研究amaARF6基因表達(dá)量在GA3和PP333處理下均下調(diào),因此推測(cè)外源激素GA3和PP333處理影響生長(zhǎng)素響應(yīng)因子amaARF6其他成員表達(dá),影響內(nèi)源生長(zhǎng)素信號(hào)傳導(dǎo)莧菜生長(zhǎng)及色素合成。amaARF6基因表達(dá)與莧菜中甜菜紅素合成關(guān)系尚待深入研究。
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