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        環(huán)狀RNA與心血管疾病

        2018-06-09 07:11:42,,2*
        中南醫(yī)學科學雜志 2018年3期
        關(guān)鍵詞:小鼠

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        (1.中南大學湘雅藥學院藥理學系,湖南 長沙410078;2.心血管研究湖南省重點實驗室)

        1976年首次發(fā)現(xiàn),一些植物的類病毒由單鏈共價閉合的RNA分子構(gòu)成[1],提示存在環(huán)狀RNA(circular RNA,circRNA)。隨后Hsu等[2]在電子顯微鏡下觀察到人HeLa細胞質(zhì)中也存在circRNA。由于circRNA的表達量很低,一度被視為是RNA異常剪接的產(chǎn)物,沒有受到重視。直到陸續(xù)發(fā)現(xiàn)circRNA廣泛存在于各種不同的后生動物(例如人、小鼠、斑馬魚、線蟲、果蠅以及植物)[3],才逐漸意識到其可能具有重要的生理功能。circRNA在不同的組織器官中均有分布,十分穩(wěn)定,不易降解,在進化過程中保守性強[4]。circRNA在基因表達調(diào)控方面發(fā)揮著重要作用,也是人類疾病的重要標志物。

        1 circRNA概述

        circRNA是一類不具有5′末端帽子和3′末端poly(A)尾巴,由共價鍵形成閉環(huán)結(jié)構(gòu)的RNA分子[5]。經(jīng)典的RNA檢測方法只能分離具有多聚腺苷酸尾(polyA)結(jié)構(gòu)的線性RNA分子[6]。不同于線性RNA分子,circRNA不具有poly(A)尾巴,長久以來大多數(shù)circRNA都隱藏在轉(zhuǎn)錄組多聚腺苷酸化RNA分析的“雷達偵測”之下[7]。近來,為了在基因組水平鑒定circRNA,研究者提取總RNA之后,同時去除核糖體RNA和線性RNA,富集circRNA進行測序,從而檢測到更多種類的circRNA。circRNA的調(diào)控作用貫穿基因調(diào)控的全過程,從mRNA轉(zhuǎn)錄、剪接到RNA降解和翻譯。目前應用最廣泛的篩選circRNA的方法主要有2種,包括高通量測序和芯片分析。

        2 circRNA的生物合成與分類

        circRNA由線性RNA反向剪接而來,主要來自蛋白質(zhì)編碼基因的外顯子,也可由內(nèi)含子區(qū)、非翻譯區(qū)、基因間的基因座和已知轉(zhuǎn)錄本的反義序列得來[7]。

        根據(jù)其來源主要分為3類:

        (1)外顯子環(huán)狀RNA(Exonic circRNAs,ecircRNA)。Jeck等人[4]提出ecircRNA主要通過兩種模式形成:第1種是套索驅(qū)動環(huán)化,通過外顯子跳讀所介導。第2種是內(nèi)含子配對驅(qū)動環(huán)化,直接反向剪接而來。在此機制中,外顯子上下游的側(cè)翼內(nèi)含子序列中包含反向重復ALU元件,介導ecircRNA的形成[8]。除了ALU元件之外,成環(huán)外顯子側(cè)翼內(nèi)含子序列中還富集著反向互補配對序列(reverse complementary matches,RCMs),影響circRNA的產(chǎn)生,雙鏈RNA蛋白酶參與該過程,并且敲低基因編輯基因ADAR(adenosine deaminases acting on RNA)1后,ecircRNA的表達顯著增加[5]。

        此外,RNA結(jié)合蛋白也可介導ecircRNA的形成。 RBM20是一種RNA結(jié)合蛋白,可涉及多種心臟特異性基因的編輯過程,包括Titin基因。Titin基因的I-band區(qū)可形成許多ecircRNA,其中一些ecircRNA可以動態(tài)調(diào)控擴張型心肌病, RBM20突變會影響該區(qū)域ecircRNA的形成,誘導心肌病的發(fā)生[9]。 RNA結(jié)合蛋白FUS參與RNA的許多生物合成過程,可以與ecircRNA反向剪接位點兩側(cè)的內(nèi)含子結(jié)合,調(diào)控ecircRNA的產(chǎn)生[10]。

        (2)外顯子-內(nèi)含子環(huán)狀RNA(exonic-introniccircRNA,EIcircRNA)。EIcircRNA與ecircRNA的形成機制相同,外顯子成環(huán)后,還有內(nèi)含子保留在外顯子之間,這樣的circRNA被稱為 EIcircRNA。 EIcircRNA主要在細胞核內(nèi)與U1snRNP相互作用,順式調(diào)控其親本基因的轉(zhuǎn)錄[11]。

        (3)內(nèi)含子環(huán)狀RNA (circular intronic RNA,ciRNA)。CiRNA僅僅由內(nèi)含子組成,其生物合成依賴于一個共有基序,該基序包括5′剪接位點附近的一個7nt的富含GU的元件和分支點附近的一個11nt的富含C端的元件。大多數(shù)ciRNA存在于細胞核內(nèi),與細胞質(zhì)circRNA有不同的作用方式。CiRNA不與miRNA結(jié)合發(fā)揮“海綿作用”,但也會影響基因的轉(zhuǎn)錄過程。如基因ankrd52的內(nèi)含子形成ci-ankrd52,大量富集于ankrd52的轉(zhuǎn)錄起始位點,正向調(diào)控RNA聚合酶II的功能,有效促進ankrd52的轉(zhuǎn)錄[12]。

        3 circRNAs的作用機制

        3.1充當“miRNA海綿” microRNAs(miRNA)是小非編碼RNA分子,一般長度為20~25 nt,通過介導靶基因降解或限制靶基因翻譯,從而抑制靶蛋白的表達[13]。circRNA可發(fā)揮競爭性內(nèi)源RNA(competitive endogenous RNA,CeRNA)作用,競爭性結(jié)合miRNA,解除miRNA對其靶基因的抑制作用,反過來促進靶基因的表達[14-15]。因此,miRNA分子海綿作用是circRNA最重要的作用機制之一[16-19]。circRNA與mRNA在細胞質(zhì)中競爭性與miRNA結(jié)合,影響基因的調(diào)控[4]。

        CiRS-7/CDR1as是小腦退行性相關(guān)肽(CDR1)基因的反義轉(zhuǎn)錄本[20],與miR-7(包括miR-7a和miR-7b)有超過70個保守結(jié)合位點,可作為分子海綿有效抑制miR-7活性。CiRS-7/CDR1as穩(wěn)定富集在細胞質(zhì)中,導致miR-7不能作用于靶基因,使靶基因表達水平增高[17]。除了ciRS-7,還有一些circRNA可作為有效的“miRNA海綿”,如circ-SRY與miR-138在小鼠有18個結(jié)合位點,可是兩者在人體中卻不結(jié)合[16]。此外,在食管鱗癌組織中,circ-ITCH可以與親本基因ITCH競爭性結(jié)合miR-214、miR-7和miR-20a,促進其靶基因ITCH的表達[21]。circ-HIPK3來源于HIPK3基因的2號外顯子,與9個不同的miRNA共有18個結(jié)合位點,能抑制多個miRNA的活性來調(diào)控細胞增殖[22]。

        3.2調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄盡管大多數(shù)circRNA存在于細胞質(zhì),部分circRNA在細胞核內(nèi)也能檢測到。RNA ciankrd52,ci-mcm5和ci-sirt7在細胞核內(nèi)聚集不含有miRNA反應元件。敲低豐度最高的ci-ankrd52導致線性mRNA ankrd52顯著下調(diào),但對其他上游和下游基因沒有影響,表明ciRNA順式調(diào)控其親本基因的表達。CiRNAs和Pol II的延伸復合物之間存在相互作用,這可能是ciRNAs調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄的潛在機制[12]。

        circRNA調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄的另一個機制是與U1snRNP直接且穩(wěn)定地相互作用[23]。在EIciRNA中,保存的內(nèi)含子有一個U1snRNP結(jié)合位點。使用RNA-DNA雙熒光原位雜交發(fā)現(xiàn)EIciRNA,U1 snRNP,Pol II和宿主基因啟動子之間存在多重相互作用。盡管circRNA會干擾其同源線性mRNA的形成,一旦生成EIciRNA,它們可以反過來增加自身以及相應線性轉(zhuǎn)錄本的表達[11]。

        3.3調(diào)控蛋白質(zhì)生成circRNA可以與Pol II和AGO蛋白相互作用,充當?shù)鞍渍{(diào)控者,影響蛋白質(zhì)的定位、種類和儲存RNA結(jié)合蛋白(RNA binding proteins, RBP)[24]。circMbl擁有剪切因子muscleblind(MBL)結(jié)合位點,通過與MBL結(jié)合反過來調(diào)控circMbl的形成,這是一種復雜的蛋白質(zhì)自身調(diào)節(jié)機制[25]。circ-Foxo3能與蛋白質(zhì)CDK2 和P21結(jié)合,形成三元復合體,調(diào)控細胞周期進程[26]。

        3.4翻譯蛋白質(zhì)circRNA自被發(fā)現(xiàn)以來一直被定義為非編碼RNA。事實上,大多數(shù)circRNA來源于蛋白編碼序列和開放閱讀框,并且存在于細胞質(zhì)中,因此早有研究者懷疑circRNA可能翻譯蛋白質(zhì)。1995年就有文獻報道,某些circRNA擁有內(nèi)部核糖體插入位點(internal ribosome entry site,IRES),可以進行翻譯[27]。構(gòu)建一個包含IRES的circRNA轉(zhuǎn)染到細胞中,可以翻譯出功能性蛋白質(zhì)[28]。circ-FBXW7是抑癌基因FBXW7的第 3、4 外顯子環(huán)化形成的一個circRNA,可翻譯一個185氨基酸大小的蛋白質(zhì)-FBXW7-185aa。FBXW7通過泛素化途徑調(diào)控原癌基因c-Myc的穩(wěn)定性,而FBXW7-185aa可以協(xié)同母基因FBXW7,降低c-Myc的蛋白表達,促進c-Myc的泛素化降解,從而抑制膠質(zhì)瘤的發(fā)生[29]。這些研究打破了“circRNA屬于非編碼RNA”的傳統(tǒng)認識。

        最近有研究表明,circRNA即使沒有IRES和翻譯時所需的特定序列(“帽子”結(jié)構(gòu)和poly-A“尾巴”),也能翻譯成蛋白質(zhì)[30]。然而,外源性circRNA可以進行翻譯,卻還沒有證據(jù)表明內(nèi)源性circRNA也能進行翻譯。

        3.5調(diào)控蛋白質(zhì)翻譯一些ecircRNA有翻譯起始密碼子序列,使得線性轉(zhuǎn)錄本不能產(chǎn)生蛋白質(zhì),導致終產(chǎn)物表達下調(diào)。這種調(diào)控作用成為“基因陷阱”(mRNA traps),即circRNA調(diào)控蛋白質(zhì)的翻譯不是通過自身翻譯蛋白質(zhì),而是經(jīng)由阻斷其他蛋白質(zhì)的形成。在人成纖維細胞中,34%單個環(huán)狀外顯子包含起始密碼子,表明circRNA作為“基因陷阱”的廣泛作用[24]。

        4 circRNA與心血管疾病

        心血管疾病時circRNA變化情況如表1所示。對circRNA在心血管疾病中的作用的了解還很有限,研究其在心血管疾病中的作用可能揭示新的發(fā)病機制,繼而發(fā)現(xiàn)治療心血管疾病的新策略。

        Wilson等[39]對14例人類心臟組織,25例小鼠心臟組織以及28天時間序列跨度的人類胚胎干細胞分化的心肌組織中的circRNA進行了RNA深度測序,分別在人和小鼠中發(fā)現(xiàn)了15 318個和3 017個心臟circRNA。這些circRNA的表達量與其同源線性RNA的表達量一致,含量最高的circRNA所對應的基因也是心肌組織特異性的基因,比如titin,RYR2和DMD基因。含量最豐富的circRNA為circSLC8A1-1。Titin基因?qū)哌_402種不同的circRNA。心血管系統(tǒng)中的circRNA及其功能如表2所示。

        表1 心血管疾病時環(huán)狀RNA變化情況

        4.1 circRNA與心肌梗死在心肌梗死小鼠心肌或低氧處理的心肌細胞中, Cdr1as和miR-7a均上調(diào)[40]。 Cdr1a在小鼠心肌細胞中過表達促進細胞凋亡,然而miR-7a過表達可逆轉(zhuǎn)此過程[40]。特異性蛋白1(Specific protein 1,SP1)和聚腺苷酸二磷酸核糖聚合酶(poly ADP-ribose polymerase,PARP)都是miR-7a的靶點,而PARP和SP1過表達可以抑制缺氧條件下miR-7a誘導的細胞凋亡減少[40]。此外,Cdr1as在體內(nèi)過表達增加了心肌梗死面積,PARP和SP1的表達也上調(diào),然而miR-7a過表達能逆轉(zhuǎn)這些變化[40]。

        表2 心血管系統(tǒng)中的circRNA及其功能

        circRNA是共價閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu),比其線性轉(zhuǎn)錄本更加穩(wěn)定。由于缺乏自由端,circRNA能抵抗RNA核酸外切酶和RNase R,不易降解,可作為疾病診斷的標志物。Vausort等[41]檢測了急性心肌梗死患者和健康人外周血中circRNA,通過生物信息學分析,確定了一種心肌梗死相關(guān)的circRNA-MICRA(myocardial infarction-associated circular RNA)。MICAR主要由染色體15q22上的鋅指蛋白609(ZNF609)基因的外顯子1形成,長874 nt。心肌梗死患者外周血中MICRA的表達水平比健康人明顯要低。MICRA水平較低的患者發(fā)生左心室功能障礙的風險比較高,提示MICRA是左心室功能障礙有力的預測指標。

        4.2 circRNA與心衰miR-223是心肌肥大的陽性調(diào)節(jié)因子。含胱冬肽酶富集功能域的凋亡抑制因子(apoptosis repressor with CARD,ARC)是miR-223的下游靶點;ARC轉(zhuǎn)基因小鼠心肌肥大反應降低。心臟相關(guān)環(huán)狀RNA(heart related circular RNA,HRCR)是最近報道的一種心臟circRNA,充當miR-223“海綿”,直接結(jié)合miR-223,抑制miR-223活性,從而增加ARC表達[43]。HRCR在心肌細胞和小鼠過表達均呈現(xiàn)減弱的心肌肥大反應。這些發(fā)現(xiàn)揭示了一個由circHRCR、miR-223和ARC組成的新的心臟肥大/心衰調(diào)控通路和治療靶標[43]。

        Werfel等[55]用去除核糖體RNA的方法建庫進行RNA測序,分析了人、小鼠和大鼠不同發(fā)育階段或生理病理狀態(tài)下心臟circRNA的表達情況,發(fā)現(xiàn)人類心肌組織中circRNA的總體表達量要比大鼠和小鼠高。大鼠分為新出生大鼠組和成年大鼠組,兩組間Slc8a1、Ttn、Eya3、Scmh1等基因?qū)腸ircRNA表達有顯著差異。人和小鼠分為心衰組和非心衰組,研究發(fā)現(xiàn)兩物種心衰組circRNA的數(shù)目與種類均高于非心衰組,例如Slc8a1和Ttn基因?qū)腸ircRNA在心衰組表達顯著增加。特別地,蘭尼堿受體2(ryanodine receptor 2,RYR2)基因存在于人的心臟組織中,對應的circRNA亞型超過100種??傊琧ircRNA與心臟生理病理過程密切相關(guān),尤其是幾個差異表達的circRNA分子對應的基因如Slc8a1、Ttn、RYR2、Eya3等,可作為進一步研究心衰的理想候選基因。

        4.3 circRNA與動脈粥樣硬化動脈粥樣硬化的易感性與INK4/ARF基因座附近的染色體9p21.3 單核苷酸多態(tài)性相關(guān),而 INK4/ARF基因的表達能夠被多梳家族蛋白(Polycomb-group proteins,PcG)所抑制。cANRIL是INK4/ARF的環(huán)狀反義轉(zhuǎn)錄物,染色體 9p21.3 對動脈粥樣硬化易感性的影響主要通過cANRIL對PcG特異性的募集所實現(xiàn)[44]。

        長鏈非編碼RNA(lncRNA)ANRIL(CDKN2B-AS1)位于9號染色體短臂p21區(qū)域(9p21),這個區(qū)域是人類動脈粥樣硬化疾病相關(guān)的重要基因座[56]。LncANRIL表達增加導致動脈粥樣硬化易感[57],而線性linANRIL可以形成circRNA。進一步研究發(fā)現(xiàn)ANRIL基因外顯子形成的circRNA形式多樣,其中外顯子5、6、7所形成的circRNA表達量最高,研究者將該circRNA定義為cANRIL[45]。核糖體生物合成因子PES1(pescadillo homologue 1)在核仁中參與60S核糖體亞基的組裝合成過程[58]。cANRIL結(jié)合PES1的C-末端富含賴氨酸的結(jié)構(gòu)域,從而損害血管平滑肌細胞和巨噬細胞中核酸外切酶介導的前體rRNA加工和核糖體生物發(fā)生。circANRIL誘導核仁應激和p53激活,導致人血管平滑肌細胞凋亡,抑制細胞增殖,這是動脈粥樣硬化的關(guān)鍵細胞功能。這些發(fā)現(xiàn)表明,circANRIL參與調(diào)控核糖體的生物合成,在動脈粥樣硬化中起關(guān)鍵作用[45]。

        4.4 circRNA與冠心病趙振舟等[34]芯片篩選冠心病患者和健康人外周血中差異表達的circRNA,發(fā)現(xiàn)兩組共有22個circRNA有差異性表達,其中在冠心病患者血液中表達上調(diào)的有12個,表達下調(diào)的有10個。進一步研究發(fā)現(xiàn)hsa_circ_0124644在冠心病患者外周血中特異性和敏感度相對較高,可作為冠心病的診斷標志物。

        4.5 circRNA與糖尿病心肌病糖尿病引起心肌結(jié)構(gòu)和功能改變,心臟肥大和心肌纖維化[59-60]。唐春梅等[32]用circRNA芯片檢測糖尿病小鼠心肌組織中circRNA的表達譜,共發(fā)現(xiàn)76個circRNAs表達有顯著差異,其中45個表達上調(diào),31個表達下調(diào)。研究者選取了表達顯著上調(diào)的circRNA_000203進行研究,發(fā)現(xiàn)circRNA_000203與miR-26b-5p有兩個結(jié)合位點,在心肌成纖維細胞中過表達circRNA_000203,引起miR-26b-5p的下游靶點纖維化相關(guān)基因Col1a2和CTGF的表達上調(diào),纖維細胞標志物α-SMA的表達也增加,提示circRNA_000203能促進心肌成纖維細胞向肌成纖維細胞的轉(zhuǎn)化。因此,circRNA_000203也許是糖尿病心肌病心肌纖維化的治療新靶點。

        5 展 望

        心血管疾病是全球死亡率最高的疾病,其治療與預后是一個重大難題。除了常規(guī)的治療方式,目前基于基因的診療技術(shù)為治療心血管疾病提供了新視角。采用疾病特異性相關(guān)的反義miRNA分子來抑制疾病,已進入臨床試驗階段。在分子水平上,對miRNA的反義核苷酸鏈進行化學修飾可提高miRNA與細胞的親和力,使其更有效地到達治療靶點。而LNA-GapmeRs技術(shù)直接靶向lncRNA,與目標lncRNA結(jié)合后可迅速激活核糖核酸內(nèi)切酶(RNase H),降解lncRNA。

        不同于miRNA和lncRNA,circRNA能抗核酸外切酶從而可在體內(nèi)穩(wěn)定存在,因此更具有潛力成為基因治療的新工具。circRNA可充當“分子海綿”,與某個特定的miRNA結(jié)合,從而抑制靶基因的表達。已有報道證實在體外人工合成的circRNA分子可靶向與丙型肝炎病毒密切相關(guān)的miR-122,進而抑制丙型肝炎病毒復制和病毒蛋白的形成,緩解疾病進展[61]。circRNA還可通過調(diào)控基因表達,蛋白質(zhì)翻譯和生成等機制發(fā)揮作用。因此人工合成的circRNA也可能以靶基因或蛋白質(zhì)為靶點,直接作用于疾病。近年來亦有研究發(fā)現(xiàn)一些circRNA可通過不同途徑調(diào)控心血管疾病的相關(guān)信號通路,還有許多circRNA在心血管疾病的血漿、組織與細胞中表達差異較大,這些circRNA也可能參與疾病的發(fā)生發(fā)展過程。然而,現(xiàn)在對circRNA生物學功能的研究還有待深入,對其生物合成和降解過程也了解有限。進一步理解circRNA在心血管疾病發(fā)生發(fā)展中的作用機制,有助于人們更好地開發(fā)出基于circRNA的診斷和治療工具。

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