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立克次體目(Rickettsiales)無(wú)形體科(Anaplasmataceae)無(wú)形體屬(Anaplasmas)立克次體能夠引起人類和動(dòng)物急慢性傳染病,病原通過(guò)吸血節(jié)肢動(dòng)物叮咬人和動(dòng)物傳播,野生哺乳動(dòng)物是無(wú)形體的主要宿主。無(wú)形體屬中邊緣無(wú)形體(A.marginale)、中心無(wú)形體(A.centrale)、嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體(A.phagocytophilum)、牛無(wú)形體(A.bovis)和綿羊無(wú)形體(A.ovis)能感染哺乳動(dòng)物,引起無(wú)形體病[1-2]。1932年,嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體被確立為動(dòng)物致病原,1990年美國(guó)首次發(fā)現(xiàn)人類病例[3],之后人發(fā)病率在美國(guó)銳增,歐洲國(guó)家也發(fā)現(xiàn)了嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體感染。1997年以來(lái),已經(jīng)多次證實(shí)中國(guó)東北部和西北部的蜱、嚙齒動(dòng)物和家畜中存在嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體,包括黑龍江、吉林、新疆以及內(nèi)蒙古[4-7]。2006年安徽省廣德縣發(fā)生一起醫(yī)院感染,一些接觸嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體感染患者的醫(yī)護(hù)人員和患者家屬發(fā)病[8],其它部分省份也有疑似病例發(fā)生[9-10]。在中國(guó)北部、南部和西南部已經(jīng)發(fā)現(xiàn)反芻動(dòng)物中邊緣無(wú)形體、中心無(wú)形體、血小板無(wú)形體(A.platys)、牛無(wú)形體和綿羊無(wú)形體流行[5,11-13]。2014年,在黑龍江省不明原因發(fā)熱病人血中檢測(cè)到與A.centrale相似但不同的新立克次體核酸,并分離到病原體,命名為山羊無(wú)形體(A.capra)[14]。2008-2011年,本研究在浙江省部分山區(qū),采集嚙齒動(dòng)物肝脾和家畜全血,采用巢式PCR擴(kuò)增無(wú)形體屬16S rRNA基因并測(cè)序,鑒定嚙齒動(dòng)物和家畜中存在的無(wú)形體種屬,分析其16S rRNA基因變異。
1.1調(diào)查地點(diǎn) 調(diào)查點(diǎn)設(shè)在安吉(N30.68、E11968)、天臺(tái)(N29.15、E121.03)、金華(N29.12、E119.64)、磐安(N28.84、E120.32)4個(gè)縣、市的山區(qū)和丘陵地帶,每個(gè)縣、市選擇3個(gè)調(diào)查點(diǎn)。調(diào)查時(shí)間為2008-2011年。
1.2樣本采集 浙江省蜱活動(dòng)的高峰季節(jié)是3-4月,另一個(gè)較小活動(dòng)高峰季節(jié)是8-12月。3月和4月采集牛和山羊全血,共53只牛和58只山羊,磐安縣未采集牛羊標(biāo)本。8-12月捕獲452只嚙齒動(dòng)物,捕獲工具除磐安縣用鼠籠外,其余縣市用鼠夾?,F(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行鼠種鑒定,嚙齒動(dòng)物包括社屬、黑線姬鼠、青毛鼠、黃毛鼠、黃胸鼠、褐家鼠、針毛鼠、小林姬鼠、大林姬鼠、白腹鼠、黑線倉(cāng)鼠和松鼠。從嚙齒動(dòng)物中無(wú)菌解剖取肝和脾(0.5~1)cm×1.5 cm小塊。標(biāo)本在液氮保存,運(yùn)送至浙江省疾病預(yù)防控制中心待用。
1.3DNA提取 約100 mg脾和肝切成小塊,研磨成勻漿,或200 μL血液用于提取DNA,采用Universal Genomic DNA extraction Kit(Takara生物技術(shù)有限公司,大連),根據(jù)說(shuō)明書(shū)進(jìn)行。
1.416S rRNA基因PCR擴(kuò)增和測(cè)序 篩選試驗(yàn):參照《人粒細(xì)胞無(wú)形體病預(yù)防控制技術(shù)指南》實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)方案進(jìn)行靶向無(wú)形體16S rRNA基因389 bp較恒定區(qū)序列的巢式PCR,引物見(jiàn)表1(上海生工生物技術(shù)有限公司合成),篩選無(wú)形體屬各種群陽(yáng)性樣本。
鑒定試驗(yàn):篩選試驗(yàn)中陽(yáng)性的樣本通過(guò)另一巢式PCR進(jìn)一步擴(kuò)增接近完整16S rRNA基因的核苷酸序列,第1輪引物Out1和EC9,第2輪引物EC12A和Out2擴(kuò)增約643 bp的片段,OBPf603/MCf603和Ar1451擴(kuò)增789 bp的片段。取20 μLDNA作為第1輪PCR的模板,10 μL第1輪擴(kuò)增反應(yīng)產(chǎn)物作為第2輪反應(yīng)的模板,均為50 μL反應(yīng)體系。擴(kuò)增程序:第1輪,94 ℃ 5 min急變性, 94 ℃ 3 s,55 ℃ 40 s,72 ℃ 90 s,40個(gè)循環(huán),最后72 ℃ 10 min延伸。第二輪擴(kuò)增程序除延伸時(shí)間改為40 s外,基本同第一輪。目標(biāo)條帶用3730DNA Analzer測(cè)序儀測(cè)序(上海生工生物技術(shù)有限公司)。樣本TT-025中用引物EC12A和Out2得到的PCR產(chǎn)物,通過(guò)pUCm-T載體(生工生物技術(shù)有限公司,上海)克隆測(cè)序。643 bp和789 bp的序列通過(guò)Mega 5.0軟件比對(duì)拼接成1 400 bp左右的片段。
表1 16S rRNA引物和序列
Tab.1 16S rRNA primers
引物名序列(5'-3')產(chǎn)物/bp參考文獻(xiàn)Out1ttgagagtttgatcctggct-cagaacg652[15]Out2cacctctacactaggaattc-cgctHGA1gtcgaacggattattctttat-agcttg389[9]HGA2tataggtaccgtcattatct-tccctacEC12Atgatcctggct-cagaacgaacg1458[2]EC9taccttgttacgacttMCOf603ctgcttttaatactgcag-gacta789本研究PPBf603ctgcttttaatactgccagact789本研究Ar1451cccaaccttaaatggctgcc本研究
1.5序列比對(duì)和系統(tǒng)發(fā)生分析 目標(biāo)條帶測(cè)序獲得的核苷酸序列進(jìn)行Blast比對(duì)(http:www.ncbi.nlm.nih.gov/ BLAST),并通過(guò)Mega 5.0軟件與GenBank中登錄的其它無(wú)形體序列進(jìn)行多序列比對(duì)和系統(tǒng)發(fā)生分析[16],進(jìn)化歷史推斷采用Neighbor-Joining方法,Bootstrap試驗(yàn)采用1 000次重復(fù),進(jìn)化距離采用p-distance方法計(jì)算。
1.6核苷酸序列GenBank登錄號(hào) 本文引用的無(wú)形體16S rRNA參考序列的GenBank登錄號(hào)及菌株名稱在圖1和圖2注明。本文測(cè)序獲得新的無(wú)形體序列GenBank登錄號(hào):HM439430、HM439432、HM439433、EU595732、JN862824、JN862825、KM817188。
2.1各無(wú)形體種感染率 篩選試驗(yàn)檢測(cè)安吉、天臺(tái)、金華牛和山羊血液樣本,陽(yáng)性率分別為27.3%(9/33)、97.7%(42/44)、20.6%(7/34),結(jié)果見(jiàn)表2。無(wú)形體16S rRNA目標(biāo)片段(389 bp)的陽(yáng)性率分別為58.5% (31/53) 和43.1% (25/58)。452只嚙齒動(dòng)物的肝脾樣本中,22個(gè)樣本被擴(kuò)增到389 bpDNA片段,四縣、市所調(diào)查鼠無(wú)形體的感染狀況見(jiàn)表3。感染鼠種包括社屬、黑線姬鼠、青毛鼠、黃毛鼠、黃胸鼠、褐家鼠、白腹鼠、黑線倉(cāng)鼠和松鼠,而針毛鼠、小林姬鼠和大林姬鼠沒(méi)有檢測(cè)到陽(yáng)性。每次實(shí)驗(yàn)的陰性對(duì)照未檢測(cè)到目標(biāo)片段。當(dāng)?shù)仫曫B(yǎng)牛羊較少(已經(jīng)將調(diào)查點(diǎn)所有牛羊納入調(diào)查),天臺(tái)的13只羊來(lái)自同一農(nóng)戶,安吉山羊中也有10只來(lái)自同一農(nóng)戶。另外,隨機(jī)捕獲到各種嚙齒動(dòng)物量不均衡,因此沒(méi)有采用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法進(jìn)行感染率比較。
表2 家畜無(wú)形體感染率
Tab.2 Incidence of Anaplasma infection in domestic animals
調(diào)查點(diǎn)感染率%(感染數(shù)/總數(shù))牛山羊總計(jì)安吉16.7(1/6)18.5(8/27)27.3(9/33)天臺(tái)100.0(31/31)84.6(11/13)97.7(42/44)金華12.5(2/16)27.8(5/18)20.6(7/34)
表3 嚙齒動(dòng)物無(wú)形體感染率
Tab.3 Incidence of Anaplasma infection in rodent animals
調(diào)查點(diǎn)感染數(shù)/總數(shù)R.cA.aB.bR.lR.tR.nN.fA.sA.pN.cCricetulussquirrelTotal(%)安吉4/271/341/34?1/17/96(8.3)天臺(tái)1/81/140/20/2?2/26(7.7)金華5/470/11/170/10/5?1/297/100(7.0)磐安0/270/31/141/321/191/310/380/30/82/52?0/36/230(2.6)
R. c,社鼠;A. a,黑線姬鼠;B. b,青毛鼠;R. l, 黃毛鼠;R. t,黃胸鼠;R. n, 褐家鼠;N.f,針毛鼠;A. s,小林姬鼠;A. p,大林姬鼠;N. c,白腹巨鼠。
2.2無(wú)形體基因鑒定與系統(tǒng)發(fā)生分析 78份篩選試驗(yàn)陽(yáng)性的389 bp片段測(cè)序,獲得16S rRNA基因約350 bp的核苷酸序列,多序列比對(duì)和系統(tǒng)發(fā)生分析表明分別與6個(gè)無(wú)形體種相似(表4,圖1)。篩選試驗(yàn)中陽(yáng)性的樣本進(jìn)一步擴(kuò)增接近完整16S rRNA基因的核苷酸序列,通過(guò)測(cè)序和剪切,23份標(biāo)本獲得1 397-1 424 bp的16S rRNA序列,1份樣本只測(cè)到641 bp序列。多序列比對(duì)顯示7個(gè)序列型(表5),代表序列分別命名為ZJ01/2008, ZJ06/2009, ZJ01/2009, ZJ02/2009, ZJ04/2009,ZJ05/2009和ZJ07/2009。初步分析表明,各縣市無(wú)形體種感染狀況差異較大(表5),天臺(tái)地區(qū)動(dòng)物尤其是牛的無(wú)形體種多樣性尤為顯著。
6個(gè)樣本檢測(cè)到389 bp序列與A.phagocytophilum相似,鑒定試驗(yàn)僅1樣本(黃毛鼠)再次擴(kuò)增到643 bp和789 bp片段,拼接獲得1 420 bp序列ZJ01/2008(HM439430)。1 420 bp序列比對(duì)分析與褐家鼠分離的河南菌株HN(KC470064)僅1 bp差異[17],與另外3個(gè)浙江嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體序列(DQ458805、DQ458807、DQ458808)有99. 8%的相似性[18],后3個(gè)序列分別在褐家鼠、社鼠、白腹鼠中檢測(cè)到,而與原型株Webster有99.2%的相似性。引物EC12A和Out2擴(kuò)增樣本TT-025的PCR產(chǎn)物,因?yàn)?6S rRNA基因序列上游區(qū)域雙峰反復(fù)測(cè)序沒(méi)有成功。最后,通過(guò)pUCm-T載體克隆測(cè)序,挑選了23個(gè)菌斑測(cè)序,結(jié)果顯示在31 bp上游區(qū)域顯示明顯差異,其中8個(gè)菌斑序列一致,即ZJ06/2009(JN86825),與序列ZJ01/2008和菌株
表4 無(wú)形體屬各個(gè)種在動(dòng)物中的感染狀況
Tab.4 Infection status of Anaplasma species in animals
動(dòng)物種屬陽(yáng)性樣本數(shù)A.phagocytophilumA.capraA.marginaleA.bovisA.platysA.spp.aA.spp.b感染數(shù)(%)牛5116830334/53(64.15)山羊0312100025/58(43.1)社鼠00020709/101(8.9)黑線姬鼠10000102/46(4.4)青毛鼠00010102/48(4.2)黃毛鼠10020003/63(4.8)黃胸鼠00000101/19(5.3)褐家鼠00000101/33(3.3)針毛鼠00000000/41(0)小林姬鼠00000000/8(0)大林姬鼠00000000/8(0)白腹巨鼠10000102/52(3.9)黑線倉(cāng)鼠00010001/29(3.5)松鼠10000001/4(25.0)
a在鼠中發(fā)現(xiàn)的未分類無(wú)形體;b在牛中發(fā)現(xiàn)的未分類無(wú)形體。
表5 無(wú)形體屬各個(gè)種的地區(qū)分布
Tab.5 Regional distribution of Anaplasma species
無(wú)形體種天臺(tái)安吉金華磐文牛山羊鼠牛山羊鼠牛山羊鼠鼠A.phagocytophilum4020011001A.capra10201000100A.marginale6000000100A.bovis7900821431A.platys3000000000Anaplasmaspp.a0000040044Anaplasmaspp.b3000000000
Webster相似性均為99.1%,另7個(gè)菌斑序列與A. marginale完全一致,表明TT-o25存在混合感染。另有3個(gè)牛血樣本389 bp序列(TT-020、TT-023和TT-031)與浙江山羊檢測(cè)到序列ZJ81(KP062963)100%一致。見(jiàn)表6。
389 bp序列與A.bovis相似的33個(gè)樣本,包括山羊、牛、社鼠、黃毛鼠和黑線倉(cāng)鼠,其中4個(gè)樣本鑒定試驗(yàn)中完成大約1 400 bp的序列測(cè)序。多序列比對(duì),4個(gè)序列有1個(gè)或2個(gè)互相不同的SNP,ZJ04/2009代表共同一致的序列(1412 bp)提交到GenBank(HM595732)。序列ZJ04/2009、Wulong(FJ169956)、wlg-2(FJ389577)和zxg-1(FJ389573)有99.72%~99.86%的相似性,后3個(gè)序列在中國(guó)西南部山羊中檢測(cè)到[11],序列ZJ04/2009與A.bovis原型株U03735有99.43%的相似性。
表6 16S rRNA基因的核苷酸序列比對(duì)分析
Tab.6 Alignment analysis for nucleotide sequences of 16s rRNA gene
序列型(樣本數(shù)*)登錄號(hào)(大小/bp)無(wú)形體種參考序列相似性(%)總陽(yáng)性數(shù)**ZJ01/2008(1)HM439430(1424)A.phagocytophilumWebsterHN99.299.99***ZJ06/2009(1)JN862825(1434)A.phagocytophilumWebsterZJ01/200899.199.1ZJ04/2009(4)HM595732(1412)A.bovisLdenbergWulong99.499.934表6(續(xù))序列型(樣本數(shù)*)登錄號(hào)(大小/bp)無(wú)形體種參考序列相似性(%)總陽(yáng)性數(shù)**ZJ01/2009(4)HM439432(1409)A.centraleAomoriRongchang10099.915ZJ02/2009(5)HM439433(1410)A.marginaleF12Lushi1001009ZJ07/2009(1)KM817188(641)A.platysOkinawaBomPastor99.71003ZJ05/2009(8)JN862824(1416)Anaplasmaspp.aLdenbergZJ04/200998.898.612
*完成大約1 400 bp測(cè)序的樣本數(shù);**389 bp序列相似的總樣本數(shù);***A.phagocytophilum相關(guān)序列,389 bp序列未能分類,ZJ01/2008(1)和ZJ06/2009(1)總陽(yáng)數(shù)為9。
圖1 16S rRNA基因350 bp核苷酸序列系統(tǒng)發(fā)生分析Fig.1 Phylogenetic tree of the 16S RNA gene based on 350 bp nucleotide sequences
389 bp序列與A.capra相似的14個(gè)樣本(來(lái)自山羊、牛),鑒定試驗(yàn)中4樣本獲得1 409 bp序列(ZJ01/2009,HM439432),與日本菌株Aomori有100%的相似性,與中國(guó)西南部檢測(cè)到的3個(gè)序列Rongchang(EU709493)、szg-1(FJ389574)和szg-3(FJ389576)之間有99.86%~99.93%的相似性。9個(gè)樣本(牛和山羊)檢測(cè)到389 bp序列與A.marginale相似,其中5個(gè)樣本獲得1 410 bp序列(ZJ02/2009,HM439433),與澳大利亞菌株F12以及在中國(guó)中部牛中檢測(cè)到的序列(HM538192)有100%的相似性。另外,在天臺(tái)縣的牛中檢測(cè)到389 bp序列與A.platys相似的3個(gè)樣本,僅1樣本擴(kuò)增到643 bp片段 (ZJ07/2009,KM817188)。
值得注意的是,序列ZJ05/2009廣泛存在于野生鼠中,包括社鼠、青毛鼠、黑線倉(cāng)鼠、黃胸鼠、褐家鼠和白腹巨鼠。除了天臺(tái)縣,進(jìn)行調(diào)查的其它縣市野鼠都有檢測(cè)到。650 bp片段在5個(gè)樣本中測(cè)序成功,790 bp片段在3個(gè)樣本中測(cè)序成功,這些序列100%一致。序列ZJ05/2009(1416 bp)與菌株U03775有98.80%的相似與序列ZJ04/2009有98.52%的相似,與GenBank中的其它無(wú)形體序列明顯不同。
系統(tǒng)發(fā)生分析表明(圖2),浙江省嚙齒動(dòng)物、牛和山羊中檢測(cè)到的16S rRNA基因序列分布在6個(gè)主要的無(wú)形體種群中,包括嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體、牛無(wú)形體、邊緣無(wú)形體、山羊無(wú)形體、血小板無(wú)形體和一種新發(fā)現(xiàn)的變異株ZJ05/2009。
圖2 16S rRNA基因1 356 bp核苷酸序列系統(tǒng)發(fā)生分析Fig.2 Phylogenetic tree of the 16S RNA gene based on 1 356 bp nucleotide sequences
野生哺乳動(dòng)物是無(wú)形體屬立克次體感染的主要宿主,關(guān)于嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體宿主譜的研究較多,其野生動(dòng)物宿主包括野豬、歐洲刺猬、棕熊、鹿、兔、馬、牛、羊、狗和嚙齒動(dòng)物[19]。調(diào)查表明中國(guó)北部、中部和西南部的牛和羊中存在嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體和其它無(wú)形體屬立克次體感染[5,11-13],浙江省檢測(cè)到嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體的感染的動(dòng)物除了家畜,還有包括松鼠的嚙齒動(dòng)物[18,20]。本研究通過(guò)對(duì)16S rRNA基因的測(cè)序鑒定無(wú)形體種屬,浙江牛和羊存在A.phagocytophilum、A.bovis、A.marginale和A.platys,另一個(gè)研究表明浙江麗水山區(qū)山羊存在A.ovis感染[12],因此浙江家畜中存在除A.centrale以外的所有已被認(rèn)識(shí)的無(wú)形體種。而嚙齒動(dòng)物除了存在A.phagocytophilum感染外,社鼠、黃毛鼠和青毛鼠中還存在A.bovis感染。據(jù)我們所知,這是嚙齒動(dòng)物A.bovis感染的首次報(bào)道。
1966年日本于感染牛中首次分離無(wú)形體Aomori株,分類學(xué)地位曾歸屬于A.centrale種[21]。2010年,我們?cè)谡憬∨:蜕窖蜓袡z測(cè)到與Aomori株100%一致的16S rRNA基因序列(ZJ01/2009,HM439432),本研究3只山羊和11只牛血檢測(cè)到相同序列,在中國(guó)西南部的牛中也曾檢測(cè)到3個(gè)相似序列(99.86%~99.93%)Rongchang(EU709493)、szg-1(FJ389574)和szg-3(FJ389576)[11]。直到2014年,黑龍江省不明原因發(fā)熱病人血中分離到病原體,最終被定位為無(wú)形體屬的一個(gè)新種A.capra[14]。
16S rRNA基因常被用以細(xì)菌鑒定或種屬分類,認(rèn)為16S rRNA基因序列的相似性至少達(dá)到95%才能確定一個(gè)屬,至少達(dá)到99%才能確定一個(gè)種[22]。一個(gè)流行株ZJ05/2009廣泛存在于野鼠中,但家畜中沒(méi)有發(fā)現(xiàn)。ZJ05/2009株與A.bovis的16S rRNA基因序列的相似性低于98.8%,推測(cè)可能為嚙齒動(dòng)物中一種與A.bovis相關(guān)的無(wú)形體新種。2006年以來(lái),我們?cè)谡憬S毛鼠和社鼠中檢測(cè)到與菌株ZJ05/2009相同的序列(EF535107和FJ182047)[23],其16S rRNA基因序列沒(méi)有變異,推測(cè)它可能是浙江省嚙齒動(dòng)物中長(zhǎng)期存在一個(gè)流行株,是否會(huì)導(dǎo)致人類和動(dòng)物疾病還不清楚,需要進(jìn)一步關(guān)注。
浙江省家畜和嚙齒動(dòng)物流行的5個(gè)已認(rèn)識(shí)無(wú)形體種中,A.phagocytophilum的16S rRNA基因變異相當(dāng)大。至今為止,至少檢測(cè)到4種不同的嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體16S rRNA基因代表序列(ZJ-HGA-1、ZJ01/2008、ZJ06/2009和ZJ81),明顯不同于中國(guó)東北部以及世界其它地區(qū)的嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體菌株?;?6S rRNA、gltA、msp4和groESL基因序列分析,有學(xué)者認(rèn)為菌株ZJ-HGA-1可能是一種新的嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體變異株[18]。因?yàn)榱⒖舜误w核酸比較容易降解,多基因、大信息量的新種鑒定研究需要分離到病原體才可能實(shí)現(xiàn),必須加大力度投入分離病原體的工作。值得關(guān)注的是,在浙江省甚至整個(gè)中國(guó)發(fā)現(xiàn)人粒細(xì)胞無(wú)形體病病例很少,浙江省迄今只有1例人粒細(xì)胞無(wú)形體病確診[24],原因可能是該疾病還未被臨床醫(yī)生充分認(rèn)識(shí)而漏診,我們有必要進(jìn)一步關(guān)注無(wú)形體屬立克次體人感染的早期診斷。另外是否因?yàn)樽儺悓?dǎo)致毒力下降,使之臨床癥狀不明顯抑或不致病。在浙江省動(dòng)物的無(wú)形體屬中存在潛在的變異和新種,我們還不清楚基因多樣性是否會(huì)導(dǎo)致發(fā)病率、致病性或臨床特征上的一些變化。
(致謝: 現(xiàn)場(chǎng)樣本采集得到浙江省安吉縣疾病預(yù)防控制中心、金華金東區(qū)疾病預(yù)防控制中心、天臺(tái)縣疾病預(yù)防控制中心、磐安縣疾病預(yù)防控制中心同行大力支持與協(xié)助,一并致謝。)
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