李景芬, 采克俊, 公翠萍, 王 曙, 周志金
(1.湖州師范學(xué)院,浙江湖州 313000; 2.浙江省湖州市水產(chǎn)技術(shù)推廣站,浙江湖州 313000)
取出無水乙醇固定的鰭條于另一1.5 mL離心管中,揮干乙醇,用小剪刀盡量剪碎鰭條,加入裂解液和蛋白酶K混勻,于55 ℃搖床中消化至溶液澄清透明。再向裂解液中加入RNase于37 ℃水浴鍋中保溫1 h。然后按傳統(tǒng)的酚、三氯甲烷、異戊醇法提取基因組DNA。用1.2%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)DNA的純度和完整性,用紫外分光光度計(jì)檢測(cè)質(zhì)量濃度,并稀釋至50 ng/μL,存于-20 ℃冰箱中待用。
微衛(wèi)星引物序列參照文獻(xiàn)[7],由生工生物工程(上海)股份有限公司合成,引物信息見表1。PCR反應(yīng)體系總體積25 μL:10×Buffer 2.5 μL,dNTP 1 μL,引物2 μL,50 ng/μL DNA 2 μL,rTaq0.2 μ L,ddH2O 17.3 μL。PCR擴(kuò)增反應(yīng)條件:94 ℃ 預(yù)變性4 min;94 ℃變性30 s,58~70 ℃退火30 s,72 ℃延伸1 min,30個(gè)循環(huán);72 ℃延伸5 min,4 ℃終止延伸 5 min。PCR擴(kuò)增產(chǎn)物用12%非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳分離,硝酸銀染色,數(shù)碼相機(jī)拍照。
利用Popgen 1.32軟件統(tǒng)計(jì)所有位點(diǎn)的等位基因數(shù)、觀測(cè)雜合度、期望雜合度。利用Cervus 3.0軟件分析多態(tài)信息含量。利用MEGA 4.0軟件構(gòu)建不同群體的非加權(quán)組平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,簡(jiǎn)稱UPGMA)親緣關(guān)系樹。
表16個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)引物序列及退火溫度
注:F為正向引物,R為反向引物。
參考文獻(xiàn)[7]的9對(duì)微衛(wèi)星引物中,有6對(duì)引物(表1)能在普通黃顙魚、瓦氏黃顙魚及雜交黃顙魚中擴(kuò)增出清晰條帶,擴(kuò)增條帶為90~460 bp。其中,引物AG240表現(xiàn)為種間特異性擴(kuò)增,即普通黃顙魚與瓦氏黃顙魚的擴(kuò)增條帶間存在明顯差異。雜交黃顙魚均顯示2個(gè)條帶,表現(xiàn)為親本普通黃顙魚與瓦氏黃顙魚的雜交組合帶(圖1)。
普通黃顙魚、瓦氏黃顙魚、雜交黃顙魚的等位基因數(shù)、觀測(cè)雜合度、期望雜合度、多態(tài)信息含量見表2。6個(gè)座位中,每個(gè)位點(diǎn)的等位基因數(shù)為1~9個(gè)。普通黃顙魚與瓦氏黃顙魚在6個(gè)座位中除了AG240位點(diǎn)表現(xiàn)為單態(tài),其余5個(gè)位點(diǎn)均表現(xiàn)為多態(tài)。瓦氏黃顙魚群體有效等位基因數(shù)為3.026 8個(gè)(表中未列)、觀測(cè)雜合度為0.349 0、多態(tài)信息含量為0.508 0,均高于普通黃顙魚群體[有效等位基因數(shù)為2.008 2個(gè)(表中未列)、觀測(cè)雜合度為 0.109 4、多態(tài)信息含量為0.320 3]。
雜交黃顙魚有效等位基因數(shù)(2.863 2個(gè),表中未列)、觀測(cè)雜合度(0.338 5)、多態(tài)信息含量(0.501 2)高于母本普通黃顙魚,低于父本瓦氏黃顙魚。
表2普通黃顙魚、瓦氏黃顙魚、雜交黃顙魚的遺傳多樣性參數(shù)
注:Na為等位基因數(shù);Ho為觀測(cè)雜合度;He為期望雜合度;PIC為多態(tài)信息含量。
根據(jù)Nei’s上計(jì)算所得群體間遺傳相似性系數(shù)和遺傳距離,由表3可以看出,雜交黃顙魚與母本普通黃顙魚遺傳相似度最高,為0.673 1,遺傳距離最小,為0.395 9;雜交黃顙魚與父本瓦氏黃顙魚遺傳相似度居中,為0.542 1,遺傳距離也居中,為0.612 4;父本瓦氏黃顙魚與母本普通黃顙魚遺傳相似度最小,為0.249 2,遺傳距離最大,為1.389 6。
表3普通黃顙魚、瓦氏黃顙魚和雜交黃顙魚
注:對(duì)角線以下為遺傳距離,對(duì)角線以上為遺傳相似性系數(shù)。
根據(jù)群體間的Nei’s遺傳距離,采用MEGA 4軟件構(gòu)建普通黃顙魚、瓦氏黃顙魚和雜交黃顙魚群體間的親緣關(guān)系UPGMA樹(圖2),可見雜交黃顙魚(zjh)和母本普通黃顙魚(pth)先聚為一支,再與父本瓦氏黃顙魚(wsh)聚合。
采用PopGene32軟件對(duì)普通黃顙魚、瓦氏黃顙魚及其雜交1代群體基因條帶進(jìn)行統(tǒng)計(jì)、分析。由表4可以看出,普通黃顙魚群體的基因型為1~9種,瓦氏黃顙魚群體的基因型為1~9種,雜交子1代的基因型為1~14種。從各個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)看,雜交子1代的基因型種類與父本瓦氏黃顙魚相當(dāng)或略豐富(除去CT154位點(diǎn)),且普遍比母本普通黃顙魚基因型種類豐富。
表4普通黃顙魚、瓦氏黃顙魚及其雜交1代中基因型頻率分布
注:A、B、C、D、E、F、G、H、I代表等位基因。
種質(zhì)資源鑒定對(duì)探明物種和遺傳資源有很重要的意義,是一項(xiàng)非常基礎(chǔ)性的工作。傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)特征作為鑒別依據(jù)在有些情況下很困難[12],如黃顙魚屬的不同種魚在形態(tài)上很相似,很難區(qū)別,尤其是處于早期生活史階段的魚苗及幼魚。用同工酶法容易受到自然環(huán)境的影響[13],而利用DNA分子標(biāo)記則很少受到自然環(huán)境的限制,具有較高多態(tài)性的RAPD方法增加了種內(nèi)和種間鑒定的可行性[14-15]。趙文學(xué)等采用RAPD方法對(duì)4種黃顙魚進(jìn)行了鑒定,篩選出6個(gè)引物可以用來準(zhǔn)確鑒別黃顙魚屬的4種魚類[10]。本研究采用SSR方法對(duì)普通黃顙魚、瓦氏黃顙魚和它們的雜種1代進(jìn)行了遺傳多樣性分析,篩選出1個(gè)引物(AG240)可以準(zhǔn)確鑒別這3種魚。
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