孫麗靜,張 哲,劉 茜,胡夢蕓,張穎君,呂亮杰,李 輝
(1.河北省農(nóng)林科學(xué)院 糧油作物研究所,河北省作物遺傳育種實驗室,河北 石家莊 050035;2.西北農(nóng)林科技大學(xué),陜西 楊凌 712100)
細(xì)胞分裂素是一類經(jīng)典的植物激素,參與了許多植物發(fā)育過程,在細(xì)胞分裂、調(diào)控頂端優(yōu)勢、促進芽的分化、葉綠素的合成、延緩開花時間及葉片衰老、促進維管束分化和種子發(fā)育等過程中發(fā)揮了重要作用[1-9]。近年來,越來越多的證據(jù)表明,在植物應(yīng)對鹽、干旱等非生物脅迫的過程中,細(xì)胞分裂素也扮演著重要的角色[10-16]。
細(xì)胞分裂素的信號是通過由細(xì)胞分裂素受體組氨酸激酶(Histidine kinases,HKs)、組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白(Histidine phosphotransfer proteins,HPs)以及反應(yīng)調(diào)節(jié)因子(Response regulators,RRs)組成的復(fù)雜的雙元組分系統(tǒng)(Two component system,TCS)進行傳遞的[17-18]。細(xì)胞分裂素與受體HK胞外域的CHASE(Cyclaseand histidine kinase-associated sensing extracellular)結(jié)構(gòu)域結(jié)合,使受體胞內(nèi)域保守位點His自磷酸化,之后磷酸基團轉(zhuǎn)移到受體接受域保守的Asp位點。接下來,磷酸基團再轉(zhuǎn)移到HP上保守的His位點并促使HP由細(xì)胞質(zhì)進入細(xì)胞核。最后,磷酸基團轉(zhuǎn)移到定位于細(xì)胞核的轉(zhuǎn)錄因子B型RR接受域保守的Asp位點上,從而激活下游基因的轉(zhuǎn)錄[19-20]。
組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白在擬南芥中由6個成員組成,其中,AHP1~AHP5含有發(fā)揮功能的保守His磷酸化位點,是有功能的組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白[21]。AHP6中保守的His磷酸轉(zhuǎn)化位點被Asp替代,不具備傳遞磷酸基團的功能[22]。水稻中的組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白家族由5個成員組成:2個OsAHP和3個OsPHP[23-24]。OsAHP1和OsAHP2均具有保守的XHQXKGSSXS序列及其中保守位點的His,該位點在信號轉(zhuǎn)導(dǎo)過程中可以接受來自組氨酸受體激酶的磷酸基團,進而將磷酸基團傳遞給下游的響應(yīng)因子。因此,保守位點的His對于OsAHP行使信號傳遞的功能是必需的。而在OsPHP中該保守位點的His被Gln替代,因而無法進行信號傳遞,從而被稱為假組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白。擬南芥和水稻中的研究結(jié)果顯示,組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白參與了細(xì)胞分裂素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑,同時也參與了植物對鹽和干旱脅迫的應(yīng)激反應(yīng)[21,25]。
目前,小麥中已經(jīng)克隆了3個組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白基因,分別為TaHP1、TaHP2和TaHP3[26],但是并未對其在逆境脅迫下的表達和功能開展研究。本研究克隆了一個新的組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白基因,命名為TaHP4,對其進行了生物信息學(xué)分析,并研究了其在小麥不同組織及逆境脅迫下的表達特征,旨在為深入研究和利用該基因奠定基礎(chǔ)。
小麥科農(nóng)199由河北省農(nóng)林科學(xué)院糧油作物研究所提供。取抽穗期小麥的根、莖、葉和穗,3次重復(fù)。取樣后迅速置于液氮中冷凍并于-80 ℃超低溫冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>
Hoagland營養(yǎng)液水培10 d的小麥幼苗,分別進行干旱(20% PEG-6000)、200 mmol/L NaCl、100 μmol/L ABA和50 μmol/L BA處理,于0,1,3,6,12,24 h取相同部位葉片,3次重復(fù)。取樣后迅速置于液氮中冷凍并于-80 ℃超低溫冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>
1.2.1 植物總RNA的提取及cDAN合成 用TRNzol Reagent(TIANGEN)按試劑說明書提取植物總RNA。以500 ng RNA為模板,按照PrimeScriptTMRT reagent Kit with gDNA Eraser(TaKaRa)試劑盒的說明書進行反轉(zhuǎn)錄合成cDNA。
1.2.2 小麥TaHP4基因的克隆 利用擬南芥組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白AHP1(At3g21510)、AHP2(At3g29350)、AHP3(At5g39340)、AHP4(At3g16360) 和AHP5(At1g03430)基因序列分別比對小麥EST數(shù)據(jù)庫(http://plants.ensembl.org),得到多個可能的小麥HP基因部分cDNA序列,通過電子克隆拼接得到1個基因的全長cDNA序列,命名為TaHP4。根據(jù)序列設(shè)計引物,上游引物TaHP4-F:5′-GTCTCATTGCA
GCCATCTCAG-3′,下游引物TaHP4-R:5′-TAGCTGG
TCCCTTAGTTCCCT-3′,由北京英駿生物公司合成。PCR反應(yīng)使用Premix PrimeSTAR HS(TaKaRa),體系為50 μL:Premix PrimeSTAR HS(2×)25 μL,上下游引物(10 μmol/L)各2.5 μL,小麥cDNA 2 μL,超純水18 μL。PCR反應(yīng)條件為:98 ℃ 2 min;98 ℃ 10 s,60 ℃ 10 s,68 ℃ 35 s,32個循環(huán);68 ℃ 7 min。使用1%瓊脂糖凝膠對PCR產(chǎn)物進行電泳,切膠回收后連接至pEASY-Blunt Cloning載體(北京全式金生物技術(shù)有限公司),轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5α感受態(tài)細(xì)胞,篩選陽性克隆后測序。
1.2.3 小麥TaHP4基因序列分析 序列的ORF分析、蛋白質(zhì)翻譯、分子量和等電點預(yù)測使用OMIGA軟件;利用ProSite(http://prosite.expasy.org/)在線分析蛋白的保守結(jié)構(gòu);利用DNAMAN軟件對蛋白序列進行比對和進化樹分析。包括以下組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白基因:小麥中的TaHP1 (AY342358)、TaHP2 (BK005644)和TaHP3 (BK005645),擬南芥中的AHP1 (At3g21510)、AHP2 (At3g29350)、AHP3 (At5g3934)、AHP4 (At3g16360)、AHP5(At1g03430)和AHP6(At1g80100),水稻中的OsAHP1(Os08g44350)、OsAHP2 (Os09g39400)、OsPHP1 (Os01g54050)、OsPHP2 (Os05g09410)和OsPHP3(Os05g44570),玉米中的ZmHP1(AB024293)、ZmHP2(AB024292)、ZmHP3(AB089191)和ZmHP4(NM_001153941)。
1.2.4 熒光實時定量PCR 利用Primer Express軟件設(shè)計目標(biāo)基因qRT-PCR引物。上游引物TaHP4-QF:5′-TGAAGCAGAAGCTGGAGTCAT-3′,下游引物TaHP4-QR:5′-TGGTCCCTTAGTTCCCTTGG-3′。以小麥TaActin為內(nèi)參,上游引物TaActin-QF:5′-TGCTATC
CTTCGTTTGGACCTT-3′,下游引物TaActin-QR:5′-AGCGGTTGTTGTGAGGGAGT-3′。用SYBR?Premix Ex TaqⅡ(TaKaRa)試劑盒進行實時熒光定量PCR分析,20 μL 反應(yīng)體系:SYBR?Premix Ex Taq Ⅱ(2×)10 μL,上下游引物(10 μmol/L)各0.8 μL,cDNA模板(稀釋10倍)4 μL,ddH2O 4.4 μL。反應(yīng)在Bio-Rad Icycler iQ5 Real-time PCR儀上進行,反應(yīng)條件為:95 ℃ 30 s;95 ℃ 5 s,60 ℃ 30 s,40個循環(huán)。每個樣品設(shè)置3個技術(shù)性重復(fù),3個生物學(xué)重復(fù)。根據(jù)擴增曲線確定每個基因和樣本相應(yīng)的Ct值,以TaActin為內(nèi)參基因,將“0”時間點樣本的表達量設(shè)為“1”,相對表達量采用2-ΔΔCt方法計算。
根據(jù)拼接的TaHP4基因序列,設(shè)計了上下游引物,從小麥幼苗的cDNA中擴增得到了一條長度為563 bp的序列(圖1)。測序結(jié)果表明,其核苷酸序列與電子克隆的序列一致,包含一個456 bp的ORF,編碼151個氨基酸,推測的蛋白分子量為17.71 ku,等電點為9.09。TaHP4具有一個HPt結(jié)構(gòu)域,位于第38-133個氨基酸,其中第79位His為保守的磷酸化組氨酸位點,該位點在信號轉(zhuǎn)導(dǎo)過程中可以接受來自組氨酸受體激酶的磷酸基團,進而將磷酸基團傳遞給下游的響應(yīng)因子。
將TaHP4預(yù)測的氨基酸序列與來自小麥、擬南芥、水稻和玉米中的18個HP蛋白序列進行同源比對(圖2),結(jié)果顯示,TaHP4與水稻和玉米中不含保守His位點的HP同源性較高,其中與水稻中的OsPHP2同源性最高,達到了88.7%,其次為OsPHP1、ZmHP4和OsPHP3,同源性也達到了62.3%~68.9%;而與擬南芥、水稻和玉米中含保守組氨酸位點的HP同源性較低,僅為36.5%~55.9%;與小麥中已經(jīng)克隆的3個HP的同源性也只有32.2%~34.2%。以上結(jié)果表明,TaHP4是一個新的小麥組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白基因。
MⅢ. Marker Ⅲ分子量標(biāo)準(zhǔn);TaHP4. TaHP4基因擴增結(jié)果。MⅢ. Marker Ⅲ DNA Marker;TaHP4. Gene amplification of TaHP4.
圖2 小麥TaHP4與其他HP氨基酸序列比對 Fig.2 Multiple amino acid sequences alignment of TaHP4 and other HPs
將TaHP4預(yù)測的氨基酸序列與來自小麥、擬南芥、水稻和玉米中的18個HP蛋白序列進行系統(tǒng)進化樹分析(圖3),結(jié)果顯示,TaHP4與水稻、玉米和擬南芥中不含保守His位點的OsPHP1、OsPHP2、OsPHP3、ZmHP4、AHP6和含保守His位點的AHP4位于同一個進化分枝,小麥中前期已經(jīng)克隆的TaHP1、TaHP2、TaHP3與水稻和玉米中的含保守His位點的OsAHP1、OsAHP2、ZmHP1、ZmHP2和ZmHP3位于同一個進化分枝,擬南芥中含保守His位點的AHP1、AHP2、AHP3和AHP5位于同一個進化分枝。
圖3 小麥TaHP4與其他HP蛋白的系統(tǒng)進化樹分析 Fig.3 Phylogenetic tree of TaHP4 and other HP proteins
為了解TaHP4基因在小麥不同組織的表達特性,設(shè)計特異引物進行了熒光定量PCR檢測。結(jié)果顯示,TaHP4在根、莖、葉和穗中都有表達,但不同組織的表達水平存在顯著差異(圖4)。其中,葉中表達量最高,其次是穗和莖,而在根中的表達量最低。
為了進一步了解TaHP4在小麥各種脅迫下的表達特性,對小麥幼苗進行鹽、干旱、脫落酸和細(xì)胞分裂素處理,并利用基因特異引物進行了熒光定量PCR檢測。結(jié)果顯示,鹽(NaCl)和干旱(PEG)脅迫時,TaHP4表達量在1 h就明顯降低,3 h達到最低值,之后表達量開始回升,但至處理24 h,表達量仍顯著低于處理前水平(圖5-A、B)。脫落酸(ABA)處理時,TaHP4表達量在1 h就降低至最低值,之后表達量持續(xù)維持在較低水平(圖5-C)。細(xì)胞分裂素(BA)處理時,TaHP4表達量從1 h開始持續(xù)下降,至12 h降至最低水平,24 h仍保持在較低水平(圖5-D)。
圖柱上不同字母表示組織間在0.05水平上差異顯著。圖5同。Values followed by different letters are significantlydifferent at the 0.05 probability level.The same as Fig.5.
圖5 TaHP4在各種脅迫處理下的相對表達量 Fig.5 Relative expression of TaHP4 under various treatments
總之,TaHP4基因的表達受鹽、干旱、脫落酸和細(xì)胞分裂素抑制表達,可能在小麥抵御非生物脅迫的過程中具有重要作用。
為了克隆小麥細(xì)胞分裂素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑中的組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白基因,并研究其表達特性,本研究通過電子克隆結(jié)合RT-PCR的方法,得到一個小麥HP基因TaHP4。生物信息學(xué)分析顯示,該基因ORF長456 bp,編碼的蛋白長度為151個氨基酸,具有一個HPt結(jié)構(gòu)域和一個負(fù)責(zé)磷酸基團傳遞的保守的His位點;蛋白序列同源比對分析顯示,TaHP4與小麥中已經(jīng)克隆的3個HP的同源性只有32.2%~34.2%,表明TaHP4是一個新的小麥HP基因。然而,系統(tǒng)進化樹分析顯示,TaHP4與水稻、玉米和擬南芥中不含保守His位點的OsPHP1、OsPHP2、OsPHP3、ZmHP4、AHP6位于同一個進化分枝,而與小麥中前期已經(jīng)克隆的TaHP1、TaHP2、TaHP3位于不同的進化分枝,暗示其在小麥細(xì)胞分裂素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑中可能發(fā)揮著獨特的作用。
不同的組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白基因有不同的組織表達模式。一些HP基因在不同組織組成型表達,如玉米中的ZmHP2[27]。另一些HP基因具有特異的組織表達模式,如擬南芥中的AHP1、AHP2和AHP3基因主要在根中表達,在葉片和莖中的表達量則很低[28];小麥中的TaHP1在地上部的表達量很高,而在根中則幾乎不表達[26]。本研究中的TaHP4基因表達模式與TaHP1類似,在葉、穗、莖等地上部表達量較高,而在根中表達量則很低。
擬南芥中的研究表明,細(xì)胞分裂素負(fù)調(diào)控著植物應(yīng)對鹽、干旱等非生物脅迫的過程,降低植物體內(nèi)細(xì)胞分裂素水平或減弱細(xì)胞分裂素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路均能夠提高植物對鹽、干旱等非生物脅迫的耐受性[29-34]。擬南芥中組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白基因AHP2、AHP3和AHP5均受鹽、干旱和ABA抑制表達,其三重突變體ahp2,3,5對鹽和干旱的耐受性也顯著高于野生型對照[25]。然而,水稻中組氨酸磷酸轉(zhuǎn)運蛋白在鹽和干旱脅迫中卻發(fā)揮著不同的功能。OsAHP1和OsAHP2受干旱抑制表達,其RNAi植株對干旱的耐受性也顯著高于野生型對照;相反,OsAHP1受鹽誘導(dǎo)表達,其RNAi植株對鹽的耐受性也顯著低于野生型對照[35]。本研究中的TaHP4基因與擬南芥中AHP2、AHP3和AHP5類似,受鹽、干旱和ABA抑制表達,表明其參與了小麥響應(yīng)上述3種逆境脅迫的生物學(xué)過程,但其具體功能還需要更多分子遺傳學(xué)的證據(jù)。
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