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        小分子化合物誘導(dǎo)細(xì)胞重編程研究進(jìn)展

        2018-03-31 20:04:14顧珊趙高平李喜和
        生物技術(shù)通報(bào) 2018年1期
        關(guān)鍵詞:克隆編程抑制劑

        顧珊 趙高平 李喜和,

        (1. 內(nèi)蒙古大學(xué)蒙古高原動(dòng)物遺傳資源研究中心,呼和浩特 010021;2. 內(nèi)蒙古賽科星家畜種業(yè)與繁育生物技術(shù)研究院有限公司,呼和浩特 011517)

        細(xì)胞重編程指細(xì)胞內(nèi)的基因表達(dá)由一種類(lèi)型轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N類(lèi)型,通常包含兩層含義:一是分化的細(xì)胞重新恢復(fù)到多能性或全能性狀態(tài);二是從一種分化的細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N分化的細(xì)胞。細(xì)胞重編程可為臨床患者特異性細(xì)胞治療提供無(wú)限的細(xì)胞資源,研究人員可以通過(guò)細(xì)胞核移植、轉(zhuǎn)染特定轉(zhuǎn)錄因子、小分子化合物誘導(dǎo)等途徑進(jìn)行細(xì)胞重編程。細(xì)胞核移植技術(shù)可以將供體細(xì)胞核重新編程,進(jìn)入類(lèi)似受精卵發(fā)育的過(guò)程,發(fā)育到囊胚甚至產(chǎn)生完整個(gè)體,因此,細(xì)胞核移植技術(shù)成為早期研究中獲得用于疾病治療干細(xì)胞的可能途徑,但因細(xì)胞核移植技術(shù)通常需要使用卵子,而存在倫理問(wèn)題的爭(zhēng)議導(dǎo)致其研究進(jìn)一步受阻。自2006年山中伸彌等[1]首次利用轉(zhuǎn)錄因子介導(dǎo)的方法從體細(xì)胞獲得誘導(dǎo)多能干 細(xì) 胞(Induced pluripotent stem cells,iPSCs) 以來(lái),重編程技術(shù)被廣泛研究,并試圖用于再生醫(yī)學(xué)領(lǐng)域。在重編程技術(shù)的引領(lǐng)下,細(xì)胞轉(zhuǎn)分化研究興起。但早前研究的細(xì)胞重編程和轉(zhuǎn)分化均涉及逆轉(zhuǎn)錄因子的介導(dǎo),從而增加了基因突變的風(fēng)險(xiǎn)。近些年,研究者們開(kāi)始探索更安全的細(xì)胞類(lèi)型轉(zhuǎn)換方式,但轉(zhuǎn)換效率極低[2-5]。另外,更多的研究者試圖使用小分子化合物誘導(dǎo)細(xì)胞類(lèi)型轉(zhuǎn)換。小分子化合物具有可替代重編程因子的重編程作用。如在誘導(dǎo)神經(jīng)干細(xì)胞(Neural stem cells,NSCs)到iPSCs過(guò)程中,組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶G9a抑制劑BIX01294可替代 Oct4(O)[6],Kenpaullone可以替代 Klf4(K)[7]。另外,在iPSCs產(chǎn)生過(guò)程中,轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子-β(Transforming growth factor-β,TGF-β)抑制劑 616452可以替代Sox2(S)[8-10]。因小分子化合物具有易滲透到細(xì)胞中,非免疫原性,成本效益低,更容易控制濃度和作用時(shí)間等諸多優(yōu)勢(shì),其誘導(dǎo)細(xì)胞重編程技術(shù)成為近年來(lái)細(xì)胞重編程領(lǐng)域新的研究方向。文中對(duì)小分子化合物誘導(dǎo)的幾種不同細(xì)胞重編程類(lèi)型做了綜述,旨在為今后這方面的研究提供借鑒。

        1 小分子化合物誘導(dǎo)多能干細(xì)胞

        近些年研究發(fā)現(xiàn)小分子化合物可以提高重編程效率[11-15],一些小分子化合物甚至可以替代逆轉(zhuǎn)錄因子。研究者試圖進(jìn)一步用小分子化合物替換外源轉(zhuǎn)錄因子,最終實(shí)現(xiàn)完全的化學(xué)重編程。Li等[16]使用Oct4/Sox2/Klf4三個(gè)慢病毒表達(dá)載體轉(zhuǎn)染Oct4啟動(dòng)子驅(qū)動(dòng)綠色熒光蛋白(Oct4 promoterdriven green fluorescent protein,OG)標(biāo)記的鼠成纖維細(xì)胞(Mouse embryonicfibroblasts,MEFs),同時(shí)采用小分子化合物丙戊酸(Valproic acid,VPA)與CHIR99021(CHIR)處理細(xì)胞,發(fā)現(xiàn)重編程效率顯著提高。隨后使用Oct4和Klf4轉(zhuǎn)染OG-MEFs,同時(shí)在VPA和CHIR基礎(chǔ)上,添加TGF-β抑制劑616452組成VC6共同處理細(xì)胞發(fā)現(xiàn),15 d 后獲得GFP陽(yáng)性的iPSCs,而僅使用單基因Oct4轉(zhuǎn)染與VC6組合進(jìn)行重編程的效率極低。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)組蛋白H3第4位賴氨酸去甲基化酶抑制劑反苯環(huán)丙胺(Tranylcypromine)可顯著提高重編程效率,與VC6組合(VC6T)處理僅轉(zhuǎn)染Oct4的OG-MEFs,18 d 后獲得GFP陽(yáng)性iPSCs,該效率相比Oct4與VC6組合顯著提高。單基因Oct4與VC6T組合獲得的iPSCs(Oct4-iPSCs)具有正常的核型和堿性磷酸酶(Alkaline phosphatase,AP)活性,形態(tài)學(xué)上類(lèi)似典型的iPSCs,將Oct4-iPSCs注入免疫缺陷小鼠皮下組織,4周后可形成具有三胚層的畸胎瘤,將Oct4-iPSCs注入8細(xì)胞囊胚并移植于代孕母鼠子宮中可生產(chǎn)嵌合鼠。這些結(jié)果表明,Oct4-iPSCs具有類(lèi)似于胚胎干細(xì)胞(Embryonic stem cells,ESCs)的特性。

        研究發(fā)現(xiàn)福斯科林(Forskolin,F(xiàn)SK),2-甲基-5-羥基色胺和D4476等小分子化合物在沒(méi)有Oct4基因表達(dá)的情況下,結(jié)合Sox2、Klf4和c-Myc(M)3個(gè)逆轉(zhuǎn)錄因子,可使OG-MEFs重編程為iPSCs,因此可作為Oct4的化學(xué)“替代物”。隨后使用VC6T與3種Oct4化學(xué)替代物共同處理OG-MEFs,發(fā)現(xiàn)VC6T與FSK組合(VC6TF)處理細(xì)胞16 d后得到GFP陽(yáng)性克隆,這些GFP陽(yáng)性克隆表達(dá)E-鈣黏蛋白,間質(zhì)向上皮細(xì)胞轉(zhuǎn)化標(biāo)記,類(lèi)似于逆轉(zhuǎn)錄因子介導(dǎo)的早期重編程。但這些GFP陽(yáng)性克隆Oct4和Nanog的啟動(dòng)子區(qū)維持超甲基化狀態(tài),表明Oct4和Nanog在表觀遺傳上仍處于抑制狀態(tài)[17]。為了實(shí)現(xiàn)完全化學(xué)重編程,Hou等[17]進(jìn)一步篩選其他小分子化合物時(shí)發(fā)現(xiàn),VC6TF處理細(xì)胞16 d 后加入DZNep(VC6TFZ),可獲得更多GFP陽(yáng)性克隆,這些陽(yáng)性克隆形態(tài)緊湊,具有上皮樣特征,無(wú)明顯邊界,大多數(shù)多能性標(biāo)記基因的表達(dá)水平升高但仍低于ESCs表達(dá)水平,表明GFP陽(yáng)性克隆仍處于不完全重編程狀態(tài)。將這些GFP陽(yáng)性克隆經(jīng)VC6TFZ處理28 d后轉(zhuǎn)到糖原合酶激酶-3(Glycogen synthase kinase,GSK3)和絲裂原活化蛋白雙重抑制(Dual inhibition,2i)培養(yǎng)基后,GFP陽(yáng)性克隆逐漸轉(zhuǎn)變?yōu)镋SCs樣形態(tài)。這些ESCs樣克隆可擴(kuò)增培養(yǎng)30多代并維持ESCs樣形態(tài)。最后研究者將這些適應(yīng) 2i 培養(yǎng)體系,ESCs樣,GFP陽(yáng)性克隆定義為化學(xué)誘導(dǎo)多能干細(xì)胞(Chemically induced pluripotent stem cells,CiPSCs)。 隨 后 篩 選其他小分子化合物發(fā)現(xiàn),合成物視黃酸受體配體TTNPB可提高化學(xué)重編程效率達(dá)到40 倍,達(dá)到逆轉(zhuǎn)錄因子介導(dǎo)的重編程效率(0.2%)。進(jìn)一步分析建系的CiPSC發(fā)現(xiàn),其倍增時(shí)間(14.1 h-15.1 h)類(lèi)似于ESCs(14.7 h),具有AP活性并表達(dá)多能性標(biāo)記,其基因表達(dá)譜與ESCs和OSKM-iPSCs相似。CiPSCs中的Oct4和Nanog啟動(dòng)子的DNA甲基化狀態(tài)和組蛋白修飾類(lèi)似于ESCs。此外,CiPSCs在13代以內(nèi)具有正常核型和基因組完整性。將CiPSCs注射到免疫缺陷老鼠皮下能形成分化出三胚層的畸胎瘤。將CiPSCs注射到8細(xì)胞胚胎或囊胚中能產(chǎn)生嵌合鼠。相比OSKM-iPSCs產(chǎn)生的嵌合體,由CiPSCs產(chǎn)生的嵌合小鼠更健康,存活長(zhǎng)達(dá)6個(gè)月。這些結(jié)果表明CiPSCs是完全重編程為多能性干細(xì)胞(Pluripotent stem cells,PSCs)。最后經(jīng)優(yōu)化后發(fā)現(xiàn)4個(gè)基本的小分子化合物(C6FZ)任何一個(gè)缺失均會(huì)顯著降低GFP陽(yáng)性克隆率甚至無(wú)法獲得CiPSCs。

        2 小分子化合物誘導(dǎo)潛能擴(kuò)展的多能干細(xì)胞

        PSCs可衍生出兩種功能不同的多能性狀態(tài),原始態(tài)(naive)和始發(fā)態(tài)(primed)[18]。相比始發(fā)態(tài)PSCs,原始態(tài)PSCs具有更高的發(fā)育潛力[19-20]。始發(fā)態(tài)PSCs具有發(fā)育成三胚層的能力,但其不能發(fā)育到胚外層組織,如滋養(yǎng)層系,而滋養(yǎng)層系有助于胚盤(pán)發(fā)育[21]。受精卵和卵裂球在著床前發(fā)育均具有全能性,它們可分化產(chǎn)生胚胎和胚胎外譜系[22]。Yang等[23]根據(jù)鼠基態(tài)多能性條件(PD 0325901,CHIR和人白血病抑制因子(Human leukemia inhibitor factor,hLIF),篩選出一些小分子化合物以支持原始態(tài)。首先篩選出一些小分子化合物來(lái)激活Oct4遠(yuǎn)端 增 強(qiáng) 子(Oct4 distal enhancer,Oct4-DE),Oct4-DE在胚胎著床前驅(qū)動(dòng)Oct4基因表達(dá),作為始發(fā)態(tài)多能性的分子標(biāo)記。另外篩選出小分子化合物抑制TGF-β信號(hào)通路,該信號(hào)通路對(duì)于始發(fā)態(tài)hPSCs的自我更新必不可少。最終發(fā)現(xiàn)兩種小分子化合物,吡啶茚胺馬來(lái)酸鹽((S)-(+)-dimethindene maleate,DiM) 和 鹽 酸 米 諾 環(huán) 素(Minocycline Hydrochloride,MiH)支持圓頂狀hPSCs長(zhǎng)期自我更新。經(jīng)過(guò)優(yōu)化篩選,研究者建立了由hLIF、CHIR、DiM和MiH(LCDM)4個(gè)小分子化合物組成的最優(yōu)培養(yǎng)體系,該體系可以使始發(fā)態(tài)hPSCs轉(zhuǎn)化為具有原始態(tài)特性的圓頂狀hPSCs。LCDM培養(yǎng)體系還可以使hESCs和hiPSCs獲得原始態(tài)特性。LCDM-hPSCs的生長(zhǎng)速度快于始發(fā)態(tài)hPSCs,并呈現(xiàn)出更高的單細(xì)胞克隆效率,表達(dá)多能性標(biāo)記基因,具備分化出三胚層的能力,具有較高的OCT4-DE活性,雌性細(xì)胞系中缺乏組蛋白H3第27位賴氨酸三甲基化位點(diǎn),表明LCDM-hPSCs具備部分原始態(tài)hPSCs的特征。使用LCDM-mESCs做嵌合體分析發(fā)現(xiàn),來(lái)源于LCDM-mESCs的細(xì)胞除了可以整合進(jìn)入Em組織之外,還能整合進(jìn)入ExEm組織中,這表明LCDM-mESCs可能具有擴(kuò)展的發(fā)育能力。

        3 小分子化合物誘導(dǎo)細(xì)胞轉(zhuǎn)分化

        鑒于經(jīng)典的iPSCs誘導(dǎo)技術(shù),研究者相繼利用譜系特異性轉(zhuǎn)錄因子將體細(xì)胞直接重編程為其他類(lèi)型細(xì)胞,如神經(jīng)元細(xì)胞、肝臟細(xì)胞和心肌細(xì)胞等[24-28]。緊接著,小分子化合物誘導(dǎo)體細(xì)胞轉(zhuǎn)分化為不同細(xì)胞類(lèi)型開(kāi)始被探索。Cao等[29]用a肌球蛋白重鏈啟動(dòng)子驅(qū)動(dòng)GFP(Alphamyosin heavy chain promoter-driven GFP,aMHC-GFP)標(biāo)記人包皮成纖維細(xì)胞(Human foreskinfibroblast,HFF),使用一些誘導(dǎo)和促進(jìn)細(xì)胞重編程為其他類(lèi)型細(xì)胞的小分子化合物結(jié)合心臟發(fā)生相關(guān)小分子化合物,誘導(dǎo)心臟發(fā)生。首先篩選出89個(gè)促進(jìn)重編程的小分子化合物,隨后將每種小分子化合物分別添加到含SB431542,CHIR,tranylcypromine和FSK的基礎(chǔ)培養(yǎng)體系中,該基礎(chǔ)培養(yǎng)體系在單基因Oct4表達(dá)情況下可允許HFF轉(zhuǎn)分化為心肌細(xì)胞(Cardiomyocyte cells,CMs),HFF在基礎(chǔ)培養(yǎng)體系中培養(yǎng)6 d 后,轉(zhuǎn)入心臟誘導(dǎo)培養(yǎng)基(Cardiac induction medium,CIM)中培養(yǎng)5 d,CIM中含心臟發(fā)生小分子化合物激活素A,骨形成蛋白4(Bone morphogeneticprotein 4,BMP4),血管內(nèi)皮細(xì)胞生長(zhǎng)因子和CHIR,可以提高心臟基因表達(dá)。隨后將細(xì)胞再轉(zhuǎn)入人CMs條件培養(yǎng)基中進(jìn)一步成熟。經(jīng)過(guò)測(cè)試發(fā)現(xiàn),15個(gè)小分子化合物(15C)的組合能誘導(dǎo)得到aMHC-GFP陽(yáng)性克隆,進(jìn)一步優(yōu)化條件發(fā) 現(xiàn),CHIR、A83-01、BIX01294、AS8351、SC1、Y27632和OAC27個(gè)小分子化合物(7C)對(duì)于有效誘導(dǎo)CMs重編程是必不可少的。另外發(fā)現(xiàn)血小板源生長(zhǎng)因子途徑的兩個(gè)抑制劑SU16F和JNJ10198409(JNJ),可加速HFF基因的下調(diào),并且提高了CMs重編程效率。將兩種抑制劑添加到7C中組成9C,可有效地提高誘導(dǎo)CMs重編程效率。研究者將這種化學(xué)誘導(dǎo)的功能性CMs命名為(Chemically induced functional CMs,ciCMs),ciCMs表達(dá)心肌細(xì)胞標(biāo)記心肌肌鈣蛋白和心鈉素,免疫熒光檢測(cè)發(fā)現(xiàn)呈現(xiàn)出有序的心肌小節(jié),細(xì)胞內(nèi)膜電位顯示ciCMs應(yīng)對(duì)節(jié)律性鈣瞬變呈現(xiàn)出同步的動(dòng)作電位,在心臟發(fā)生程序上均較類(lèi)似于人多能干細(xì)胞分化得到的CMs。將ciCMs移植入免疫缺陷鼠心肌梗死的部位,兩周后鼠心肌梗死部位發(fā)生部分再肌化。這些結(jié)果表明ciCMs被高度重編程,且功能類(lèi)似CMs。

        Zhang等[30]使用成纖維細(xì)胞特異性蛋白1-Cre/ROSA26tdTomato系統(tǒng)從原代MEFs中排除神經(jīng)組織細(xì)胞,經(jīng)流式細(xì)胞儀分選獲得的MEFs稱(chēng)為tdMEFs,作為誘導(dǎo)NSCs的材料。隨后篩選出一些小分子化合物誘導(dǎo)MEFs的神經(jīng)相關(guān)基因表達(dá)。BMP I型受體ALK2/3的抑制劑LDN193189和TGF-b I型受體ALK4/5/7的抑制劑A83-01,是抑制中胚層和內(nèi)胚層特化的兩種小分子化合物。GSK3抑制劑CHIR和堿性成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子(Basic fibroblasts growth factor,bFGF)是支持神經(jīng)發(fā)育的兩種小分子化合物。這四種小分子化合物組合為化學(xué)特定培養(yǎng)基(M4)作為神經(jīng)誘導(dǎo)的基礎(chǔ)條件。Sox2和巢蛋白(Nestin)是NSCs的兩個(gè)典型標(biāo)記基因,MEFs經(jīng)M4培養(yǎng)基培養(yǎng)10 d 后,未檢測(cè)到Sox2+/Nestin+細(xì)胞。而在M4中添加Smo拮抗劑Hh-Ag 1.5和維甲酸組成M6后培養(yǎng)MEFs,10 d 后獲得Sox2+/Nestin+細(xì)胞。另外,甲基轉(zhuǎn)移酶抑制劑RG108,組蛋白去甲基化酶抑制劑tranylcypromine和自噬調(diào)節(jié)劑SMER28可進(jìn)一步促進(jìn)Sox2+/Nestin+細(xì)胞的產(chǎn)生,將這3個(gè)小分子化合物添加到M6中組成M9。M9可有效誘導(dǎo)成纖維細(xì)胞轉(zhuǎn)分化為Sox2+/Nestin+細(xì)胞,去除其中任何一種均影響重編程效率。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)M9處理的細(xì)胞經(jīng)過(guò)一個(gè)MET過(guò)程,第6天逐漸出現(xiàn)克隆,這些經(jīng)過(guò)MET過(guò)程的克隆具有AP活性,6 d 后,Sox2基因大量表達(dá),到第10天,NSCs相關(guān)基因包括Pax6、Sox2、Ascl1和Olig2表達(dá)。隨后將M9誘導(dǎo)得到的Sox2+/Nestin+細(xì)胞轉(zhuǎn)入含bFGF和表皮生長(zhǎng)因子(Epidermal growth factor,EGF)的常規(guī)NSCs培養(yǎng)基中。這些細(xì)胞呈現(xiàn)出指數(shù)增長(zhǎng)模式,懸浮培養(yǎng)后可形成神經(jīng)球,細(xì)胞周期分布類(lèi)似于原代神經(jīng)前體細(xì)胞(Primaryneural progenitor cells,pri-NPCs)和NSCs。研究者將這種由纖維細(xì)胞獲得、增殖速率快、呈Sox2+/Nestin+并可自我更新的細(xì)胞命名為化學(xué)誘導(dǎo)神經(jīng)干細(xì)胞樣細(xì)胞(Chemical-induced neural stem cell-like cells,ciNSLCs)。ciNSLCs在無(wú) bFGF 和 EGF的分化條件下可分化為T(mén)uj1+神經(jīng)元和GFAP+(glial fibrillary acidic protein)星形膠質(zhì)細(xì)胞。

        4 展望

        小分子化合物誘導(dǎo)細(xì)胞類(lèi)型轉(zhuǎn)換已在人和鼠體內(nèi)實(shí)現(xiàn),通過(guò)小分子化合物從體細(xì)胞誘導(dǎo)獲得更安全的iPSCs、ciCMs和ciNSLCs,這些誘導(dǎo)細(xì)胞為臨床患者特異性治療帶來(lái)了希望。但小分子誘導(dǎo)細(xì)胞類(lèi)型轉(zhuǎn)換效率有得提高,這也是目前小分子化合物研究的熱點(diǎn)和難點(diǎn)。此外,細(xì)胞重編程的內(nèi)在機(jī)制還需進(jìn)一步明確,從而篩選出更加安全可靠、誘導(dǎo)效率更高的小分子化合物或其他物質(zhì),從而為疾病治療提供有效的細(xì)胞資源。同時(shí),這一研究有望對(duì)揭示某些癌癥的誘因并針對(duì)性提出相應(yīng)的治療方案提供理論依據(jù)。另外,誘導(dǎo)細(xì)胞重編程研究主要集中在人和鼠的物種上,對(duì)其他大型哺乳動(dòng)物如家畜豬牛羊的研究較少,也是未來(lái)需要探究的領(lǐng)域。

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