周桂蓮，許育彬，席美麗，華千勇

(西北農(nóng)林科技大學(xué)《麥類作物學(xué)報(bào)》編輯部 陜西楊凌712100)

大多數(shù)生物學(xué)、農(nóng)學(xué)和醫(yī)學(xué)期刊都會(huì)刊登分子生物學(xué)論文。這類論文中常常涉及到基因、基因在染色體上的位點(diǎn)以及引物、分子標(biāo)記等內(nèi)容。盡管這些內(nèi)容早已不是什么新鮮事物，但在許多期刊發(fā)表的這類論文中，基因、位點(diǎn)、引物、分子標(biāo)記、引物序列等符號(hào)的編排格式至今仍然五花八門；而且因?yàn)闊o(wú)據(jù)可依，致使許多編輯人員無(wú)所適從。雖然已經(jīng)有人撰文探討過基因、蛋白質(zhì)、內(nèi)切酶、病毒和質(zhì)粒的正斜體編排問題[1-5]，但論述都比較簡(jiǎn)短，且都未涉及基因位點(diǎn)、引物、分子標(biāo)記等符號(hào)以及基因芯片型號(hào)、引物的核苷酸序列、基因符號(hào)中阿拉伯?dāng)?shù)字的規(guī)范編排問題，有些文章還給出了一些含糊甚至錯(cuò)誤的信息，比如有文章稱：“按照《TIG 遺傳命名指南》[6]，人類基因的符號(hào)由斜體大寫的拉丁字母與正體的阿拉伯?dāng)?shù)字組成?！边@其中“正體的阿拉伯?dāng)?shù)字”就是個(gè)錯(cuò)誤信息，《TIG遺傳命名指南》中并沒有這樣的信息。因此，本文統(tǒng)計(jì)分析了國(guó)內(nèi)外 130種生物學(xué)期刊關(guān)于這些符號(hào)的編排格式，提出了這些符號(hào)的規(guī)范使用建議。

1 國(guó)內(nèi)外科技期刊中幾種常見分子生物學(xué)名詞符號(hào)的現(xiàn)行編排格式

1.1 問題調(diào)查與數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)方法

在中國(guó)知網(wǎng)《期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù)》中選取80種近幾年刊登分子生物學(xué)論文較多的學(xué)術(shù)性中文科技期刊，其中，生物學(xué)期刊20種，農(nóng)學(xué)期刊30種，醫(yī)學(xué)期刊30種；在美國(guó)《科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫(kù)》中選取50種近幾年刊登分子生物學(xué)論文較多的英文科技期刊，其中，生物學(xué)期刊10種，農(nóng)學(xué)期刊20種，醫(yī)學(xué)期刊20種。于2017年6月下旬，分別用“分子標(biāo)記”“基因”“位點(diǎn)”“引物序列”“基因芯片”(或其相應(yīng)的英文)為關(guān)鍵詞逐刊檢索其2016年以來(lái)發(fā)表的論文，每刊取不同期號(hào)發(fā)表的2～4篇文章，統(tǒng)計(jì)其中基因、基因位點(diǎn)、引物、分子標(biāo)記符號(hào)以及SNP基因芯片型號(hào)的編排格式，同時(shí)統(tǒng)計(jì)了引物序列轉(zhuǎn)行時(shí)是否加有連字符的情況。

1.2 調(diào)查結(jié)果與分析

1.2.1 基因符號(hào)的現(xiàn)行編排格式

簡(jiǎn)單地說(shuō)，基因是含特定遺傳信息的核苷酸序列，是遺傳信息的最小功能單位[7]。具體一點(diǎn)說(shuō)，基因是基因組序列中與調(diào)控、轉(zhuǎn)錄和/或其他功能序列相關(guān)聯(lián)的有確定位置的區(qū)段，對(duì)應(yīng)于一個(gè)遺傳單位[8]?；虻拿诓煌锓N間還沒有統(tǒng)一的規(guī)則，但各物種內(nèi)的基因命名已趨于遵循統(tǒng)一的規(guī)則，具體可參見有關(guān)文獻(xiàn)[6-12]。比如細(xì)菌的基因符號(hào)由3個(gè)小寫斜體字母組成，具有相同表型的不同基因座(locus，如今一般被翻譯為基因位點(diǎn))突變用斜體大寫字母后綴相區(qū)別，等位基因用緊隨基因座名稱后的一系列特定的數(shù)字來(lái)表示[6]，如araA2表示ara基因座A的2位突變。因?yàn)槊恳粋€(gè)物種都有一個(gè)國(guó)際性的基因命名委員會(huì)，已經(jīng)注冊(cè)的基因都已被命名，并且經(jīng)過了有關(guān)委員會(huì)的審批[6-10]，作者在撰寫論文時(shí)，一般都會(huì)自覺采用已有的名稱；在命名新發(fā)現(xiàn)的基因時(shí)，一般也都會(huì)遵循本物種的基因命名規(guī)則。因此，絕大多數(shù)學(xué)術(shù)期刊中出現(xiàn)的問題都不是基因名稱是否正確，而是基因符號(hào)的編排格式不規(guī)范。最普遍的問題是基因符號(hào)的正斜體格式不規(guī)范。在《TIG遺傳命名指南》[6]中，所有基因符號(hào)中的字母都被要求為斜體，包括表示復(fù)等位基因的上角標(biāo)字母(如豌豆crtys)在內(nèi)；數(shù)字的正斜體雖然沒有明確要求，但所有舉例中，無(wú)論是阿拉伯?dāng)?shù)字還是羅馬數(shù)字，也不管它們?cè)诨蚍?hào)的末尾、中間，還是上標(biāo)位置，一律都是斜體(例如細(xì)菌基因lacA1，lac-23；枯草芽孢桿菌突變體基因spo0A，spoⅡB；斑馬魚基因cyctf219)，未見一處例外。而從表1可知，在筆者調(diào)查的80種國(guó)內(nèi)學(xué)術(shù)期刊中，基因符號(hào)有多種編排格式，其中，所有字母和數(shù)字均為斜體的期刊只占36.25%，字母為斜體、數(shù)字為正體的期刊占31.25%，還有少量期刊是部分字母為斜體、部分字母(比如代表基因座的大寫字母)和數(shù)字為正體(比如將大腸桿菌aroG 基因?qū)懗蒩roG)；最不應(yīng)該發(fā)生的情況是，在不同文章，尤其是不同期號(hào)的不同文章中，格式不統(tǒng)一，在這一篇文章中是字母和數(shù)字均為斜體，在另一篇文章中是字母斜體、數(shù)字正體，這樣的期刊還不少，占到了總數(shù)的13.75%。這正是沒有統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)造成的不良后果。

國(guó)外 SCI收錄期刊的格式統(tǒng)一度要高得多。在所調(diào)查的 50種期刊中，基因名稱和基因符號(hào)的字母和數(shù)字均為斜體的期刊占 90.00%；字母為斜體、數(shù)字為正體的期刊占 10.00%，多為亞非拉國(guó)家主辦的期刊；沒有字母和數(shù)字均為正體的期刊。

1.2.2 基因位點(diǎn)符號(hào)的現(xiàn)行編排格式

基因在染色體上占有的特定位置叫基因位點(diǎn)，又稱為遺傳基因座[13]。一個(gè)基因位點(diǎn)上往往存在兩個(gè)或兩個(gè)以上的基因，這些基因被稱為等位基因或復(fù)等位基因[14]?；蛭稽c(diǎn)符號(hào)一般也都由字母和阿拉伯?dāng)?shù)字組成，有時(shí)也會(huì)有連字符。在《TIG遺傳命名指南》[6]中，基因位點(diǎn)(locus)被翻譯為基因座，一般是在基因符號(hào)后加上適當(dāng)?shù)暮缶Y來(lái)表示；基因位點(diǎn)符號(hào)中的字母和數(shù)字也都為斜體，如 1B染色體上控制小麥株高的位點(diǎn)符號(hào)為 Rht-B1。國(guó)內(nèi)學(xué)術(shù)期刊在基因位點(diǎn)符號(hào)的編排格式上更為混亂(見表 1)，在筆者調(diào)查的 80種期刊中，字母和數(shù)字均為正體的期刊比例最大(32.50%)；字母和數(shù)字均為斜體的期刊次之(27.50%)；字母為斜體、數(shù)字為正體的期刊也占有不小的比例(21.25%)；在不同文章中格式不統(tǒng)一的期刊占 18.75%，其中個(gè)別期刊在同一篇文章中前后的格式都不一致，有的是字母和數(shù)字均為正體，有的是字母斜體、數(shù)字正體。

國(guó)外 SCI收錄期刊的格式也不夠統(tǒng)一，但與基因符號(hào)的情況相似，仍然以字母和數(shù)字均為斜體者占絕大多數(shù)(82.00%)；字母為斜體、數(shù)字為正體的期刊只占 10.00%；不同文章中格式不統(tǒng)一的期刊占8.00%。后兩類多為亞非拉國(guó)家主辦的期刊。

1.2.3 引物和分子標(biāo)記符號(hào)的現(xiàn)行編排格式

引物(primer)是人工合成的、作為 DNA 復(fù)制起始點(diǎn)的兩段寡核苷酸序列[15]。分子標(biāo)記(molecular markers)有廣義和狹義之分。廣義的分子標(biāo)記是指可遺傳并可檢測(cè)的 DNA序列或蛋白質(zhì)，狹義的分子標(biāo)記是指 DNA標(biāo)記，也就是能反映生物個(gè)體或種群間基因組中某種差異的特異性DNA片段[16]。

引物和分子標(biāo)記的符號(hào)一般也都由字母和數(shù)字組成，應(yīng)該用正體還是斜體，也沒有統(tǒng)一規(guī)定，國(guó)內(nèi)學(xué)術(shù)期刊在其編排格式上也不夠統(tǒng)一(見表 1)。在筆者調(diào)查的 80種中文期刊中，引物符號(hào)中的字母和數(shù)字均為正體的期刊占 70.00%，字母和數(shù)字均為斜體的期刊占 8.75%，在不同文章中正斜體格式不統(tǒng)一的期刊占 21.25%；分子標(biāo)記符號(hào)中的字母和數(shù)字均為正體的期刊占48.75%，字母和數(shù)字均為斜體的期刊占16.25%，字母為斜體、數(shù)字為正體的期刊占 7.50%，在不同文章中或者同一篇文章的正文與圖表中正斜體格式不統(tǒng)一的期刊占27.50%。

SCI收錄的國(guó)外期刊中，引物符號(hào)的格式比較統(tǒng)一，字母和數(shù)字均為正體的期刊占86.00%，均為斜體的期刊占12.00%；不同文章中格式不統(tǒng)一的期刊只占2.00%；分子標(biāo)記符號(hào)的格式也比較統(tǒng)一，字母和數(shù)字均為正體的期刊占 82.00%，均為斜體的期刊占12.00%；不同文章中格式不統(tǒng)一的期刊占6.00%。

表1 國(guó)內(nèi)外科技期刊所發(fā)表的分子生物學(xué)論文中幾種常見名詞符號(hào)的編排格式Tab.1 Formatting of normal nouns and symbols for molecular biology papers published in domestic or overseas sci-tech journals

需要特別說(shuō)明的是，有一類 SSR(Simple sequence repeats)標(biāo)記，比如檢測(cè)小麥抗病基因的 SSR標(biāo)記 Xcfd81、Xwmc154、Xgwm429等等，其符號(hào)開頭的 X代表基因位點(diǎn)，所以這類標(biāo)記符號(hào)一般都被排為斜體，這是應(yīng)該的。同一種期刊的不同論文或同一篇論文中，這類標(biāo)記被排為斜體，其他標(biāo)記(如SCAR標(biāo)記 SCAR203)被排為正體，筆者在調(diào)查統(tǒng)計(jì)時(shí)，未將其視為“格式不統(tǒng)一”。

1.2.4 引物序列的現(xiàn)行編排格式

引物序列(Primer sequences)即引物的核苷酸序列，也就是 DNA或 RNA中堿基的排列順序，如 5'-GTGATGAAGTCGGAGTGGCA-3'，其中的 A、T、G、C代表4種堿基。有些引物比較長(zhǎng)，含有四五十個(gè)堿基，排版時(shí)往往需要轉(zhuǎn)行，轉(zhuǎn)行時(shí)，不宜在堿基之間加連字符，因?yàn)橐粋€(gè)連字符代表一個(gè)省略的堿基，轉(zhuǎn)行時(shí)所加的連字符容易被誤認(rèn)為省略了一個(gè)堿基。

國(guó)內(nèi)中文期刊中，引物序列符號(hào)轉(zhuǎn)行時(shí)不加連字符的期刊占 57.50%，轉(zhuǎn)行時(shí)加連字符的期刊占42.50%。SCI收錄的國(guó)外期刊中，引物序列符號(hào)轉(zhuǎn)行時(shí)不加連字符的占 92.00%，轉(zhuǎn)行時(shí)加連字符的占8.00%，后者基本為亞洲和非洲期刊。

1.2.5 SNP基因芯片型號(hào)的現(xiàn)行編排格式

基因芯片又稱DNA 芯片(DNA chip)、DNA 微陣列(DNA microarray)、DNA 微陣列芯片(DNA microarray chip)，是以預(yù)先設(shè)計(jì)的方式將大量的生物訊息密碼(寡核苷酸、cDNA、基因組DNA 等)固定在玻片、硅片、聚丙烯膜、尼龍膜等固相載體上組成的密集分子陣列[17]。其中的SNP(Single Nucleotide Polymorphisms，單核苷酸多態(tài)性)基因芯片有90K、60K等不同型號(hào)。SCI收錄的國(guó)外期刊中，這種K為大寫者占96.00%，為小寫者僅占4.00%，并且與數(shù)字之間均無(wú)空格。但國(guó)內(nèi)中文期刊中，這種K有大寫、小寫、與數(shù)字之間留空格和不留空格4種格式，如90K、90,K、90k、90,k，有時(shí)同一篇論文中出現(xiàn)4種或3種格式：K為大寫、與數(shù)字之間無(wú)空格的期刊占38.75%；K為小寫、與數(shù)字之間有空格或無(wú)空格的期刊占17.50%；在不同文章或同一篇文章中格式不統(tǒng)一的期刊占31.25%。

2 上述符號(hào)的規(guī)范編排建議

沒有統(tǒng)一的國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)，可能是造成我國(guó)眾多科技期刊分子生物學(xué)名詞符號(hào)編排不規(guī)范的主要原因。因此，中國(guó)科技期刊編輯學(xué)會(huì)應(yīng)該盡快牽頭制定與上述分子生物學(xué)符號(hào)編排格式有關(guān)的國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)，讓相關(guān)期刊有據(jù)可依。在標(biāo)準(zhǔn)制定中，應(yīng)以《TIG遺傳命名指南》為基準(zhǔn)，以方便期刊排版操作為原則，以多數(shù)國(guó)際性期刊的習(xí)慣格式為標(biāo)樣。筆者在此提出幾點(diǎn)建議，供標(biāo)準(zhǔn)制定者和有關(guān)期刊參考：①根據(jù)《TIG遺傳命名指南》及90%國(guó)外期刊的慣例，建議基因和位點(diǎn)符號(hào)中的字母和數(shù)字都用斜體。②根據(jù) 80%以上國(guó)外期刊的慣例，建議引物和標(biāo)記符號(hào)中的字母和數(shù)字都用正體。③將引物序列盡量排在同一行，必須轉(zhuǎn)行時(shí)，一定不要加連字符。④根據(jù) 95%以上國(guó)外期刊的慣例，建議SNP基因芯片型號(hào)中的字母大寫，字母與數(shù)字之間不留空格。■

［1］張翠英. 基因及蛋白質(zhì)符號(hào)的規(guī)范編排[J]. 編輯學(xué)報(bào)，2004，16(4)：262-263.

［2］郭建順，沈曉峰，張學(xué)東. 分子生物學(xué)書刊中限制性內(nèi)切酶的規(guī)范表達(dá)[J]. 編輯學(xué)報(bào)，2005，17(3)：195-196.

［3］張冰. 科技期刊中基因及蛋白質(zhì)的規(guī)范表達(dá)[J]. 學(xué)報(bào)編輯論叢，2007：81-83.

［4］夏元玲，高玨，周麗萍，等. 分子生物學(xué)類論文中幾類常見名詞的正斜體編排[J]. 編輯學(xué)報(bào)，2009，21(2)：127-128.

［5］王連芬，張立方，孫勇. Taq 酶正斜體編排問題的探討[J]. 中國(guó)科技期刊研究，2011，22(2)：291-292.

［6］分子生物學(xué)進(jìn)展編輯部. TIG遺傳命名指南[M]. 王金發(fā)，陳中健，楊琳，等譯. 北京：科學(xué)出版社，2002.

［7］Helen P. What is a Gene?[J]. Nature，2006(441)：398-401.

［8］張輝，丁蘭，梁前進(jìn)，等. 基因組學(xué)中幾個(gè)分子生物學(xué)問題的探討[J]. 生物學(xué)通報(bào)，2009，44(3)：17-19.

［9］Wain H M，Bruford E A，Lovering R C，et al. Guidelines for human gene nomenclature[J]. Genomics，2002，79(4)：464-470.

［10］Wright M W，Bruford E A. Human and orthologous gene nomenclature[J]. Gene，2006(369)：1-6.

［11］方福德，向若蘭，楊燕麗，等. 如何命名和書寫基因：最新國(guó)際人類基因命名和書寫規(guī)則[J]. 中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院學(xué)報(bào)，2005，27(129)：128-134.

［12］Price C A，Reardon E M. Mendel，a database of nomenclature for sequenced plant genes[J]. Nucleic Acids Reserch，2001，29(1)：118-119.

［13］Robert H. 世界最新英漢雙解細(xì)胞與分子生物學(xué)詞典[M]. 3版. 西安：世界圖書出版公司，2008：319.

［14］趙壽元，喬守怡. 現(xiàn)代分子生物學(xué)[M]. 2版. 北京：高等教育出版社，2008：35.

［15］劉春宇，張春玲，夏家輝. 隨機(jī)引物在分子生物學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展，1996，23(6)：517-520.

［16］黎裕，賈繼增，王天宇. 分子標(biāo)記的種類及其發(fā)展[J]. 生物技術(shù)通報(bào)，1999(4)：19-22.

［17］孫兵，閆彩霞，張廷婷，等. 基因芯片技術(shù)在植物基因克隆中的應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)，2009，28(1)：153-158.