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        葡萄品種分子鑒定研究進(jìn)展及展望

        2018-02-06 21:28:03李貝貝劉崇懷姜建福
        江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2017年15期
        關(guān)鍵詞:品種鑒定分子標(biāo)記基本原理

        李貝貝 劉崇懷 姜建福

        摘要:品種鑒定是葡萄種質(zhì)資源保存、研究、開(kāi)發(fā)利用以及新品種品種權(quán)保護(hù)的重要依據(jù)。隨著分子生物學(xué)技術(shù)的深入發(fā)展,出現(xiàn)了多種基于DNA水平的分子標(biāo)記技術(shù)用于品種鑒定。本文綜述了目前國(guó)內(nèi)外幾種主要的分子標(biāo)記技術(shù)(AFLP、RAPD、SSR、ISSR、SRAP、SNP、iPBS)在葡萄品種鑒定中的應(yīng)用與研究進(jìn)展,并闡述了各種標(biāo)記方法的基本原理和特點(diǎn),以期為今后葡萄品種鑒定提供參考依據(jù)。

        關(guān)鍵詞:葡萄;分子標(biāo)記;品種鑒定;研究進(jìn)展;基本原理;特點(diǎn)

        中圖分類號(hào):S663.101 文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A

        文章編號(hào):1002-1302(2017)15-0015-06

        葡萄為葡萄科(Vitaceae)葡萄屬(Vitis L.)植物,是世界范圍內(nèi)栽培最廣泛的樹種之一,目前世界已經(jīng)報(bào)道的葡萄品種有6 000~10 000個(gè)[1]。在葡萄的生產(chǎn)過(guò)程中,優(yōu)良品種是提高葡萄質(zhì)量和種植效益的必要條件,也是其產(chǎn)業(yè)持續(xù)發(fā)展的重要保障,回顧我國(guó)葡萄產(chǎn)業(yè)的發(fā)展歷程,每一個(gè)快速發(fā)展時(shí)期都伴隨著新品種的引進(jìn)、選育與推廣,新品種對(duì)促進(jìn)葡萄產(chǎn)業(yè)的發(fā)展發(fā)揮著越來(lái)越重要的作用[2]。

        葡萄多為無(wú)性繁殖,扦插繁殖容易,不同地區(qū)之間品種交流頻繁,導(dǎo)致其種類和品種繁多,同名異物及同物異名現(xiàn)象嚴(yán)重[3]。另外,由于國(guó)內(nèi)現(xiàn)階段的種苗市場(chǎng)管理還不完善,部分不法苗木商為了自身利益,導(dǎo)致市場(chǎng)上以劣充優(yōu)、以假亂真現(xiàn)象時(shí)有發(fā)生[4]。因此,為了保護(hù)育種者的權(quán)益及保證葡萄產(chǎn)業(yè)健康發(fā)展,對(duì)葡萄品種進(jìn)行快速、準(zhǔn)確可靠的鑒定顯得尤為重要。同時(shí),隨著我國(guó)加入世貿(mào)組織和國(guó)際植物新品種保護(hù)聯(lián)盟后,一個(gè)新品種的推廣、產(chǎn)權(quán)保護(hù)都必須提供該品種特異的鑒定標(biāo)記[5]。而傳統(tǒng)的品種鑒定都以形態(tài)學(xué)標(biāo)記為主,該方法易受環(huán)境及季節(jié)的影響,且鑒定時(shí)間長(zhǎng)、工作量大。此外,由于新品種選育技術(shù)的同質(zhì)化,品種之間的形態(tài)差異也越來(lái)越小,目測(cè)區(qū)分植株性狀就顯得越來(lái)越困難。

        近年來(lái),隨著分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展與成熟,使根據(jù)遺傳物質(zhì)DNA在不同生物個(gè)體之間的差異來(lái)鑒別生物物種成為可能,并且取得了顯著成果。分子標(biāo)記技術(shù)是一種以DNA多態(tài)性為基礎(chǔ),通過(guò)檢測(cè)DNA分子由于缺失、插入、易位、倒位、重排或存在長(zhǎng)短與排列不一的重復(fù)序列等機(jī)制而產(chǎn)生多態(tài)性的技術(shù)[6],該技術(shù)不受環(huán)境因素及發(fā)育階段的影響,具有快速、簡(jiǎn)單、準(zhǔn)確、可靠、穩(wěn)定、經(jīng)濟(jì)等特點(diǎn)。國(guó)際植物品種權(quán)保護(hù)聯(lián)盟(International Union for the Protection of New Varieties of Plants,簡(jiǎn)稱UPOV)也將DNA分子標(biāo)記鑒定作為農(nóng)作物品種DUS(distinctness uniformity and stability)測(cè)試的輔助手段[7]。已經(jīng)發(fā)展起來(lái)的分子標(biāo)記多達(dá)60多種,應(yīng)用較廣的主要有AFLP、RAPD、SSR、ISSR、SRAP、SNP以及iPBS等。目前,DNA分子標(biāo)記鑒定技術(shù)已在多種作物上開(kāi)展了廣泛的研究,在葡萄品種的鑒定方面取得了很大的進(jìn)展,本文對(duì)目前國(guó)內(nèi)外7種主要的分子標(biāo)記技術(shù)原理以及在葡萄品種鑒定上的應(yīng)用進(jìn)展作一綜述,以期為今后葡萄品種鑒定技術(shù)的選擇提供參考依據(jù)。

        1國(guó)內(nèi)外葡萄品種的鑒定技術(shù)

        1.1RAPD技術(shù)

        隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)分子標(biāo)記發(fā)展于1990年[8-9],它是以基因組DNA為模板,利用人工合成的單鏈隨機(jī)引物(一般8~10 bp)對(duì)其進(jìn)行PCR擴(kuò)增,通過(guò)凝膠電泳檢測(cè)擴(kuò)增片段,從而得到多態(tài)性標(biāo)記的一種技術(shù)。RAPD標(biāo)記簡(jiǎn)便、快速、成本低,無(wú)須了解基因組序列信息,DNA用量少,基于以上優(yōu)點(diǎn),被廣泛應(yīng)用于種質(zhì)資源鑒定及遺傳關(guān)系分析等方面[10-14]。

        1997年,Stavrakakis利用15個(gè)RAPD標(biāo)記鑒別了8個(gè)希臘品種,結(jié)果表明,RAPD標(biāo)記技術(shù)適合用于葡萄品種鑒定[15]。王軍等利用RAPD標(biāo)記技術(shù)分別分析了中國(guó)野生葡萄和鮮食葡萄,認(rèn)為RAPD標(biāo)記技術(shù)可有效區(qū)分葡萄種質(zhì),是一種快速、經(jīng)濟(jì)實(shí)用的分子標(biāo)記技術(shù)[16-17]。Bajraktari等以Rahovec的6個(gè)主栽品種為材料,利用10對(duì)高效的RAPD引物對(duì)其進(jìn)行鑒定分析,鑒定結(jié)果與形態(tài)學(xué)檢測(cè)的結(jié)果完全一致,6份種質(zhì)均被區(qū)分開(kāi),排除了同名異物的存在[18]。2008年,李玉霞等依據(jù)RAPD技術(shù)對(duì)蛇龍珠葡萄的來(lái)源和親緣關(guān)系進(jìn)行了分析,認(rèn)為蛇龍珠可能為法國(guó)的嘎赫姆奈赫,而非以前被認(rèn)為的品麗珠[19]。隨后,2012年李紅娟等利用RAPD分子標(biāo)記對(duì)8個(gè)蛇龍珠營(yíng)養(yǎng)系進(jìn)行遺傳多樣性分析,并將其與赤霞珠和品麗珠之間的親緣關(guān)系進(jìn)行驗(yàn)證,結(jié)果顯示蛇龍珠的5個(gè)營(yíng)養(yǎng)系之間沒(méi)有任何差別,其余3個(gè)營(yíng)養(yǎng)系之間卻存在一定的差別,提出了蛇龍珠在遺傳基礎(chǔ)上與品麗珠有一定的差異,應(yīng)屬不同品種[20]。Zhao等用基于RAPD標(biāo)記的MCID法完成了對(duì)葡萄品種的鑒定,該方法對(duì)將來(lái)葡萄品種鑒定以及新品種權(quán)保護(hù)具有重要意義[21-23]。El-Sayed等僅用1對(duì)RAPD引物就將Thompson Seedless、Red Roomy、Palomino、Rish Baba、Ruby Seedless、Beauty Seedless、Superior和Flame Seedless等8個(gè)葡萄品種區(qū)分開(kāi),再次證明了RAPD標(biāo)記鑒定葡萄品種的可行性[24]。另外,RAPD標(biāo)記還可用于區(qū)分芽變品種,如張國(guó)海成功地應(yīng)用RAPD分子標(biāo)記鑒定了巨峰及其芽變品種98-2、京亞及其芽變品種洛浦早生[25]。RAPD分子標(biāo)記以其獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)在20世紀(jì)90年代前期得到了廣泛的應(yīng)用,但在實(shí)際應(yīng)用中也存在一定的缺陷,其穩(wěn)定性和重復(fù)性較差,這主要是因?yàn)樵摲N標(biāo)記是顯性標(biāo)記,不能區(qū)別純合體和雜合體。

        1.2AFLP技術(shù)

        擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)標(biāo)記是由荷蘭科學(xué)家Zabeau等發(fā)明的一種分子標(biāo)記技術(shù)[26-27]。其基本原理是利用成對(duì)的限制性內(nèi)切酶對(duì)基因組DNA進(jìn)行酶切,酶切片段與人工接頭(與酶切片段含有共同黏末端)連接,并通過(guò)引物(引物由接頭,酶切位點(diǎn)和2~3個(gè)核苷酸組成)擴(kuò)增得到大量DNA片段,最后通過(guò)聚丙烯酰氨凝膠電泳對(duì)擴(kuò)增片段多態(tài)性進(jìn)行檢測(cè)。AFLP技術(shù)結(jié)合了RFLP與RAPD等2種分子標(biāo)記技術(shù)的優(yōu)點(diǎn),既有前者的可靠性,又有后者的靈敏性。endprint

        AFLP技術(shù)以其重復(fù)性好、多態(tài)性高、分辨率高等優(yōu)勢(shì)常被用于葡萄無(wú)性系變異或突變品種的鑒定[28-29]。該技術(shù)可以解決同工酶標(biāo)記、形態(tài)學(xué)、生物化學(xué)等不能解決的問(wèn)題。Scott等成功地應(yīng)用AFLP技術(shù)鑒定了火焰無(wú)核及其早熟突變體,這也是首次利用AFLP標(biāo)記成功鑒定突變體[30]。Cervera等利用AFLP分子標(biāo)記技術(shù)對(duì)35個(gè)鮮食品種及2個(gè)Napoleon無(wú)性系變異品種(N10-7、N76-7)進(jìn)行鑒定,分別使用2個(gè)引物組合[2E(+ACC,+ACT)/M+CAT,2E(+ACC,+ACT)/M+CTG]和1個(gè)引物組合[2E(+ACC,+ACT)/M+CTT]將鮮食品種和無(wú)性系變異品種區(qū)分開(kāi),結(jié)果表明,AFLP技術(shù)是鑒定無(wú)性系變異品種的一種有效方法[31]。超藤葡萄是藤稔的芽變品種,二者親緣關(guān)系十分接近,鮑露等應(yīng)用傳統(tǒng)的形態(tài)標(biāo)記以及RAPD分子標(biāo)記不易將其區(qū)分開(kāi),而利用AFLP標(biāo)記成功地將其區(qū)分開(kāi),這突顯了AFLP標(biāo)記的重復(fù)性強(qiáng)、多態(tài)性豐富的優(yōu)點(diǎn)[32]。2011年,Vlba等采用SSR標(biāo)記與AFLP標(biāo)記成功地鑒別開(kāi)一對(duì)同物異名品種(Glianico Nero與Aglianico del Vulture Nero),而早在2001年Costacurta已提出了這樣的猜測(cè),Vlba等對(duì)其進(jìn)行了驗(yàn)證,認(rèn)為AFLP是區(qū)分同名異物或同物異名品種的有效方法[33]。無(wú)性系篩選是葡萄品種改良的重要方法,近年來(lái)育種家在無(wú)性系篩選方面也做了很多工作,Manjari Naveen是依據(jù)形態(tài)學(xué)篩選出的一個(gè)無(wú)核白雞心的無(wú)性系變異品種,2013年Shinde等對(duì)Manjari Naveen與無(wú)核白雞心的DNA進(jìn)行了AFLP分析,結(jié)果顯示Manjari Naveen與無(wú)核白雞心為2個(gè)不同的品種[34]。雖然AFLP分子標(biāo)記穩(wěn)定性好、準(zhǔn)確性高、能有效區(qū)分親緣關(guān)系較近的品種,但其對(duì)DNA質(zhì)量要求較高,并且操作復(fù)雜、成本較高。

        1.3ISSR技術(shù)

        簡(jiǎn)單重復(fù)間序列(inter simple sequence repeat,ISSR)是基于微衛(wèi)星標(biāo)記(SSR)發(fā)展而來(lái)的一種分子標(biāo)記,由Zietkiewicz等于1994年提出[35]。[JP2]它是在微衛(wèi)星序列的3′端或5′端錨定2~4個(gè)核苷酸,以其為引物對(duì)SSR之間的DNA片段進(jìn)行擴(kuò)增。ISSR技術(shù)即利用了豐富的SSR序列信息,同時(shí)又克服了RFLP技術(shù)的局限性和RAPD的假陽(yáng)性[36],以其簡(jiǎn)單迅速、多態(tài)性豐富、穩(wěn)定高效等特點(diǎn)被廣泛應(yīng)用于品種鑒定、親緣關(guān)系鑒定、遺傳多樣性分析以及遺傳圖譜構(gòu)建等方面。[JP]

        Argade等以印度的43份無(wú)籽葡萄品種(歐亞種)為材料,利用ISSR分子標(biāo)記方法對(duì)其進(jìn)行鑒定,篩選出的14個(gè)多態(tài)性引物能夠準(zhǔn)確地將樣本區(qū)分開(kāi),其中有3對(duì)ISSR引物(UBC857、888和890)能將該42個(gè)無(wú)籽葡萄品種全部清楚地區(qū)分開(kāi)[37]。Hassan等依據(jù)表型、ISSR標(biāo)記對(duì)3份埃及葡萄品種進(jìn)行分析,經(jīng)UPGMA軟件聚類發(fā)現(xiàn)Red Romy與Matrouh親緣關(guān)系較近,與Bez E1-anza較遠(yuǎn),認(rèn)為ISSR標(biāo)記適合于葡萄品種鑒定[38]。2014年,Choudhary等用ISSR分子標(biāo)記技術(shù),采用10對(duì)ISSR引物對(duì)Nanasaheb purple、Sonaka、Thompson seedless和Ganesh的遺傳變異進(jìn)行了分析,再次證明ISSR標(biāo)記用于葡萄品種鑒定的可行性[39]。錢春等利用ISSR分子標(biāo)記方法分別鑒定了白香蕉及其芽變品種和巨峰及其芽變株系,結(jié)果表明,ISSR標(biāo)記能有效用于芽變鑒定[40-41]。李繼洋等對(duì)新疆19份葡萄品種的DNA進(jìn)行了ISSR分析,建立了14個(gè)葡萄品種的DNA指紋圖譜,為葡萄品種的快速鑒定奠定了基礎(chǔ)[42]。張永輝等應(yīng)用ISSR技術(shù)分析了81份葡萄品種的遺傳關(guān)系,根據(jù)聚類結(jié)果,將誤定為毛葡萄的毛葡萄1099確定為桑葉葡萄,并確定福建野葡萄和華東葡萄1058屬于同物異名材料[43]。張娜以新疆的137份葡萄種質(zhì)為試驗(yàn)材料,采用ISSR標(biāo)記對(duì)其遺傳多樣性進(jìn)行了分析,根據(jù)聚類結(jié)果得知新疆本地葡萄品種并非野生種,而是由歐亞種演變而來(lái)的[44]。綜上所述,ISSR技術(shù)適合用于葡萄品種鑒定,但I(xiàn)SSR也存在一定的缺點(diǎn),即其只是部分共顯性,不能有效區(qū)分檢測(cè)位點(diǎn)的純合與雜合。

        1.4SRAP技術(shù)

        相關(guān)序列擴(kuò)增多態(tài)性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)發(fā)展于2001年,由美國(guó)加州大學(xué)的Li等提出[45]。其原理是利用設(shè)計(jì)的引物對(duì)開(kāi)放閱讀框(open reading frames,ORFs)進(jìn)行擴(kuò)增[46],正向引物對(duì)外顯子進(jìn)行擴(kuò)增,反向引物對(duì)內(nèi)含子和啟動(dòng)子區(qū)域進(jìn)行擴(kuò)增,由于不同物種以及個(gè)體間的內(nèi)含子、啟動(dòng)子和間隔序列存在很大的變異,從而擴(kuò)增出多態(tài)性片段。SRAP分子標(biāo)記技術(shù)具有操作簡(jiǎn)單、可靠性好、重復(fù)性好等特點(diǎn),且優(yōu)于AFLP、ISSR和RAPD,在種質(zhì)資源遺傳多樣性分析以及品種鑒定上得到廣泛應(yīng)用。

        苑煒建立了適于葡萄SRAP分析的技術(shù)體系,應(yīng)用SRAP分析標(biāo)記評(píng)價(jià)了156份葡萄種質(zhì)的親緣關(guān)系及遺傳多樣性水平[47]。Guo等利用19對(duì)SRAP引物區(qū)分開(kāi)了包括歐亞種、歐美雜種、中國(guó)野生種在內(nèi)的76份葡萄種質(zhì),其中包含洛浦早生與京亞、98-1與緋紅、98-2與巨峰,表明SRAP也可鑒定芽變品種[48]。Liu等以中國(guó)野生葡萄為試驗(yàn)材料,應(yīng)用SRAP技術(shù)對(duì)其遺傳多樣性進(jìn)行了分析,在遺傳相似系數(shù)為0.84處可清楚地區(qū)分開(kāi)所有品種,聚類結(jié)果也驗(yàn)證了桑葉葡萄是毛葡萄的亞種[49]。張旭彤等也利用SRAP標(biāo)記技術(shù)對(duì)中國(guó)野生葡萄進(jìn)行了研究,進(jìn)一步證明了SRAP標(biāo)記鑒定葡萄品種的可行性[50-53]。但是,SRAP標(biāo)記也存在一定的限制,其沒(méi)有通用的退火溫度,研究者需要對(duì)不同植物材料的退火溫度進(jìn)行摸索,從而延長(zhǎng)了SRAP標(biāo)記的試驗(yàn)周期,且SRAP是針對(duì)ORFs區(qū)域進(jìn)行擴(kuò)增,對(duì)基因組的擴(kuò)增范圍有限。endprint

        1.5SNP技術(shù)

        單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)分子標(biāo)記是在1996年由Lander提出的第3代DNA遺傳標(biāo)記[54],是指基因組DNA序列上單個(gè)堿基的變異所引起的DNA序列多態(tài)性,這種變異是由單個(gè)堿基的轉(zhuǎn)換、顛換所致。SNP標(biāo)記是用于檢測(cè)種內(nèi)個(gè)體間遺傳變異的分子單位最小的技術(shù),穩(wěn)定性好、數(shù)量巨大且分布廣泛,其多樣性是目前所有分子標(biāo)記中最豐富的一種。目前SNP已廣泛應(yīng)用于遺傳多樣性分析、品種鑒定等方面。

        Dong等設(shè)計(jì)9對(duì)SNP引物成功地區(qū)分開(kāi)了16個(gè)葡萄品種,結(jié)果證實(shí)SNP標(biāo)記可用于葡萄品種鑒定以及遺傳多樣性分析[55]。Riahi等利用73個(gè)SNP標(biāo)記對(duì)44份突尼斯葡萄品種的[WTBX][STBX]VvmybA1基因、VvmybA2[WTBZ][STBZ]基因進(jìn)行分析,研究品種之間的親緣關(guān)系及遺傳多樣性,結(jié)果分別用27個(gè)SNP標(biāo)記和22個(gè)SNP標(biāo)記區(qū)分開(kāi)了22份突尼斯栽培種以及22份突尼斯野生種,認(rèn)為開(kāi)發(fā)的2套SNP標(biāo)記對(duì)今后的品種鑒定有巨大的幫助[56]。Ghaffari等同樣也以突尼斯葡萄品種為試驗(yàn)材料,采用SNP分子標(biāo)記技術(shù)對(duì)其中的29份野生種與28份栽培種的親緣關(guān)系進(jìn)行了分析,結(jié)果表明,突尼斯的野生種并非是當(dāng)?shù)仄贩N,可能來(lái)自其他地區(qū),同時(shí)發(fā)現(xiàn)2個(gè)錯(cuò)誤命名品種(Turki與Reine de Vignes)[57]。Cabezas等通過(guò)對(duì)挑選出的11個(gè)樣本進(jìn)行重測(cè)序并獲得了300多個(gè)SNP標(biāo)記,對(duì)其進(jìn)行分析后最終篩選出48個(gè)均勻分布于葡萄19條染色體上的具有高分辨率的SNP標(biāo)記,將其作為葡萄基因分型的一套標(biāo)準(zhǔn),并利用該標(biāo)準(zhǔn)成功鑒定了來(lái)自世界各地的一組葡萄品種,充分證明SNP分子標(biāo)記技術(shù)的可靠性及穩(wěn)定性[58]。所有這些研究都證實(shí)了SNP分子標(biāo)記可以用于葡萄品種的鑒定。但是用于檢測(cè)SNP的DNA芯片設(shè)計(jì)成本高,且由于DNA樣品的復(fù)雜性,有些SNP不能被檢測(cè)到。

        1.6SSR技術(shù)

        簡(jiǎn)單重復(fù)序列(simple sequence repeat,SSR)別稱微衛(wèi)星DNA(microsatellite DNA),由Moore等于1991年創(chuàng)立[59],是一類由1~6個(gè)堿基為重復(fù)單元組成的簡(jiǎn)單串聯(lián)重復(fù)序列。這些簡(jiǎn)單重復(fù)序列均勻、隨機(jī)、廣泛地分布于真核生物的基因組上,具有豐富的多態(tài)性。其基本原理是根據(jù)SSR兩端的保守互補(bǔ)序列設(shè)計(jì)1對(duì)特異引物,利用PCR對(duì)其進(jìn)行擴(kuò)增,因重復(fù)單元的次數(shù)不同,擴(kuò)增片段長(zhǎng)度就產(chǎn)生了差異,從而體現(xiàn)出SSR座位上的多態(tài)性。SSR分子標(biāo)記具有標(biāo)記數(shù)量多、多態(tài)性高、信息量高、試驗(yàn)穩(wěn)定性和重復(fù)性強(qiáng)、操作簡(jiǎn)單方便、對(duì)DNA質(zhì)量要求低、呈共顯性遺傳等獨(dú)特優(yōu)勢(shì),已經(jīng)成為目前分子標(biāo)記技術(shù)的熱點(diǎn),在國(guó)內(nèi)外得到了廣泛的應(yīng)用。

        Thomas等相繼在1993、1996、1999年報(bào)道了VVS2、VVMD5、VVMD7、VVMD32、VVMD28、VVMD27、VVMD25[60-62]等7個(gè)適合葡萄品種鑒定的SSR引物。1999年,Sefc等為了豐富SSR標(biāo)記多態(tài)性,又開(kāi)發(fā)了2對(duì)SSR引物VrZAG79和VrZAG62[63]。因該9對(duì)引物均勻分布于葡萄19條染色體上且具有高的多態(tài)性而被國(guó)外視為通用引物,并且法國(guó)、意大利、德國(guó)、瑞士、美國(guó)等國(guó)研究者利用該9對(duì)引物構(gòu)建了數(shù)據(jù)庫(kù)。2006年Kiss等利用SSR分子標(biāo)記方法構(gòu)建了109個(gè)葡萄品種的SSR指紋圖譜,可以方便其他研究者利用該指紋圖譜進(jìn)行品種鑒定[64]。韓國(guó)研究者Cho等利用SSR-PCR標(biāo)記技術(shù)對(duì)30個(gè)葡萄品種進(jìn)行了鑒定,研究表明Jinok與康拜爾早生相似系數(shù)為1,可能為同一品種,同時(shí)僅用3對(duì)SSR引物(VVIt60、VVIn61、VVIu20)就將剩余的28份種質(zhì)區(qū)分開(kāi)[65]。Durán等采用SSR技術(shù)從分子水平上分析了阿根廷品種Pedro Giménez和西班牙品種Pedro Ximénez的差異,證明了兩者并非是同一品種,并認(rèn)為Pedro Giménez是Muscat of Alexandria和Criolla Chica的后代[66]。Jahnke等依據(jù)SSR分子標(biāo)記技術(shù)完成了砧木品種的分析鑒定[67]。2015年Mihaljevic等以克羅地亞和黑山的284個(gè)地方品種為試驗(yàn)材料,利用9對(duì)SSR引物對(duì)其進(jìn)行遺傳多樣性分析,結(jié)果檢測(cè)出25個(gè)之前未曾報(bào)道過(guò)的基因型,并將得到的數(shù)據(jù)與歐洲數(shù)據(jù)庫(kù)以及其他已報(bào)道的相關(guān)研究結(jié)果進(jìn)行比對(duì),發(fā)現(xiàn)了一些新的同名異物和同物異名品種[68]。SSR分子標(biāo)記還可用于親本鑒定[69]、無(wú)性系鑒定[70-71]以及同物異名和同名異物品種的鑒定[72-74]。目前國(guó)內(nèi)也開(kāi)展了SSR標(biāo)記鑒定葡萄品種的研究,例如樊秀彩等以山葡萄、河岸葡萄以及239株二者的雜交后代為材料,從12對(duì)SSR引物中篩選出7對(duì)能擴(kuò)增出父本特異條帶的引物,作為雜種鑒定的標(biāo)記,利用該7對(duì)特異引物對(duì)供試材料進(jìn)行快速鑒定,結(jié)果表明,雜交后代中有161株被確認(rèn)為真雜種,認(rèn)為SSR標(biāo)記可有效地對(duì)葡萄屬種間雜種進(jìn)行鑒定[75]。杜晶晶應(yīng)用9對(duì)SSR引物鑒別了80份葡萄種質(zhì),并構(gòu)建了80份葡萄種質(zhì)的有效分子身份證[76]。李慧等利用SSR標(biāo)記和IRAP標(biāo)記對(duì)關(guān)口葡萄的親緣關(guān)系進(jìn)行了分析,結(jié)果表明關(guān)口葡萄屬于歐美雜交種,既不是尼加拉也不是白香蕉[77]。成冰等對(duì)13個(gè)釀酒白葡萄品種進(jìn)行了SSR分析與鑒定,研究表明引物VrZAG62和VVIb66都可以將這13個(gè)釀酒白葡萄品種區(qū)分開(kāi)[78]。憲立杰等對(duì)取自中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院鄭州果樹研究所葡萄資源圃的45份葡萄種質(zhì)進(jìn)行了SSR分析,利用19對(duì)核心引物擴(kuò)增出76條帶,其中74條具有多態(tài)性,并利用SSR標(biāo)記初步建立了一個(gè)SSR基因型指紋庫(kù),為鑒定葡萄品種或品系提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)[79]。郭春苗等以新疆44個(gè)適宜制干葡萄品種為試材,從52對(duì)引物中篩選出8對(duì)多態(tài)性高的引物并對(duì)其進(jìn)行SSR分析,利用4條引物構(gòu)建了品種DNA指紋圖譜,通過(guò)統(tǒng)計(jì)測(cè)驗(yàn)可將44份葡萄種質(zhì)區(qū)分開(kāi)來(lái),認(rèn)為SSR分子標(biāo)記技術(shù)可準(zhǔn)確地鑒定葡萄品種[80]。李雪雁等以75個(gè)葡萄栽培品種為材料,選用19對(duì)核心SSR引物對(duì)其進(jìn)行研究,建立了一套適合于葡萄DNA指紋圖譜構(gòu)建的技術(shù)體系,為葡萄種質(zhì)資源的鑒定提供了依據(jù)[81]。尹玲等對(duì)我國(guó)新育成的24份葡萄種質(zhì)進(jìn)行了SSR分析,結(jié)果表明,所用的6對(duì)SSR引物可以明確地區(qū)分開(kāi)供試葡萄品種,還能正確地鑒定出品種的倍性,并建立了24份葡萄品種的SSR指紋圖譜,為品種鑒定、親緣關(guān)系分析以及植物品種權(quán)保護(hù)提供參考依據(jù)[82]。研究者普遍認(rèn)為,SSR分子標(biāo)記具有高的多態(tài)性,非常適用于葡萄品種鑒定和DNA指紋圖譜的構(gòu)建。endprint

        1.7iPBS技術(shù)

        引物結(jié)合位點(diǎn)間擴(kuò)增(inter primer binding site,iPBS)標(biāo)記是一種新型、簡(jiǎn)單、快速、高效的分子標(biāo)記方法,該技術(shù)由Kalendar等在2010年建立[83]。它是以長(zhǎng)末端重復(fù)序列(long terminal repeats,LTR)類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子保守位點(diǎn)設(shè)計(jì)引物對(duì)該類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子中2個(gè)引物結(jié)合位點(diǎn)(PBS)區(qū)間進(jìn)行擴(kuò)增的一種分子標(biāo)記技術(shù),與早期基于反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的分子標(biāo)記方法不同,不須要預(yù)先獲知LTR的序列。iPBS標(biāo)記技術(shù)是葡萄種質(zhì)資源遺傳多樣性分析及鑒定的一種新的技術(shù)手段。近些年,iPBS標(biāo)記在杏[84]、楊梅[85]、雪蓮果[86]、虎杖[87]、牡丹[88]等植物上都有所研究。

        2014年張瀟玉等以巨峰葡萄為試材,iPBS引物2249為擴(kuò)增引物,對(duì)葡萄iPBS-PCR反應(yīng)體系的各個(gè)成分以及退火溫度進(jìn)行優(yōu)化,利用優(yōu)化后的iPBS-PCR反應(yīng)體系對(duì)18份葡萄種質(zhì)進(jìn)行擴(kuò)增檢測(cè),獲得的條帶清晰、穩(wěn)定且多態(tài)性高,為葡萄種質(zhì)資源鑒定及遺傳多樣性評(píng)價(jià)提供了重要的技術(shù)支持[89]。Guo等對(duì)35份葡萄種質(zhì)進(jìn)行了iPBS分析,利用15對(duì)iPBS引物擴(kuò)增出99條DNA譜帶,其中86.3%具有多態(tài)性,由軟件UPGMA進(jìn)行聚類,結(jié)果表明葡萄栽培種和野生種存在明顯的差異,且擁有豐富的遺傳多樣性[90]。iPBS也存在自身的限制,其對(duì)模板DNA純度和片段大小要求較高。iPBS作為一種剛發(fā)展起來(lái)的新型分子標(biāo)記,在葡萄品種鑒定上的應(yīng)用剛起步。

        2小結(jié)與展望

        葡萄品種的鑒定方法從最初的形態(tài)學(xué)鑒定發(fā)展到同工酶鑒定,再到現(xiàn)在常用的分子標(biāo)記鑒定,經(jīng)歷了從形態(tài)學(xué)到分子生物學(xué),從外部到內(nèi)部的過(guò)程。傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)標(biāo)記及同工酶鑒定易受環(huán)境因素的影響,同時(shí)也受不同發(fā)育時(shí)期的限制。而分子標(biāo)記則不存在上述問(wèn)題,它是從分子的角度展示了不同品種間存在的差異。本文所介紹的幾種DNA分子標(biāo)記技術(shù)在葡萄品種鑒定應(yīng)用中各有優(yōu)缺點(diǎn),在鑒定一些不易區(qū)分的親緣關(guān)系較近的品種或芽變品種時(shí),可將幾種分子標(biāo)記方法相結(jié)合以達(dá)到最終目標(biāo)。DNA分子標(biāo)記的發(fā)展是永無(wú)止境的,今后不僅要加速開(kāi)發(fā)新型的DNA指紋技術(shù),還要對(duì)現(xiàn)有DNA分子標(biāo)記技術(shù)加以改進(jìn),建立快速鑒定葡萄品種的方法體系,從而實(shí)現(xiàn)品種鑒定的簡(jiǎn)單化、自動(dòng)化。

        隨著分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展,以DNA分子標(biāo)記為基礎(chǔ)的指紋圖譜構(gòu)建逐漸成為熱點(diǎn),因其具有準(zhǔn)確可靠、簡(jiǎn)便快速、易于自動(dòng)化等優(yōu)點(diǎn)已成為品種鑒定的重要技術(shù)手段。國(guó)際植物品種權(quán)保護(hù)保護(hù)聯(lián)盟(UPOV)在BMT測(cè)試指南草案中已經(jīng)將構(gòu)建DNA指紋數(shù)據(jù)庫(kù)的標(biāo)記方法確定為SSR和SNP[4],SSR標(biāo)記以其獨(dú)特的優(yōu)勢(shì),成為當(dāng)前構(gòu)建指紋圖庫(kù)以及品種鑒定的首選標(biāo)記。隨著生物技術(shù)和互聯(lián)網(wǎng)信息技術(shù)的發(fā)展壯大,構(gòu)建品種DNA指紋數(shù)據(jù)庫(kù)和全國(guó)統(tǒng)一查詢平臺(tái)勢(shì)在必行??梢栽诶眯螒B(tài)學(xué)鑒定品種的同時(shí),通過(guò)篩選適合葡萄品種鑒定的核心引物,建立現(xiàn)有葡萄品種的DNA指紋數(shù)據(jù)庫(kù),并利用計(jì)算機(jī)技術(shù)將該指紋數(shù)據(jù)庫(kù)與對(duì)應(yīng)品種的形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)相結(jié)合建立一個(gè)平臺(tái),從而實(shí)現(xiàn)快速鑒定葡萄品種的目的。該平臺(tái)的建立可以使試驗(yàn)數(shù)據(jù)在不同實(shí)驗(yàn)室得到共享,可有效保護(hù)葡萄育成品種的知識(shí)產(chǎn)權(quán)和育種者的權(quán)益,保證葡萄產(chǎn)業(yè)健康可持續(xù)發(fā)展。

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