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        豬圓環(huán)病毒3型在瑞典豬群中的檢測和遺傳特征分析

        2018-01-22 09:03:32張愛瓊梁海英曾智勇編譯
        豬業(yè)科學(xué) 2018年7期
        關(guān)鍵詞:圓環(huán)瑞典豬群

        張愛瓊,梁海英,曾智勇(編譯)

        (貴州大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院,貴州 貴陽 550025)

        圓環(huán)病毒(PCV)是圓環(huán)病毒科圓環(huán)病毒屬無包膜單股環(huán)狀DNA病毒。從全球范圍來看,目前在豬群中鑒定出的有3種不同類型:PCV1、PCV2和PCV3,PCV1被廣泛認(rèn)為是非致病性的,而PCV2與一系列豬圓環(huán)病毒疾病相關(guān),導(dǎo)致廣泛的臨床癥狀,給全球豬生產(chǎn)造成嚴(yán)重經(jīng)濟(jì)損失。豬圓環(huán)病毒3型(PCV3)是一種新型圓環(huán)病毒,首次在美國發(fā)現(xiàn),隨后在中國、韓國、波蘭和意大利等國家檢出,其基因組大小為2 000 bp,主要編碼Rep和Cap蛋白?;赑CV3在許多國家和地區(qū)的廣泛流行,為了解瑞典是否有PCV3的存在以及其基因組特性,Ye等應(yīng)用PCR技術(shù)對瑞典豬群進(jìn)行檢測分析。

        其 根 據(jù) PCV3-US/SD2016(KX966193) 毒 株 設(shè)計(jì)2對 引 物(Rep-F 5'-TTTACGATAAACAACTGGA CCC-3',Rep-R 5'-CATCTTCTCCGCAACTTCAG-3',Cap-F 5'-CGTAGAAGTCTGTCATTCCA-3'和Cap-R 5'-AAGACGACCCTTATGCGG-3'), 分 別 靶向PCV3的Rep基因和Cap基因,對1993年至2007年收集的49個(gè)存檔的淋巴結(jié)樣本的DNA[樣本之前已經(jīng)針對PCV2、Torque teno sus病 毒(TTSuV) 和 豬 博 卡 病毒(P BoV)進(jìn)行了研究]進(jìn)行檢測,PCR反應(yīng)體系如下 :1×PCR 緩 沖 液,1.5 mM MgCl2,0.2 mM dNTP,0.2 mM每種引物和0.625 U AmpliTaq God DNA聚合酶。 反 應(yīng) 程 序 為:95 ℃ 10 min;95 ℃ 15 s,55 ℃ 30 s,72 ℃ 35 s,35個(gè) 循 環(huán) ;72 ℃ 5 min。 并 設(shè) 計(jì) 4條 引 物(Rep-F1 5'-CGAGAATTCCGAGATTGGCGAAGATTCC-3'Rep-R1 5'-CGAGAATTCTCTCGAGGTAATCCCCCT CT-3',Cap-F1 5'-CGAGAATTCGCATAAGGGTCGTCT TGGAG-3',Cap-R1 5'-CGAGAATTCTATGCGGAAAGT TCCACTCG-3')擴(kuò)增PCV3全基因組,將純化的PCR產(chǎn)物插入pJET載體(Thermo Fisher)中送到Macrogen公司進(jìn)行測序,并運(yùn)用生物信息學(xué)軟件DNAStar對PCV3測序序列進(jìn)行編輯和拼接,運(yùn)用MEGA 5.0軟件進(jìn)行遺傳進(jìn)化樹的構(gòu)建與分析。

        研究結(jié)果顯示,在49份樣品中檢測出有10份PCV3呈陽性,其中有1份不確定(只有Rep PCR呈陽性);從2004年收集的樣品獲得一個(gè)PCV3基因組序列(PCV3/SWE84/2004)和一個(gè)微型PCV3樣病毒(MPCLV/SWE84/2004)基因組序列,GenBank登錄號分別為MG765473和MG765474。與先前報(bào)道的PCV3序列一樣,PCV3/SWE84/2004的長度為2 000 bp,包括編碼296個(gè)氨基酸 Rep蛋白和214個(gè)氨基酸 Cap蛋白的兩個(gè)開放閱讀框(ORF)。而MPCLV/SWE84/2004的長度只有839 bp,編碼假定的Rep蛋白和兩個(gè)未知功能的假定蛋白的ORF,但未鑒定到Cap蛋白,推測可能與PCV2樣截短和重新排列的基因組相似,當(dāng)PCV3以高感染復(fù)數(shù)傳代時(shí)可能產(chǎn)生MPCLV,這可能導(dǎo)致有缺陷的干擾性病毒顆粒僅保留基因組復(fù)制所需的基本順式元件。蛋白質(zhì)同源性分析發(fā)現(xiàn),PCV3/SWE84/2004和MPCLV/SWE84/2004與中國的PCV3 Guangdong-HY1/2016株(MF589102)同源性最高為100%,與其他國家的PCV3同源性在99%~100%之間,與PCV1和PCV2同源性在24%~44%之間。遺傳進(jìn)化樹分析顯示PCV3/SWE84/2004和MPCLV/SWE84/2004與PCV3/CN/Guangdong-HY1/2016(MF589102)和PCV3-US/MN2016(KX898030)遺傳關(guān)系最近,與PCV1和PCV2遺傳關(guān)系相距較遠(yuǎn)。此外,在10份PCV3陽 性 樣 品 中 有 70% 的 PCV3 陽 性 豬 分 別 與TTSuV1 和 TTSuV2 共感染,50% 與 PBoV 共感染。

        總之,其首次在瑞典豬群中檢測到PCV3的存在,并且使用的樣品是在1993年至2007年期間的,表明該病毒已經(jīng)在瑞典流傳了很長一段時(shí)間,最近才被發(fā)現(xiàn)。由于豬中鑒定出其他“新”病毒如PBoV,PCV3和MPCLV,因此了解這些共同感染可能對豬的潛在作用,建立體外和體內(nèi)實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)結(jié)合臨床病理至關(guān)重要。

        編譯自:Ye等. Virus Genes (2018) 54:466-469

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