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        分子機器概述及目前發(fā)展現(xiàn)狀

        2017-11-10 23:37:12郭建初
        科學(xué)家 2017年20期
        關(guān)鍵詞:冠醚裝配線生物體

        在生物體中,分子馬達起到將化學(xué)能轉(zhuǎn)化為機械能的作用,是生物體宏觀運動和微觀生理活動的基礎(chǔ)。為了研究生物體的本質(zhì),人們嘗試使用人工合成的分子機器來實現(xiàn)分子馬達的全部或部分功能。本文從分子機器的3個基本特征出發(fā),首先,介紹了分子機器的組成模塊與運動方式,并對各種能量來源進行了對比;其次,對轉(zhuǎn)動開關(guān)、分子肌肉、分子泵和分子裝配線這幾種特定功能的分子機器進行了分析;最后,對目前的發(fā)展現(xiàn)狀進行了總結(jié)與展望。

        背景介紹

        在復(fù)雜的生物體中,無論是外在的宏觀運動還是微觀的細胞活動都離不開分子馬達(molecular motors)的作用。分子馬達是一類可以運動的蛋白,它們可以從ATP等分子中獲得能量,并把獲得的化學(xué)能轉(zhuǎn)化為機械能,從而驅(qū)動生物體的活動。至今所發(fā)現(xiàn)的分子馬達可分為3個不同的家族:肌球蛋白(myosins)家族、驅(qū)動蛋白(kinesins)家族和動力蛋白(dyneins)家族,它們?yōu)榧∪馐湛s、細胞分裂、物質(zhì)運輸?shù)忍峁┝嘶镜膭恿碓碵1]。

        由于這些生物體內(nèi)的分子馬達的基礎(chǔ)都是單個的蛋白分子,因而人們希望能夠通過完全的人工合成制備分子機器,實現(xiàn)這些生物體分子馬達的部分功能,從而對生物體的本質(zhì)有更加深入的認(rèn)識[2]。在宏觀世界中,“機器”是指具有一些運動模塊的物體,它們可以通過消耗能量來完成一些特定的任務(wù)。類似的分子機器是指具有3種基礎(chǔ)的功能的一些分子:1)具有可活動的部分;2)消耗能量;3)可以完成特定的

        工作[3]。

        關(guān)于人工分子機器的研究已有近30年的歷史,人們設(shè)計并合成出了形式各樣的分子機器,實現(xiàn)了轉(zhuǎn)動、伸縮、運輸、催化、裝配等各種功能。本文從分子機器的3個基本特征出發(fā),從組成模塊、能量來源和實現(xiàn)功能3個方面,對分子機器的基本原理和發(fā)展現(xiàn)狀進行了簡要的介紹。

        組成模塊和運動方式

        在一個分子機器中,要實現(xiàn)其他能量到機械能的轉(zhuǎn)變,從而具備一定的功能,能夠活動的組成模塊是必不可少的部分。這種能夠活動的組成模塊的運動方式包括以化學(xué)鍵為基礎(chǔ)的分子構(gòu)型構(gòu)象變化和以分子間作用力為基礎(chǔ)的空間位置變化。

        圖1展示了可以用于分子機器的各種活動模塊和它們對應(yīng)的運動方式。在各種組成模塊中,最基礎(chǔ)也是應(yīng)用最多的是碳碳單鍵的旋轉(zhuǎn),分子的各個部分以它為旋轉(zhuǎn)軸,進行相對的轉(zhuǎn)動。除了碳碳單鍵以外,三明治結(jié)構(gòu)的π-金屬化合物(如二茂鐵[4])也可以作為旋轉(zhuǎn)軸使用。除了單鍵旋轉(zhuǎn)以外,如果想要在分子中引入光敏特性,在光照的時候發(fā)生分子異構(gòu),常常在分子機器中引入雙鍵,雙鍵在光照時可以發(fā)生順反異構(gòu)造成彎曲運動,從而能夠使分子機器進行光響應(yīng)。在構(gòu)建光響應(yīng)的分子機器時,偶氮苯和二苯乙烯被廣泛的使用。與此同時,二芳基乙烯和螺吡喃由于可以在光照條件下通過周環(huán)反應(yīng)而開環(huán)和關(guān)環(huán),同樣可以進行彎曲運動,因而也被用于光響應(yīng)的分子機器。第三類組成模塊是輪烷類的分子,它由中心的啞鈴形分子和套在上面的環(huán)狀分子組成。通常啞鈴形分子上有多個作用位點可以和環(huán)狀分子發(fā)生相互作用,而兩端的阻礙又使得環(huán)狀分子無法脫離,因而環(huán)狀分子會在外界刺激下在多個作用位點間往復(fù)運動。第四類組成模塊是索烴類分子,由相互嵌套的兩個環(huán)狀分子組成,可以進行一個環(huán)相對于另一個環(huán)的旋轉(zhuǎn)運動。

        能量來源

        在研究的開始階段,由于熱能的無處不在和施加方便,人們普遍使用熱能來作為分子機器的能量來源。但使用熱能來驅(qū)動分子機器時,很難對分子層面的旋轉(zhuǎn)和平移進行控制,這是熱能最大的缺陷。為了對分子機器中的運動獲得更好的控制,有必要在人工分子機器中引入一些對化學(xué)能、電能、光能、磁能等除了熱能之外的能量有刺激響應(yīng)性的模塊,作為分子運動精細控制的基礎(chǔ)。

        因為可逆化學(xué)反應(yīng)的廣泛存在,化學(xué)能被認(rèn)為是最具有吸引力的一種能量來源,其中酸堿中和被廣為應(yīng)用,如圖2(a),冠醚(DB24C8)和一個二級銨離子可以形成較強的氫鍵從而得到精確的1:1復(fù)合物,這個復(fù)合物在離子中心的質(zhì)子被去掉后又會立刻分解,從而實現(xiàn)了對pH的刺激響應(yīng)性[5]。但使用化學(xué)能時,會在反應(yīng)過程中不可逆的產(chǎn)生化學(xué)廢料,隨著廢料濃度的不斷升高,反應(yīng)的效率會迅速下降并最終停止。為了避免化學(xué)廢料的產(chǎn)生,人們把注意力轉(zhuǎn)移到了只進行電子轉(zhuǎn)移或構(gòu)象變化的化學(xué)反應(yīng)上。如圖2(b),CBPQT4+離子和聯(lián)吡啶衍生物(viologens)離子還原條件下可以形成相互穿插的三自由基、三正電荷的復(fù)合物;氧化環(huán)境中,又會由于強的庫侖排斥作用而解離[6]。盡管這類氧化還原反應(yīng)可以通過添加化學(xué)物質(zhì)驅(qū)動,我們也可以在電極表面利用電化學(xué)來驅(qū)動反應(yīng)的進行,從而在電極和分子機器間只有電子的遷移。除了電能之外,光能是最方便的一種驅(qū)動分子機器的能量來源,只要分子機器中包含光響應(yīng)基團即可。例如,反式偶氮苯會和反式α-環(huán)糊精形成包絡(luò)復(fù)合物。在紫外光的影響下,反式偶氮苯會進行異構(gòu)化生成順式的異構(gòu)體,從而使絡(luò)合物發(fā)生解離[7]。

        特定功能的分子機器

        在分子機器的研究之初,就是為了模擬生物體內(nèi)的分子馬達的一種或多種功能。因而在實現(xiàn)了分子機器的基本運動之后,人們便利用各種運動模塊和對于外界能量的刺激響應(yīng)性,來實現(xiàn)特性的功能,包括分子開關(guān)、分子肌肉、運輸器、裝配線等等,下面對它們進行簡要的介紹。

        轉(zhuǎn)動開關(guān)

        酶和人工合成的不對稱催化劑可以在催化反應(yīng)時進行立體化學(xué)控制,大多數(shù)時候可以得到單一的手性異構(gòu)體。但是這些不對稱催化劑只能得到某一種手性產(chǎn)物,很難改變其手性傾向得到另一種手性的產(chǎn)物。Feringa等人[8],通過將不對稱催化劑和光驅(qū)動的分子機器相結(jié)合,可以同時做到控制催化劑的活性和產(chǎn)物手性的控制。他們設(shè)計的催化劑如圖3(a)所示,主要由轉(zhuǎn)動部分A和固定部分B組成,A、B兩部分協(xié)同發(fā)揮催化作用,可以催化邁克爾加成反應(yīng)的進行。在A和B處于反式結(jié)構(gòu)時,催化活性很低,且?guī)缀鯖]有手性選擇性。對反應(yīng)體系進行光照或加熱,可以推動分子機器中雙鍵的旋轉(zhuǎn),且光照和加熱可以分別得到M型和P型兩種異構(gòu)體。M型和P型分子中,A、B兩部分相隔較近,由于兩者之間的協(xié)同作用可以發(fā)揮出較高的催化活性,且M和P型分子可以分別特異性地得到一種手性產(chǎn)物,實現(xiàn)了對產(chǎn)物手性構(gòu)型的控制。

        分子肌肉

        由于肌球蛋白是生物體內(nèi)分子馬達非常重要的一類,它驅(qū)動了生物體肌肉的收縮和伸展,因而人們在研究人工分子機器時對人工分子肌肉進行了廣泛的探索。其中最為成功的是Buhler和Giuseppone等人[9]的研究成果,他們利用了-CH2NH2+CH2-中心和冠醚(24冠8)的識別來實現(xiàn)了分子的伸縮。他們設(shè)計的分子如圖4所示,單個分子是一個啞鈴型,一端通過三聯(lián)吡啶和Fe3+形成絡(luò)合物從而實現(xiàn)了多個分子在一端的動態(tài)連接;另一端連接一個冠醚,并且臨近的兩個分子的冠醚環(huán)相互嵌套,從而在分子的另一端進行連接。在分子的鏈狀部分,在兩個不同的地方嵌入了三唑環(huán)和胺,三唑環(huán)和胺在酸性環(huán)境下都會帶正電荷從而和冠醚因異性電荷而相互吸引,有較強的相互作用。在較低的pH時,兩者都會帶正電,但胺處電荷密度較高,因而冠醚會優(yōu)先與胺作用,此時分子處于伸長狀態(tài);在較高的pH時,胺的正電荷會先失去,只留下三唑環(huán)上的正電荷,此時冠醚只能和三唑環(huán)作用,分子處于收縮狀態(tài)。也就是說,通過調(diào)控體系的pH,可以實現(xiàn)人工分子肌肉較為明顯的伸縮。對于使用了3 000個重復(fù)單元的超分子鏈,酸性環(huán)境中可以比堿性環(huán)境中伸長6μm。

        分子泵

        在生物體中,物質(zhì)輸運是分子馬達的另一個非常重要的作用領(lǐng)域,通過動力蛋白實現(xiàn)了氧氣、營養(yǎng)物質(zhì)、離子等在全身的運輸。而人工合成分子泵,主要困難在于如何實現(xiàn)運輸?shù)膯蜗蛐?,防止分子機器的反向運輸。

        2012年,Credi等人[10]實現(xiàn)了可控的鏈狀分子單向穿過一個環(huán),為日后真正實現(xiàn)分子泵打下了良好的基礎(chǔ)。他們首先使用冠醚(DB24C8)作為環(huán)狀分子,用來穿過冠醚的分子由偶氮苯和一個烷基鏈組成,烷基鏈上有一個銨離子作為識別位點S,末端連接一個位阻較大的環(huán)戊烷作為截止位點D。初始狀態(tài)時,偶氮苯處于反式構(gòu)型,分子位阻較小,可以穿過冠醚環(huán),從而使得銨離子識別位點S和冠醚能夠相互作用,得到一個能量比較低的穩(wěn)定狀態(tài)。接下來,由于截止位點D的影響,繼續(xù)前進將面臨較大的能壘。為了防止分子從冠醚中反向穿出,向體系施加光照從而使得偶氮苯的雙鍵發(fā)異構(gòu)化變?yōu)轫樖浇Y(jié)構(gòu)。順式結(jié)構(gòu)的偶氮苯具有非常大的位阻,從而阻止了分子反向穿出的可能。接下來,向體系中加入K+以減弱冠醚和識別位點S的相互作用,在熱運動的作用下,分子就只能繼續(xù)往右穿出冠醚,從而實現(xiàn)了分子對于一個環(huán)的單向穿過。

        分子裝配線

        在生物體中,實時都在進行著DNA的轉(zhuǎn)錄,RNA的翻譯。氨基酸在核糖體中,根據(jù)RNA攜帶的密碼子信息,按次序連接生成多肽,進而得到具有各種功能的蛋白。核糖體就可以看成生物體內(nèi)合成蛋白的裝配線。

        人工合成的分子裝配線的一個典型例子是Harada等

        人[11]在2011年的工作。作者使用了輪烷狀的環(huán)糊精作為δ-戊內(nèi)酯連續(xù)開環(huán)聚合的催化劑和裝配線。其中,β-環(huán)糊精可以固定、活化戊內(nèi)酯,并且使戊內(nèi)酯開環(huán)以起到聚合催化劑的作用。將一個α-環(huán)糊精和之前的β-環(huán)糊精連接在一起,就組成了一個人工的分子裝配線,既可以在其內(nèi)部發(fā)生開環(huán)聚合,也可以對活性位點提供保護從而避免了副反應(yīng)的發(fā)生。這樣一個分子裝配線最終可以達到95%的轉(zhuǎn)化率,并且得到的高分子鏈的數(shù)均分子量可以達到16 500。

        總結(jié)與展望

        本篇文章從生物體內(nèi)的分子馬達引入,對分子機器的原理和目前發(fā)展現(xiàn)狀進行了簡要的介紹。

        首先,介紹了單鍵旋轉(zhuǎn)、雙鍵異構(gòu)化、輪烷往復(fù)運動、索烴相對轉(zhuǎn)動這四種基本的分子機器組成模塊和運動方式;然后,對熱能、化學(xué)能、電能和光能這幾種能量來源進行了對比和分析;最后,針對分子機器實現(xiàn)的特定功能,介紹了轉(zhuǎn)動開關(guān)、分子肌肉、分子泵和分子裝配線的設(shè)計、原理和發(fā)展現(xiàn)狀。

        從上面的介紹中可以看到,分子機器目前的研究已經(jīng)取得了長足的進步,可以實現(xiàn)一些基本的功能,對未來的進一步發(fā)展奠定了良好的基礎(chǔ);但相比于生物體內(nèi)的分子馬達而言還處在比較初級的階段,功能還比較單一且難以對運動的過程進行精確的控制。未來可以從能量來源的多樣化、更加精確地控制等方面入手,并且結(jié)合使用多種運動模塊,實現(xiàn)更加復(fù)雜的功能。

        參考文獻

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        [11]Takashima,Y,Osaki,M,Ishimaru,Y,et al.,Angew.Chem.Int.Edit.2011,50(33):7524-7528.

        (作者簡介:郭建初,清華大學(xué)附屬中學(xué)永豐學(xué)校。)

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