謝 勇，洪曉昆，鄢仁祥，林 娟

(福建省海洋酶工程重點實驗室(福州大學(xué)),福州 350116)

重組瓊膠酶rAgaN3基因的生物信息學(xué)分析

謝 勇，洪曉昆，鄢仁祥，林 娟

(福建省海洋酶工程重點實驗室(福州大學(xué)),福州 350116)

利用生物信息學(xué)軟件和數(shù)據(jù)庫對從Microbulbifersp. BN中得到的瓊膠酶rAgaN3全長基因進行預(yù)測分析，結(jié)果表明：重組瓊膠酶rAgaN3理論分子量為31.243 kDa，理論等電為4.81，不穩(wěn)定系數(shù)為26.23，脂肪系數(shù)為62.35，平均疏水性系數(shù)為-0.662，無跨膜結(jié)構(gòu)域，無信號肽；二級結(jié)構(gòu)表明該蛋白無螺旋結(jié)構(gòu)，有15個折疊結(jié)構(gòu)，其余均為卷曲結(jié)構(gòu)；序列相似性分析表明，蛋白rAgaN3屬于糖苷水解酶GH16家族，為β-瓊膠酶；以同源蛋白3wz1A(同源性88%)為模板，通過同源建模構(gòu)建出了蛋白三級結(jié)構(gòu)，并用拉式圖進行了結(jié)構(gòu)檢驗。瓊膠酶rAgaN3基因的生物信息學(xué)分析，為瓊膠酶的異源表達提供了指導(dǎo)，為瓊膠酶的定點突變、深入研究其結(jié)構(gòu)和功能的關(guān)系打下良好基礎(chǔ)。

瓊膠酶；基因分析；生物信息學(xué)；蛋白結(jié)構(gòu)

瓊脂存在于石花菜科和龍須菜科紅藻細胞壁中，主要由瓊脂糖和瓊脂膠組。其中瓊脂糖是由(1-3)-O-β-D-半乳糖和(1-4)-O-3,6-內(nèi)醚-α-L-半乳糖交替組成的線形鏈狀分子[1]，是目前世界上應(yīng)用最廣泛的海藻多糖之一。瓊膠具有膠凝性和凝膠的穩(wěn)定性，因而在食品工業(yè)中常被用作膠凝劑、增稠劑、乳化劑、增量劑、助懸劑、水分保持劑、穩(wěn)定劑、賦形劑等。

瓊膠酶是一種能夠降解瓊膠，產(chǎn)生瓊膠寡糖的酶總稱。根據(jù)瓊膠酶作用糖苷鍵的不同可以分為兩類：α-瓊膠酶和β-瓊膠酶[2-3]。目前已報道的瓊膠酶大多來源于海洋微生物，其中α-瓊膠酶主要來自假單胞菌屬、單胞菌屬和弧菌屬，β-瓊膠酶主要來源于弧菌屬、交替單胞菌屬[4]。在許多軟體動物的消化液的微生物中可以分離得到瓊膠酶，比如濱螺屬(Littorinastriata)、海兔屬(Aplysiadactylomela)、冠海詹屬(Diademaantillarum)、鮑屬(Haliotiscoccinea)[5-6]。瓊膠酶可用做海藻降解的工具酶，多用于多糖結(jié)構(gòu)的研究[7]，瓊膠寡糖的制備以及在分子生物學(xué)方面也多有應(yīng)用[8]。

目前關(guān)于瓊膠酶的研究主要集中在菌種選育和基因工程菌構(gòu)建上，傳統(tǒng)菌株選育出的菌株所產(chǎn)瓊膠酶常存在酶活低、穩(wěn)定性差等缺點，通過基因克隆表達重組瓊膠酶蛋白已經(jīng)成為趨勢。從1987年Buttner等[9]首次實現(xiàn)瓊膠酶基因的異源表達開始，已經(jīng)有一定數(shù)量的瓊膠酶基因被研究，但是國內(nèi)對瓊膠酶基因的研究還不多。課題組從福建漳江口紅樹林泥樣中分離獲得一株產(chǎn)瓊膠酶菌株，并進行了形態(tài)學(xué)和16SrRNA鑒定，確定菌種為微球莖菌屬(Microbulbifersp.)，并通過TAIL-PCR方法克隆得到基因全長。目前報道的微球莖菌屬重組瓊膠酶還較少，且與此基因編碼的蛋白質(zhì)序列有高同源性的蛋白3wz1A的結(jié)構(gòu)已經(jīng)得到解析[10]，為rAgaN3的后續(xù)研究提供了便利。本文利用生物信息學(xué)軟件和數(shù)據(jù)庫，預(yù)測其理化性質(zhì)及結(jié)構(gòu)信息，為瓊膠酶基因的異源表達和瓊膠酶結(jié)構(gòu)與功能關(guān)系研究奠定基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 實驗材料

菌株：Microbulbifersp. BN從福建漳江口紅樹林泥樣中分離獲得，利用 TAIL-PCR方法從中克隆得到瓊膠酶基因agaN3序列全長。

1.2 分析方法

(1)利用 NCBI的 blast(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和 MEGA5.2構(gòu)建系統(tǒng)進化樹；

(2)利用 ProtParam[11](http://web.expasy.org/protparam/)分析蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)，包括相對分子質(zhì)量、氨基酸組成、等電點、不穩(wěn)定系數(shù)、總平均親水性等；

(3)利用ProtScale[11](http://web.expasy.org/protscale/)分析蛋白質(zhì)疏水性；

(4)利用TMHMM[12](http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)分析蛋白質(zhì)跨膜區(qū)域；

(5)利用PSIPRED[12](http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/)分子蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)，比如分螺旋、卷曲、無規(guī)則卷曲等；

(6)利用PredictProtein[13](https://www.predictprotein.org/)分析跨膜螺旋區(qū)域、二硫橋以及結(jié)合位點等性質(zhì)；

(7)利用Signal P[14](http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)分析信號肽；

(8)利用NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/)進行保守結(jié)構(gòu)域搜索；

(9)利用SMART[15](http://smart.embl-heidelberg.de/)預(yù)測結(jié)構(gòu)域；

(10)利用CAZY[16]數(shù)據(jù)庫(http://www.cazy.org/GH16.html/)查詢糖苷水解酶信息；

(11)利用TargetP 1.1[13](http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/)分析亞細胞定位及導(dǎo)肽；

(12)利用 SWISS-MODEL[17](http://www.swissmodel.expasy.org/)進行同源建模；

(13)利用SAVES[18]服務(wù)器 (http://services.mbi.ucla.edu/SAVES/) 對蛋白結(jié)構(gòu)殘基角度檢驗；

(14)利用PROSA[19]程序(https://prosa.services.came.sbg.ac.at/prosa.php)對蛋白結(jié)構(gòu)能量進行檢驗。

2 結(jié)果分析

2.1 基因序列分析

rAgaN3的 DNA序列共有 834 bp，其中第 831～834位為終止密碼子TAA，該蛋白含有 277個氨基酸?；蚣暗鞍仔蛄腥鐖D1。

從 NCBI的 BLASTp的序列比對結(jié)果中選擇12條Identity比較高的序列，與rAgaN3的序列在Clustal X 上進行序列比對，然后利用MEGA5.2構(gòu)建系統(tǒng)進化樹。系統(tǒng)進化樹構(gòu)建結(jié)果如圖2所示。

NCBI數(shù)據(jù)庫中BLASTp同源性分析表明，rAgaN3序列與已知瓊膠酶序列agaraseMicrobulbiferthermotolerans(BAD29947.1)、agaraseMicrobulbiferthermotolerans(3WZ1A)以及agaraseMicrobulbifersp. AG1(ALN70307.2)都有88%的序列相似性。

系統(tǒng)進化樹節(jié)點上的數(shù)字是自展值，用來分析進化樹分支可信度。0.05代表每100個氨基酸中5個氨基酸替換。由經(jīng)過給定的repetitions(500次)重排構(gòu)樹打分后，每個分支對應(yīng)一個數(shù)值。數(shù)值越高，表示分支的可信度越高，由此來確定進化遠近程度。rAgaN3與Microbulbiferthermotolerans(3WZ1A)、Microbulbiferthermotolerans(BAD29947.1)的自展值均為 100。結(jié)合BLASTp同源性分析，基本可以確定該蛋白來自Microbulbiferthermotolerans。

2.2 蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)預(yù)測

2.2.1 蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析

通過ProtParam預(yù)測蛋白rAgaN3的理化性質(zhì)，結(jié)果見表1。

圖 1 rAgaN3 基因序列和氨基酸序列Fig.1 rAgaN3 gene sequence and amino acid sequence

圖 2 系統(tǒng)進化樹Fig.2 Phylogenetic tree

2.2.2 親疏水性分析

蛋白質(zhì)內(nèi)部親疏水性氨基酸的組成影響蛋白質(zhì)折疊的程度，蛋白質(zhì)的折疊情況可利用親水性分布圖來反映。用ProtScale 計算出蛋白質(zhì)親疏水性分布圖，用Hphob. / Kyte & Doolittle 標度，各個氨基酸打分分值見表2。

表 1 rAgaN3 理化性質(zhì)分析表Table 1 Physical and chemical property analysis of rAgaN3

表 2 氨基酸分值表Table 2 Amino acid score

分析親水區(qū)和疏水區(qū)，如圖3所示。

圖 3 瓊膠酶氨基酸序列疏水性親水性預(yù)測Fig.3 Predicted hydrophobicity/hydrophilicity of the amino acid sequence of agarase

橫坐標表示氨基酸位置，縱坐標表示標度得分，Score小于0表示親水，大于0表示疏水。圖中顯示親水性值峰明顯多于疏水性值峰，這些親水性值峰區(qū)域常富集富集親水性氨基酸，同時也是蛋白質(zhì)進化中氨基酸插入的主要位點[20]，推測此蛋白為親水性蛋白，蛋白可溶于水。

2.2.3 跨膜區(qū)預(yù)結(jié)構(gòu)預(yù)測與信號肽分析

蛋白質(zhì)的跨膜區(qū)域是指蛋白在膜內(nèi)與細胞膜膜脂相結(jié)合的部分，TMHMM是一種基于隱馬爾可夫模型的跨膜螺旋預(yù)測算法，TMHMM的預(yù)測結(jié)果如圖4所示。

圖 4 瓊膠酶跨膜區(qū)預(yù)測Fig.4 Predicted transmembrane domain of agarase

TMHMM預(yù)測rAgaN3跨膜螺旋區(qū)域為零，說明該蛋白不是跨膜蛋白，推測該蛋白在細胞內(nèi)合成之后不能立即分泌到胞外行使功能。

信號肽是將細胞內(nèi)新合成的蛋白質(zhì)引導(dǎo)分泌至胞外的短肽鏈，一般長度為5～30個氨基酸。SignalP是基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)網(wǎng)絡(luò)算法，預(yù)測給定氨基酸序列中潛在的信號肽剪切位點[14]。SignalP 4.1預(yù)測信號肽位置，結(jié)果如圖5。

圖 5 信號肽預(yù)測Fig.5 Signal P prediction of agarase

圖中C-score是信號肽酶切位點值，一般剪切位點處的C-score最高；S-score是信號肽值，一般信號肽區(qū)域的S-score最高；Y-score是綜合得出的剪切位點分值。預(yù)測結(jié)果顯示mean S score為0.052，遠小于分泌型蛋白標準0.5，結(jié)合圖13，可以認為此蛋白沒有信號肽。綜合跨膜區(qū)域和信號肽預(yù)測，蛋白rAgN3為胞內(nèi)蛋白，需要在菌體裂解之后才能在胞外行使其功能。

2.3 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)包括螺旋(Helix)、折疊(Strand)、無規(guī)則卷曲(Coils)以及模體(motif)等組件。

2.3.1 PSIPRED預(yù)測蛋白二級結(jié)構(gòu)

PSIPRED通過PSI-BLAST 搜索同源序列預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)，由于采用嚴格的交叉驗證，使預(yù)測平均準確率高達80%。PSIPRED預(yù)測蛋白rAgaN3的二級結(jié)構(gòu)結(jié)果如圖6所示。

圖 6 瓊膠酶二級結(jié)構(gòu)預(yù)測Fig.6 Predicted secondary structure of agarase

AA代表了目標蛋白質(zhì)的氨基酸序列。Pred 代表了二級結(jié)構(gòu)以及相應(yīng)的圖例(H:Helix；C:Coil；E:Strand)。Conf 數(shù)值在1～9 變化，數(shù)值越高，置信度越高。由PSIPRED預(yù)測結(jié)果可知 ：rAgaN3二級結(jié)構(gòu)主要由折疊和卷曲結(jié)構(gòu)構(gòu)成，其中含有15個折疊結(jié)構(gòu)，其余為卷曲結(jié)構(gòu)。

2.3.2 模體搜索

模體(motif)表示蛋白質(zhì)中具有特定空間構(gòu)象和特定功能的結(jié)構(gòu)成分。用BLAST在默認的情況下進行了CD 搜索，向BLASTp提交序列后，獲得的結(jié)果如圖7所示。

圖 7 模體結(jié)構(gòu)Fig.7 Motif structure

該瓊膠酶屬于糖苷水解類16家族(GH16)，屬于LamG超家族；有11個活性位點分布于75～262氨基酸之間；有3個催化殘基，3個Ca2+結(jié)合位點，但都在活性區(qū)域以外，推斷Ca2+對瓊膠酶活性可能無太大的促進作用。

2.4 結(jié)構(gòu)域與功能分析

2.4.1 結(jié)構(gòu)域分析

結(jié)構(gòu)域是蛋白質(zhì)序列功能、結(jié)構(gòu)和進化的單元，通常由50～300 個氨基酸組成，有空間構(gòu)象特異性。SMART預(yù)測結(jié)果如圖8：該蛋白序列56～267 位氨基酸對應(yīng)于Glyco_hydro_16 的結(jié)構(gòu)域。

圖 8 瓊膠酶結(jié)構(gòu)域Fig.8 Structural domain of agarase

Glyco_hydro_16在PFAM 數(shù)據(jù)庫的編號為PF00722，進行查看和分析。糖苷水解酶16家族是糖苷水解酶的一個家族。糖苷水解酶(EC 3.2.1)是一類廣泛存在的酶系，水解兩個或以上的糖類。

查詢CAZY數(shù)據(jù)庫可知，糖苷水解酶16家族由許多具有已知活性的酶組成，包括: 葡聚糖酶、瓊膠酶、透明質(zhì)酸酶、半乳糖苷酶、卡拉膠酶、木聚糖酶等。

2.4.2 PredictProtein預(yù)測蛋白信息

歐洲分子生物學(xué)實驗室提供的蛋白質(zhì)序列和結(jié)構(gòu)預(yù)測服務(wù)網(wǎng)站 PredictProtein，可以得到蛋白質(zhì)多序列比對、低復(fù)雜區(qū)、溶劑可及性、跨膜螺旋、卷曲螺旋區(qū)、核定位信號及二級結(jié)構(gòu)等信息。其中跨膜螺旋、二硫鍵、結(jié)合位點預(yù)測結(jié)果分別見圖9、圖10、圖11。

圖 9 跨膜螺旋區(qū)域預(yù)測Fig.9 Predicted transmembrane domain

圖 10 二硫鍵預(yù)測Fig.10 Predicted disulfide bonds

PredictProtein預(yù)測得到：rAgaN3 無跨膜螺旋區(qū)域，與TMHMM預(yù)測結(jié)果一致。

PredictProtein預(yù)測得到：rAgaN3 無二硫鍵結(jié)構(gòu)。

圖11 結(jié)合位點預(yù)測Fig.11 Predicted binding sites

PredictProtein預(yù)測得到：rAgaN3 存在14 個蛋白質(zhì)結(jié)合位點以及2 個多核苷酸結(jié)合位點。

PredictProtein預(yù)測分子功能本體論如表3所示。

表 3 分子功能本體論Table 3 Molecular function ontology

分子功能本體論表明：該蛋白可能具有水解酶活性，水解O-糖苷化合物(GO：0004533)；水解酶活性，作用于糖苷鍵(GO：0016798)；β-瓊膠酶活性(GO：0033916)；催化活性(GO：0003824)?？煽啃苑謩e為43%、42%、37%,28%和23%。可以推測該蛋白是一種糖苷水解酶，與結(jié)構(gòu)域分析該酶屬于糖苷水解酶GH16結(jié)果一致。

PredictProtein生化過程本體論如表4所示。

表 4 生化過程本體論Table 4 Biological process ontology

生化過程本體論表明：該蛋白參與新陳代謝過程(GO：0008152)，最初的新陳代謝過程(GO：0044238)，糖類代謝過程(GO：0005975)和有機物質(zhì)的代謝過程(GO：0071704)?？煽啃苑謩e為35%、27%、27%和27%，可以推測該蛋白參與體內(nèi)新陳代謝。

2.4.3 亞細胞定位及導(dǎo)肽預(yù)測分析

用Target1.1進行亞細胞定位及導(dǎo)肽分析，結(jié)果如表5。

表 5 瓊膠酶亞細胞定位Table 5 Subcellular location of agarase

Target1.1預(yù)測結(jié)果顯示：該蛋白質(zhì)氨基酸序列長277 個氨基酸，存在線粒體目標肽(mTP)的可能性為7.0%，存在信號肽(SP)的可能性為7.3%，其他導(dǎo)肽或無導(dǎo)肽的可能性為93.4%。目的蛋白rAgaN3 的分泌途徑為—型，即定位在其他細胞器，沒有剪切位點的序列，可靠性級別為1級。與跨膜螺旋區(qū)域、信號肽預(yù)測結(jié)果相匹配。

2.5 蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測

2.5.1 同源建模

SWISS-MODEL是目前應(yīng)用最廣泛的在線同建模網(wǎng)站，利用同源建模的方法實現(xiàn)對未知結(jié)構(gòu)的序列的預(yù)測。在PDB數(shù)據(jù)庫中找到與瓊膠酶rAgaN3 的近同源蛋白3wz1A(MicrobulbiferthermotoleransJAMB-A94 GH16家族，β-瓊膠酶)作為模板。rAgaN3與3wz1A的蛋白序列比對如圖12所示。

圖 12 rAgaN3 與3wz1A 蛋白的序列比對Fig.12 Sequence alignment of rAgaN3 and 3wz1A protein

由圖12可以看出，rAgaN3與模板蛋白序列大部分氨基酸是極保守的，相似程度達到88%，用3wz1A作為同源建模模板準確性較高。用SWISS-MODEL預(yù)測得到三維結(jié)構(gòu)，序列從N 端到C 端分別用綠色到紅色表示(見圖13)?？梢钥闯?，瓊膠酶rAgaN3的主要由β-折疊構(gòu)成，整體結(jié)構(gòu)類似“三明治”狀，由15個折疊結(jié)構(gòu)組成，與Allouch等[21]報道過的GH16家族的瓊膠酶β-jelly-roll結(jié)構(gòu)較為類似。

圖 13 瓊膠酶三級結(jié)構(gòu)Fig.13 Tertiary structure of agarase

2.5.2 結(jié)構(gòu)合理性評價

用SAVES服務(wù)器對結(jié)構(gòu)進行PROCHECK評價，PROCHECK程序不考慮能量，只檢測結(jié)構(gòu)中的殘基之間角度是否合理，生成Ramachandran plot。檢測結(jié)果見圖14。

圖14 拉式圖Fig.14 Ramachandran plot

PROCHECK顯示氨基酸殘基核心區(qū)：91.3%，允許區(qū)：8.3%，大致允許區(qū)：0.4%，禁阻區(qū)：0%，位于可接受區(qū)的達到了100%，一般位于可接受區(qū)的氨基酸殘基大于90%可以認為蛋白結(jié)構(gòu)合理。rAgaN3建模得到的結(jié)構(gòu)符合立體化學(xué)的原則，模型各殘基之間的角度很合理。

PROSA程序是檢測蛋白結(jié)構(gòu)能量常用的工具，反映的是結(jié)構(gòu)中殘基之間的能量是否合理。得到的結(jié)果一般為負值。程序評價結(jié)果見圖15。

圖15 Z-score圖Fig.15 Z-score of rAgaN3

本實驗的Z-score為-7.04(圖中黑點所示)，藍色部分為所有已解析的晶體結(jié)構(gòu)的Z-score分布情況。由圖可知，rAgaN3的Z-score位于中心的位置，說明該結(jié)構(gòu)在能量上是十分合理的。綜合Ramachandran plot和Z-score的結(jié)果分析，SWISS-MODEL構(gòu)建出的瓊膠酶結(jié)構(gòu)是相當可靠的。

3 結(jié)論

重組瓊膠酶rAgaN3理論分子量為31.243 kDa，理論等電點為4.81，脂肪系數(shù)為62.35，不穩(wěn)定系數(shù)為26.23，小于40，說明蛋白較穩(wěn)定，總平均疏水性為-0.662，小于0，預(yù)測為親水性蛋白；二級結(jié)構(gòu)預(yù)測得到：該蛋白無螺旋結(jié)構(gòu)，有15 個折疊結(jié)構(gòu)，其余均為卷曲結(jié)構(gòu)。無信號肽，無跨膜區(qū)域也沒有二硫橋。根據(jù)序列分析表明，rAgaN3屬于糖苷水解酶GH16 家族，為β-瓊膠酶。采用序列比對算法搜索蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)PDB 數(shù)據(jù)庫，找到與瓊膠酶rAgaN3的近同源蛋白3wz1A(MicrobulbiferthermotoleransJAMB-A94 GH16 家族，β-瓊膠酶)，序列相似性達到88%。運用同源建模法，使用SWISS-MODEL 構(gòu)建重組瓊膠酶rAgaN3的三維結(jié)構(gòu)模型，可以認為此瓊膠酶是典型的GH16家族瓊膠酶結(jié)構(gòu)，并用PROCHECK和PROSA進行了結(jié)構(gòu)檢驗。

本研究從瓊膠酶的序列出發(fā)，對序列中包含的生物信息進行了系統(tǒng)的研究，預(yù)測了瓊膠酶rAgaN3的基本理化性質(zhì)，為理解瓊膠酶特性提供了參考。后續(xù)工作可以本文預(yù)測信息為基礎(chǔ)，將基因在大腸桿菌表達系統(tǒng)和畢赤酵母表達系統(tǒng)中進行異源表達，并對重組瓊膠酶的酶學(xué)性質(zhì)進行測定，以驗證生物信息學(xué)預(yù)測結(jié)果。用高同源性的模板同源建模得到的較可靠的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，為理解瓊膠酶的結(jié)構(gòu)特性以及催化機制打下了良好的基礎(chǔ)。并且可以從蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)出發(fā)，通過分子對接、分子動力學(xué)模擬等方法，以提高比活力以及改善酶學(xué)性質(zhì)為目標，預(yù)測潛在的突變位點并進行定點突變實驗，深入研究瓊膠酶結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系。

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Bioinformatics analysis of the recombinantrAgaN3 gene of agarase

XIE Yong，HONG Xiaokun，YAN Renxiang，LIN Juan*

(FujianProvincialKeyLaboratoryofMarineEnzymeEngineering(FuzhouUniversity),Fuzhou350116,China)

In this paper, the agarase enzyme gene namedrAgaN3 is analyzed which is cloned fromMicrobulbifersp. BN via various bioinformatics methods. The results show that the calculated molecular mass of reorganization of agaroserAgaN3 is 31.243 kDa, the theoretical isoelectric point is 4.81, 26.23 of the nstability coefficient, 62.35 of the fat index, and minus 0.662 of the average hydrophobic coefficient, and there is no transmembrane domain and no signal peptide. By analyzing the secondary structure of protein, we can find there are 15 β-sheet structures, other coiled structures, and no helical structure. According to the analysis of sequence similarities, we can know rAgaN3 is a β-agarase, belongs to glycoside hydrolase GH16 family. It is templated by a homologous protein 3wz1A (88 homology), sets up tertiary structure of protein by creating homology modeling and tests its structure by Ramachandran Plot and PROSA. The bioinformatics analysis ofrAgaN3 gene of Agarase can provide a guidance to heterologous expression of agarase and lay good foundations for the site-directed mutagenesis of agarase and comprehensive study on the relationship between structure and function.

Agarase; Gene analysis; Bioinformatics; Protein structure

2016-08-20；

2016-10-18.

福建省企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新項目(閩經(jīng)信投資[2015]205號)；福州市科技計劃項目(No.2016-G-42)。

謝勇，男，碩士研究生，研究方向：微生物學(xué)；E-mail：1148494580@qq.com.

*通信作者：林娟，女，教授，博士生導(dǎo)師，研究方向：微生物學(xué)及生物化學(xué)與分子生物學(xué)；E-mail: ljuan@fzu.edu.cn.

10.3969/j.issn.1672-5565.2017.01.201608003

Q55

A

1672-5565(2017)01-016-11