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        縮骨鯽MSTN基因的克隆與組織表達分析

        2017-04-06 10:50:12許炎坤藍召軍
        淡水漁業(yè) 2017年2期
        關鍵詞:克隆基因組氨基酸

        楊 揚,許炎坤,舒 琥,李 強,藍召軍,劉 麗

        (1.廣州大學生命科學學院,廣州 510006;2.韶關市水產(chǎn)研究所,廣東韶關 512006;3.華南農(nóng)業(yè)大學海洋學院,廣州 510642)

        縮骨鯽MSTN基因的克隆與組織表達分析

        楊 揚1,許炎坤1,舒 琥1,李 強1,藍召軍2,劉 麗3

        (1.廣州大學生命科學學院,廣州 510006;2.韶關市水產(chǎn)研究所,廣東韶關 512006;3.華南農(nóng)業(yè)大學海洋學院,廣州 510642)

        采用同源克隆、生物信息學方法及熒光定量PCR(Real-time PCR)對縮骨鯽(Carassiusauratussogu var.)肌肉生長抑制素(myostatin,MSTN)基因進行克隆,分析和組織表達狀況研究。結(jié)果顯示:縮骨鯽基因組MSTN基因全長4 737 bp,含有兩個內(nèi)含子和三個外顯子;編碼區(qū)長度為1 128 bp,編碼375個氨基酸,包括信號肽(1aa~23aa),TGF-β前肽保守區(qū)域(34aa~256aa),TGF-β功能區(qū)(281aa~375aa),保守的RXXR蛋白酶酶切位點以及C-端活性區(qū)域9個保守的半胱氨酸殘基,這與其他物種MSTN相似。此外,縮骨鯽與鯽魚(Carassiusauratus)的MSTN氨基酸序列同源性最高,達到96.1%。以β-actin為內(nèi)參基因,熒光定量PCR分析表明,MSTN在肌肉中表達量最高;腦、眼、心臟中次之;在肝胰臟、卵巢、腸和腎臟中微量表達。

        縮骨鯽(Carassiusauratussogu var.);克??;肌肉生長抑制素基因;組織表達分布

        肌肉生長抑制素(myostatin,MSTN)基因,又被稱為生長/分化因子8(growth/differentiation factor,GDF-8),是Mcpherron于1997年發(fā)現(xiàn)的一種屬于分泌蛋白轉(zhuǎn)化生長因子β(TGF-β)超家族的新的生長因子[1]。它的結(jié)構具有TGF-β超家族的典型特征:N-端疏水的信號肽序列;氨基酸序列上有4個氨基酸(RXXR)組成的蛋白酶酶切位點;C-端包含9個保守半胱氨酸的活性區(qū);通過C-端二硫鍵形成二聚體[2]。其主要通過TGF-β/smads通路[3]對生肌決定因子(Myogenic determining factor,MyoD)家族成員轉(zhuǎn)錄活性進行調(diào)控,進而控制肌細胞分裂周期中由G1期到S期的轉(zhuǎn)變,它的表達量與肌肉的質(zhì)量呈負相關[4]。

        MSTN基因敲除后能使骨骼肌質(zhì)量顯著增加,而且不會導致致命缺陷[5]。MSTN突變的小鼠體型顯著大于野生型,主要是由于肌細胞的過度生長和增殖引起的[6],MSTN的缺失以及敲除可以引起豬或者牛的雙肌性狀[7,8]。迄今為止,在魚類中,MSTN基因研究已經(jīng)相對普遍,在黃顙魚(Pelteobagrusfulvidraco)[9]、羅非魚(Oreochromismossambicus)[10]、舌齒鱸(DicentrarchuslabraxL.)[11]、鱸(Moronechrysops)[10]、斑點叉尾(Ictaluruspunctatus)[12]、真鯛(Pagrosomusmajor)[13]、鯉(Cyprinuscarpio)[14]、鯽[15]等中已經(jīng)克隆出MSTN基因。

        MSTN的表達在不同的魚類中存在差異,但是普遍在肌肉中有著較高的表達,而在其他的組織中表達譜有所不同。在金頭鯛(Sparusaurata)中,MSTN在腸、腎臟、腦、眼和肌肉中都有較高的表達,在其他組織中則沒有檢測到[16];在斑馬魚中,所檢測的10種組織骨骼肌、肝、心臟、胃、鰓、卵巢、精巢、腎、眼和腦中均有表達[17];在鯉魚中,只能在肌肉和腦中檢測到MSTN mRNA[14];在虹鱒(Oncorhynchusmykiss)中,腦、心臟、肝、鰓、腸、精巢、卵巢、腎臟、快肌和慢肌中均能檢測到MSTN的存在,其中在腸、精巢、卵巢和肌肉中表達量較高[18]。

        縮骨鯽(Carassiusauratussogu var.)是分布在湖南省綏寧縣的一個特殊的鯽地方種群。其軀體較高,體長約為體高的1.6倍。距背鰭前基部三分之一處的后部脊椎骨呈萎縮狀,尾柄長遠小于尾柄高。背鰭后基部的兩側(cè)肌肉發(fā)達,微隆起。這種體型并非病態(tài),而是純粹的遺傳所致[19]??s骨鯽的研究主要集中在生物學、雌核發(fā)育[20]等方面,分子水平的研究甚少,尤其對生長相關基因研究資料十分匱乏,鑒于MSTN對肌肉生長的調(diào)控功能及其在魚類育種中具有潛在的應用價值,本研究對縮骨鯽MSTN基因及其在不同組織的表達進行了分析,可以豐富縮骨鯽的基因信息,并為縮骨鯽肌肉生長和發(fā)育的分子機制研究以及遺傳育種提供基礎資料。

        1 材料與方法

        1.1 實驗用魚

        實驗用縮骨鯽4尾,體質(zhì)量為(100±10) g,均取自廣東韶關水產(chǎn)研究所。

        1.2 實驗試劑

        Ezup柱式動物基因組DNA抽提試劑盒和SanPrep柱式DNA膠回收試劑盒購自生物工程(上海)股份有限公司; Taq酶和RNA keeper購自Vazyme Biotech公司。PMD19-T、大腸桿菌DH5α感受態(tài)、RNAiso、PrimeScriptTMRT reagent Kit with gDNA Eraser (Perfect Real Time)和SYBR? Premix Ex TaqTMII (Tli RNaseH Plus)、ROX plus 均購自Takara公司。

        1.3 引物

        本次實驗使用的引物見表1,以鯉魚的MSTN基因組基因為模板共設計7對引物對縮骨鯽MSTN基因組基因序列進行擴增。

        表1 用于縮骨鯽MSTN基因克隆和表達分析的9對引物

        1.4 擴增與測序

        剪取25 mg縮骨鯽肌肉,使用生工DNA提取試劑盒抽提基因組DNA。使用上述的引物以縮骨鯽基因組DNA為模板進行擴增,然后將產(chǎn)物純化,轉(zhuǎn)入大腸桿菌中,送至上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司測序。

        1.5 序列拼接及MSTN基因的生物信息學分析

        將測序獲得的7條MSTN基因片段利用DNAstar軟件中的Seqman對序列進行拼接、比對,獲得縮骨鯽MSTN基因組基因全序列。通過NCBI的Spidey對縮骨鯽MSTN基因組基因進行內(nèi)含子與外顯子的分析并進行拼接,得到CDs區(qū)域,利用ExPASy - ProtParam tool在線分析工具分析縮骨鯽MSTN基因編碼蛋白的理化性質(zhì)。使用在線的SignalP 4.1 service對縮骨鯽MSTN蛋白的信號序列進行預測。使用Mega 5.0軟件對縮骨鯽、鯽、鯉、斑馬魚(Daniorerio)、草魚(Ctenopharyngodonidellus)、鳙(Aristichthysnobilis)、南亞黑鯪 (Labeorohita)、喀拉鲃(Catlacatla)、大西洋鯡(Clupeaharengus)、大西洋鮭(Salmosalar)、溪紅點鮭(Salvelinusfontinalis)、網(wǎng)紋鳉(Poeciliareticulate)、青鳉(Oryziaslatipes)、鳡(Elopichthysbambusa)、藍點馬鮫(Scomberomorusniphonius)、白斑狗魚(Esoxlucius)、美洲狼鱸(MoroneAmericana)、大黃魚(Larimichthyscrocea)、羅非魚、紅鰭東方鲀(Takifugurubripes)、鱔(Monopterusalbus)、美國短吻鱷(Alligatormississippiensis)、西部錦龜(Chrysemyspictabellii)、海龜(Cheloniamydas)、原雞(Gallusgallus)、綠頭鴨(Anasplatyrhynchos)、灰雁(Anseranser)、豬(Susscrofa)、小鼠(Musmusculus)和人(Homosapiens)的MSTN氨基酸序列進行同源性分析并使用 Neighbor-Joining法構建分子系統(tǒng)發(fā)育樹。

        1.6 縮骨鯽MSTN 在不同組織的轉(zhuǎn)錄表達分布

        取3尾縮骨鯽的9個組織:腦、眼、心臟、卵巢、肝胰臟、腸、腎臟、鰓和肌肉迅速放入RNA keeper中,總RNA提取方法如下,將100 mg 組織加入到 1 mL 的RNAiso中并剪碎,置于冰上裂解;加0.2 mL氯仿靜置片刻離心;取500 μL上清液,用0.5 mL異丙醇沉降RNA,再用1 mL 75% 乙醇洗滌沉淀;用DEPC水溶 解RNA;使用1%瓊脂糖電泳檢測RNA質(zhì)量。按照PrimeScriptTMRT reagent Kit with gDNA Eraser (Perfect Real Time)說明書進行反轉(zhuǎn)錄。使用ABI7000熒光定量PCR儀,按照 SYBR? Premix Ex TaqTMII (Tli RNaseH Plus) 試劑盒要求進行 Real-time PCR對9種組織的mRNA表達量進行檢測,每一個樣品設置三個重復。對PCR產(chǎn)物進行溶解曲線檢測,并送至上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司測序,以確定擴增基因為目的基因。本實驗使用β-actin作為內(nèi)參基因,引物β-actinF 和β-actinR(表1),擴增 157 bp的目的片段,MSTN 特異性引物MSTNQPCRF和MSTNQPCRR,擴增133 bp的目的片段, 以上引物均為跨內(nèi)含子引物,以保證引物對cDNA的特異性。使用2-△△ct法對不同組織的相對表達量進行計算并作圖。使用SPSS19.0的ANOVA進行不同組織內(nèi)的差異顯著性分析。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 縮骨鯽的MSTN基因組基因的擴增與拼接

        以縮骨鯽的基因組DNA為模板,Primer1~7為引物,分別成功擴增出特異的DNA片段(圖1),得到完整的縮骨鯽MSTN基因組基因序列,其長度為4 737 bp。該基因含有兩個內(nèi)含子和三個外顯子,并且全部遵循GU-AG剪切規(guī)則,蛋白質(zhì)編碼區(qū)長度為1 128 bp,可以編碼375個氨基酸,存在RXXR保守結(jié)構和含有9個保守的半胱氨酸殘基的活性區(qū),具體序列分析如圖2所示。該序列的GenBank登錄號為KX150705。

        圖1 縮骨鯽MSTN基因組序列擴增結(jié)果Fig.1 PCR result of MSTN of C.auratus sogu var. 1~7為表1中引物PCR擴增產(chǎn)物,M為DL2000 DNA Marker。

        2.2 縮骨鯽MSTN基因序列及其氨基酸序列的生物信息學分析

        2.2.1 縮骨鯽MSTN基因編碼蛋白的理化性質(zhì)

        將縮骨鯽MSTN編碼的氨基酸序列提交至ExPASy-ProtParam tool在線分析工具,對縮骨鯽MSTN蛋白進行蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析,該蛋白預計相對分子質(zhì)量為42 069.1,等電點為6.17。其氨基酸組成中以亮氨酸(Leu)的含量最高(8.0%),含量最低的是色氨酸(Trp),為1.6%,其他氨基酸含量在2.4%~7.2%之間。此蛋白不穩(wěn)定系數(shù)為50.85,是一種不穩(wěn)定的蛋白。此外,蛋白質(zhì)氨基酸殘基親疏水性總平均數(shù)(GRAVY)為-0.351,說明此蛋白為親水蛋白。

        圖2 縮骨鯽MSTN核苷酸序列與推測的氨基酸序列Fig.2 MSTN nucleotide sequence and predicted amino acid sequence of C.auratus sogu var. 加框表示保守的酶切位點,下劃線表示啟動子原件,加粗表示加尾信號,陰影部分表示加尾信號和polyA之間的保守區(qū)域, 雙直線表示保守的半胱氨酸殘基,星號表示終止密碼子。

        2.2.2 縮骨鯽MSTN基因編碼蛋白的預測分析

        使用SignalP 4.1 Server在線信號肽預測軟件,對縮骨鯽的MSTN基因編碼的蛋白的信號肽進行預測,結(jié)果顯示,該基因1aa~23aa為信號肽區(qū)域,其作用是介導蛋白質(zhì)分泌和轉(zhuǎn)運,并對其正確折疊有一定的作用。通過NCBI功能軟件Conserved domains分析縮骨鯽MSTN氨基酸序列保守區(qū)域。 結(jié)果顯示,34aa~256aa氨基酸殘基是TGF-β前肽(propeptide)保守區(qū)域,281aa~375aa氨基酸殘基是TGF-β功能區(qū)。

        2.2.3 縮骨鯽MSTN的同源性分析

        對比29個GenBank中已經(jīng)公布的一些物種的MSTN氨基酸序列發(fā)現(xiàn),縮骨鯽MSTN與鯽魚和鯉魚的同源度分別為96.1%和95.8%,在分子系統(tǒng)發(fā)育樹上聚為一支,親緣關系最近;與鯉科魚類的同源度為94.4%~96.1%,相對保守;與其他硬骨魚類的同源度為74.3%~85.6%;與陸生動物的同源度僅為58.2%~61.5%。使用neighbor-joining方法對縮骨鯽以及進行系統(tǒng)發(fā)育分析,Bootstrap檢驗重復1 000次,構建了縮骨鯽MSTN氨基酸序列的分子系統(tǒng)發(fā)育樹(圖3),MSTN分子系統(tǒng)發(fā)育樹與形態(tài)學的系統(tǒng)發(fā)育樹吻合。

        圖3 縮骨鯽與其他物種的MSTN氨基酸序列的系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.3 Phylogenetic tree of MSTN of C.auratus sogu var.and other species

        2.3 縮骨鯽 MSTN 在不同組織的轉(zhuǎn)錄表達分布

        以縮骨鯽的腦、眼、心臟、卵巢、肝胰臟、腸、腎臟、鰓和肌肉9個組織的cDNA為模板,通過Real-time PCR研究MSTN在不同組織內(nèi)的表達量。Real-time PCR的擴增產(chǎn)物溶解曲線為單峰,測序結(jié)果表明擴增產(chǎn)物為目的片段。結(jié)果表明,在縮骨鯽肌肉中MSTN含量最高,腦、眼、心臟中次之,肝胰臟、卵巢、腸、腎臟和鰓中微量表達,其中肝胰臟表達略高(圖4)。

        圖4 縮骨鯽MSTN mRNA在不同組織內(nèi)的表達Fig.4 Relative expression of MSTN mRNA in tissues ofC.auratus sogu var. 圖中字母不同表示差異顯著(P<0.05)

        3 討論

        縮骨鯽作為華南地區(qū)特有物種,有著良好的經(jīng)濟價值和重要的研究價值??s骨鯽的背鰭后基部的兩側(cè)肌肉發(fā)達,約距背鰭前基三分之一處的后部脊椎骨開始呈萎縮狀,這并非病態(tài),而是自然選擇的結(jié)果,本研究克隆以及初步分析了與肌肉生長分化密切相關的MSTN基因,并對推測的縮骨鯽MSTN氨基酸序列與其他物種進行了對比。結(jié)果顯示,縮骨鯽與鯽魚的同源性最高,達到了96.1%,這與劉良國等[21]使用RAPD方法分析鯽品系所得出的結(jié)果相符,證實縮骨鯽是由普通鯽進化而來,至于縮骨鯽背部肌肉較為發(fā)達是否是因為縮骨鯽與鯽魚之間MSTN的差異導致,還需要使用基因敲除技術或者大幅降低MSTN活性的單核苷酸多態(tài)(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)做進一步的研究??s骨鯽MSTN基因的克隆,為縮骨鯽MSTN基因SNPs的篩選和縮骨鯽MSTN基因SNPs與生長性狀的關聯(lián)分析[22]奠定了基礎。 至于是否存在大幅降低縮骨鯽MSTN活性的SNPs仍需要做進一步的研究。

        本實驗顯示,縮骨鯽與爬行類、鳥類、哺乳類的MSTN基因有著較高的同源性,均編碼375或376個氨基酸,并且MSTN基因組基因都由三個外顯子兩個內(nèi)含子組成。比對多種魚類的MSTN氨基酸序列的結(jié)果表明,該蛋白序列在魚類中具有高度的保守性,尤其是在C末端的功能活性區(qū)域,其保守性幾乎達到99%,而且魚類的MSTN蛋白上均有兩個保守區(qū)域:TGF-β前肽(propeptide)保守區(qū)域和TGF-β功能區(qū)。通過多物種的MSTN氨基酸序列構建的分子進化樹與形態(tài)學的進化樹基本吻合。

        使用實時熒光定量 PCR 分析縮骨鯽MSTN在9種組織內(nèi)表達,結(jié)果顯示MSTN在肌肉中的表達量顯著高于其他組織,與在鯉[14]、大西洋鮭[23]、異育銀鯽(Allogyogeneticscruciancarp)[24]和泥鰍(Misgurnusanguillicaudatus)[25]等魚中研究結(jié)果相符。縮骨鯽MSTN在腦,眼和心臟中有著較為顯著的表達,這與在大西洋鮭,草魚(Ctenopharyngodonidellus)[26]中的研究相符,值得注意的是,在異育銀鯽中的研究顯示在腦和心臟也有明顯的表達,但是腦和肌肉的表達量沒有顯著差異,這可能是因為實驗用魚的年齡不同[27],也可能是因為物種差異的結(jié)果。MSTN的廣泛表達,在異育銀鯽、草魚、斑馬魚[17]以及金頭鯛[27]等魚的研究中均有體現(xiàn)。不同于哺乳動物中MSTN的表達只局限于肌肉和少數(shù)組織中[6],在魚類中MSTN的表達非常廣泛,表達模式也十分多樣。由于MSTN對肌肉生長的調(diào)控作用[5],已經(jīng)被廣泛研究并應用于畜牧業(yè)和漁業(yè)以滿足消費者的需求,其研究對于經(jīng)濟魚類育種有著重要的意義。

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        (責任編輯:張瀟峮)

        Cloning and tissues expression analysis of MSTN gene inCarassiusauratussogu var.

        YANG Yang1,XU Yan-kun1,SHU Hu1,LI Qiang1,LAN Zhao-jun2,LIU Li3

        (1.SchoolofLifeScience,GuangzhouUniversity,Guangzhou510006,China;2.ShaoguanFisheriesResearchInstitute,Shaoguan,Guangzhou,512006,China;3.SchoolofMarineScience,AgriculturalUniversityofSouthChina,Guangzhou510642,Guangdong,China)

        The myostatin (MSTN) gene inCarassiusauratussogu var.was cloned and analyzed through homology-based cloning,bioinformatics technology and Real-time PCR.The result revealed that the length of MSTN ofC.auratussogu var.is 4737bp.It includes 3 exons and 2 introns.The length of coding sequence (CDS) is 1128bp,the gene code 375 amino acids which contain a signal peptide (1aa~23aa),a conserved propeptide domain (34aa~256aa),a functional domain (281aa~375aa),a RXXR proteolysis site and nine conserved cysteine residues of C-terminal functional domain;As other species,the protein of MSTN have a TGF-β superfamily domain inC.auratussogu var.;Compared with other species,the homology of MSTN amino acid sequences betweenC.auratussogu var.andC.auratusis closer.Using Real-Time PCR detected MSTN mRNA expression of 9 tissues,the result suggested that the MSTN gene was highly expressed in muscle,second highly expressed in brain,eyes,heart and weakly expressed in ovary,hepatopancreas and kidneys.

        Carassiusauratussogu var;clone;myostatin (MSTN);tissues expression

        2016-08-13;

        2016-10-11資助項目:國家公益性行業(yè)(農(nóng)業(yè))重大專項(201303048);廣東省科技計劃項目(2012A020602063,2014A020208145)。

        楊 揚(1992- ),男,碩士研究生,專業(yè)方向為魚類生理與分子生物學。E-mail:214453598@qq.com 通訊作者:舒 琥。E-mail:shuhu001@126.com

        S917.4

        A

        1000-6907-(2017)01-0023-07

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