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        基于PubMed的醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究與臨床研究類論文分類方法構(gòu)建

        2017-03-22 01:14:46
        關(guān)鍵詞:主題詞檢索物種

        ,

        [作者單位]中國醫(yī)科大學(xué)附屬盛京醫(yī)院,遼寧 沈陽 110001

        科研論文的數(shù)量和質(zhì)量可以反映科學(xué)研究的實(shí)力和水平[1]?;诳蒲姓撐牡奈墨I(xiàn)計(jì)量學(xué)分析結(jié)果在輔助科研管理和決策中顯現(xiàn)出越來越重要的作用[2-3]。近年來,隨著我國醫(yī)改進(jìn)程推進(jìn)、研究型醫(yī)院建設(shè)、轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)及精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的發(fā)展,作為與臨床診療能力密切相關(guān)的科研活動(dòng),醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究和臨床研究科研能力及其成果越來越受到業(yè)界關(guān)注和重視。目前醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究和臨床研究類論文分類方法主要依據(jù)發(fā)文作者所在科室/學(xué)科[1]或數(shù)據(jù)庫自帶學(xué)科分類導(dǎo)航[4]實(shí)現(xiàn)。這兩種分類方式均依據(jù)科研論文的外部特征,醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究與臨床研究論文的分類必須基于科研論文的研究內(nèi)容。本文旨在構(gòu)建醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究與臨床研究類論文科學(xué)的分類方法,為科研管理提供支持,為提升醫(yī)療機(jī)構(gòu)臨床診療能力提供助力。

        1 醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究與臨床研究類論文分類依據(jù)

        1.1 美國NIH關(guān)于醫(yī)學(xué)臨床研究的定義

        NIH將臨床研究定義為直接涉及一個(gè)具體的人或人群的研究,或者是圍繞人的相關(guān)行為特征或組織標(biāo)本等數(shù)據(jù)開展的研究。這些組織或標(biāo)本來自一個(gè)有生命的個(gè)人(但臨床研究的過程要求保護(hù)個(gè)人隱私),包括以病人為中心的研究、人類疾病發(fā)病機(jī)制的研究、疾病治療或干預(yù)的研究、臨床試驗(yàn)研究、疾病相關(guān)的新技術(shù)發(fā)展的研究、流行病學(xué)和行為研究、衛(wèi)生服務(wù)和產(chǎn)出研究等內(nèi)容[5]。

        1.2 醫(yī)學(xué)主題詞、特征詞

        《醫(yī)學(xué)主題詞表》(Mesh詞表)是美國國立醫(yī)學(xué)圖書館編制的權(quán)威性主題詞表,是一部規(guī)范化的可擴(kuò)充的動(dòng)態(tài)性敘詞表,用于標(biāo)引、編目和檢索生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)。Mesh詞表中,臨床研究(clinical study)作為一個(gè)文獻(xiàn)出版特征類型主題詞出現(xiàn),僅包含臨床試驗(yàn)和觀察性研究2個(gè)下位詞。對比NIH定義,發(fā)現(xiàn)不能用它直接分類醫(yī)學(xué)臨床研究。

        特征詞是生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)主題標(biāo)引中設(shè)置的代表某些單一概念的一組標(biāo)引詞。Mesh詞表中用于標(biāo)引物種的特征詞僅有human和animal,凡是涉及到人或其他物種,都標(biāo)引特征詞“human”或“animal”;既討論人又討論其他物種的文章兩者都標(biāo)注;遇到“臨床研究”或“臨床試驗(yàn)”等有臨床研究含義的主題詞時(shí),均要標(biāo)注“human”特征詞;不涉及研究物種的科研論文不標(biāo)注特征詞。

        1.3 醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究與臨床研究類論文分類方法制定過程

        由美國NIH 定義可知,“研究物種”不同是醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究與臨床研究論文的最大區(qū)別。因此本文首先將科研論文按“研究物種”的區(qū)別分類,在物種分類的基礎(chǔ)之上,結(jié)合NIH關(guān)于臨床研究定義的3部分條件限制,制定醫(yī)學(xué)臨床研究和基礎(chǔ)研究論文的分類標(biāo)準(zhǔn),具體流程見圖1。

        注:“其他類型論文”包括衛(wèi)生經(jīng)濟(jì)、衛(wèi)生政策、圖書情報(bào)、衛(wèi)生法律等方面的科研論文;“不涉及研究物種的論文”中包含未進(jìn)行主題詞標(biāo)引的論文(此部分?jǐn)?shù)據(jù)較少)。

        圖1基礎(chǔ)研究與臨床研究類論文分類流程

        2 醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究與臨床研究類論文分類過程

        2.1 依據(jù)研究物種進(jìn)行論文分類并驗(yàn)證其科學(xué)性

        理論上,按照“研究物種”分類可將全部科研論文分為以下四部分內(nèi)容:研究物種為人(Mesh:“humans”[Mesh Terms]),研究物種為動(dòng)物(Mesh:“animals”[Mesh Terms:noexp]),無研究物種(Mesh:NOT(“animals”[Mesh Terms:noexp]OR“humans”[Mesh Terms]包含尚未進(jìn)行主題詞標(biāo)引的文章人和動(dòng)物兩類物種(Mesh:“animals”[MeshTerms:noexp]AND“humans”[Mesh Terms]。四部分的總和為全部科研論文。

        本文以“shengjing[ad]”為檢索式,驗(yàn)證Pubmed數(shù)據(jù)物種分類的科學(xué)性(驗(yàn)證時(shí)間:2016年5月20日),數(shù)據(jù)驗(yàn)證結(jié)果為:Ⅰ、shengjing hospital [ad] 檢索結(jié)果為2 371篇,Ⅱ、shengjing hospital[ad]AND “humans”[MeSH Terms] 檢索結(jié)果為1 475篇,Ⅲ、shengjing hospital [ad] AND “animals”[MeSH Terms:noexp]檢索結(jié)果為462篇,Ⅳ、shengjing hospital[ad]not(“humans”[MeSH Terms]or “animals”[MeSH Terms:noexp])檢索結(jié)果為548篇,Ⅴ、shengjing hospital[ad] and(“humans”[MeSH Terms] and“animals”[MeSH Terms:noexp]) 檢索結(jié)果為114篇。數(shù)據(jù)結(jié)果符合數(shù)理運(yùn)算規(guī)則:Ⅰ=Ⅱ+Ⅲ+Ⅳ-Ⅴ=2371。因此,依據(jù)物種分類進(jìn)行科研論文分類的科學(xué)性得以驗(yàn)證。

        2.2 醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究與臨床研究類論文的分類標(biāo)準(zhǔn)

        基于NIH 關(guān)于醫(yī)學(xué)臨床研究的定義可知,“研究物種”是醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究和臨床研究最基本的區(qū)別。醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究為以動(dòng)物為研究物種(研究對象)開展的試驗(yàn)研究,因此可將以動(dòng)物為研究物種開展的科學(xué)研究定義為基礎(chǔ)研究,PubMed數(shù)據(jù)庫分類標(biāo)準(zhǔn)(檢索式): “animals”[MeSH Terms:noexp] NOT “humans”[MeSH Terms]。

        基于主題詞、特征詞的標(biāo)引檢索規(guī)則,結(jié)合NIH 關(guān)于醫(yī)學(xué)臨床研究三部分內(nèi)容的解釋,在PubMed數(shù)據(jù)庫主題詞表數(shù)據(jù)庫中對照生物醫(yī)學(xué)主題詞樹狀結(jié)構(gòu)表(All MeSH Categories)篩選相對應(yīng)的醫(yī)學(xué)主題詞與特征詞“human[MESH]”匹配,制定醫(yī)學(xué)臨床研究的分類標(biāo)準(zhǔn)(檢索式): “Humans”[Mesh]AND(“Analytical,Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment Category”[Mesh]OR “Chemicals and Drugs Category”[Mesh] OR “Diseases Category”[Mesh] OR “Clinical Study” [Publication Type]OR “Epidemiology”[Mesh]OR “Psychiatry and Psychology Category”[Mesh]OR“Community-Based Participatory Research”[Mesh] OR “Outcome Assessment (Health Care)” [Mesh] OR “Comparative Effectiveness Research”[Mesh]))。

        3 醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究和臨床研究類論文分類方法數(shù)據(jù)驗(yàn)證

        新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志、柳葉刀、美國醫(yī)學(xué)會(huì)雜志、英國醫(yī)學(xué)期刊是國際公認(rèn)的四大頂級醫(yī)學(xué)期刊。其中新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志、柳葉刀、美國醫(yī)學(xué)會(huì)雜志為臨床醫(yī)學(xué)刊物,主要刊載臨床研究類論文,英國醫(yī)學(xué)會(huì)雜志為綜合刊物,僅有一半的篇幅用于刊載臨床科學(xué)原始研究論文。因此本文僅選取新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志、柳葉刀、美國醫(yī)學(xué)會(huì)雜志3種臨床研究類刊物載文數(shù)據(jù)進(jìn)行醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究與臨床研究類論文分類方法的科學(xué)性驗(yàn)證。

        3種期刊檢索式分別為:新英格蘭雜志檢索式:nejm[ta]、柳葉刀雜志檢索式:lancet[ta]、美國醫(yī)學(xué)會(huì)雜志檢索式:JAMA[ta],以臨床研究類期刊的發(fā)文數(shù)據(jù)為驗(yàn)證數(shù)據(jù)(數(shù)據(jù)下載時(shí)間為2016年10月26日)。

        3.1 三大臨床研究類期刊載文數(shù)據(jù)驗(yàn)證基礎(chǔ)研究與臨床研究分類方法

        2006-2015年P(guān)ubMed數(shù)據(jù)庫收錄的三大臨床研究類期刊載文數(shù)據(jù)見表1。由“物種分類”和NIH定義可知,表1中“其他類型”的論文數(shù)據(jù)包括科研論文尚未進(jìn)行主題詞和特征詞標(biāo)引、論文研究內(nèi)容不涉及研究物種、有主題詞標(biāo)引但不滿足NIH 定義的臨床研究類論文要求3種情況。同期3種臨床研究類雜志刊載的“其他類型”論文情況見表2。

        表1 2006-2015年3種臨床研究類期刊載文量

        表2 3種臨床類期刊“其他類型”論文載文量論文

        3.2 以新英格蘭雜志刊載“其他類型”的論文數(shù)據(jù)為例進(jìn)行數(shù)據(jù)剖析及驗(yàn)證

        以2006-2015年P(guān)ubMed數(shù)據(jù)庫收錄的新英格蘭雜志載文數(shù)據(jù)為例,對表1中的“基礎(chǔ)研究類論文”和“其他類型”科研論文情況分析結(jié)果如下。2006-2015 10年新英格蘭雜志刊載基礎(chǔ)研究類論文44篇(0.3%),刊載的“不涉及研究物種和無主題詞標(biāo)引”的科研論文有608篇。應(yīng)用醫(yī)療保健類(Health Care Category)主題詞進(jìn)行數(shù)據(jù)再檢索分類,數(shù)據(jù)處理結(jié)果:545篇(占608篇的90%)論文屬于醫(yī)療保健大類下衛(wèi)生政策、衛(wèi)生服務(wù)質(zhì)量、衛(wèi)生服務(wù)管理等文章范疇;63篇(占10%)不屬于醫(yī)療保健類科研論文范疇,其中45篇無主題詞標(biāo)注,18篇有主題詞標(biāo)注但不滿足NIH 定義的臨床研究類論文要求。

        新英格蘭雜志刊載的“不滿足NIH 3部分條件限制”科研論文共448篇。應(yīng)用醫(yī)療保健類(“Health Care Category”[Mesh])主題詞進(jìn)行數(shù)據(jù)處理結(jié)果為: 437篇(占98%)屬于醫(yī)療保健大類(Health Care Category)大類所包含的衛(wèi)生政策、衛(wèi)生服務(wù)質(zhì)量、衛(wèi)生服務(wù)管理類論文分類范疇;11篇(2%)科研論文中出版類型Journal Article共計(jì)3篇、Case Report類型2篇、Letter類型文獻(xiàn)4篇、Editorial類型2篇,11篇均不滿足NIH 定義的臨床研究類論文要求。

        4 結(jié)果及討論

        英格蘭雜志、柳葉刀雜志、美國醫(yī)學(xué)會(huì)雜志2006-2015年載文數(shù)據(jù)主要為臨床研究類論文,基礎(chǔ)研究類論文不到1%,其余部分屬于衛(wèi)生政策、衛(wèi)生服務(wù)、衛(wèi)生質(zhì)量評價(jià)類科研論文,符合三大臨床研究類期刊載文常規(guī),同時(shí)也佐證了本文制定的醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究與臨床研究類論文分類方法的科學(xué)性。

        醫(yī)學(xué)科學(xué)研究是一個(gè)醫(yī)院的實(shí)力和聲譽(yù)所在,是醫(yī)院學(xué)科建設(shè)的重要組成部分。提高我國醫(yī)學(xué)知識水平和科學(xué)研究能力,并將其轉(zhuǎn)化為相應(yīng)的衛(wèi)生政策和臨床診療能力,是解決我國現(xiàn)存的衛(wèi)生問題和實(shí)現(xiàn)醫(yī)療改革目標(biāo)的關(guān)鍵[6]。黨的十八大提出供給側(cè)改革的概念,三級甲等醫(yī)院的供給側(cè)改革必須圍繞“提高臨床診療能力”這一關(guān)鍵問題展開,提高臨床診療能力就必須提高與之密切相關(guān)的醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究和臨床研究能力。

        十二五期間,中華醫(yī)學(xué)會(huì)組織臨床醫(yī)學(xué)、臨床流行病學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)、醫(yī)學(xué)管理學(xué)等多學(xué)科領(lǐng)域的專家對醫(yī)學(xué)“臨床研究”的基本特征進(jìn)行了研討并達(dá)成共識:醫(yī)學(xué)臨床研究是以醫(yī)療服務(wù)機(jī)構(gòu)為主要研究基地,以患者為主要研究對象,以疾病的診斷、治療、預(yù)后和病因?yàn)橹饕獌?nèi)容,需要多學(xué)科共同參與組織實(shí)施的科學(xué)研究活動(dòng)。這一共識已經(jīng)寫入“臨床研究發(fā)展戰(zhàn)略報(bào)告”,成為指導(dǎo)和推動(dòng)我國臨床研究發(fā)展的基礎(chǔ)[7],但未明確醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究和臨床研究的定義。中國工程院院士王辰等[8]認(rèn)為醫(yī)學(xué)研究可分為預(yù)防醫(yī)學(xué)研究、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究、臨床醫(yī)學(xué)研究3部分,譚得圣等[9]依據(jù)研究方法和研究對象、學(xué)科領(lǐng)域、研究任務(wù)性質(zhì)、研究目的和深度、研究難易程度、研究邏輯形式的不同等6種分類標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行醫(yī)學(xué)科學(xué)論文分類,但國內(nèi)尚未見醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究和臨床研究類論文的分類標(biāo)準(zhǔn)和分類依據(jù),使醫(yī)學(xué)科研管理部門對于醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)與臨床研究類論文成果的評價(jià)出現(xiàn)瓶頸。依據(jù)本文基于科研論文研究內(nèi)容的醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究與臨床研究分類標(biāo)準(zhǔn),結(jié)合各醫(yī)療機(jī)構(gòu)的英文檢索式,可以有效解決目前管理部門遇到的瓶頸問題,從而科學(xué)有效地進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,輔助科研決策,為提升醫(yī)療機(jī)構(gòu)供給側(cè)改革能力及醫(yī)改助力。

        本文介紹的醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究與臨床研究的分類方法較寬泛,包含圍繞人或人群開展的發(fā)病機(jī)制研究、流行病學(xué)研究等概念范疇,與國內(nèi)科研工作者常規(guī)理解的基礎(chǔ)研究和臨床研究稍有差別。同時(shí),本文采用美國國立醫(yī)學(xué)圖書館編制的權(quán)威性《醫(yī)學(xué)主題詞表》為工具,首先使用物種特征詞標(biāo)引規(guī)則,將全部科研論文按照研究物種進(jìn)行區(qū)分,在此基礎(chǔ)上利用主題詞具有概念單一,詞型規(guī)范、詞義準(zhǔn)確、涵蓋文章研究內(nèi)容所涉及的各個(gè)方面的特點(diǎn),以科研論文研究內(nèi)容為依據(jù)進(jìn)行醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究與臨床研究類論文分類,有效提高了分類原則的準(zhǔn)確性,在科研管理實(shí)踐更具實(shí)際指導(dǎo)性和操作性。

        本文制定的醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究與臨床研究類論文的分類標(biāo)準(zhǔn)同樣存在局限性,目前僅適用于PubMed等支持主題詞檢索的數(shù)據(jù)庫,不適用于SCI 等不支持主題詞檢索的數(shù)據(jù)庫。

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