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        基于CiteSpace的國內(nèi)外精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究熱點(diǎn)與前沿分析

        2017-03-22 03:58:48,,,,,
        關(guān)鍵詞:研究

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        精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)(precision medicine),又稱精準(zhǔn)醫(yī)療,是以個性化醫(yī)療(personalized medicine)為基礎(chǔ),隨著基因組測序技術(shù)的快速進(jìn)步和生物信息與大數(shù)據(jù)科學(xué)的交叉應(yīng)用而發(fā)展起來的新型醫(yī)學(xué)概念與醫(yī)療模式。其本質(zhì)是通過研究基因組學(xué)、蛋白組學(xué)等組學(xué)信息和臨床醫(yī)學(xué)前沿技術(shù)[1],對大樣本人群與特定疾病類型進(jìn)行生物標(biāo)記物的分析與鑒定、驗(yàn)證與應(yīng)用,從而精確找到疾病的原因和治療的靶點(diǎn),并對一種疾病不同狀態(tài)和過程進(jìn)行精確亞分類,最終實(shí)現(xiàn)對疾病和特定患者個性化精準(zhǔn)治療的目的,提高疾病診治與預(yù)防的效益[1]。

        美國醫(yī)學(xué)界在2011年首次提出“精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)”的概念。2015年1月20日,奧巴馬在美國國情咨文中提出“精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)計劃”。美國提倡的“精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)”概念,是基于“人類發(fā)現(xiàn)改變某些基因可以導(dǎo)致某種疾病發(fā)生的機(jī)制。因此如果人們改變該基因,就可以預(yù)防這種疾病的發(fā)生或?qū)ζ溥M(jìn)行治療”[2]。

        2015年2月,我國19位專家組成了國家精準(zhǔn)醫(yī)療戰(zhàn)略專家委員會[3]。2015年3月11日,我國科技部召開國家首次精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)戰(zhàn)略專家會議,對我國精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的發(fā)展制定戰(zhàn)略性計劃[1]。

        科學(xué)知識可視化圖譜是在信息技術(shù)的推動下,發(fā)展起來的一種新型計量學(xué)工具。本文利用CiteSpace,以中國期刊全文數(shù)據(jù)庫(CNKI)和Web of Science(WOS)中收錄的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)作為研究樣本,分析國內(nèi)外精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域研究熱點(diǎn)和前沿。

        1 材料與方法

        國內(nèi)研究數(shù)據(jù)源于CNKI,包括期刊文獻(xiàn)、會議論文、碩博士論文、特色期刊文獻(xiàn)。采用檢索式:主題=(精準(zhǔn)醫(yī)療 OR 精準(zhǔn)醫(yī)學(xué) OR 個體化醫(yī)療 OR 個性化醫(yī)療),檢索起始時間不受限定,檢索截止時間2016年10月17日,檢索到1 648篇文獻(xiàn),去重及刪除會議通知等不相關(guān)文獻(xiàn)后,共1 618篇。國際研究數(shù)據(jù)來源于WOS,采用檢索式:主題: (“precision medicine”) OR 主題: (“individual medicine”) OR 主題: (“personalized medicine”),數(shù)據(jù)庫選擇SCI-EXPANDED,文獻(xiàn)類型不限定,檢索起始時間不受限定,截止時間為2016年10月17日,共得到8 869篇文獻(xiàn),去重后得到8 869篇文獻(xiàn)。

        CiteSpace軟件主要用于探測和分析學(xué)科研究前沿隨時間的變化趨勢以及研究前沿與其知識基礎(chǔ)之間的關(guān)系,并可以發(fā)現(xiàn)不同研究前沿之間的內(nèi)部聯(lián)系,可以根據(jù)“年輪”大小和顏色的區(qū)別展示分析內(nèi)容,一個“年輪”代表一個節(jié)點(diǎn)?!澳贻啞杯h(huán)內(nèi)的顏色代表關(guān)鍵詞在不同年代出現(xiàn),并從冷色到暖色逐漸變化;年輪的厚度與關(guān)鍵詞出現(xiàn)的頻次成正比,年輪越厚,表明該關(guān)鍵詞出現(xiàn)的頻次越多;節(jié)點(diǎn)間的連線代表節(jié)點(diǎn)與節(jié)點(diǎn)間的共現(xiàn)關(guān)系,連線越粗,表明節(jié)點(diǎn)間關(guān)系越緊密,它們同時出現(xiàn)在同一篇文獻(xiàn)中的可能性越大;連線的顏色代表兩個節(jié)點(diǎn)同時出現(xiàn)在同一篇文章中的最早年份[4]。

        CiteSpace 信息可視化軟件既可以繪制直觀的科學(xué)知識圖譜,也可以通過后臺運(yùn)行數(shù)據(jù)處理得到詳細(xì)的數(shù)據(jù)信息。在關(guān)鍵詞共現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)知識圖譜的基礎(chǔ)上通過導(dǎo)出匯總表得到有關(guān)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究文獻(xiàn)的關(guān)鍵詞頻次和突現(xiàn)值(Burst term)等指標(biāo)數(shù)據(jù)。

        利用CiteSpaceII提供的詞頻探測技術(shù),通過考察詞頻的時間分布,將其中頻次變化率高的詞(Burst term)從大量的主題詞中探測出來,依靠詞頻的變動趨勢,而不僅僅是頻次的高低,來確定前沿領(lǐng)域和發(fā)展趨勢[5]。突現(xiàn)的關(guān)鍵詞可在可視化圖譜中通過紅色進(jìn)行標(biāo)注,代表關(guān)鍵詞的爆發(fā)性。一般認(rèn)為,突現(xiàn)率高的關(guān)鍵詞就可以代表精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)前沿領(lǐng)域。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 研究文獻(xiàn)的時間分布

        從CNKI年度發(fā)文量看,國內(nèi)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究起步于1992年。在1992-2009年間,國內(nèi)學(xué)者在此領(lǐng)域發(fā)文量很少;2010年起國內(nèi)學(xué)者對精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的研究興趣逐漸增強(qiáng),僅2015年收錄文獻(xiàn)量就是2014年的5.43倍。盡管數(shù)據(jù)庫中還未收錄2016全年文獻(xiàn),但現(xiàn)收錄文獻(xiàn)數(shù)量已超過2015年收錄量,到2016年10月17日,發(fā)表的文獻(xiàn)就占國內(nèi)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)全部文獻(xiàn)的19.96%。

        從WOS年度發(fā)文量來看,國際精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的研究起步于1985年,較國內(nèi)起步早。在1985-2005年間,發(fā)文量很少。2006年以來,國際上精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的研究逐漸增加,且呈較快增長趨勢,其增長速度大于國內(nèi)。

        2.2 國內(nèi)外研究熱點(diǎn)

        2.2.1 國內(nèi)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域研究熱點(diǎn)與前沿

        對CNKI的數(shù)據(jù)進(jìn)行共被引分析,時區(qū)選擇1992-2016年,時間跨度1年, 閾值選擇Top 50。運(yùn)行軟件后共得到節(jié)點(diǎn)633個,連線646條,通過修剪得到國內(nèi)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域關(guān)鍵詞共現(xiàn)圖,國內(nèi)及國際精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域年度發(fā)文量如圖1所示。

        圖1 國內(nèi)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)關(guān)鍵詞共現(xiàn)圖

        突現(xiàn)率高的關(guān)鍵詞可以代表精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)前沿領(lǐng)域。通過CiteSpace對這類詞進(jìn)行截取,得到國內(nèi)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域高Burst值表(見圖2)。

        圖2 國內(nèi)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)高Burst值表

        2.2.2 國際精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究熱點(diǎn)

        對WOS下載的數(shù)據(jù)進(jìn)行共被引分析,時區(qū)選擇1985-2016年, 時間跨度為1年,閾值選擇Top50,節(jié)點(diǎn)類型選擇Keyword,得到出現(xiàn)頻次較高的熱點(diǎn)詞匯列表(表1)。

        從表1可以看出,personalized medicine頻次最高,其次是Cancer、breast-cancer。利用CiteSpace對WOS的數(shù)據(jù)進(jìn)行Keyword值的Burst分析,共得到52個Burst值在3.53以上的關(guān)鍵詞。代表國際精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)前沿的前10個高Burst值關(guān)鍵字見圖3。

        表1 國際精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)高頻詞表

        圖3 國際精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)高Burst值關(guān)鍵詞

        3 討論

        本文借助CiteSpace軟件,對CNKI和WOS上“精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)”的相關(guān)文獻(xiàn)進(jìn)行了國內(nèi)外精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域研究熱點(diǎn)與前沿的文獻(xiàn)計量分析,為研究人員開展精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究提供了一定參考。從精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)年度發(fā)文量來看,從2010年開始,國內(nèi)學(xué)者對精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的研究興趣逐漸增強(qiáng),國際精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域文獻(xiàn)的增長速度快于國內(nèi)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域文獻(xiàn)增長速度。結(jié)合時區(qū)視圖可知,國內(nèi)外學(xué)者對精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究具有較大的傳承性,而不僅僅在部分時區(qū)內(nèi)對該方向進(jìn)行研究,研究具有延續(xù)性。

        從精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)Keywords共現(xiàn)圖來看,國內(nèi)“個體化醫(yī)療”節(jié)點(diǎn)圓心為綠色,表明其最早出現(xiàn)在文獻(xiàn)中是綠色所代表的年代,即2002年。由年輪旁邊的放射性線可知,其連線較密集,與多數(shù)關(guān)鍵詞年輪均存在連線,說明其與較多其它關(guān)鍵詞共同出現(xiàn)在同一文獻(xiàn)。國際關(guān)鍵詞共現(xiàn)圖譜中“personalized medicine”的節(jié)點(diǎn)最大,首次出現(xiàn)于2000年文獻(xiàn)中,此后學(xué)者對其進(jìn)行不間斷研究。關(guān)于個體化醫(yī)療,王廣基等[6]在綜述國內(nèi)中醫(yī)藥領(lǐng)域代謝組學(xué)研究進(jìn)展的基礎(chǔ)上,對其應(yīng)用前景和存在問題進(jìn)行了扼要評析。關(guān)于personalized medicine,美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)和基因組學(xué)院(ACMG)Green, Robert C等[7]發(fā)表了有關(guān)臨床外顯子分析和基因組測序中的偶然發(fā)現(xiàn)一文。

        國內(nèi)高頻關(guān)鍵詞的分析顯示,精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究的主要目標(biāo)是從基因?qū)用鎸δ[瘤進(jìn)行研究,實(shí)現(xiàn)對個體的精準(zhǔn)醫(yī)療。國際精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)對腫瘤關(guān)注度較高,我國學(xué)者在后續(xù)研究中要注重這些方面的研究。本文的可視化分析還表明,“精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)”“precision medicine”從2015年開始與其他關(guān)鍵詞共現(xiàn)在同一文獻(xiàn)中。2015年1月,美國總統(tǒng)奧巴馬在國情咨文中提出“精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)計劃”,以生物醫(yī)學(xué)研究成果為基礎(chǔ),以腫瘤、糖尿病、囊性纖維化等疾病治療為目標(biāo),開展針對個體的“精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)”。國內(nèi)對美國“精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)計劃”解讀與探討的相關(guān)論文均獲得較高引用[8-9];國際Collins, Varmus[10]關(guān)于精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)新倡議一文,具有437次高被引數(shù)。近期側(cè)重癌癥研究,而長期目標(biāo)旨在生成適用于整個健康和疾病范疇內(nèi)的知識。

        結(jié)合國內(nèi)、國際精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)高頻詞表、高Burst值表可知,國內(nèi)基因組學(xué)、基因測序、基因突變、藥物基因組學(xué)、個性化醫(yī)療,國際pharmacogenomics、pharmacogenetics、precision medicine既是熱點(diǎn)又是前沿。

        藥物基因組學(xué)是國內(nèi)、國際共同的研究前沿。國內(nèi)許力,王升啟[11]藥物基因組學(xué)的發(fā)展及其在個體化用藥中的應(yīng)用一文的被引數(shù)達(dá)33次。Anderson[12]關(guān)于基因型指導(dǎo)與標(biāo)準(zhǔn)患者華法林劑量的隨機(jī)試驗(yàn)一文,被引405次。同時,中外研究人員對個性化醫(yī)療、基因方面投入精力較大。精準(zhǔn)醫(yī)療熱點(diǎn)圖與精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)本質(zhì)相一致,即通過基因組、蛋白質(zhì)組等組學(xué)技術(shù)和醫(yī)學(xué)前沿技術(shù),對大樣本人群與特定疾病類型進(jìn)行生物標(biāo)記物的分析與鑒定、驗(yàn)證與應(yīng)用,從而精確尋找到疾病的原因和治療的靶點(diǎn),并對一種疾病的不同狀態(tài)和過程進(jìn)行精確分類,最終實(shí)現(xiàn)對疾病和特定患者個性化精準(zhǔn)治療的目的,提高疾病診治與預(yù)防的效益。

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