張慧敏,夏海磊,王夢琦,邢世宇,毛永江,岑 寧,楊章平
(揚(yáng)州大學(xué)動(dòng)物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,江蘇揚(yáng)州 225009)
熒光定量PCR檢測原料乳中魯氏不動(dòng)桿菌方法的建立
張慧敏,夏海磊,王夢琦,邢世宇,毛永江,岑 寧,楊章平*
(揚(yáng)州大學(xué)動(dòng)物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,江蘇揚(yáng)州 225009)
為建立魯氏不動(dòng)桿菌(Acinetobacterlwoffii)的快速檢測方法,本研究以A.lwoffii中的β-內(nèi)酰胺酶基因(AL-blaOXA-134)為目的基因設(shè)計(jì)特異性引物,建立了SYBR Green Ⅰ實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測A.lwoffii的方法。結(jié)果顯示,該方法可快速檢測A.lwoffii的存在,檢測靈敏度為2.4×102cfu/mL,建立的標(biāo)準(zhǔn)曲線為y=-3.838x+40.93,相關(guān)系數(shù)為0.993。與其他原料乳中常見的微生物均未發(fā)現(xiàn)交叉反應(yīng)。人工陽性樣品乳中A.lwoffii的檢測限為2.4×103cfu/mL。最后,對2015年11月至2016年1月長江下游地區(qū)8個(gè)牧場的原料乳進(jìn)行監(jiān)測。結(jié)果表明該檢測方法具有較好的敏感性、特異性和實(shí)用性,為快速檢測原料乳中的A.lwoffii提供了有力的技術(shù)支撐,有利于保障原料乳的質(zhì)量安全。
原料乳,熒光定量PCR,魯氏不動(dòng)桿菌,β-內(nèi)酰胺酶
魯氏不動(dòng)桿菌(Acinetobacterlwoffii)是革蘭氏陰性菌,普遍存在于水和土壤中,并可在0~5 ℃下繁殖,所以低溫食品極易受其污染,如奶制品、家禽及冷凍食品。此外,A.lwoffii是重要的機(jī)會(huì)致病菌,常引發(fā)敗血癥,肺炎,心內(nèi)膜炎等[1-2]。A.lwoffii可產(chǎn)生耐熱的β-內(nèi)酰胺酶,它可水解β-內(nèi)酰胺類抗生素(如碳青霉烯類),引發(fā)人體過敏反應(yīng)及耐藥性的增強(qiáng)。食品加工過程中的熱殺菌工藝可以破壞微生物,但這些耐熱酶的活性基本不受影響,給食品安全帶來巨大的隱患[3-4]。Machado等[5]發(fā)現(xiàn)了不動(dòng)桿菌屬的微生物是原料乳低溫貯藏期間的主要嗜冷菌之一。而呂元[6]以杭州周邊牧場的原料乳為研究對象,經(jīng)過微生物分離鑒定,確定A.lwoffii是優(yōu)勢嗜冷菌之一,然而目前并未有基于分子生物學(xué)的A.lwoffii檢測方法的報(bào)道。由此可見,快速、準(zhǔn)確地檢測原料乳中A.lwoffii含量對保障原料乳質(zhì)量安全有重要意義。
隨著碳青霉烯類抗生素在臨床上的廣泛應(yīng)用,近年來細(xì)菌對該類抗菌藥物的耐藥率正在逐年上升。不動(dòng)桿菌屬分泌的β-內(nèi)酰胺酶是導(dǎo)致該菌抗生素耐藥性的重要機(jī)制,這些耐藥性菌株的出現(xiàn)給臨床治療帶來了很大挑戰(zhàn)[7-8]。常見的β-內(nèi)酰胺酶主要包括A、B、D三類,其中B類(金屬酶)和D類(OXA型苯唑西林酶)常見于不動(dòng)桿菌屬[9]。最近,在A.lwoffii中發(fā)現(xiàn)了一種新型的D類β-內(nèi)酰胺酶基因(AL-blaOXA-134),可作為該菌的種間特異性識(shí)別基因[10-11]。本研究將根據(jù)AL-blaOXA-134設(shè)計(jì)一對特異性強(qiáng)的引物,以此建立熒光定量PCR檢測原料乳中A.lwoffii的方法,并對該方法的靈敏度及特異性進(jìn)行評(píng)價(jià),旨在形成一套快速、準(zhǔn)確的A.lwoffii檢測方法,為原料乳的質(zhì)量安全提供技術(shù)支撐。
1.1 材料與儀器
魯氏不動(dòng)桿菌ATCC15309、粘質(zhì)沙雷氏菌ATCC14756、阪崎腸桿菌ATCC29544、熒光假單胞菌ATCC13525 美國模式培養(yǎng)物集存庫(American type culture collection);大腸桿菌JM109、金黃色葡萄球菌ATCC29213 本實(shí)驗(yàn)室保藏;沙門氏菌ATCC13076、李斯特菌ATCC15313 揚(yáng)州大學(xué)獸醫(yī)學(xué)院藥理與毒理實(shí)驗(yàn)室提供;pUCm-T質(zhì)粒 上海Sangon公司;DNA Taq酶、DNA純化試劑盒、SYBR? Premix Ex TaqTMII(Tli RNaseH Plus)和1000 bp DNA Ladder Marker 大連TaKaRa公司;細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒DP302 天根生化科技有限公司;其他試劑均為國產(chǎn)或進(jìn)口分析純。
臺(tái)式冷凍離心機(jī) 美國貝克曼庫爾特有限公司;梯度PCR儀 美國賽默飛世爾科技公司;熒光定量PCR擴(kuò)增儀7500 美國ABI公司。
1.2 實(shí)驗(yàn)方法
1.2.1 引物設(shè)計(jì) 首先根據(jù)A.lwoffiiATCC15309的β-內(nèi)酰胺酶(AL-blaOXA-134)氨基酸序列(GenBank:WP_004728961),比對數(shù)據(jù)庫中的各種A.lwoffii,如A.lwoffiistrain St17095(GenBank:AHA11126.1)、A.lwoffiiAL3(GenBank:ADM47435.1)和A.lwoffiistrain S459(GenBank:ALM26450.1),找出種間保守序列區(qū)段。此外,將AL-blaOXA-134與不動(dòng)桿菌屬其他菌株的β-內(nèi)酰胺酶氨基酸序列進(jìn)行比對,如鮑氏不動(dòng)桿菌A.baumannii的blaOXA-23(GenBank:ABK34775、)和blaOXA-51(GenBank:4ZDX_A)及抗輻射不動(dòng)桿菌A.radioresistens的blaOXA-23(GenBank:ACI26267),篩選同源性低的片段,最終對該段氨基酸序列的編碼區(qū)序列進(jìn)行同源比對,設(shè)計(jì)引物。
1.2.2 DNA的提取 微生物DNA提取:所有細(xì)菌在最適液體培養(yǎng)基中培養(yǎng)過夜,取1 mL菌液收集菌體,參照細(xì)菌DNA提取試劑盒說明書提取DNA。
牛奶DNA提取:將原料乳進(jìn)行離心(12000×g,5 min),棄上層脂肪,無菌生理鹽水洗滌兩次,12000×g離心2 min,然后采用文獻(xiàn)中報(bào)道的方法提取牛奶中的DNA[12]。
1.2.3 AL-blaOXA-134的擴(kuò)增 以A.lwoffiiATCC15309的DNA為模板,利用引物AL-F和AL-R進(jìn)行常規(guī)PCR,擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)2%瓊脂糖凝膠電泳鑒定后,割膠回收目的條帶。將純化的PCR產(chǎn)物直接與pUCm-T連接,轉(zhuǎn)化JM109感受態(tài)細(xì)胞;經(jīng)藍(lán)白斑初選和PCR鑒定正確后,送上海Sangon公司測序。
1.2.4 熒光定量PCR標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立 將A.lwoffiiATCC1530在腦心浸液培養(yǎng)基(BHI培養(yǎng)基)中過夜培養(yǎng),用菌落平板記數(shù)法定量菌液,采用滅菌液體培養(yǎng)基進(jìn)行10倍梯度稀釋,得到不同濃度菌液。采用1.2.2中的方法提取不同濃度菌液的基因組DNA,然后使用SYBR Green I實(shí)時(shí)定量PCR試劑盒進(jìn)行PCR擴(kuò)增。PCR體系:SYBR Premix Ex Taq Ⅱ 10 μL,AL-F 0.8 μL,AL-R 0.8 μL,DNA模板 2.0 μL,ddH2O 6.0 μL,Rox Reference Dye Ⅱ 50 x 0.4 μL。PCR條件:95 ℃ 30 s;95 ℃ 5 s,55 ℃ 34 s,40個(gè)循環(huán);在55 ℃退火階段收集熒光值,并在上述擴(kuò)增條件后增加60 ℃至95 ℃的融解曲線分析。得到每個(gè)濃度的Ct值,這個(gè)值對應(yīng)熒光信號(hào)初次被檢測到時(shí)的循環(huán)數(shù),可以反映模板初始量,以菌落數(shù)的lg值和Ct值制作標(biāo)準(zhǔn)曲線。
1.2.5 特異性實(shí)驗(yàn) 利用1.2.2中的方法提取8種乳中常見微生物(粘質(zhì)沙雷氏菌、金黃色葡萄球菌、大腸桿菌、沙門氏菌、李斯特菌、阪崎腸桿菌、熒光假單胞菌)的基因組DNA,并分別以其為模板,采用1.2.4中的熒光定量PCR方法對進(jìn)行擴(kuò)增,并選取A.lwoffii作為陽性對照,檢測該方法的特異性。
1.2.6 熒光定量PCR與普通PCR檢測方法靈敏度評(píng)價(jià) 以1.2.4中獲得的梯度濃度A.lwoffiiATCC15309基因組DNA為模板,AL-F和AL-R為引物進(jìn)行常規(guī)PCR,其反應(yīng)條件為:95 ℃ 3 min,30個(gè)循環(huán)(95 ℃ 30 s,55 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s),72 ℃ 10 min。評(píng)價(jià)熒光定量PCR與普通PCR檢測方法的靈敏度。
1.2.7 人工陽性樣品乳檢測 將1.2.4中已經(jīng)定量的菌液,采用滅菌全脂乳進(jìn)行10倍梯度稀釋,得到不同濃度菌液。采用1.2.2中的方法提取不同濃度菌液的基因組DNA,并按照1.2.4中的方法進(jìn)行熒光定量PCR擴(kuò)增。
1.2.8 熒光定量PCR檢測原料乳中的A.lwoffii分別于2015年11月、12月及2016年1月,從江蘇省長江下游地區(qū)8個(gè)奶牛場中采集桶樣原料乳,按照1.2.2中的方法提取奶樣DNA,進(jìn)行熒光定量PCR,確定每個(gè)牧場的原料乳是否污染了A.lwoffii,以此監(jiān)控每個(gè)牧場的奶源質(zhì)量。
2.1 AL-blaOXA-134部分片段的克隆
同源比對結(jié)果顯示,AL-blaOXA-134(GenBank:WP_004728961)與其他A.lwoffii來源的blaOXA-134氨基酸序列同源性高達(dá)95%,存在較多相似區(qū)域。同時(shí)將AL-blaOXA-134與不動(dòng)桿菌屬其他菌株的β-內(nèi)酰胺酶氨基酸序列比對,發(fā)現(xiàn)它們的同源性較低,僅為57%,篩選其中同源性低的片段。結(jié)果如圖1所示,符合條件的片段大部分集中在N末端及C末端。根據(jù)熒光定量PCR對片段長度的要求,我們選取了保守序列“LFDQAQS”和“ATTNEIFKWDGKKR”為引物設(shè)計(jì)區(qū)域,根據(jù)其編碼區(qū)序列設(shè)計(jì)引物:AL-F(5′-TTATTTGATCAGGCGCAAAG-3′)和AL-R(5′-CGTTTCTTGCC ATCCCATTTA-3′),該引物擴(kuò)增片段長度為197 bp。
圖1 不同來源的blaOXA-134氨基酸序列同源比對結(jié)果Fig.1 Amino acid homology alignment of AL-blaOXA-134 with other β-lactamases
以A.lwoffiiATCC15309的DNA為模板,利用引物AL-F和AL-R進(jìn)行PCR,擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)2%瓊脂糖凝膠電泳鑒定,結(jié)果如圖2(泳道1)所示,擴(kuò)增產(chǎn)物在200 bp處有一特異性條帶,大小與預(yù)期一致,將PCR產(chǎn)物割膠回收后與pUCm-T連接,獲得重組質(zhì)粒,并對其進(jìn)行測序,測序結(jié)果表明AL-blaOXA-134部分基因片段長度為197 bp,與擬克隆的基因序列一致,說明AL-blaOXA-134基因序列擴(kuò)增正確。
圖2 AL-blaOXA-134部分片段的PCR擴(kuò)增Fig.2 The PCR amplification of partial fragment of AL-blaOXA-134
2.2 熒光定量PCR標(biāo)準(zhǔn)曲線
將A.lwoffiiATCC1530過夜培養(yǎng),采用菌落平板記數(shù)法定量菌液濃度為2.4×107cfu/mL,經(jīng)滅菌液體培養(yǎng)基稀釋后,得到不同濃度菌液(2.4×101、2.4×102、2.4×103、2.4×104、2.4×105、2.4×106、2.4×107cfu/mL)。以細(xì)菌數(shù)的lg值和Ct值制作熒光定量PCR的標(biāo)準(zhǔn)曲線:y=-3.838x+40.93,相關(guān)系數(shù)為0.993,表明不同梯度濃度細(xì)菌數(shù)的lg值與Ct值之間呈良好的線性關(guān)系。熒光定量PCR的Ct值與初始模板在6個(gè)lg濃度范圍內(nèi)呈現(xiàn)良好的線性關(guān)系。當(dāng)菌落數(shù)達(dá)到2.4×101cfu/mL,進(jìn)行擴(kuò)增后其Ct值大于水的Ct 值(圖3),故該濃度下不能對AL-blaOXA-134基因進(jìn)行有效的檢測。由此可知,該檢測方法的最低檢測限可達(dá)到2.4×102cfu/mL。
圖3 熒光定量PCR擴(kuò)增曲線圖Fig.3 Amplification curves of fluorescence quantitative PCR
2.3 熒光定量PCR檢測方法特異性評(píng)價(jià)
以9株菌株DNA為模板,進(jìn)行熒光定量PCR擴(kuò)增,其中只有A.lwoffiiATCC15309模板有典型熒光擴(kuò)增曲線,而其它菌株均無熒光擴(kuò)增曲線,為陰性結(jié)果(圖4)。同時(shí),A.lwoffiiATCC15309特異性融解曲線Tm值為84 ℃左右,符合熒光定量PCR的融解曲線呈現(xiàn)單一峰形。說明該方法檢測A.lwoffiiATCC15309具有良好的特異性。
圖4 熒光定量PCR方法特異性驗(yàn)證及A. lwoffii溶解曲線Fig.4 Specific curves of fluorescence quantitative PCR and melting curves of A. lwoffii
2.4 熒光定量PCR檢測方法靈敏度評(píng)價(jià)
由2.2可知,熒光定量PCR檢測A.lwoffiiATCC15309的靈敏度為2.4×102cfu/mL,然后以獲得的不同濃度菌液的基因組DNA為模板,AL-F和AL-R為引物進(jìn)行常規(guī)PCR,比較常規(guī)PCR與熒光定量PCR的敏感性。由圖5可知,常規(guī)PCR檢測A.lwoffii的靈敏度是2.4×103cfu/mL,由此可見熒光定量PCR的靈敏度高。
表1 不同牧場不同月份原料乳中A. lwoffii熒光定量PCR檢測結(jié)果Table 1 The detection result of A. lwoffii in raw milk by fluorescence quantitative PCR in different pastures and different months
注:-表示未檢出。
圖5 普通PCR檢測AL-blaOXA-134的靈敏度Fig.5 The sensitivity of detection of AL-blaOXA-134 by conventional PCR
2.5 人工陽性樣品乳中A. lwoffii的檢測限
將初始濃度為2.4×107cfu/mL的菌液,經(jīng)滅菌全脂乳梯度稀釋后,獲得不同濃度人工污染A.lwoffii的牛奶(2.4×101、2.4×102、2.4×103、2.4×104、2.4×105、2.4×106、2.4×107cfu/mL)。經(jīng)預(yù)處理后提取基因組進(jìn)行熒光定量PCR,結(jié)果顯示,當(dāng)牛奶中污染細(xì)菌濃度大于2.4×103cfu/mL時(shí),檢測樣品均獲得較好的熒光信號(hào),且Ct值<29.12,因此確定人工陽性樣品乳中A.lwoffii的檢測限為2.4×103cfu/mL。
2.6 熒光定量PCR檢測原料乳中的A. lwoffii
收集2015年11月至2016年1月8個(gè)牧場的原料乳,然后提取DNA,利用本文中建立的方法對其進(jìn)行檢測。結(jié)果如表1所示,11月份和12月份原料乳的Ct值均不在檢測范圍之內(nèi)(Ct值>29.12),檢測不到A.lwoffii。而1月份所有8個(gè)牧場全都檢測出了A.lwoffii,且菌落數(shù)均超過了2.4×103cfu/mL。
在奶牛養(yǎng)殖過程中,由于抗生素的濫用,導(dǎo)致原料乳中抗生素殘留現(xiàn)象日益嚴(yán)重,在經(jīng)濟(jì)利益的驅(qū)使下,可有效降解抗生素的β-內(nèi)酰胺酶被違法添加,致使不合格的原料乳流入生產(chǎn)及消費(fèi)環(huán)節(jié)。消費(fèi)者食用后,可導(dǎo)致自身耐藥性增強(qiáng),給食品安全帶來巨大隱患,因此,β-內(nèi)酰胺酶被列入非法添加劑之列[13-14],目前,已經(jīng)開發(fā)出許多方法來測定牛奶中的β-內(nèi)酰胺酶含量,如杯碟法、HPLC及熒光探針法等[14-16]。除此之外,原料乳中的微生物也可以產(chǎn)生內(nèi)源性β-內(nèi)酰胺酶,如金黃色釀膿葡萄球菌、大腸桿菌、不動(dòng)桿菌等[17-19]。因此,定量檢測這些微生物對乳制品的安全生產(chǎn)具有重要意義。
OXA型β-內(nèi)酰胺酶是不動(dòng)桿菌耐藥性的主要機(jī)制之一,根據(jù)氨基酸序列同源性,它可分為blaOXA-23、blaOXA-24/40、blaOXA-58及blaOXA-134等類型[19]。blaOXA-134是一大類A.lwoffii天然攜帶的OXA型β-內(nèi)酰胺酶,可以用來做為A.lwoffii的鑒定標(biāo)志。本研究采用SYBR GreenⅠ熒光定量PCR方法對純培養(yǎng)物中的AL-blaOXA-134進(jìn)行檢測,標(biāo)準(zhǔn)曲線相關(guān)性達(dá)到0.993,靈敏度達(dá)到2.4×102cfu/mL,比常規(guī)PCR方法靈敏度高10倍。而且該方法的特異性強(qiáng),與其他原料乳中常見的微生物均未發(fā)現(xiàn)交叉反應(yīng)。此外,人工陽性樣品乳中A.lwoffii的檢測限為2.4×103cfu/mL。李一松等[20]采用熒光定量PCR方法檢測乳中攜帶sea基因金黃色葡萄球菌,結(jié)果表明該方法的有效檢測限是8.3×102cfu/mL,比常規(guī)PCR方法靈敏度高100倍。劉繼超等[21]采用Taqman探針熒光定量PCR檢測乳中產(chǎn)腸毒素D的金黃色葡萄球菌,結(jié)果表明該方法在人工陽性樣品乳中金黃色葡萄球菌的有效檢測限是1.0×102cfu/mL。張巧艷等[22]針對沙門氏菌invA基因建立了熒光定量PCR快速檢測技術(shù),該方法在原料乳中沙門氏菌檢的出限為102cfu/mL,而且檢測一個(gè)樣品僅需3 h。由此可見,熒光定量PCR方法可快速、準(zhǔn)確地檢測原料乳中的微生物。
對長江下游地區(qū)8個(gè)不同牧場奶樣進(jìn)行檢測時(shí),1月份所有牧場原料乳中A.lwoffii檢測均呈陽性,且菌落數(shù)均超過了2.4×103cfu/mL,重復(fù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果也顯示為陽性。分析可能的原因是8個(gè)牧場同時(shí)出現(xiàn)了A.lwoffii,或者是原料乳被奶罐車中的A.lwoffii所污染。這就要求養(yǎng)殖場及加工廠應(yīng)當(dāng)規(guī)范生產(chǎn)操作,執(zhí)行嚴(yán)格的防疫消毒制度,降低微生物污染幾率,提高原料乳的衛(wèi)生質(zhì)量[23]。
本研究建立的熒光定量PCR檢測原料乳中A.lwoffii的方法,具有良好的靈敏度和特異性。檢測方法簡單、快捷,能夠滿足乳制品行業(yè)對原料乳進(jìn)行質(zhì)量檢測的需要,對保障原料乳的質(zhì)量安全有重要意義。
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Study on fluorogenic quantitative PCR detection method ofAcinetobacterlwoffiiin raw milk
ZHANG Hui-min,XIA Hai-lei,WANG Meng-qi,XING Shi-yu,MAO Yong-jiang,Cen Ning,YANG Zhang-ping*
(Animal Science and Technology College,Yangzhou University,Yangzhou,225009)
In order to detect theAcinetobacterlwoffiiquickly and accurately,a real-time PCR detection based on SYBR Green Ⅰ was established with a pair of primers designed according to theβ-lactamase gene ofA.lwoffii(AL-blaOXA-134). The result showed that this method could detect theA.lwoffiiquickly in raw milk with a detection limit of 2.4×102cfu/mL,and without any cross-reaction to other microorganisms in raw milk. The standard curve was y=-3.838x+40.93,of which correlation coefficient was 0.993. The detection limit ofA.lwoffiiin artificial contaminated milk sample was 2.4×103cfu/mL by this method. Finally,milk sample collected from eight pastures in lower reaches of the Yangtze River since Nov.,2015 to Jan.,2016 was analyzed by this method. The method established in this study was specific,highly sensitive,which could be further used in detection ofA.lwoffiiin raw milk and helpful to improve the quality safety of raw milk.
raw milk;fluorogenic quantitative PCR;Acinetobacterlwoffii;β-lactamase
2016-07-14
張慧敏(1986-),女,博士,講師,研究方向:畜產(chǎn)品安全生產(chǎn)及加工,E-mail:minmin-911@163.com。
*通訊作者:楊章平(1965-),男,博士,教授,研究方向:動(dòng)物遺傳育種與繁殖,E-mail:yzp@yzu.edu.cn。
江蘇省乳品生物技術(shù)與安全控制重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室開放課題(K14008);江蘇省博士后科研資助計(jì)劃(1501118B);揚(yáng)州大學(xué)交叉學(xué)科建設(shè)項(xiàng)目(jcxk2015-14);江蘇省優(yōu)勢學(xué)科項(xiàng)目(PAPD)。
TS207.3
A
:1002-0306(2017)03-0309-05
10.13386/j.issn1002-0306.2017.03.051