母 童,王國梅,楊啟瑞,金 麗,張海龍,張 麗,田曉靜,劉麗霞
(西北民族大學(xué) 生命科學(xué)與工程學(xué)院,甘肅 蘭州 730030)
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煙臺黑豬SLA-DQB基因外顯子2多態(tài)性及其與仔豬腹瀉的關(guān)聯(lián)分析
母 童,王國梅,楊啟瑞,金 麗,張海龍,張 麗,田曉靜,劉麗霞*
(西北民族大學(xué) 生命科學(xué)與工程學(xué)院,甘肅 蘭州 730030)
采用PCR-RFLP方法對煙臺黑豬DQB基因外顯子2的多態(tài)性進(jìn)行研究,并對該位點與仔豬腹瀉的關(guān)聯(lián)進(jìn)行了分析。結(jié)果表明,在煙臺黑豬DQB基因外顯子2上共檢測出4種等位基因(A、B、C、D),7種RFLP帶型(AA、BB、CC、AB、AC、BC、AD),該位點具有較豐富的多態(tài)性。卡方適合性檢驗顯示,煙臺黑豬的DQB基因外顯子2沒有達(dá)到Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。最小二乘法分析結(jié)果表明,煙臺黑豬的性別和DQB外顯子2的基因型均對仔豬腹瀉無顯著影響(P>0.05),而性別與基因型的互作效應(yīng)對仔豬腹瀉具有極顯著的影響(P<0.01),在公豬群體中,AD基因型仔豬腹瀉評分高于AA基因型個體(P<0.05),在母豬群體中BB、AC、BC、CC基因型仔豬腹瀉評分高于其他基因型仔豬(P<0.05)。
煙臺黑豬;SLA-DQB;仔豬腹瀉;PCR-RFLP;多態(tài)性
主要組織相容性復(fù)合物(major histocompatibility complex,MHC)是染色體上的一個多基因家族,由緊密連鎖、高度多態(tài)的基因座組成,具有抗原遞呈作用。MHC在豬中存在于7號染色體的短臂上[1],被稱為豬白細(xì)胞抗原(swine leukocyte antigen, SLA)復(fù)合體,主要分為Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ類基因。SLA在1970年首次被發(fā)現(xiàn),其研究地位僅次于人類MHC,尤其是SLAⅡ類基因的研究[2-3]。SLAⅡ類基因約由18個基因序列所組成(DQB、DRB、DRA、DQA、DPB、DPA、DZA及DOB等),在控制機體的免疫應(yīng)答與免疫調(diào)節(jié)中起著重要作用,與豬的抗病能力密切相關(guān)。研究發(fā)現(xiàn),在較多的Ⅱ類基因中編碼β1結(jié)構(gòu)域的SLA-DQB基因外顯子2存在高度多態(tài)性,在國內(nèi)這一領(lǐng)域已經(jīng)成為近些年研究的熱點之一[4-9]。方美英等[10]對小梅山、大約克及中梅山豬采用PCR-RFLP法進(jìn)行分析,結(jié)果在中梅山豬中檢測到4種等位基因,小梅山豬中共檢測到2種基因型。周波等[11]采用PCR-RFLP法對皮特蘭、五指山及二花臉豬DQB基因外顯子2進(jìn)行研究,結(jié)果表明,經(jīng)HaeⅢ和RsaⅠ酶切后共檢測到9種基因型,存在較豐富的多態(tài)性。吳圣龍等[12]通過對3個江西地方豬種的研究發(fā)現(xiàn),SLA-DQB基因均具有一定程度的多態(tài)性,他們的研究結(jié)果都說明DQB基因是一個很有研究價值的基因,目前尚無對煙臺黑豬SLA-DQB基因外顯子2的相關(guān)研究報道。
仔豬腹瀉是一種腸道傳染病,主要針對幼齡和新生動物,致使仔豬產(chǎn)生生理性紊亂,食欲消退,精神萎靡以及嘔吐、便失禁等給養(yǎng)豬行業(yè)帶來了極大的經(jīng)濟損失。腸毒素大腸桿菌F18是引起仔豬斷奶后腹瀉水腫的主要病原菌[13],F(xiàn)18的作用機制是通過產(chǎn)生類腸毒素從而引起血管壁損傷,使大量水分從血管壁滲出,最終導(dǎo)致水腫與腹瀉病[14-17]。通常遺傳與環(huán)境因素和疾病的發(fā)生密切相關(guān),個體對環(huán)境致病因子的抗性在腹瀉發(fā)生過程中也有著重要的作用。作為動物疾病抗性和易感性的候選標(biāo)記基因,MHC在輔助抗病性選擇上具有重要的作用[18],其多態(tài)性水平被認(rèn)為是種群抗病能力和生存能力的重要指標(biāo),多態(tài)性降低可導(dǎo)致種群抗病能力單一,生存能力下降[19]。研究表明,豬的抗病能力與SLA等位基因和單倍型有一定的關(guān)系[20],但具體到SLA-DQB基因多態(tài)性與仔豬腹瀉的相關(guān)性分析還未見報道。
本研究以煙臺黑豬為研究對象,采用PCR-RFLP方法檢測SLA-DQB基因第2外顯子的多態(tài)性,并分析其與仔豬腹瀉的相關(guān)性,旨在對地方豬種的資源進(jìn)行檢測和評價以及對腹瀉抗性品系培育的標(biāo)記輔助選擇提供理論依據(jù),并為地方豬種的抗病育種研究提供更完整的理論資料。
1.1 材料
1.1.1 試驗材料
本研究以蘭州市紅古區(qū)煙臺黑豬為試驗材料,共計289頭。每個個體采集耳組織1.5 g保存于裝有75%乙醇的1.5 mL Eppendorf 管中,放入冰盒中帶回實驗室,在-20 ℃凍存?zhèn)溆?。試驗仔豬均同期分娩且飼養(yǎng)條件相同,仔豬在哺乳期間每天進(jìn)行排糞觀察,在早、中、晚特定時間分別檢查仔豬的肛門有無紅腫及糞便污染,并觀察仔豬糞便形狀以及按照仔豬腹瀉判斷標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行評分[21]。仔豬腹瀉評分標(biāo)準(zhǔn)分為:0分:正常,糞便呈條狀或粒狀;1分:輕微腹瀉,糞便成形、軟便;2分:中度腹瀉,糞便稠狀、糞水無分離現(xiàn)象、稀便;3分:嚴(yán)重腹瀉,糞便為液體、不成形、糞水分離。
1.1.2 試劑
過硫酸銨,瓊脂糖,基因組DNA提取試劑盒,N,N,N,N’-四甲基乙二胺(TEMED),十二烷基磺酸鈉(SDS),三羥甲基氨基甲烷(Tris),丙烯酰胺(Acr),乙二胺四乙酸二鈉(EDTA-Na2),N,N-亞甲基雙丙烯酰胺(Bis),去離子甲酰胺,2 000 bp DNA Marker,溴化乙錠,無水乙醇,甲醛溶液,冰乙酸,氫氧化鈉,硝酸銀,HaeⅢ限制性核酸內(nèi)切酶,CutSmart Buffer等。
1.1.3 儀器設(shè)備
自動平衡離心機Labofuge 200和高速冷凍離心機D-37520(德國 Eppendorf公司),低溫冰箱MDF-U541(日本 SANYO 電子有限公司),移液器(德國Eppendorf公司),梯度PCR儀Tgradient、電泳系統(tǒng)P25+Agagel和普通PCR 儀T1(德國Biometra公司),凝膠數(shù)字成像系統(tǒng)Bio-BEST 140E(美國西蒙公司)等。
1.2 方法
1.2.1 基因組DNA的提取
采用苯酚/氯仿抽提法對煙臺黑豬基因組DNA進(jìn)行提取,TE溶解,0.8%瓊脂糖凝膠電泳檢測,-20 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.2.2 PCR引物設(shè)計
根據(jù)Shia等[22]報道的引物序列合成SLA-DQB基因外顯子2引物序列,上游引物:5′-CGGAATTCCCCGCAGAGGATTTCGTGTACC-3′;下游引物:5′-CCGTCGTGCCTTCCTCTAT-3′。引物由大連寶生物工程有限公司合成,擴增目的片段大小為273 bp。
1.2.3 PCR擴增
PCR擴增體系為20 μL:去離子水7.4 μL;上、下游引物各0.4 μL;DNA模板0.8 μL;2×PowerTaqPCR MasterMix 11 μL。擴增最佳條件為:94 ℃預(yù)變性90 s,94 ℃變性30 s,57 ℃退火30 s,72 ℃延伸30 s,從第二步開始共30個循環(huán),72 ℃最后延伸5 min,4 ℃保存。取擴增產(chǎn)物3 μL用2 %的瓊脂糖凝膠電泳檢測,溴化乙錠染色,凝膠成像系統(tǒng)拍照。
1.2.4 PCR產(chǎn)物酶切及電泳檢測
用HaeⅢ對PCR產(chǎn)物進(jìn)行酶切,酶切總體系為10 μL:其中滅菌超純水5.8 μL,CutSmart Buffer 1.0 μL,PCR產(chǎn)物3.0 μL,HaeⅢ 0.2 μL。加完樣后用手指輕彈混勻,再簡短離心,用封口膜封口(以免放入水中后被污染),放入37 ℃的恒溫水浴鍋中過夜消化12 h。之后通過8%聚丙烯酰胺凝膠電泳進(jìn)行檢測(29∶1)、銀染、拍照、判型。
1.2.5 統(tǒng)計分析
多態(tài)信息含量(PIC)由PIC軟件計算?;蛐皖l率、等位基因頻率、純合度(Ho)、雜合度(He)、有效等位基因數(shù)(Ne)和Hardy-Weinberg平衡檢驗均利用Popgene 32軟件進(jìn)行計算,通過SAS軟件建立模型并進(jìn)行腹瀉相關(guān)性分析,統(tǒng)計模型如下:
Yijk=μ+Bi+Gj+Sk+eijk。
式中:Yijk為仔豬腹瀉評分分值;μ為群體均值;Bi為第i個品種的固定效應(yīng);Gj為第j種基因型或單倍型的固定效應(yīng);Sk為第k種性別的固定效應(yīng);eijk為隨機殘差效應(yīng)。
2.1 PCR擴增
將提取的條帶清晰且無拖帶的DNA經(jīng)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴增后,用2%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,均得到273 bp的特異性條帶,與預(yù)期片段大小一致,且條帶清晰、完整,沒有引物二聚體、雜帶以及其他非特異性條帶。結(jié)果見圖1,可用于PCR-RFLP分析。
2.2 PCR-RFLP
PCR產(chǎn)物經(jīng)限制性內(nèi)切酶HaeⅢ消化及非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳分析檢測后,表明煙臺黑豬SLA-DQB基因外顯子2在HaeⅢ酶切位點上具有較高的多態(tài)性。通過判型共分出7種RFLP帶型,分別為AA、BB、CC、AB、AC、BC、AD,檢測出4種等位基因,分別為A:84/83/23/29/54;B:167/4/102;C:167/23/11/18/54;D:167/23/29/54(圖2)。
2.3 SLA-DQB基因外顯子2的多態(tài)性
由表1可知,煙臺黑豬SLA-DQB基因外顯子2的4種等位基因中等位基因D頻率最低,僅有0.02。等位基因B為優(yōu)勢基因,基因頻率為0.45。煙臺黑豬群體中占優(yōu)勢的基因型為AB型,基因型頻率為0.36,AA和BC的基因型頻率較低,分別為0.08和0.07,而CC和AD的基因型頻率僅為0.03,在群體中占劣勢。煙臺黑豬SLA-DQB基因外顯子2通過卡方適合性檢驗,結(jié)果表明,煙臺黑豬SLA-DQB基因外顯子2的HaeⅢ酶切位點突變偏離了Hardy-Weinberg 平衡(P<0.05)。
1-9,PCR產(chǎn)物;M, DL2000 DNA Maker圖1 煙臺黑豬SLA-DQB基因外顯子2的PCR產(chǎn)物檢測Fig.1 Detection of PCR products of SLA-DQB gene exon 2 of Yantai black pig
1,2. AA基因型;3,4. BB基因型;5,6. AB基因型;7,8. AC基因型;9,10. BC基因型;11,12. AD基因型;13,14. CC基因型;M. 20 bp DNA Ladder (Dye Plus)1,2. Genotype AA; 3,4. Genotype BB; 5,6. Genotype AB; 7,8. Genotype AC; 9,10. Genotype BC; 11,12. Genotype AD; 13,14. Genotype CC; M. 20 bp DNA Ladder (Dye Plus)圖2 煙臺黑豬SLA-DQB基因外顯子2 PCR-RFLP檢測Fig.2 Detection of SLA-DQB gene exon 2 by PCR-RFLP of Yantai black pig
通過對各遺傳多態(tài)性參數(shù)的計算得知,煙臺黑豬的雜合度(He)為0.63,表明其遺傳變異程度較高,遺傳多態(tài)性也較豐富。多態(tài)信息含量(PIC)是用來表示突變位點多態(tài)性的高低,在煙臺黑豬中PIC為0.56,大于0.5,屬于高度多態(tài),具有豐富的多態(tài)性。有效等位基因數(shù)(Ne)是純合度(Ho)的倒數(shù),同樣是評價群體遺傳變異的重要指標(biāo),其值為2.71,小于實際等位基因數(shù),說明該位點等位基因在煙臺黑豬群體中分布不均勻。
表1SLA-DQB基因外顯子2的等位基因頻率和基因型頻率
Table 1 Genotype frequency and allele frequency ofSLA-DQBgene exon 2
基因型Genotype數(shù)目Number頻率Frequency等位基因Allele頻率Frequencyχ2χ2valueAA240.08A0.3746.60*AB1030.36B0.45BB690.24C0.16AC560.19D0.02BC200.07CC90.03AD80.03Total2891.00
χ2值為不同基因型分布的Hardy-Weinberg 平衡檢驗值;*表示差異顯著(P<0.05)。
χ2value is the test value of Hardy-Weinberg for the distribution of different genotypes; * means the significant difference atP<0.05.
2.4SLA-DQB基因外顯子2多態(tài)性與仔豬腹瀉的關(guān)聯(lián)
最小二乘法分析結(jié)果顯示,性別和基因型對仔豬腹瀉的影響都不顯著(P>0.05),而兩者的互作對仔豬腹瀉的影響極顯著(P<0.01)。在公豬群體中,AD基因型個體仔豬腹瀉評分的最小二乘均值明顯高于其他基因型個體的仔豬(P<0.05),在母豬群體中BB、AC、BC、CC基因型個體仔豬腹瀉評分顯著高于AA、AB和AD基因型個體的仔豬(P<0.05)(表2)。
表2 性別與基因型互作分析
Table 2 Interaction analysis between gender and genotype
性別Gender基因型Genotype樣本數(shù)Samplessize最小二乘均值及標(biāo)準(zhǔn)誤Leastsquaremeans±standarderrors公豬AA120.67±0.34aMaleAB531.30±0.16aBB350.89±0.20aAC320.94±0.21aBC120.83±0.34aCC61.00±0.48aAD23.00±0.83b母豬AA120.50±0.34aFemaleAB500.88±0.17aBB341.53±0.20bAC241.67±0.24bBC81.75±0.42bCC32.33±0.68bAD60.00±0.48a
同性別群體同列不同字母表示均值間差異顯著(P<0.05)。
The different letter in the same column of the same gender group indicate the significant difference among the average values(P<0.05).
3.1 SLA-DQB基因外顯子2遺傳多態(tài)性
生物在不斷的演變和進(jìn)化過程中,群體內(nèi)某些基因發(fā)生了變異并導(dǎo)致MHC的變異,MHC的變異對群體遺傳多樣性水平可進(jìn)行有效的評估[23]。在豬中MHC又稱為豬白細(xì)胞抗原(SLA),楊濤等[24]對藏豬SLA-DQB1研究表明其有較豐富的遺傳多態(tài)性,吳圣龍等[12]對3個江西省地方豬種的研究,方美英等[10]對小梅山、中梅山豬的研究均發(fā)現(xiàn)SLA-DQB基因具有不同程度的多態(tài)性。本研究通過PCR-RFLP法對煙臺黑豬SLA-DQB基因外顯子2進(jìn)行研究, 結(jié)果共檢測出4種等位基因,分別為A∶84/83/23/29/54;B∶167/4/102;C∶167/23/11/18/54;D∶167/23/29/54。7種RFLP帶型(AA、BB、CC、AB、AC、BC、AD),表明煙臺黑豬SLA-DQB基因外顯子2存在豐富的多態(tài)性。由于18 bp以下的條帶在電泳過程中發(fā)生了彌散,所以在圖2中未看到條帶,40 bp以下的片段也由于同樣的原因?qū)е聴l帶較為模糊。其次,83 bp和84 bp只相差一個堿基,因此在圖2中80 bp和100 bp之間有一條較粗的條帶。另外在3、4 泳道跑出的大小為106 bp的條帶也較粗,可能是因為DNA的濃度較大所致。本研究中檢測到的A、B、D基因與楊文平等[25]對4個豬種(大白豬、長白豬、杜洛克豬和馬身豬)SLA-DQB基因外顯子2研究結(jié)果中B、C、A基因相一致,并且楊文平等[25]僅檢測到5種基因型,而本研究在煙臺黑豬中共檢測到7種基因型,說明中國地方豬種的多態(tài)性比引進(jìn)豬種更為豐富,可能與豬種所處的地理位置、環(huán)境以及氣候條件等因素有關(guān)。
本研究中將煙臺黑豬SLA-DQB基因外顯子2通過HaeⅢ限制性內(nèi)切酶消化后所得的基因型經(jīng)卡方適合性檢驗,結(jié)果表明,煙臺黑豬SLA-DQB基因外顯子2的HaeⅢ酶切位點突變偏離了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)??赡苡幸韵聝煞矫嬖颍?) 由于在長期的人工選擇過程中,所承受的壓力太大,從而對SLA-DQB基因產(chǎn)生一定的影響;2) 連鎖不平衡效應(yīng)在SLA復(fù)合體中比較容易產(chǎn)生。其次,雜合度(He)、多態(tài)信息含量(PIC)等都可以用來度量群體內(nèi)的遺傳變異,煙臺黑豬DQB外顯子2雜合度較高(0.63),多態(tài)信息含量(PIC)大于0.5,表現(xiàn)為高度多態(tài),說明煙臺黑豬的遺傳多態(tài)性較為豐富,在環(huán)境中的適應(yīng)性較強,也表明長期的人工選擇對煙臺黑豬SLA-DQB基因會造成一定的影響。
3.2 煙臺黑豬SLA-DQB基因多態(tài)性與仔豬腹瀉的相關(guān)性
MHC是一種與疾病的抗性和易感性密切相關(guān)的高度多肽的基因家族,已有研究發(fā)現(xiàn),MHC基因在魚類、鳥類及哺乳動物中均有存在。而鼠類是最早開始研究MHC基因的動物,生物學(xué)家認(rèn)為鼠類MHC基因與在組織移植過程中存在的免疫排斥反應(yīng)有著必然的聯(lián)系。而MHC最顯著的特性是具有遺傳多態(tài)性,其主要由基因突變、人工選擇、自然選擇等因素導(dǎo)致[26]。有研究表明,雞MHC與抗原肽的識別有關(guān)[27],羊的MHC基因與包蟲病和線蟲病的抗性和易感性有關(guān)[28-29]。同樣,仔豬腹瀉也是一種與MHC基因有關(guān)的并以新生和幼齡動物為主的腸道傳染病,可引起仔豬精神萎靡、食欲減退、生長發(fā)育緩慢、成活率下降等,使得養(yǎng)豬業(yè)經(jīng)濟利益明顯下降。早在1989年就有研究就報道仔豬腹瀉與SLA單倍型有關(guān)[30],2011年孔晶晶[31]和楊巧麗等[32]也分別分析了長白豬、大白豬和杜洛克豬的DQA和DRA基因多態(tài)性與仔豬腹瀉之間的關(guān)系,最終表明仔豬腹瀉的易感性和抗性與不同基因型有著必然的聯(lián)系。本研究在對煙臺黑豬SLA-DQB基因多態(tài)性與仔豬腹瀉的相關(guān)性研究后發(fā)現(xiàn),性別和基因型對仔豬腹瀉的影響均不顯著(P>0.05),而性別與基因型互作對仔豬腹瀉的影響極顯著(P<0.01)。在公豬群體中AD基因型的個體腹瀉評分顯著高于其他基因型個體(P<0.05),在母豬群體中BB、AC、BC、CC基因型個體仔豬腹瀉評分顯著高于其他基因型個體的仔豬(P<0.01),可能有以下2個原因:1) 長期的人工選擇對性別不同的仔豬抗腹瀉產(chǎn)生了一定的影響;2) 公豬與母豬自身存在的個體差異所致。因此,煙臺黑豬仔豬腹瀉與性別基因型互作存在顯著相關(guān)性,這可為腹瀉抗性品系培育的標(biāo)記輔助選擇提供理論依據(jù),并為地方豬種的抗病育種研究提供更完整的理論資料。
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(責(zé)任編輯 張 韻)
Polymorphism ofSLA-DQBexon 2 and its association with diarrhea in Yantai black pigs
MU Tong, WANG Guo-mei, YANG Qi-rui, JIN Li, ZHANG Hai-long, ZHANG Li, TIAN Xiao-jing, LIU Li-xia*
(CollegeofLifeScienceandEngineering,NorthwestUniversityforNationalities,Lanzhou730030,China)
Polymorphism ofSLA-DQBexon 2 in Yantai black pigs was studied using PCR-RFLP, and its correlation with piglets diarrhea was analyzed. The results showed that there were four alleles (A, B, C, D) and seven RFLP genotypes (AA, BB, CC, AB, AC, BC, AD), polymorphism of theDQBexon 2 was abundant. The chi-square test displayedDQBexon 2 of Yantai black pigs deviated Hardy-Weinberg equilibrium(P<0.05). The results of least squares showed that the sex of Yantai black pig and genotype ofDQBexon 2 did not have significant influence on diarrhea piglets (P>0.05). However, polymorphism ofDQBexon 2 in different genders affected diarrhea piglets (P<0.01). In males, diarrhea score of genotype AD was higher than that of AA genotype (P<0.05), in female, scores of BB, AC, BC, CC were higher than others (P<0.05).
Yantai black pig;SLA-DQB; piglet diarrhea; PCR-RFLP; polymorphism
http://www.zjnyxb.cn
10.3969/j.issn.1004-1524.2016.10.07
2016-03-05
中央高?;究蒲袠I(yè)務(wù)費專項資金本科生項目(107422015033);西北民族大學(xué)中央高?;究蒲袠I(yè)務(wù)費專項資金資助項目(31920130048);西北民族大學(xué)引進(jìn)人才項目(xbmuyjrc201408)
母童(1995—),男,寧夏銀川人,本科生,主要從事分子生物學(xué)方面的研究。E-mail: 1227415848@qq.com
*通信作者,劉麗霞,E-mail: skllx@xbmu.edu.cn
S858.28
A
1004-1524(2016)10-1671-07
浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報ActaAgriculturaeZhejiangensis, 2016,28(10): 1671-1677
母童,王國梅,楊啟瑞,等. 煙臺黑豬SLA-DQB基因外顯子2多態(tài)性及其與仔豬腹瀉的關(guān)聯(lián)分析[J]. 浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報,2016,28(10): 1671-1677.