李永青,焦 婷, 吳建平,權金強, 汪文強,鄭王山, 郭永博, 姚喜喜, 趙生國
(1.甘肅農(nóng)業(yè)大學動物科學技術學院 甘肅 蘭州 730070;2.甘肅農(nóng)業(yè)大學草業(yè)學院/草業(yè)生態(tài)系統(tǒng)教育部重點實驗室/中-美草地畜牧業(yè)可持續(xù)發(fā)展研究中心,甘肅 蘭州 730070)
?
禾本科8種牧草DNA條形碼通用序列篩選
李永青1,焦 婷2, 吳建平1,權金強1, 汪文強1,鄭王山1, 郭永博1, 姚喜喜1, 趙生國1
(1.甘肅農(nóng)業(yè)大學動物科學技術學院 甘肅 蘭州 730070;2.甘肅農(nóng)業(yè)大學草業(yè)學院/草業(yè)生態(tài)系統(tǒng)教育部重點實驗室/中-美草地畜牧業(yè)可持續(xù)發(fā)展研究中心,甘肅 蘭州 730070)
DNA條形碼技術是利用DNA保守片段對物種進行快速準確鑒定的新興技術。本研究根據(jù)GenBank中禾本科牧草matK和rbcL基因的核苷酸序列,設計4對通用引物,建立并優(yōu)化了針對禾本科7個主要牧草屬8種牧草11個樣品[高丹草(Sorghumbicolor×S.sudanense)、玉米(Zeamays)、針茅(Stipacapillata)、“貝克”多年生黑麥草(Loliumperenne‘Plxie)、“凱帝莎”多年生黑麥草(L.perenne‘Caddieshack’)、甘肅羊茅(Festucakansuensis)、“百琪”紫羊茅(F.rubra‘Bargena’)、“夢神”紫羊茅(F.rubra‘Maxima’)、“百勝”草地早熟禾(Poapratensis‘Barvictor’)、“鉆石”草地早熟禾(P.pratensis‘Diamond’)和芨芨草(Achnatherumsplendens)]的目的片段的擴增條件。對擴增產(chǎn)物進行測序和分析,經(jīng)分別比對,篩選出8種牧草的4個標記位點5’端和3’端保守序列。對各標記位點保守區(qū)內(nèi)的核苷酸進行單核苷酸多態(tài)性(SNPs)的單倍型分析。結果表明,matK1、matK2、matK3分別有6個單倍型(H1A、H1B、H1C、H1D、H1E和H1F)、7個單倍型(H2A、H2B、H2C、H2D、H2E、H2F和H2G)和3個單倍型(H3A、H3B和H3C),rbcL基因有5個單倍型(H4A、H4B、H4C、H4D和H4E)。根據(jù)matK(matK1、matK2、matK3)和rbcL基因篩選的4個標記位點為8種牧草建立了相對應的特異DNA識別碼。本研究可為混合禾本科牧草飼料中的高粱屬、玉蜀黍?qū)佟④杠覆輰?、針茅屬、黑麥草屬、羊茅屬和早熟禾屬?種牧草準確識別提供分子水平上的科學依據(jù)。
單倍型組合;matK基因;rbcL基因;DNA條形碼;通用序列
DNA條形碼技術又稱DNA條形編碼,因其快速、簡便、精準等特點常被用作物種鑒定,其原理是基于物種種內(nèi)特異性和種間多樣性利用一個或幾個標準的DNA片段(DNA barcode)構建生物鑒別數(shù)據(jù)庫[1-2]。Hebert等[3]在對11種不同門的動物的研究中發(fā)現(xiàn),COI(cytochrome coxi-dase subunit 1)基因序列的種間變異能夠較好地區(qū)分物種,而植物中的COI或其它線粒體基因的變異度較低,不適用于植物物種的鑒定。據(jù)報道,植物中的葉綠體基因雖相對保守,但其單親遺傳避免了基因重組,且含量豐富,擴增能力強,故在葉綠體基礎上進行植物物種的鑒定成為一種可行的辦法。國際生命條形碼聯(lián)盟植物工作組[4]建議將rbcL+matK組合作為陸地植物的核心DNA條形碼,用于構建植物物種鑒定的統(tǒng)一框圖。我國植物條形碼研究團隊基于更大規(guī)模取樣的比較分析,提出了將ITS或ITS2納入種子植物核心條形碼的建議[5-6]。Costion等[7]利用譜系多樣性指數(shù)識別熱帶雨林避難所和物種分化中心以確定生物多樣性保護重點。基于ITS2序列,可以快速并有效地從豆蔻屬(Amomum)和山姜屬(Alpinia)中鑒別出中藥材[8]。
由于植物條形碼目前處于對片段的研究階段,其分析方法與動物有所不同。首先進行序列比對和人工校正,刪除位于序列兩端的不可靠堿基,利用PAUP或MEGA軟件,采用pairwise uncorrected p-distance[9]或Kimura-2-parameter distance(K2P)模型[10-11]計算種內(nèi)和種間的遺傳距離;采用分子系統(tǒng)學方法,通過構建多種系統(tǒng)發(fā)育樹對條形碼進行分析(如NJ、UPGMA、ML和MP等)并檢驗每個物種的單系情況。
禾本科牧草作為家畜日糧的主要飼草成分[12],分布較廣,飼用意義較大的包括30屬[13],大多為牲畜所喜食。然而DNA條形碼技術在牧草鑒別中應用較為罕見,本研究借助分子遺傳學方法,嘗試建立禾本科7個屬8種牧草的DNA條碼,旨為進一步開展品種鑒別提供理論依據(jù)和方法參考。
1.1試驗材料
1.1.1樣品本研究共采集到禾本科牧草7個屬8個種共11個樣品,樣品信息詳見表1。
1.1.2PCR引物設計參照GenBank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)中葉綠體matK和rbcL基因的核苷酸序列,采用Primers 5.0 (http://www.bbioo.com/download/58-166-1.html) 進行引物設計。其中,matK基因參照高粱屬(Sorghum)(AF164418、HF558520)、羊茅屬(Festuca)(DQ786940)、燕麥屬(Avena)(GU367310、GU367311)、大麥屬(Hordeum)(AB078131、AB078133)、稻屬(Oryza)(AF489915、AY768779)和針茅屬(Stipa)(KC129652、KC129653)設計3對引物;rbcL基因參照芨芨草屬(Achnatherum)(HQ600430)、針茅屬(HE573441)、高粱屬(HQ600085)和羊茅屬(FN668434、FN668435)設計1對引物(表2)。引物由上海生工生物工程有限公司合成。
1.2試驗方法
1.2.1基因組DNA提取、PCR擴增和測序稱取植物葉片約10 mg,用液氮研磨至粉末后,采用CTAB法提取基因組DNA[14],TE溶解。PCR擴增采用50 μL體系:dNTP(2.5 mmol·L-1)2 μL,10×Buffer 5 μL,Taq DNA 聚合酶(5 U·μL-1)0.4 μL,DNA 模板2 μL,上、下游引物各1 μL(10 μmol·L-1),加ddH2O至50μL。PCR反應條件:94℃預變性2min;94 ℃變性40 s,退火30 s、72 ℃延伸30 s(30個循環(huán));72 ℃延伸10 min;4 ℃保存。PCR擴增產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳(30 min,150 V)檢驗后送上海生工生物工程有限公司進行測序。
表1 本研究所用樣品信息Table 1 Information of samples in this study
表2 引物PCR反應最佳退火溫度表Table 2 The optimized annealing temperature of primer’s PCR reaction
1.2.2數(shù)據(jù)處理利用chromas 2.33(http://www.seekbio.com/DownloadShow.asp?id=284)對測序結果進行校對和編輯,并利用MEGA 5.0(http://mega.software.informer.com/5.0/)進行序列比對,同時借助Dnasp 5.10(http://www.itopdog.cn/soft/4785.html)分析單倍型和變異位點。
2.1引物篩選
根據(jù)本研究設計的4對通用引物,并針對禾本科11個牧草樣品建立并優(yōu)化目的片段PCR條件。
上述電泳檢測結果獲得的目的條帶清晰(圖1-4),片段大小與預期結果相符,經(jīng)測序獲得較高質(zhì)量的核苷酸序列,說明本研究篩選的引物可用于DNA條碼的篩選。
2.2DNA保守區(qū)識別
利用chromas 2.33對測序結果進行校對和編輯后,通過MEGA 5.0進行序列比對,分別篩選標記位點5’端和3’端高度保守區(qū)(表3)。
2.3單倍型分析
2.3.1matK1基于Dnasp 5.10進行單倍型分析,8種牧草11個樣品彼此間有24個變異位點,分為6個單倍型(表4)。其中,H1A、H1B、H1D、H1E和H1F分別為高丹草、針茅、甘肅羊茅、多年生黑麥草和紫羊茅的特有單倍型;H1C為草地早熟禾、玉米和芨芨草的共享單倍型。另外,同一種牧草的不同品種間均具有共享單倍型(表4)。
圖1 引物F-M1/R-M433 PCR擴增凝膠電泳檢測圖Fig.1 Detection of primer F-M1/R-M433 PCR products in gel electrophoresis
注:M, Marker DL1000;1,高丹草;2,玉米;3,針茅;4,“貝克”多年生黑麥草;5,“凱帝莎”多年生黑麥草;6,甘肅羊茅;7,“百琪”紫羊茅;8,“夢神”紫羊茅;9,“百勝”草地早熟禾;10,“鉆石”草地早熟禾;11,芨芨草。圖2同。
Note: M, Marker DL1000; 1,Sorghumbicolor×Sorghumsudanense; 2,Zeamays; 3,Stipacapillata; 4,Loliumperenne‘Plxie’; 5,Loliumperenne‘Caddieshack’; 6,Festucakansuensis; 7,Festucarubra‘Bargena’; 8,Festucarubra‘Maxima’; 9,Poapratensis‘Barvictor’; 10,Poapratensis‘Diamond’; 11,Achnatherumsplendens. The same in Fig.2.
圖2 引物F-M118/R-M434 PCR擴增凝膠電泳檢測圖Fig.2 Detection of primer F-M118/R-M434 PCR products in gel electrophoresis
2.3.2matK28種牧草11個樣品彼此間有8個變異位點,分為7個單倍型(表5)。H2A、H2C、H2D、H2E、H2F和H2G分別為玉米、針茅、高丹草、甘肅羊茅、多年生黑麥草和紫羊茅6種牧草的特有單倍型;H2B為牧草芨芨草和草地早熟禾的共享單倍型。另外,同一種牧草的不同品種間均具有共享單倍型。
2.3.3matK3在matK3片段上設計的引物未能成功擴增出多年生黑麥草的兩個品種貝克和凱帝莎,擴增得到9個樣品彼此間有5個變異位點,分為3個單倍型(表6)。其中,僅針茅有其特有單倍型H3B;H3A分別為甘肅羊茅、芨芨草、草地早熟禾和紫羊茅4種牧草的共享單倍型;H3C為高丹草和玉米的共享單倍型。
圖3 引物F-M1262/R-M1472擴增凝膠電泳檢測圖Fig.3 Detection of primer F-M1262/R-M1472 PCR products in gel electrophoresis
注:M, Marker DL500;1, 高丹草;2, 玉米;3, 針茅;4, “鉆石”草地早熟禾;5, “百勝”草地早熟禾;6, 甘肅羊茅;7, “百琪”紫羊茅;8, “夢神”紫羊茅;9, “凱帝莎”多年生黑麥草(測序失敗);10, “貝克”多年生黑麥草(測序失敗);11, 芨芨草。
Note: M, Marker DL500; 1,Sorghumbicolor×Sorghumsudanense; 2,Zeamays; 3,Stipacapillata; 4,Poapratensis‘Diamond’; 5,Poapratensis‘Barvictor’; 6,Festucakansuensis; 7,Festucarubra‘Bargena’; 8,Festucarubra‘Maxima’; 9,Loliumperenne‘Caddieshack’(sequencing failure); 10,Loliumperenne‘Plxie’ (sequencing failure); 11,Achnatherumsplendens.
圖4 引物F-R1/R-R452擴增凝膠電泳檢測圖Fig.4 Detection of primer F-R1/R-R452 PCR products in gel electrophoresis
注:M, Marker DL1000;1, 高丹草;2, 玉米;3, 針茅;4, “貝克”多年生黑麥草;5, 芨芨草(測序失敗);6, 甘肅羊茅;7, “百琪”紫羊茅;8, “夢神”紫羊茅;9, “百勝”草地早熟禾;10, “鉆石”草地早熟禾;11, “凱帝莎”多年生黑麥草。
Note: M, Marker DL1000; 1,Sorghumbicolor×Sorghumsudanense; 2,Zeamays; 3,Stipacapillata; 4,Loliumperenne‘Plxie’; 5,Achnatherumsplendens(sequencing failure); 6,Festucakansuensis; 7,Festucarubra‘Bargena’; 8,Festucarubra‘Maxima’; 9,Poapratensis‘Barvicto’; 10,Poapratensis‘Diamond’; 11,Loliumperenne‘Caddieshack’.
表3 標記位點保守區(qū)識別Table 3 Identification of conserved region in fragment marked
表4 matK1單倍型多態(tài)位點Table 4 matK1 haplotypes polymorphic sites
表5 matK2單倍型多態(tài)位點Table 5 matK2 haplotypes polymorphic sites
表6 matK3單倍型多態(tài)位點Table 6 matK3 haplotypes polymorphic sites
2.3.4rbcL序列在rbcL片段上設計的引物擴增所得到的10個樣品中有33個變異位點,分為5個單倍型(表7)。其中,H4B、H4C和H4D分別為草地早熟禾、針茅和多年生黑麥草3種牧草的特有單倍型;H4A為高丹草和玉米的共享單倍型;H4E為紫羊茅和甘肅羊茅的共享單倍型。
2.4DNA Barcoding數(shù)據(jù)庫的建立
基于matK3個標記位點(matK1、matK2、matK3)和rbcL基因在牧草種屬間表達的特異性建立了8種牧草的DNA條形碼數(shù)據(jù)庫,該數(shù)據(jù)庫由matK3個標記位點和rbcL基因的特異性引物(表2)、標記位點5’端和3’端保守序列(表3)以及DNA識別碼(表8)共同組成。同一種牧草的不同品種,如草地早熟禾兩個品種鉆石和百勝具有共同的DNA barcoding,與其它屬的牧草DNA barcoding完全不同,驗證了DNA條形碼種內(nèi)無差異、種間允許有較大差異的特征,達到了鑒別的標準。
2.5系統(tǒng)發(fā)育樹的構建
利用Kimura2-parameter(K2P)模型[15]構建的NJ系統(tǒng)發(fā)育樹(圖5)。4個標記位點(matK1、matK2、matK3和rbcL)5’端和3’端保守序列按照首尾相接的方式組合而成,全長為995 bp,8種牧草分列于不同的進化支,而同一種牧草的不同品種聚在不同的進化支上。
表7 rbcL單倍型多態(tài)位點Table 7 rbcL haplotypes polymorphic sites
表8 8種牧草的DNA Barcoding 數(shù)據(jù)庫Table 8 The Databas of DNA Barcoding for 8 species pasture
注: “M”代表“matK基因”,“R”代表“rbcL基因”,“H”代表“單倍型”,其后的“1、2和3”分別代表“matK1、matK2和matK3”3個標記位點,“4”代表rbcL的標記位點,上標字母代表對應標記位點核苷酸單倍型類別。
Note: “M” means “matKgene”, “R” means “rbcL gene”, “H” means “haplotype”, “1, 2 and 3” mean the three fragment markedmatK1,matK2 andmatK3, respectively, and “4” meansrbcLfragment marked. The letter superscripts mean nucleotide haplotypes for fragment marked.
圖5 基于K2P模型的NJ(Neighbor-joining)系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.5 NJ (Neighbor-joining) phylogenetic tree based on K2P model
3.1禾本科牧草標記位點選擇及引物設計
生物DNA 條形碼聯(lián)盟(consortium for the barcode of life, CBOL)提議的植物DNA條形碼候選片段有matK、rpoB、rpoC1、rbcL和psbA-trnH等序列,其中rbcL、matK和ITS為核心條形碼[4],trnH-psbA為補充條形碼[16]。有研究報道,matK具有進化速率快,種間鑒別能力較高等特點,但引物通用性差[17]。葡萄科崖爬藤屬的matK擴增成功率達到93.5%,擴增效果很理想,但單獨使用時物種識別率不高,僅為22.2%[18]。rbcL序列具有通用性高、易擴增、易比對等特點,但變異主要存在于種以上水平,物種水平上通常變異不夠大[19-21]。盡管rbcL不能識別全部物種,但可以區(qū)分不少同屬植物[22]。因此,幾位研究者都曾建議將rbcL與另外一個或多個片段組合使用[18,22]。
本研究選擇matK和rbcL基因進行研究,判定其是否符合DNA條形碼的候選條件。高度保守的通用引物設計是理想的DNA barcoding序列獲得的前提[23]。通過對GenBank中高粱屬、燕麥屬、大麥屬、稻屬、針茅屬和芨芨草屬等禾本科牧草葉綠體matK基因和rbcL基因的多重比對,篩選出高度保守區(qū)域,并進行引物設計。獲得的matK(matK1、matK2、matK3)和rbcL共4個標記位點的引物(表2),實現(xiàn)了目的片段地成功擴增和測序,結果較理想,為DNA barcoding數(shù)據(jù)庫的建立提供了可能性。DNA條形碼的核心是PCR擴增,而退火溫度是影響PCR擴增的重要因素,在Tm值允許范圍內(nèi),選擇較高的復性溫度可相對減少引物和模板間的非特異性結合,提高PCR擴增的特異性[24]。電泳結果表明,所設計引物擴增效率高、成功率高、反應條件適宜,為物種的鑒別奠定了基礎。
3.2單倍型組合方式對禾本科牧草的鑒定
通過比較matK基因3個標記位點單倍型結果發(fā)現(xiàn),matK基因3個標記位點(matK1、matK2、matK3)保守區(qū)片段大小依次較小,變異位點數(shù)也依次降低。在屬水平上,matK1無法區(qū)分早熟禾屬、羊茅屬和芨芨草屬,對于其余4個屬的牧草能準確鑒別,屬水平的鑒別成功率為57.1%,種水平的鑒別成功率為62.5%。matK2無法區(qū)分芨芨草屬和早熟禾屬,屬水平鑒別成功率為71.4%,種水平鑒別成功率為 75%。而matK3擴增成功率較低,未擴增出黑麥草的兩個品種,存在5個變異位點,將8種牧草分為3個單倍型,僅區(qū)分出針茅屬,屬水平鑒別成功率僅為16.7%,與種水平相同。
通過分析rbcL鑒定結果發(fā)現(xiàn),在rbcL標記位點的保守區(qū)內(nèi)存在33個變異位點,相比于matK基因的3個標記位點,rbcL變異最高,分為5個單倍型(H4A、H4B、H4C、H4D和H4E),其中H4A、H4B、H4C和H4D之間相同的變異位點較多,而與甘肅羊茅和紫羊茅所屬的單倍型H4E相比均存在較大的差異。單倍型結果分析表明,rbcL基因僅能鑒別出早熟禾屬的草地早熟禾,黑麥草屬的多年生黑麥草和針茅屬的針茅3種牧草,其余5種牧草存在共享單倍型,無法鑒別。該結果符合rbcL基因需與其它片段組合使用的結論[22]。
本研究選擇matK和rbcL基因聯(lián)合使用進行禾本科牧草的鑒別,4個標記位點的單倍型組合構成DNA識別碼,每種牧草都有其特異的DNA識別碼,在屬水平和種水平鑒別成功率均達到100%。而這種組合方式無法鑒別同一種牧草的不同品種,例如草地早熟禾的兩個品種鉆石和百勝具有共同的DNA識別碼,此外,多年生黑麥草的兩個品種貝克和凱帝莎以及紫羊茅的兩個品種百琪和夢神均出現(xiàn)上述結果。
3.3基于系統(tǒng)發(fā)育樹的輔助鑒定
本研究通過分析多態(tài)位點,界定單倍型,通過標記位點的不同單倍型組合實現(xiàn)8種牧草的鑒定,同時利用K2P模型構建系統(tǒng)發(fā)育樹,8種牧草分列于不同的進化支。再次驗證了matK和rbcL片段組合后,其鑒別效果明顯高于單片段。系統(tǒng)發(fā)育多樣性不受物種分類地位變更的影響,是生物多樣性研究的一個里程碑式的指數(shù)[25-27]。李陳建等[28]對30份蘇丹草種質(zhì)資源的19個性狀進行聚類分析,明確了蘇丹草種質(zhì)資源的不同類型。本研究通過構建系統(tǒng)發(fā)育樹,充分證明了禾本科牧草各物種的單系性,其結果滿足DNA barcoding對包含足夠系統(tǒng)進化信息進行物種在分類系統(tǒng)(科、屬等) 定位中的要求[23]。
由上述結果可知,matK基因(matK1、matK2、matK3)和rbcL基因在種水平上的鑒定成功率較高。由于matK基因(matK1、matK2、matK3)和rbcL基因?qū)Σ糠治锓N仍然不能較好地區(qū)分,兩種片段組合后能將禾本科8種牧草完全區(qū)分,鑒定效率達到100%。因此,將matK與rcbL聯(lián)合應用作為禾本科牧草的DNA條形碼通用序列組合。本研究結果為混合禾本科牧草飼料中的高丹草、玉米、芨芨草、針茅、多年生黑麥草、甘肅羊茅、紫羊茅和草地早熟禾的準確識別提供了分子水平上的科學依據(jù)。
References:
[1]Kress W J,Wurdack K J,Zimmer E A,Weigt L A,Janzen D H.Use of DNA barcodes to identify flowering plants.PNAS,2005,102:8369-8374.
[2]Hollingsworth P M,Graham S W,Little D P.Choosing and using a plant DNA barcode.PloS One,2011,6:e19254.
[3]Hebert P D N,Cywinska A,Ball S L,de Waard J R.Bio-logical identifications through DNA barcodes.Proceedings of the Royal Society of London Series B:Biological Sciences,2003,270:313-321.
[4]CBOL Plant Working Group.A DNA barcode for land plants.PNAS,2009,106(31):12794-12797.
[5]Yao H,Song J Y,Liu C,Luo K,Han J P,Li Y,Pang X H,Xu H X,Zhu Y J,Xiao P G,Chen S L.Use of ITS2 region as the universal DNA barcode for plants and animals.PLoS One,2010,5:e13102.
[6]China Plant BOL Group.Comparative analysis of a large dataset indicates that internal transcribed spacer (ITS) should be incorporated into the core barcode for seed plants.PNAS,2011,108:19641-19646.
[7]Costion C M,Edwards W,Ford A J,Metcalfe D J,Cross H B,Harrington M G,Richardson J E,Hilbert D W,Lowe A J,Crayn D M.Using phylogenetic diversity to identify ancient rain forest refugia and diversification zones in a biodiversity hotspot.Diversity and Distributions,2015,21:279-289.
[8]Wang X Y,Chen X C,Liao B S,Wang L L,Han J P.Identification of AMOMI FRUCTUS ROTUNDUS based on DNA barcoding. 第十四屆全國中藥和天然藥物學術研討會論文摘要.北京:中國藥學會,2014:17.
[9]Newmaster S G,Fazekas A J,Steeves R A D,Janovec J.Testing candidate plant barcode regions in theMyristicaceae.Molecular Ecology Resources,2008,8:480-490.
[10]Meyer C P,Paulay G.DNA barcoding:Error rates based on comprehensive sampling.PloS Biology,2005,3(12):2229-2238.
[11]Lahaye R,van der Bank M,Bogarin D,Warner J,Pupulin F,Gigot G,Maurin O,Duthoit S,Barraclough T G,Vincent S.DNA barcoding the floras of biodiversity hot-spots.PNAS,2008,105:2923-2928.
[12]萬娟娟,于磊,魯為華,楊國林,張前兵,楊潔晶.新疆沙爾套山草地優(yōu)勢禾本科牧草營養(yǎng)價值綜合評定.草業(yè)科學,2014,31(11):2141-2147.
Wan J J,Yu L,Lu W H,Yang G L,Zhang Q B,Yang J B.Comprehensive evaluation of nutritive value of dominant gramineous grass in Shaertao Mountain,Zhaosu County in Xinjiang.Pratacultural Science,2014,31(11):2141-2147.(in chinese)
[13]劉公社.禾本科牧草分子生物學及生物技術研究進展.西北植物學報,2003,23(4):682-687.
Liu G S.Advances of molecular biology and biotechnology used in gramineal forage species.Acta Botanica Boreali-Occidentalia Sinica,2003,23(4):682-687.(in Chinese)
[14]羅焜.基于蕓香科天南星科的植物DNA條形碼通用序列研究.武漢:湖北中醫(yī)藥大學博士學位論文,2010.
Luo K.Assessment for universal plant DNA barcodes based on species of rutaceae and araceae family.PhD Thesis.Wuhan:Hubei University of Traditional Chinese Medicine,2010.(in Chinese)
[15]白瑞,何聰芬,董銀卯,李潞濱,劉蕾,彭鎮(zhèn)華.基于葉綠體rRNA ITS序列的蘭科植物系統(tǒng)發(fā)育關系分析.北方園藝,2008(1):203-206.
Bai R,He C F,Dong Y M,Li L B,Liu L,Peng Z H.A preliminary analysis of phylogenetic relationships in or chidaceae based on cp rRNA ITS sequence data.Northern Horticulture,2008(1):203-206.(in Chinese)
[16]Pang X H,Liu C,Shi L C,Liu R,Liang D,Li H,Cherny S S,Chen S L.Utility of the trnH-psbA intergenic spacer region and its combinations as plant DNA barcodes:A meta analysis.PloS One,2012,7:e48833.
[17]Chase M W,Cowan R S,Hollingsworth P M,Cassio V D B,Madrinan S,Petersen G,Seberg O,Jorgsensen T,Cameron K M,Carine M.A proposal for a standardised protocol to barcode all land plants.Taxon,2007,56:295-299.
[18]Fu Y M,Jiang W M,Fu C X.Identification of species within Tetrastigma (Miq.) Planch.(Vitaceae) based on DNA barcoding techniques.Journal of Systematics and Evolution,2011,49(3):237-245.
[19]Fazekas A J,Burgess K S,Kesanakurti P R,Graham S W,Newmaster S G,Husband B C,Perey D M,Hajibabaei M,Barrett S C H.Multiple multiloeus DNA barcodes from the plastid genome discriminate plants species equally well.PloS One,2008,3:e2802.
[20]Kress W J,Eriekson D L.A two locus global DNA barcode form land plants:The codingrbcLgene complements the non-coding trnH-psbA spacer region.PloS One,2007,2:e508.
[21]Sass C,Little D P,Stevenson D W,Specht C D.DNA barcoding in thecycadales:Testing the potential of proposed barcoding markers for species identification of cycads.PloS One,2007,2:e1154.
[22]Newmaster S G,Fazekas A J,Ragupathy S.DNA barcoding in land plants:Evaluation ofrbcLin a multi genetiered approach.Canadian Journal of Botany,2006,84:335-341.
[23]Taberlet P,Coissac E,Pompanon F.Power and limitations of the chlorop lasttrnL(UAA) intron for plant DNA barcoding.Nucleic Acids Research,2007,35(3):e14.
[24]李陽,吳申懋,陳沁.黑麥草屬DNA條形碼鑒定技術研.植物檢疫,2014,28(6):376-385.
Li Y,Wu S M,Chen Q.Establishment of DNA barcode of common species ofLolium.Plant Quarantine,2014,28(6):376-385.(in Chinese)
[25]Winter M,Devictor V,Schweiger O.Phylogenetic diversity and nature conservation:Where are we?Trends in Ecology and Evolution,2013,28:199-204.
[26]Cardoso P,Rigal F,Carvalho J C,Fortelius M,Borges P A V,Podani J,Schmera D.Partitioning taxon,phylogenetic and functional beta diversity into replacement and richness difference components.Journal of Biogeogarphy,2014,41(4):749-761.
[27]Davies T J.Losing history:How extinctions prune features from the tree of life.Philosophical Transactions of the Royal Society B:Biological Sciences,2015,370(1662):6-10.
[28]李陳建,付彥博,萬江春,王玉祥,張博.30份蘇丹草種質(zhì)資源農(nóng)藝性狀的遺傳多樣性分析.草業(yè)科學,2015,32(1):79-85.
Li C J,Fu Y B,Wan J C,Wang Y X,Zhang B.Genetic diversity of agronomic characteristics of 30Sorghumsudanensegermplasm.Pratacultural Science,2015,32(1):79-85.(in Chinese)
(責任編輯武艷培)
Screening of universal DNA barcodes for grass forages’ eight species
Li Yong-qing1, Jiao Ting2, Wu Jian-ping1, Quan Jin-qiang1, Wang Wen-qiang1,Zheng Wang-shan1, Guo Yong-bo1, Yao Xi-xi1, Zhao Sheng-guo1
(1.Faculty of Animal Science and Technology, Gansu Agriculture University, Lanzhou 730070, China;2.College of Pratacultural Science, Gansu Agricultural University, Key Laboratory of Grassland Ecosystem,Ministry of Education, Sino-U.S. Centers for Grazingland Ecosystem Sustaniability, Lanzhou 730070, China)
DNA barcoding is an emerging technology, which is used as a tool to indentify species accurately and quickly using the conservative DNA segments. Our research has established and optimized target fragments’ the amplification conditions for eleven samples (Sorghumbicolor×Sorghumsudanense,Zeamays,Stipacapillata,Loliumperenne‘Plxie’,Loliumperenne‘Caddieshack’,Festucakansuensis,Festucarubra‘Bargena’,F.rubra‘Maxima’,Poapratensis‘Barvictor’,P.pratensis‘Diamond’,Achnatherumsplendens) from seven major genera (Sorghum,Zea,Stipa,Lolium,Festuca,Poa,Achnatherum) and eight species according to nucleotide sequence of grass matK and rbcL genes in GenBank, and designed four universal primers. 5' end and 3' end conservative fragments in four marked fragments were selected by amplification products sequencing and analyzing. Single nucleotide polymorphism (SNP) haplotype analysis of conservative fragments nucleotide sequences of each maker loci showed there were 6 haplotypes(H1A, H1B, H1C, H1D, H1E and H1F), 7 haplotypes (H2A, H2B, H2C, H2D, H2E, H2F and H2G) and 3 (H3A, H3B and H3C) haplotypes among matK1, matK2, matK3 respectively, by the same token, rbcL gene has 5 haplotypes (H4A, H4B, H4C, H4D and H4E). According to the haplotypes about matK (matK1, matK2 and matK3) and rbcL, we have constructed the DNA barcoding for eight grass species. The research results provide a scientific basis for identification of mixed feed grasses including eight species of the seven generas.
haplotype combination;matKgene;rbcLgene; DNA barcoding; universal sequences
Zhao Sheng-guoE-mail:zhaosg@gsau.edu.cn
10.11829/j.issn.1001-0629.2016-0039
植物生產(chǎn)層
2016-01-19接受日期:2016-05-30
甘肅省高等學??蒲许椖?2013A-64);公益性行業(yè)(農(nóng)業(yè))科研專項(201503134)
李永青(1992-),女,甘肅渭源人,在讀碩士生,主要從事動物營養(yǎng)與飼料科學研究。E-mail:m18894036031@163.com
趙生國(1976-),男,甘肅慶陽人,副教授,碩導,博士,主要從事動物遺傳資源保護與利用研究。E-mail:zhaosg@gsau.edu.cn
S540.37
A
1001-0629(2016)9-1702-09*
李永青,焦婷,吳建平,權金強,汪文強,鄭王山,郭永博,姚喜喜,趙生國.禾本科8種牧草DNA條形碼通用序列篩選.草業(yè)科學,2016,33(9):1702-1710.
Li Y Q,Jiao T,Wu J P,Quan J Q,Wang W Q,Zheng W S,Guo Y B,Yao X X,Zhao S G.Screening of universal DNA barcodes for eight forage grasses.Pratacultural Science,2016,33(9):1702-1710.