隨著蔡英文5月20日宣誓就職，也意味著馬英九的正式卸任。2008年促成馬英九選舉成功的部分原因是他的清廉形象，不過接下來的他可能無法全身而退，或會官司“上身”。

據(jù)臺灣媒體報道，臺北地檢署指出，去年馬英九被告發(fā)多宗案件，但因“總統(tǒng)”享有刑事豁免權(quán)，且多數(shù)案件告發(fā)內(nèi)容并不具體，多案被陸續(xù)暫時簽結(jié)。臺北地檢署已表示，于5月20日后依法重啟偵辦暫時簽結(jié)的24個案件。

馬英九在臺北市長任上涉“大巨蛋案”，此外，他也另被民眾告發(fā)多起案件，包括瀆職、貪污、洗錢防制條例等。馬英九之前的兩任“總統(tǒng)”李登輝和陳水扁卸任后，也曾面臨訴訟，陳水扁被判刑入獄，現(xiàn)保外就醫(yī)。

馬英九卸任之前接受臺灣媒體采訪時表示，早就感受到外界對其的“政治追殺”，他表示“對外界部分指控感到意外”，但強(qiáng)調(diào)“相信自己的清白，也相信法院的公正”。