陶圓,孫艷玲,何倩,3,李轉(zhuǎn)轉(zhuǎn),許楊鵬,3,喻亞宇,3,牛玉明,5,張超
·循證理論與實踐·
Meta-Test軟件在診斷準(zhǔn)確性試驗Meta分析中運(yùn)用
陶圓1,孫艷玲2,何倩1,3,李轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)4,許楊鵬1,3,喻亞宇1,3,牛玉明1,5,張超1
Meta-Test是一款專門用于診斷準(zhǔn)確性試驗(diagnostic test accuracy,DTA)Meta分析的常用軟件。Meta-Test軟件運(yùn)行基于DOS系統(tǒng),能以一種簡單而直接地方式進(jìn)行準(zhǔn)確的數(shù)據(jù)處理和繪制精美而信息豐富的圖形,并能進(jìn)行亞組分析。其方便且有提示的操作、準(zhǔn)確可靠數(shù)據(jù)處理及強(qiáng)大可用的繪圖功能,使得其目前在DTA Meta分析中仍使用較為頻繁,但其缺陷在于無法實現(xiàn)十字交叉圖、散點(diǎn)圖與邊緣密度圖的繪制。本文以一組DTA Meta分析的數(shù)據(jù)為例,系統(tǒng)展示本軟件對數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備與分析、結(jié)果匯總及圖形繪制等功能的相關(guān)操作過程。
Meta-Test軟件;診斷準(zhǔn)確性試驗;DOS系統(tǒng);Meta分析
Meta-Test軟件是由Joseph Lau于1992年開始研發(fā)的一款基于DOS系統(tǒng)專業(yè)制作診斷準(zhǔn)確性試驗(DTA)Meta分析編程軟件[1,2]。該軟件于1997年就已停止更新,但由于其在診斷準(zhǔn)確性試驗Meta分析[3,4]中數(shù)據(jù)分析、圖形繪制等功能上仍較為完善,因此,目前其在診斷準(zhǔn)確性試驗Meta分析中使用仍較為頻繁。另外,我們在作DTA Meta分析時常用到四格表[5,6],如表1所示。為了充分理解該軟件的數(shù)據(jù)處理及圖形繪制流程與解讀,本文將結(jié)合《應(yīng)用R軟件meta4diag程序包實現(xiàn)診斷準(zhǔn)確性試驗的Meta分析》當(dāng)中實例數(shù)據(jù)來進(jìn)行實例演練。
Meta-Test軟件于1997年就已停止更新,目前版本:V-0.6,其下載地址為:http://sourceforge.net/projects/metat/。由于該軟件是基于DOS系統(tǒng)進(jìn)行運(yùn)行,因此,需要準(zhǔn)備一個DOS系統(tǒng)電腦來實現(xiàn)其相關(guān)操作。
首先將該軟件下載完成后,存放在D盤根目錄下,使用DOS命令將其打開,具體命令如下:D:MetaTest.exe
完成上述命令之后,即可打開Meta-Test軟件主界面,如下圖(圖1)所示:
如上圖所示,主界面分為三個部分:菜單欄(A)、主體內(nèi)容欄(B)及快捷菜單欄(C)。由于該軟件是基于DOS系統(tǒng)執(zhí)行,因此,全程只有命令與鍵盤方能完成操作,具體菜單功能如下表(表2):
表1 診斷準(zhǔn)確性試驗結(jié)果計算的四格表
對于數(shù)據(jù)的錄入,該軟件存在兩種方式:第一種是打開或調(diào)用已經(jīng)儲存的數(shù)據(jù),第二種是手動鍵錄入數(shù)據(jù)。本處,以一組診斷準(zhǔn)確性試驗分析的數(shù)據(jù)為例,實行手動鍵錄入數(shù)據(jù),具體操作如下:
2.1數(shù)據(jù)的錄入 圖1中快捷菜單欄A部分為數(shù)據(jù)的主題名稱,B部分為手工錄入數(shù)據(jù)區(qū),C部分為數(shù)據(jù)文件保存位置及文件名,D部分為該界面的操作菜單。由C部分可知,使用“F2 Edit Data”進(jìn)入數(shù)據(jù)編輯界面后,具體數(shù)據(jù)錄入界面,它需要使用者輸入對應(yīng)的研究內(nèi)容:作者(Author)、年代(Year)、真陽性(T+)、假陰性(F-)、假陽性(F+)、真陰性(T-)等(圖2)。其中T+、F+ 、F-、T-分別對應(yīng)研究診斷試驗四格表中的a、b、c、d(表1)。
2.2數(shù)據(jù)的儲存 在上述數(shù)據(jù)[7]錄入的操作中,注意的是:上下左右鍵是用來移動光標(biāo)位置,Esc鍵是用來返回主界面及退出保存數(shù)據(jù)文件提示鍵。本例中,上述數(shù)據(jù)保存文件名為metatest,該軟件會自動默認(rèn)為“.MT1”。在完成數(shù)據(jù)的錄入及儲存之后,返回主界面軟件將自動顯示剛剛已經(jīng)錄入相關(guān)信息,提示數(shù)據(jù)文件已經(jīng)加載成功。
在完成數(shù)據(jù)加載后,可以依據(jù)圖 1中A部分菜單欄進(jìn)行操作,使用“A”鍵(即:Analysis功能)將進(jìn)入到數(shù)據(jù)分析界面,將以此進(jìn)入4個結(jié)果輸出界面,如下圖(圖3-6)所示:
在完成數(shù)據(jù)分析之后,可以進(jìn)行圖形繪制,使用“G”鍵(即:功能),將進(jìn)入圖形繪制界面,經(jīng)過亞組標(biāo)記后,如下圖(圖7)所示:
表2 操作鍵位及其功能
圖1 Meta-Test軟件主界面
圖2 數(shù)據(jù)錄入窗口
圖3 單個研究匯總結(jié)果輸出界面
圖4 隨機(jī)與固定模型結(jié)果匯總輸出界面
圖5 單個研究ROC曲線結(jié)果匯總圖
圖6 加權(quán)與未加權(quán)ROC曲線匯總結(jié)果圖
上圖為單個研究的敏感性及特異性的森林圖[8],其中不同顏色為不同分組;而在A部分則為該界面的菜單欄,如:執(zhí)行“L”鍵表示對圖形的數(shù)據(jù)的說明,如下圖(圖8)所示:
圖8中,A部分為樣本的基本信息,其中,該部分與圖形森林圖部分顏色不同為分組標(biāo)記;B部分為該界面的菜單欄。
另外值得注意的是,靈敏度及特異度是評價診斷試驗的兩個重要指標(biāo),在進(jìn)行診斷試驗Meta分析時,若納入的研究間不存在閾值效應(yīng)時,可以將靈敏度及特異度[9,10]按照單個率進(jìn)行合并。但是多數(shù)情況下存在閾值效應(yīng),此時若仍對其進(jìn)行合并,將引起精確研究的異質(zhì)性,其原因是靈敏度及特異度之間的線性關(guān)系及負(fù)相關(guān)(或“靈敏度”與“1-特異度”呈正相關(guān))。在存在閾值效應(yīng)[11,12]時,診斷優(yōu)勢比(DOR)會隨著診斷閾值的變化而變化,此時會出現(xiàn)非對稱的ROC曲線。改進(jìn)后的綜合受試者工作特征(summary receiver operating characteristic,SROC)分析方法[13,14]將log (DOR)定為因變量,logit(TFP)+logit(FPR)為自變量進(jìn)行線性回歸,即(a為常量,b為回歸系數(shù)),為目前最常用的分析方法。
在圖8中,除了圖形右邊的提示菜單功能以外,還可以使用“6”鍵來繪制加權(quán)與非加權(quán)SROC logit回歸圖,如下圖(圖9)所示:
圖7 敏感性及特異性森林圖
圖8 執(zhí)行“L”鍵表示對圖形的數(shù)據(jù)的說明
圖9 加權(quán)與非加權(quán)SROC logit回歸圖
圖9中,圖形的右邊A部分為該界面的菜單項,其具體內(nèi)容操作者可自行嘗試;B部分為分亞組,圖形中不同顏色標(biāo)記為不同亞組。
如果存在閾值效應(yīng)導(dǎo)致的異質(zhì)性,則最好的合并數(shù)據(jù)方法是擬合SROC曲線[15]和計算曲線下面積(AUC)[16],或使用其他統(tǒng)計指數(shù)如Q指數(shù)。擬合SROC曲線有很多種方法[17,18]:①如果曲線是對稱的,默認(rèn)選項是“Moses' constant of linear model”,當(dāng)然用戶也可根據(jù)自己需要選擇“固定效應(yīng)模型(FEM)”或者“隨機(jī)效應(yīng)模型(REM)”;②如果SROC曲線不對稱,則只能用“Moses' constant of linear model”來合并DOR,從而擬合SROC和計算ROC曲線下面積(AUC)。
在圖6界面中除了上述菜單外,依舊可以繼續(xù)執(zhí)行“6”鍵,可直接進(jìn)入?yún)R總準(zhǔn)確性曲線圖界面,具體如下圖(圖10)所示:
圖10 匯總準(zhǔn)確性曲線圖
圖10中,圖形右邊A部分為該界面菜單欄,該圖已經(jīng)經(jīng)過其相關(guān)選項進(jìn)行調(diào)試,具體其他功能選項,操作者自行嘗試;B部分分別為對應(yīng)于圖形中加權(quán)與未加權(quán)后曲線下面積;C部分為亞組非配標(biāo)記。
在上述的圖形繪制中,除了每一個圖形界面右側(cè)顯示的菜單功能以外,該軟件還專門默認(rèn)“6”鍵為圖形種類切換。
至此,Meta-Test軟件的全部功能就展示到這里,該軟件在使用上除了是基于DOS系統(tǒng)外,其他的操作都十分方便,而且該軟件的操作在每一個界面都有相應(yīng)的提示信息作為參考。在數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性上十分可靠且可以進(jìn)行亞組分析,同時圖形繪制功能也較為強(qiáng)大,有缺憾的是該軟件運(yùn)行不太靈活,且無法實現(xiàn)十字交叉圖、散點(diǎn)圖與邊緣密度圖的繪制。但其簡易操作、準(zhǔn)確數(shù)據(jù)處理及強(qiáng)大繪圖功能,使得其目前在診斷性Meta分析中仍使用較為頻繁,并且隨著Meta-Test的更新和功能的更加完善,我們相信其應(yīng)用前景更加廣泛。
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本文編輯:姚雪莉
·循證理論與實踐·
Application of Meta-Test software in Meta-analysis of diagnostic test accuracy
TAO Yuan*, SUN Yan-ling, HE Qian, LI Zhuan-zhuan, XU Yang-peng, YU Ya-yu, NIU Yu-ming, ZHANG Chao. *Center of Evidence-Based Medicine, Taihe Hospital, Hubei University of Medicine, Shiyan 442000, China.
ZHANG Chao, E-mail: zhangchao0803@126.com
Meta-Test software is specially and commonly used for diagnostic test accuracy (DTA) Meta analysis. Meta-Test software based on DOS system operation can accurately process data and draw delicate graphics which is informative in an easy and direct way, and it can perform a subgroup analysis at the same time. The convenient operation with guide, accurate and reliable data process, and powerful graphics function of Meta-Test software make it frequently used in DTA Meta analysis, but its imperfection is that it's unable to realize the drawing of crosshair plots, scatter plots and edge density plots. In this article a group of DTA Meta-analysis data was taken as an example to systematically demonstrate the whole function of Meta-Test software, including data preparation, analysis, results summary, and plots drawing.
Meta-Test software; Diagnostic test accuracy; DOS system; Meta analysis
R4
A
1674-4055(2016)06-0652-04
湖北省教育廳重點(diǎn)項目(D20142102)
1442000 十堰,十堰市太和醫(yī)院(湖北醫(yī)藥學(xué)院附屬醫(yī)院)循證醫(yī)學(xué)中心;2442000 十堰,十堰市太和醫(yī)院(湖北醫(yī)藥學(xué)院附屬醫(yī)院)麻醉科;3442000 十堰,湖北醫(yī)藥學(xué)院口腔醫(yī)學(xué)院12級;4442000 十堰,十堰市太和醫(yī)院(附屬湖北醫(yī)藥學(xué)院)教學(xué)辦;5442000十堰,十堰市太和醫(yī)院(附屬湖北醫(yī)藥學(xué)院)口腔科
共同第一作者:孫艷玲
張超,E-mail:zhangchao0803@126.com
10.3969/j.issn.1674-4055.2016.06.04