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        2012-2015年上海地區(qū)成人甲型H3N2流感病毒抗原漂變分析

        2016-08-19 08:12:02夏益蘭張萬菊田棣代發(fā)輝宋志剛馮凈凈揭志軍楊天蕓郭雪君俞慧菊任濤袁正宏胡蕓文
        關(guān)鍵詞:上海地區(qū)糖基化流感病毒

        夏益蘭 張萬菊 田棣 代發(fā)輝 宋志剛 馮凈凈 揭志軍 楊天蕓 郭雪君 俞慧菊 任濤 袁正宏 胡蕓文

        201508上海,復(fù)旦大學(xué)附屬公共衛(wèi)生臨床中心(夏益蘭);201508上海市公共衛(wèi)生臨床中心(張萬菊、田棣、代發(fā)輝、宋志剛、胡蕓文);200240上海市第五人民醫(yī)院(馮凈凈、揭志軍);200092上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬新華醫(yī)院(楊天蕓、郭雪君、俞慧菊);200120上海,同濟(jì)大學(xué)附屬東方醫(yī)院(任濤);200032上海,復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院(袁正宏)

        2012-2015年上海地區(qū)成人甲型H3N2流感病毒抗原漂變分析

        夏益蘭 張萬菊 田棣 代發(fā)輝 宋志剛 馮凈凈 揭志軍 楊天蕓 郭雪君 俞慧菊 任濤 袁正宏 胡蕓文

        201508上海,復(fù)旦大學(xué)附屬公共衛(wèi)生臨床中心(夏益蘭);201508上海市公共衛(wèi)生臨床中心(張萬菊、田棣、代發(fā)輝、宋志剛、胡蕓文);200240上海市第五人民醫(yī)院(馮凈凈、揭志軍);200092上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬新華醫(yī)院(楊天蕓、郭雪君、俞慧菊);200120上海,同濟(jì)大學(xué)附屬東方醫(yī)院(任濤);200032上海,復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院(袁正宏)

        目的 通過分析2012-2015上海地區(qū)成年人甲型H3N2流感病毒的分子流行病學(xué)及HA抗原漂變情況,從而了解甲型H3N2流感病毒分子流行及變異變遷規(guī)律。方法 采集2012-2015年間上海地區(qū)三家哨點醫(yī)院流感樣成人病例的呼吸道標(biāo)本,收集臨床資料。提取標(biāo)本核酸后用實時熒光PCR檢測流感病毒,對甲型流感病毒陽性的標(biāo)本進(jìn)一步進(jìn)行基因分型。對H3N2陽性標(biāo)本擴增血凝素(HA)基因片段、測序和進(jìn)行基因變異分析。結(jié)果 總共收集2 346例病例,甲型流感病毒核酸檢測陽性病例331例,其中273例為H3N2流感病毒陽性,58例為2009 pdmH1N1流感病毒陽性。2012年-2015年期間,上海地區(qū)H3N2流感病毒在每年的冬春季流行,但在2014年和2015年均呈現(xiàn)夏季流行高峰。對2012年-2015年間獲得的上海地區(qū)180個H3N2流感病毒的HA基因全長序列進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹分析發(fā)現(xiàn):2012-2015年間H3N2流感病毒總共引起了3個主要的流感流行峰,分別是2013年12月-2014年1月、2014年7-8月和2015年7-8月,且分別屬于三個不同的基因簇:A/ Fin1and/385/2013類似株,為group 3C.3b;A/Switzer1and/9715293/2013類似株(SW13),為group 3C. 3a和A/Hong Kong/5783/2014類似株(HK14),group 3C.2a分支。比較3個流行峰的甲型H3N2流感病毒,發(fā)現(xiàn)血凝素蛋白氨基酸序列存在一定差異,主要分布于抗原表位和受體結(jié)合位點(RBS)。結(jié)論2012-2015年間,上海地區(qū)流行的H3N2流感病毒出現(xiàn)明顯的2次抗原漂變,可能是導(dǎo)致上海地區(qū)近年來H3N2流感流行的原因。

        【主題詞】 H3N2流感病毒;抗原漂變

        Fund programs:Nationa1 Science and Techno1ogy Major Project(2012ZX10004-211);The Major State Basic Research Deve1opment Program of China(2014AA021403);The Yangtze River De1ta Techno1ogy Joint Research Project(14495810302)

        流感病毒被認(rèn)為是人類呼吸道感染最常見的病原體,引起頻繁的季節(jié)性流行和偶爾的世界大流行[1]。由于其高發(fā)病率和高死亡率而成為全球普遍關(guān)注的問題。

        甲型H3N2流感病毒自1968年出現(xiàn)以來,在人群中流行一直較為活躍,每3-8年就會出現(xiàn)新抗原漂變株[2]。其中引起流感病毒抗原漂變的主要是HA抗原,H3N2亞型流感病毒HA蛋白球頭部表面有5個主要的抗原決定簇(A、B、C、D、E)。因流感病毒是分節(jié)段負(fù)鏈RNA病毒,其RNA聚合酶缺乏5'-3'端校準(zhǔn)功能[3],使得HA基因不斷發(fā)生突變從而引起抗原漂移(antigenic drift),從而引發(fā)小流行;由于其基因分節(jié)段,易于發(fā)生基因重配而引起抗原轉(zhuǎn)換(antigenic shift),從而引起世界性大流行。因此,監(jiān)測流感病毒抗原表位的變異,研究抗原性的漂變,對于評估流感疫苗株的適用性以及預(yù)測流感流行具有重要意義[4]。

        1 對象與方法

        1.1研究對象 本研究收集2012年9月至2015 年8月從同濟(jì)大學(xué)附屬東方醫(yī)院、上海交通大學(xué)附屬新華醫(yī)院和復(fù)旦大學(xué)附屬第五人民醫(yī)院流感樣病例患者的臨床資料和呼吸道標(biāo)本,包括咽拭子、痰、鼻咽抽吸物和肺泡灌洗液。

        1.2核酸提取 利用高通量核酸自動抽提儀(QIAcube HT P1asticware)和核酸抽提試劑盒(cador Pathogen 96 QIAcube HT Kit),按照說明書對呼吸道新鮮標(biāo)本進(jìn)行病毒核酸抽提。新鮮抽提的核酸在24 h之內(nèi)檢測或存于-80℃冰箱待用。

        1.3流感病毒檢測及分型 根據(jù)WHO全球流感監(jiān)測中心提供的引物序列和方法(http://www. who.int/inf1uenza/gisrs_1aboratory/manua1_diagnosis survei11ance inf1uenza/en/),在ABI VII7熒光PCR儀上進(jìn)行一步法Rea1-time RT-PCR反應(yīng),對核酸進(jìn)行甲型和乙型流感病毒檢測及甲型H3N2和2009 pdmH1N1流感病毒分型檢測。25 μ1混合反應(yīng)體系(TaKaRa公司)包括2×Buffer 12.5 μ1、反轉(zhuǎn)錄酶2.5 U、HS Taq 2.5 U、引物10 pmo1、探針5 pmo1和2.5 μ1 RNA模板。反應(yīng)參數(shù):42℃反轉(zhuǎn)錄10 min;94℃預(yù)變性2 min;94℃變性10 s,55℃50 s(采集熒光),40個循環(huán)。

        1.4H3N2流感病毒HA基因序列擴增 HA1基因片段(nt:1-946)引物序列為 H3N2-HA1-F:5'-ATGAAGACTATCATTGCTTTGAGCT-3';H3N2-HA1-R:5'-GATCTTGTTTACATTTTGGAA-3';HA2基因片段(nt:848-1701)引物序列為H3N2-HA2-F:5'-ATGAGATCAGATGCACCCA-3';H3N2-HA2-R:5'-AAATGTTGCACCTAATGTTCGTAAACT-3'。采用大連寶生物公司TaKaRa一步法RT-PCR試劑。

        1.5序列測定及分析 測序試劑盒 ABI Prism BigDye Terminator cyc1e sequencing kit3.1,測序儀器為DNA分析儀ABI 3730XL。H3N2流感病毒HA基因參考序列來源于GISAID和GenBank數(shù)據(jù)庫。利用BioEdit7.1.3.0版本軟件包里的C1usta1W程序進(jìn)行序列編輯、翻譯和比對。用最大似然法(MEGA 6.06軟件)對核苷酸序列進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹分析。

        1.6N端糖基化位點預(yù)測 用NetNG1yc 1.0軟件在線預(yù)測HA蛋白的N-糖基化位點,符合Asn-Xaa-Ser/Thr(Xaa不能是脯氨酸)基序特征的天冬酰胺位點(可能性閾值>0.5)被認(rèn)為是潛在的糖基化位點。

        2 結(jié)果

        2.1流感病毒分子分型和流行特征分析 2012年9月至2015年8月間總共收集來自2 346個病例的2 939份呼吸道標(biāo)本。其中甲型流感病毒(F1u A)和乙型流感病毒(F1u B)檢測陽性數(shù)分別為 331 (11.26%)和75(2.55%),F(xiàn)1uA陽性標(biāo)本中273份(82.48%)為 H3N2亞型流感病毒和 58份(17.52%)為2009pdmH1N1亞型流感病毒。

        H3N2亞型流感病毒、2009pdmH1N1和F1uB在時間上呈現(xiàn)交替流行趨勢(見圖1)。在研究周期內(nèi)觀察到5個較明顯的流行峰,其中3個是由H3N2亞型流感病毒引起的,流行時間分別是2013年12 月-2014年1月、2014年7-8月和2015年7-8月,流感病毒的月檢出率分別是21.86%~30%、30.36% ~32.97%和28.99%~43.57%。另外兩個流行峰分別出現(xiàn)在2013年12月-2014年1月和2015年1-2月,前者是由2009pdmH1N1流行所致(月檢出率15.00-29.17%),后者是由F1u B流行所致(月檢出率22.58-35.64%)。

        圖1 2012-2015年上海地區(qū)成年人流感病毒檢出率分月圖Fig.1 Month1y distribution of samp1es testing positive for inf1uenza virus among adu1ts with inf1uenza-1ike i11ness in Shanghai from September 2012 to August 2015

        2.2HA基因進(jìn)化分析 共獲得2012年9月-2015 年8月間180個H3N2亞型流感病毒陽性標(biāo)本(占檢出陽性標(biāo)本的65.93%)的 HA基因全長序列。利用MEGA 6.06軟件,采用最大似然法對H3N2流感病毒HA基因序列構(gòu)建進(jìn)化樹(見圖2A),可見上海地區(qū)的流行株主要分布在Group 3C.3和3C.2兩大分支。進(jìn)一步分析不同流行期中H3N2流感病毒HA基因變異情況(圖2B):2012年10月-2014年6月期間的流行株分屬于3個進(jìn)化分支:其中72.1% (n=49)屬于Group3C.3,為A/Fin1and/385/2013類似株;26.4%(n=18)屬于Group3C.2;1.5%(n= 1)為 Group3B;均與同期疫苗株 A/Victoria/361/ 2011(VIC11)(group 3C.1)在不同分支上;2014年7-9月期間,H3N2亞型呈夏季流行,流行株轉(zhuǎn)換為Group 3C.3a(SW13類似株),與同期北半球疫苗株

        ‘●'指2013-2014北半球疫苗株;‘■'指2014-2015北半球疫苗株;‘▲'指基因亞型3C.2a代表株;A上海地區(qū)2012-2015年甲型H3N2流感病毒血凝素HA基因系統(tǒng)進(jìn)化樹B上海地區(qū)2012-2015年不同流行時段甲型H3N2流感病毒HA變異株比例圖2 2012-2015年上海地區(qū)甲型H3N2流感病毒HA基因進(jìn)化分析B1ack circ1e and b1ack square indicates the WHO recommended composition of inf1uenza virus vaccines for the 2013-14 and 2014-15 northern hemisphere inf1uenza seasons respective1y.The representative group 3C.2a strain(A/Hong Kong/5738/2014)is 1abe1ed with b1ack triang1es.A.Phy1ogenetic tree of hemagg1utinin gene of the inf1uenza A(H3N2)viruses in Shanghai,2012-2015.B.HA genetic variantsof Inf1uenza A(H3N2)viruses proportion in Shanghai,during2012-2015.Fig.2 Phy1ogenetic ana1ysis of hemagg1utinin gene of the inf1uenza A(H3N2)viruses in Shanghai,2012-2015

        A/Tesax/50/2012(TX12)(Group 3C.1)不同;而在2014年10月-2015年6月間,流行毒株中71.5%(n =10)屬于Group 3C.2a(HK14類似株),28.5%(n =4)屬于Group 3C.3a分支(SW13類似株),呈共流行趨勢;2015年7-8月夏季流行期的43株流感病毒均屬于Group 3C.2a(HK14類似株),與同期北半球疫苗株(SW13)隸屬于不同的進(jìn)化分支。

        2.3HA蛋白抗原表位變異分析 比較3個流行峰優(yōu)勢毒株的HA氨基酸序列位點變異(見圖3),結(jié)果顯示2014年7-8月流行期H3N2流感病毒與2013年12月-2014年1月的流行株相比,HA抗原決定簇有 5個氨基酸突變(A:T144A,A154S,R158G;B:F175S;E:H110Y),RBS有3個氨基酸位點突變(A154S,F(xiàn)175S,N241D)。2015年7-8月流行期H3N2流感病毒與2014年7-8月相比,HA抗原決定簇有 6個氨基酸位點突變(A:A144T,S154A,G158R,N160S;B:S175Y,K176T),RBS有3個氨基酸位點突變(S154A,N160S,S175Y)。同時,分別比較3個流行峰的優(yōu)勢毒株與同期疫苗毒株在HA氨基酸序列上的差異,發(fā)現(xiàn)流行毒株在HA抗原決定簇(A-E)和RBS均有氨基酸的突變。2013年12月-2014年1月流行期的H3N2流感病毒與同期疫苗株相比,HA抗原決定簇有7個氨基酸突變(A:T144A(26/40),R158G(27/40),N161S;B:R172H,V202G;C:N294K;E:Y110H(13/40)),RBS有3個氨基酸突變(N161S、R172H和V202G)。2014年7-8月流行期的H3N2流感病毒與同期疫苗株相比,HA抗原決定簇有8個氨基酸突變(A:N144A,A154S,R158G,N161S;B:F175S,V202G,P214S;D:F235S),RBS有6個氨基酸突變(A154S,N161S,F(xiàn)175S,V202G,F(xiàn)235S和N241D)。2015年7-8月流行期的H3N2流感病毒與同期疫苗株相比,HA抗原決定簇有 6個氨基酸突變(A:A144T、S154A、G158R、N160S;B:S175Y、K176T),RBS有3個氨基酸位點突變(S154A、N160S和S175Y)。

        2.4HA蛋白糖基化位點預(yù)測分析 對2012-2015年間獲得的180個H3N2流感病毒株的HA蛋白利用NetNG1yc 1.0軟件進(jìn)行糖基化位點預(yù)測。2014 年7-8月流行期的H3N2流感病毒與2013年12月-2014年1月相比失去了2個糖基化位點(142位和160位)。2015年7-8月流行期的H3N2流感病毒和2014年7-8月相比新增2個糖基化位點(142位和174位)。同時,2013年12月-2014年1月流行期的H3N2流感病毒與同期疫苗株VIC11相比在第54位新增加了一個糖基化位點,而在第142位失去了一個糖基化位點。而2014年7-8月流行期的H3N2流感病毒HA蛋白的糖基化位點與同期北半球疫苗株相同TX12。2015年7-8月流行期的H3N2流感病毒與同期疫苗株SW13相比,新增了2個糖基化位點(分別為149位和174位)。

        A、B、C、D、E、R分別表示抗原決定簇A、B、C、D、E和受體結(jié)合位點RBS圖3 2012-2015年上海地區(qū)H3N2流感病毒相對于同期疫苗株的HA氨基酸序列突變位點分析The 1etter A、B、C、D、E、R refer to epitope A,epitope B,epitope C,epitope D,epitope E and receptor binding siteFig.3 Amino acid substitutions observed in antigenic epitopes,receptor binding sites(RBS)and other mutations of the HAprotein of H3N2 Viruses iso1ated among three outbreaks from Sept.2012 to Aug.2015 in Shanghai,China,comparedto the vaccine strains of the corresponding inf1uenza season respective1y

        3 討論

        本研究分析了上海地區(qū)2012-2015年間的甲型H3N2流感流行情況。除在2013年12月-2014年1月冬季流行外,2014年和2015年均出現(xiàn)了夏季流行。季節(jié)性流感一般在溫帶呈冬季流行,而在熱帶則呈不規(guī)則的流行[5]。雖然上海地處北半球溫帶,但在2014年和2015年的夏季均出現(xiàn)了甲型H3N2流感病毒的流行,除了氣候因素外,提示流行毒株的抗原性可能發(fā)生了較大的改變,而導(dǎo)致人群普遍易感。

        深入分析上述2個夏季流行峰,發(fā)現(xiàn)它們分別因H3N2亞型流感病毒SW13類似株和HK14類似株的高位流行而發(fā)生。在這2個流行峰的間隔期(2014-2015冬季),SW13類似株和HK14類似株共同存在于上海地區(qū)的人群中,并以前者為主。杭州疾控中心也發(fā)現(xiàn),杭州地區(qū)在2014年出現(xiàn)SW13類似株的夏季流行[6],而2014-2015年冬春季則是SW13類似株和HK14類似株共同流行。根據(jù)國家流感中心和中科院課題組對全球范圍內(nèi)H3N2病毒變異的研究,發(fā)現(xiàn)SW13類似株早在2012年就已出現(xiàn),并于2013年和2014年期間在美國、歐洲和中國大陸均呈一定規(guī)模的流行[7],而在2014-2015冬春季則進(jìn)一步呈現(xiàn)SW13類似株與HK14類似株共流行的趨勢[8,9]。根據(jù)上述研究結(jié)果可推測,SW13類似株和HK14類似株可能在近幾年引起了全球性的流行,而上海作為人口流動頻繁的國際性大都市,其流感的流行可能同時受國際和國內(nèi)兩方面的影響,因而與國內(nèi)外的流行模式相似。

        通常認(rèn)為,如果抗原決定簇中的4個以上位點發(fā)生突變,且這些位點分布在不同的抗原決定簇上時,表明新的抗原漂變株出現(xiàn)[10]。本研究中關(guān)注的3個H3N2流行高峰期毒株之間的比較發(fā)現(xiàn),HA發(fā)生了5-6個氨基酸位點突變,且主要分布在A、B抗原決定簇上,提示新現(xiàn)流行株已發(fā)生了明顯的抗原漂變,這可能是導(dǎo)致上海地區(qū)2012-2015年期間2 次H3N2亞型流感夏季流行的主要原因。

        有研究表明,流感病毒HA突變位點如同時屬于抗原決定簇和RBS及其附近位點,則被認(rèn)為是抗原漂變的決定位點[10]。通過對這3個流行峰毒株的突變位點變化分析發(fā)現(xiàn),從2013-2015年間,第175(F-S-Y)位既是抗原決定簇也是RBS,因此可能是導(dǎo)致這兩次夏季流行的主要突變位點。而第144 (T-A-T)、154(A-S-A)、158(R-G-R)位雖既是抗原決定簇又是RBS或其附近位點,但是發(fā)生了回復(fù)性突變,因此可能是導(dǎo)致2014年夏季流行的突變位點,且第 160(N-N-S)、176(K-K-T)位僅在 2014-2015年間發(fā)生了突變,因此這兩個位點可能是導(dǎo)致2015年夏季流行的突變位點。但是,哪些關(guān)鍵氨基酸位點的突變會主導(dǎo)抗原漂變?仍需要進(jìn)一步通過實驗進(jìn)行驗證。

        當(dāng)HA蛋白的球頭部發(fā)生糖基化時,可以通過空間位阻或掩蓋抗原表位,阻止中和性抗體和HA抗原表位的結(jié)合,從而使病毒逃避宿主免疫[11,12]。本研究對上海地區(qū)2012-2015年的甲型H3N2流感病毒HA進(jìn)行潛在糖基化位點預(yù)測分析,發(fā)現(xiàn)不同流行期的甲型H3N2流感病毒HA氨基酸序列在抗原決定簇A、B或其附近有糖基化位點缺失和(或)增加,這可能在一定程度上幫助病毒逃逸機體中和抗體的識別進(jìn)而增強病毒在人群中的傳播力。

        總之,我們對上海地區(qū)2012-2015年間流感病毒的流行情況以及甲型H3N2流感病毒HA抗原漂變進(jìn)行了監(jiān)測和分析,為上海地區(qū)流感的防控工作提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。

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        Antigenic analysis of the human Influenza A(H3N2)virus during 2012-2015 in Shanghai,China

        Xia Yilan,Zhang Wanju,Tian Di,Dai Fahui,Song Zhigang,F(xiàn)eng Jingjing,Jie Zhijun,Yang Tianyun,Guo Xuejun,Yu Huiju,Ren Tao,Yuan Zhenghong,Hu Yunwen Pathogen Diagnosis and Biosafety Department,Shanghai Public Health Clinical Center,F(xiàn)udan University,Shanghai 201508,China(Xia YL);Shanghai Public Health Clinical Center,Shanghai 201508,China (Zhang WJ,Tian D,Dai FH,Song ZG,Hu YW);Shanghai Medical College,F(xiàn)udan University 200032,China(Yuan ZH);East Hospital Affilited,Tongji University,Shanghai 200120,China(Ren T);Xinhua Hospital Affilited,Jiao Tong University of Shanghai 200092,China(Yang TY,Yu HJ,Guo XJ);Rrespiration Departmen,F(xiàn)ifth People's Hospital,F(xiàn)udan University,Shanghai 200240,China(Feng JJ,Jie ZJ)

        Hu Yunwen,Email:ywhu0117@126.com;Yuan Zhenghong,Email:zhyuan@shaph. org

        ObjectiveTo understand the patterns of emergence and circu1ation of inf1uenza A (H3N2)virus variants in Shanghai area,we investigated the genetic evo1ution of the hemagg1utinin(HA)gene and epidemic characteristics of the inf1uenza A(H3N2)viruses which were circu1ated in Shanghai,China,from September 2012 to August 2015.Methods Respiratory c1inica1 samp1es were co11ected by c1inicians from patients with inf1uenza-1ike i11ness from three sentine1 hospita1s.Extracted RNA from specimens was used for inf1uenza diagnosing and genotyping with rea1-time RT-PCR.Amp1ification,sequencing and phy1ogenetic ana1ysis of HA gene were performed.Results Out of the 2 346 specimens,273(11.26%),58(2.39%)and 75(2.55%)were positive for inf1uenza A(H3N2)viruses,2009pdmH1N1 viruses and inf1uenza B viruses respective1y.We found that inf1uenza activity 1eve1 in Shanghai increased in summer during 2014 and 2015,and inf1uenza A(H3N2)virus was the main subtype. Phy1ogenetic ana1ysis based on the fu11-1ength HA gene of inf1uenza A(H3N2)virus was carried out. Comparing with the reference sequences,the inf1uenza A(H3N2)viruses predominated during Dec.2013-Jan.2014,Ju1.2014-Aug.2014,and Ju1.2015-Aug.2015 were c1assified as genetic c1ade A/Fin1and/ 385/2013-1ike(group 3C.3),A/Switzer1and/9715293/2013-1ike(group 3C.3a)and A/Hong Kong/ 5783/2014-1ike(group 3C.2a)respective1y.And the mutations of amino acid sequences of HA between the three epidemic strains were main1y 1ocated in antigenic epitopes and receptor binding site.Conclusion The inf1uenza epidemic in Shanghai caused by H3N2 virus may be due to the antigenic changes of inf1uenza A (H3N2)virus during 2012 to 2015.

        Inf1uenza A(H3N2)virus;Antigenic drift

        “十二五”國家科技重大專項(2012ZX10004-211,2014ZX10004002-003-004);國家高技術(shù)研究發(fā)展計劃863項目(2014AA021403);長三角科技聯(lián)合攻關(guān)項目(14495810302)

        胡蕓文,Emai1:ywhu0117@126.com;袁正宏,Emai1:zhyuan@shaphc.org

        10.3760/cma.j.issn.1003-9279.2016.02.006

        2016-01-06)

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